Manuels Connexes pour illumina iScan
Sommaire des Matières pour illumina iScan
- Page 1 Système iScan Documentation produit EXCLUSIF À ILLUMINA Document nº 1000000161301 v01 FRA Août 2021 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 2 à aucune autre fin ni communiqués, divulgués ou reproduits d’aucune façon sans le consentement écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de ses droits d’auteur ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers quelconque par ce document.
- Page 3 Ajout de précisions concernant l’option à cocher Enable LIMS (Activer LIMS) lors de la configuration d’Illumina Connected Analytics (ICA) pour une utilisation avec le système iScan. Suppression de la note erronée indiquant qu’il est impossible de balayer de nouveau les zones ayant échoué...
- Page 4 Avril Publication originale pour l’ajout du format 1000000161301 v00 2021 HTML et la fusion du guide du système iScan, du guide de préparation du site et du guide de sécurité et de conformité. Ajout de renseignements sur l’activation d’Illumina Connected Analytics (ICA).
- Page 5 Correction de la dénomination d’Infinium LIMS qui est devenu Illumina LIMS. Les documents suivants sont obsolètes suite à la fusion des guides : • iScan System User Guide (Guide de l’utilisateur du système iScan) (document nº 11313539) • Guide de préparation du site du système iScan (document nº 1000000000661)
- Page 6 Démarrer l’iScan Control Software (iCS) Réinitialiser le lecteur iScan Utiliser le LIMS avec le système iScan Utiliser Illumina Connected Analytics (ICA) avec le système iScan Charger les puces BeadChip Configurer l’iScan Control Software (iCS) Omettre des puces BeadChip et des bandes du balayage Créer des paramètres de balayage personnalisés...
- Page 7 Documentation produit du système iScan Voir les résultats du balayage Fichiers journaux Indicateurs métriques de balayage Images Fichiers générés Maintenance et réparations Dépannage Problèmes d’enregistrement Problèmes d’alignement automatique Problèmes du lecteur iScan Problèmes au niveau de la qualité des images Problèmes d’affichage de l’iCS...
- Page 8 Les caractéristiques du test sont chargées dans les puits de la puce BeadChip pour créer une puce à ADN organisée. Le système iScan compile une représentation virtuelle d’une puce BeadChip, acquiert les images des caractéristiques de la puce BeadChip, enregistre les renseignements et exporte les données pour l’analyse en aval.
- Page 9 Le plateau du lecteur iScan peut accueillir jusqu’à quatre puces BeadChip dans un support de puces BeadChip. Témoins lumineux Sur le panneau avant du lecteur iScan, les témoins lumineux et la barre de balayage montrent l’état de l’instrument. Témoin lumineux...
- Page 10 L’instrument est livré avec un ordinateur de commande personnalisé de manière à suivre les toutes dernières spécifications du système. L’iScan Control Software (iCS) installé sur l’ordinateur de commande de l’instrument vous permet de contrôler le lecteur iScan durant le balayage des puces BeadChip.
- Page 11 Le système iScan comporte deux disques permanents (C et D) sur l’ordinateur et un disque amovible (H) dans le lecteur iScan. Les disques C et D sont des disques physiquement séparés. Ces disques ne font pas partie d’un disque de grande capacité divisé en deux disques.
- Page 12 Documentation produit du système iScan Support de puces BeadChip Le système iScan est livré avec un support de puces BeadChip. Le support peut accueillir jusqu’à quatre puces BeadChip pour un balayage en une seule fois. Composants du support de puces BeadChip Les supports de puces BeadChip comprennent les composants suivants :...
- Page 13 _1èrePuceBeadChipCodeÀBarres. Cordons d’alimentation et autres accessoires Le système iScan est livré branché. Le personnel autorisé d’Illumina a réalisé le branchement des cordons d’alimentation et de connexion pour vous dans le cadre de l’installation du système. Ne débranchez aucun cordon à moins que l’assistance technique d’Illumina vous demande de le faire.
- Page 14 Démarrer le système iScan, page 19 Chargez les puces BeadChip dans un support, chargez le support dans le plateau du lecteur iScan et balayez les codes à barres du support de puces BeadChip. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la rubrique Charger les puces BeadChip, page 23.
