Publicité
Vivalytic Bordetella
– bruksanvisning
Analytisk ytelsesevaluering
Analytisk følsomhet (deteksjonsgrense)
Deteksjonsgrensen (LoD) for Vivalytic Bordetella-testen ble bestemt som
den laveste konsentrasjonen av analytten som kan påvises konsekvent
(≥ 95 % av prøvene som ble testet under rutinemessige laboratorieforhold
med en definert type prøve, tabell 1).
Inklusivitet
Inklusivitet kan evalueres ved å utføre en in silico-analyse (BLAST-sammen-
stilling) av den genomiske sekvensen til ulike relevante Bordetella pertussis-,
Bordetella parapertussis- og Bordetella holmesii-stammer mot sekvensen til
PCR-primerne og hydrolyseproben som ble brukt i Vivalytic Bordetella-tes-
ten, for amplifikasjon og påvisning av de respektive patogenene. Inklusivitet
kan vises for organismer som er oppført i tabell 2.
Eksklusivitet / analytisk spesifisitet
For å utelukke kryssreaktivitet (eksklusivitet) ble det utført en in silico-ana-
lyse (BLAST-sammenstilling) av målregionen for Bordetella pertussis,
Bordetella parapertussis og Bordetella holmesii opp mot genomsekvensen
til forskjellige andre patogener som utgjør vanlige respiratoriske patogener
eller nært beslektede arter. For påvisningssystemet for Bordetella pertussis
kunne det påvises sekvensoverensstemmelser i probe- og primerområdet for
Bordetella bronchispetica-stammene NCTC10543, MBORD731, NCTC8344,
E001, MBORD595, noe som konkluderte med en mulig amplifisering. For
påvisningssystemet for Bordetella parapertussis kunne det påvises sekven-
soverensstemmelser i probe- og primerområdet for Bordetella bronchispeti-
ca-stammene KM22, BB5, FR3523, FR2017, FR3823, noe som konkluderte
med en mulig amplifisering. Det var ingen tegn på interferens for påvisnings-
systemet for Bordetella holmesii (tabell 3).
Reproduserbarhet
Reproduserbarheten av Vivalytic Bordetella-testen ble etablert ved hjelp
av et panel med 3 ulike konsentrasjoner av Bordetella pertussis, Bordetella
parapertussis og Bordetella holmesii. På 3 teststeder ble hver blanding testet
på samme sett med Vivalytic-instrumenter av samme operatør med 3 partier
i 4 replikater på 3 dager. De oppnådde positivitetsratene for de forskjellige
kombinasjonene var korrelert til den forventede positivitetsraten (tabell 4a).
Repeterbarhet
Repeterbarheten av Vivalytic Bordetella-testen ble etablert ved hjelp av
et panel med 1 konsentrasjon (3 × c95) av Bordetella pertussis, Bordetella
parapertussis og Bordetella holmesii. På 1 teststed ble blandingen testet på
samme sett av Vivalytic-instrumenter av samme operatør med hhv. 3 partier
i 20 replikater, noe som ga totalt 60 observasjoner per målpatogen. De
oppnådde positivitetsratene for de forskjellige kombinasjonene var korrelert
til den forventede positivitetsraten (tabell 4b).
Interferenser
Interferenser ble evaluert for endogene og eksogene stoffer som potensielt
er til stede i pasientprøven. Se tabell 5 for stoffer som har potensial til å
forstyrre testen. Ingen interferenser ble påvist.
Klinisk ytelsesevaluering
Sensitivitets- og spesifisitetsresultater fra naturlige nasofaryngeale vattpin-
neprøver. Prøver ble innhentet klinisk og sammenlignet med resultater fra
referansemetoder.
561 nasofaryngeale vattpinneprøver i eNAT ble testet på ett studiested ved
hjelp av en screeningmetode med potensielt klinisk positive prøver. 8 kli-
niske prøver ble funnet positive for ett av de tre patogenene (alle Bordetella
parapertussis), noe som gir en positiv rate i prøvesettet på 1,9 % (8/411).
I tillegg ble 150 negative forhåndskarakteriserte prøver tilsatt respektive
referansemateriale (50 prøver per patogen).
Totalt 495 resultater var inkludert i datasettet fra testing med en referan-
setest (Bordetella Speciation Plus Toxin – OSR for BD MAX™) og Vivalytic
Bordetella, noe som førte til resultatene som vises i tabell 6.
42
Publicité
