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Notice relative à l'instrument NovaSeq 6000Dx
Précision
La précision du Instrument NovaSeq 6000Dx a été évaluée au moyen d'échantillons de Platinum Genome et d'un
test représentatif conçu pour étudier divers gènes couvrant 1 970 505 bases sur 23 chromosomes différents
utilisant 9 232 oligonucléotides cibles. Au total, 1 723 variants de petite taille ciblés (SNV, insertions et
délétions) ont été évalués. Le test des variants germinaux comprenait onze ou douze réplicats de quatre
échantillons de Platinum Genome uniques. Le test des variants somatiques comprenait onze ou douze réplicats
de quatre échantillons de Platinum Genome traités FFPE à différents niveaux de FAV. Les librairies
d'échantillons sont été préparés à l'aide de la trousse de réactifs Illumina DNA Prep with Enrichment Dx.
Le test a été effectué dans un site externe avec trois Instrument NovaSeq 6000Dx, trois lots de NovaSeq
6000Dx S2 Reagent v1.5 Kit (300 cycles) et NovaSeq 6000Dx S4 Reagent v1.5 Kit (300 cycles) et deux
opérateurs au cours d'une période de 6 jours. Pour chaque jour, des librairies d'échantillons germinaux ont été
séquencées d'un côté de l'instrument à l'aide de réactifs S2 et du flux de travail de génération d'analyses FASTQ
et VCF pour les variants germinaux de l'application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx, et des
librairies d'échantillons somatiques ont été séquencées de l'autre côté de l'instrument à l'aide de réactifs S4 et
du flux de travail de génération d'analyses FASTQ et VCF pour les variants somatiques de l'application DRAGEN
for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx. Il en a résulté 18 Flow cell pour chacun des flux de travail germinaux
et somatiques.
Variant germinal
Pour les analyses germinales, les emplacements génomiques où un variant germinal ciblé est détecté sont
signalés comme positifs (variant). Pour les variants germinaux positifs attendus, les données ont été évaluées
pour le taux d'absence de définition et le pourcentage de définition positif (PPC) dans chaque type de variant
(SNV, insertion, délétion). Le tableau
pour les résultats positifs prévus selon le type de variant à la page 67
niveaux de confiance inférieurs (NCI) et supérieurs (NCS) à 95 % calculés selon la méthode de Wilson, pour
chacun des types de variant.
Tableau 25
Observations des définitions de variants germinaux au sein du laboratoire pour les résultats
positifs prévus selon le type de variant
Aucune
Type de
définition
variant
observée¹
SNV
6
Insertion
0
Délétion
18
¹ Sans définition est défini comme une position chromosomique ciblée où un variant ne peut pas être déterminé (en raison
de la faible profondeur de couverture).
² Définition positive défini comme des positions chromosomiques ciblées où un variant est détecté.
³ L'intervalle de confiance 95 % bilatéral est calculé à l'aide de la méthode de notation de Wilson.
Document n°200025276 v01
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
POUR EXPORTATION UNIQUEMENT
Observations des définitions de variants germinaux au sein du laboratoire
Nombre
Pourcentage
total de
sans
définitions
définition
980316
< 0,01
36738
0
34434
0,05
résume les taux observés, ainsi que les
Définitions
Total des
positives
définitions
observées²
évaluables
979854
980310
36738
36738
32160
34416
NCS
PPC
NCI 95 %³
95 %
99,95
99,95
99,96
100
> 99,99
100
93,44
93,18
93,70
67 sur 74
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