- Page 15 Affichez les images des puces BeadChip. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la rubrique Voir les résultats du balayage, page 39. Retirez les puces BeadChip et éteignez le système iScan. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la rubrique Maintenance et réparations, page 47.
- Page 16 à l’environnement, des spécifications informatiques et des consommables fournis par l’utilisateur. Configurations prises en charge Le système iScan peut être installé avec ou sans l’AutoLoader 2.x pour automatiser le chargement des puces BeadChip. Les configurations suivantes sont prises en charge : Configuration Description Sans l’AutoLoader 2.x...
- Page 17 Documentation produit du système iScan Une fois que votre représentant Illumina a installé et aligné l’instrument, ne le déplacez pas . Déplacer l’instrument à partir de son emplacement d’origine annulera la garantie et le contrat de service. Si vous devez déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina.
- Page 18 0,25 kg (0,55 lb) 0,25 kg (0,55 lb) BeadChip Une configuration à deux scanners, comprenant deux systèmes iScan et un AutoLoader 2.x, peut facilement tenir sur une paillasse de laboratoire standard. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la rubrique Recommandations à propos de la paillasse de laboratoire, page 13.
- Page 19 • Laissez au moins 42 cm (17 po) au-dessus de l’iScan placé sur la table d’isolation afin que les panneaux extérieurs puissent être retirés pendant l’installation et la maintenance. Les dimensions de hauteur indiquées dans le tableau ci-après pour la planification de l’espace dans le laboratoire tiennent compte de l’espace requis au-dessus de l’instrument.
- Page 20 35 psi. Exigences électriques La tension d’alimentation du système iScan est de 100 à 120 volts CA ou de 200 à 240 volts CA, fonctionnant à une fréquence de 50 Hz ou 60 Hz. Le système consomme un maximum de 600 watts.
- Page 21 être en bon état lorsque le dispositif est utilisé. Module d’alimentation sans interruption Le système iScan est livré avec un module d’alimentation sans interruption (ASI) adapté à votre région. Document nº 1000000161301 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement.
- Page 22 Seul le personnel Illumina sur le terrain est compétent pour remplacer les fusibles internes. Le module d’entrée de puissance comprend deux fusibles sur les lignes d’entrée haute tension. Fusibles iScan : ces fusibles ont une dimension de 5 x 20 et une cote nominale de 10 A et 250 V CA, à fusion lente.
- Page 23 Documentation produit du système iScan Considérations environnementales Élément Spécification Température Transport et stockage : de 5 °C à 50 °C (de 41 °F à 122 °F) Fonctionnement : de 15 °C à 30 °C (de 59 °C à 86 °F). Au cours d’une analyse, empêchez toute variation de la température ambiante de plus de ± 2 °C.
- Page 24 Un câble Ethernet standard de 100 Mo/s est utilisé. Considérations liées au réseau Illumina ne propose ni installation de la mise en réseau de l’ordinateur de commande de l’instrument, ni assistance s’y rapportant. Cependant, vous pouvez configurer et entretenir une connexion réseau sur l’ordinateur de commande de l’instrument après l’installation de l’instrument.
- Page 25 Documentation produit du système iScan Consommables requis Cette section dresse la liste des trousses d’Illumina et des consommables fournis par l’utilisateur nécessaires pour réaliser le balayage des puces BeadChip avec le système iScan. Trousses BeadChip d’Illumina Avant de lancer le balayage, effectuez le test approprié pour la puce BeadChip et l’application de votre choix.
- Page 26 Appuyez sur le bouton de mise sous tension (|) de l’interrupteur à bascule situé à l’arrière de l’instrument. Les témoins lumineux du lecteur iScan situés sur le panneau avant montrent l’état à l’initialisation de l’instrument. Pour obtenir plus de renseignements sur les témoins lumineux, consultez la rubrique Témoins lumineux,...
- Page 27 Pour ouvrir l’iScan Control Software (iCS), sélectionnez iCS à partir du bureau. L’iCS se connecte automatiquement et initialise le lecteur iScan. Si le système iScan est configuré pour fonctionner avec le LIMS, sélectionnez le serveur LIMS dans le menu déroulant et entrez votre nom d’utilisateur et votre mot de passe.
