Publicité
Vivalytic Bordetella
– Bruksanvisning
Utvärdering av analytisk prestanda
Analytisk sensitivitet (detektionsgräns)
Detektionsgränsen (LoD) för testet Vivalytic Bordetella fastställdes som den
lägsta koncentrationen analyt som konsekvent kan detekteras (≥ 95 % av pro-
verna som testats under normala laboratorieförhållanden med en definierad
typ av prov, tabell 1).
Inklusivitet
För att utvärdera inklusiviteten utfördes en in silico-analys (BLAST-anpass-
ning) där den genomiska sekvensen för olika relevanta stammar av Bordetella
pertussis, Bordetella parapertussis och Bordetella holmesii jämfördes med
sekvensen för PCR-primers och hydrolysprober som används i testet Vivalytic
Bordetella för amplifiering och detektion av respektive patogener. Inklusivitet
kunde uppvisas för organismer som listas i tabell 2.
Exklusivitet/analytisk specificitet
För att utesluta korsreaktivitet (exklusivitet) utfördes en in silico-analys
(BLAST-anpassning) där målregionen för Bordetella pertussis, Bordetella
parapertussis och Bordetella holmesii jämfördes med den genomiska sekven-
sen för andra patogener som representerar vanliga luftvägspatogener eller
nära besläktade arter. För detektionssystemet för Bordetella pertussis kunde
sekvensmatchningar i prob- och primerområdet detekteras för Bordetella
bronchispetica-stammarna NCTC10543, MBORD731, NCTC8344, E001,
MBORD595, vilket indikerar en möjlig amplifiering. För detektionssystemet
för Bordetella parapertussis kunde sekvensmatchningar i prob- och prime-
rområdet detekteras för Bordetella bronchispetica-stammarna KM22, BB5,
FR3523, FR2017, FR3823, vilket indikerar en möjlig amplifiering. Inga bevis
på interferens kunde påvisas för detektionssystemet för Bordetella holmesii
(tabell 3).
Reproducerbarhet
Reproducerbarheten för testet Vivalytic Bordetella fastställdes genom
att använda en panel med 3 olika koncentrationer av Bordetella pertussis,
Bordetella parapertussis och Bordetella holmesii. Varje blandning testades
på 3 testplatser med samma uppsättning Vivalytic-instrument av samma
operatör med 3 loter i 4 replikat under 3 dagar. Erhållna positivitetsgrader för
de olika kombinationerna korrelerade med den förväntade positivitetsgraden
(tabell 4a).
Repeterbarhet
Repeterbarheten för testet Vivalytic Bordetella fastställdes genom att använ-
da en panel med 1 koncentration (3 × c95) av Bordetella pertussis, Bordetella
parapertussis och Bordetella holmesii. Blandningen testades på 1 testplats
med samma uppsättning Vivalytic-instrument av samma operatör med 3 loter
i 20 replikat, vilket gav totalt 60 observationer per målpatogen. Erhållna
positivitetsgrader för de olika kombinationerna korrelerade med den förvän-
tade positivitetsgraden (tabell 4b).
Interferenser
Interferenser utvärderades med avseende på endogena och exogena sub-
stanser som kan finnas i patientprovet. I tabell 5 anges substanser som har
potential att interferera med testet. Inga interferenser detekterades.
Utvärdering av klinisk prestanda
Resultat för sensitivitet och specificitet erhölls från nasofaryngeala pinnpro-
ver. Proverna samlades in i en klinisk miljö och jämfördes med resultat från
referensmetoder.
561 nasofaryngeala pinnprover i eNAT testades på en studieplats med
hjälp av screening med potentiellt positiva kliniska prover. 8 kliniska prover
befanns positiva för en av de tre patogenerna (alla var Bordetella parapertus-
sis) vilket gav ett positivitetsvärde inom provuppsättningen på 1,9 % (8/411).
Dessutom spikades 150 negativt förkarakteriserade prover med respektive
referensmaterial (50 prover per patogen).
Totalt inkluderades 495 resultat i datauppsättningen som erhölls med ett
referenstest (Bordetella Speciation Plus Toxin – OSR för BD MAX™) och
Vivalytic Bordetella, vilket gav prestandaresultaten som visas i tabell 6.
49
Publicité