- Page 28 L’iScan Control Software (iCS) est compatible avec le programme de gestion des informations de laboratoire (LIMS) d’Illumina. Pour utiliser le programme LIMS, activez-le de manière à l’utiliser avec le système iScan avant de lancer un balayage. Effectuez les étapes suivantes dans l’iScan Control Software (iCS).
- Page 29 Documentation produit du système iScan Exigences Voici ce dont vous avez besoin pour utiliser ICA avec le système iScan : • Connexion Internet • Version de l’iCS 4.0.5 ou plus récente Configurer le système iScan pour envoyer les données à ICA Ouvrez l’iScan Control Software (iCS) en sélectionnant iCS à...
- Page 30 BeadChip. 1. Nettoyer les puces BeadChip Avant de placer les puces BeadChip sur le lecteur iScan, essuyez toujours l’arrière de la puce BeadChip pour enlever l’excès de revêtement protecteur et les résidus. À l’aide d’une lingette alcoolisée ou d’un tissu non pelucheux imprégné d’éthanol ou d’isopropanol, essuyez soigneusement l’arrière de la puce BeadChip.
- Page 31 Documentation produit du système iScan Placez jusqu’à quatre puces BeadChip dans le support, chacune dans son propre logement. Assurez-vous que les puces BeadChip sont fermement mises en place dans les logements et bien à plat, comme il est illustré dans l’image.
- Page 32 BeadChip. Manipulez les puces BeadChip uniquement par les bords. 3. Charger le support dans le lecteur iScan Pour accéder au plateau du lecteur iScan, utilisez l’iScan Control Software (iCS) ou le bouton d’ouverture/fermeture du plateau situé à l’avant du lecteur iScan. Lors du chargement du support de puces BeadChip, assurez-vous de l’orienter correctement dans le plateau du lecteur iScan.
- Page 33 A. Plaque d’adaptateur B. Plateau du lecteur iScan La plaque d’adaptateur est spécifique à chaque lecteur iScan. Ne permutez pas les plaques d’adaptateur entre les lecteurs iScan. Alignez les encoches du support avec les billes argentées de la plaque d’adaptateur sur le plateau du lecteur iScan.
- Page 34 N’appuyez pas sur le plateau du lecteur iScan. Lorsque le support se déplace vers l’avant et l’arrière une fois dans le plateau, le lecteur iScan centre et positionne automatiquement les puces BeadChip pour que le balayage s’effectue correctement.
- Page 35 Documentation produit du système iScan Si le lecteur de codes à barres ne trouve pas de code à barres de logement vide ou de code à barres de puce BeadChip lors de la première tentative de balayage, l’iCS tente de balayer de nouveau le code à...
- Page 36 Control Software (iCS). Omettre des bandes BeadChip du balayage À l’écran Setup (Configuration) de l’iScan Control Software (iCS), la zone d’aperçu des puces BeadChip se trouve sur le côté gauche de l’écran. En haut de la zone d’aperçu des puces BeadChip, sélectionnez une puce BeadChip pour changer les paramètres du balayage.
- Page 37 BeadChip. Pour utiliser des paramètres de balayage autres que ceux qui sont définis par défaut, créez un fichier de paramètres de balayage personnalisés et associez-le à la puce BeadChip à l’écran Setup (Configuration) de l’iScan Control Software (iCS). Créer un fichier de paramètres de balayage personnalisés À...
- Page 38 Documentation produit du système iScan Type de Paramètre Valeur paramètre Sortie Export Bead Définissez sur True (Vrai) ou False (Faux). Data (Exporter les données des billes) Export Bead Définissez sur True (Vrai) ou False (Faux). Type Data (Exporter les données des...
- Page 39 Fichiers générés, page 44. Vous pouvez configurer l’iScan Control Software (iCS) pour normaliser les données dans ces fichiers. La normalisation transforme la plage des valeurs d’intensité pour une bande BeadChip de manière à la faire correspondre à une plage cible, ce qui permet de réduire les durées de traitement en aval et d’optimiser le flux de travail.
- Page 40 Le chemin de sortie correspond à l’emplacement où tous les fichiers sont enregistrés à la fin du balayage. Lorsque le système iScan s’exécute sous le LIMS, vous ne pouvez pas changer les chemins d’entrée et de sortie. Ces chemins sont spécifiés par le logiciel de gestion de projets LIMS.
- Page 41 Si les fichiers DMAP ne sont pas transférés correctement vers le réseau durant le téléchargement, l’intégrité des fichiers pourrait être compromise. Vous pouvez configurer le lecteur iScan de manière à vérifier l’intégrité des fichiers DMAP au début de chaque balayage.
- Page 42 Documentation produit du système iScan Balayer les puces BeadChip Avant de lancer un balayage, les lasers doivent se stabiliser. Assurez-vous que le lecteur iScan est resté éteint pendant au moins 30 minutes avant de lancer le balayage. Après avoir sélectionné les puces BeadChip à...
- Page 43 La barre d’état se trouve entre l’aperçu de l’image et la barre de renseignements. La barre d’état affiche les actions en cours du lecteur iScan durant le balayage. Les témoins DEL qui clignotent indiquent quels sont les composants en cours d’utilisation pour chaque action.
- Page 44 Documentation produit du système iScan Barre de renseignements La barre de renseignements se trouve en bas de l’écran Scan (Balayage) de l’iScan Control Software (iCS). La barre de renseignements résume les renseignements suivants : • Fichier des paramètres de balayage État du LIMS •...
- Page 45 Documentation produit du système iScan Pour rebalayer une puce BeadChip : • À l’écran Review (Révision) de l’iScan Control Software (iCS), sélectionnez Rescan (Balayer de nouveau). L’iCS balaye de nouveau uniquement les sections qui n’ont pas été correctement balayées. Document nº 1000000161301 v01 FRA Destiné...
- Page 46 Naviguez jusqu’au dossier Logs (Journaux) dans le dossier d’application de l’iCS pour consulter les fichiers journaux archivés. La taille des fichiers journaux peut atteindre 5 Mo et le nom des fichiers est précédé par 'iScan Control Software (iCS)'. Création et dénomination des fichiers journaux Le fichier journal le plus récent est nommé...
- Page 47 Documentation produit du système iScan Indicateurs métriques de balayage Les indicateurs métriques de balayage pour chaque puce BeadChip s’affichent dans le tableau des indicateurs métriques de balayage en haut de l’écran Review (Révision). Utilisez ce tableau pour passer en revue les valeurs d’intensité des canaux rouge et vert, ainsi que pour vérifier les indicateurs métriques d’enregistrement et de mise au point pour chaque bande BeadChip.
- Page 48 [Code à barres]_qc.txt, où [Code à barres] est le numéro du code à barres d’une seule puce BeadChip. Images Passez en revue les images des puces BeadChip balayées dans l’iScan Control Software (iCS) avant de fermer le logiciel. Lorsque vous sélectionnez Done (Terminé) à l’écran Review (Révision), vous êtes redirigé vers l’écran d’accueil et vous ne pouvez plus afficher les images dans l’iCS.
- Page 49 Documentation produit du système iScan Contrôles de la barre d’outils Image Utilisez les contrôles de la barre d’outils Image pour les fonctions suivantes : Icône Description Auto Contrast (Contraste automatique) : permet de réinitialiser l’indice de coloration, les pixels, la luminosité et le contraste de l’image aux valeurs par défaut.
- Page 50 Documentation produit du système iScan • Utilisez les contrôles de zoom sur la barre d’outils Image. Sélectionnez la zone souhaitée de l’image, puis utilisez la roulette de défilement de la souris pour • faire un zoom avant ou arrière. Barres de contrôle d’ajustement de l’image Utilisez les contrôles de l’image (...
- Page 51 Documentation produit du système iScan • Les pixels dont la luminosité se situe entre les curseurs sont affichés avec un contraste amélioré. Les pixels dont la luminosité se situe sous le curseur inférieur sont réglés sur le noir. • Pour ajuster la luminosité : Sélectionnez le contrôle de l’image pour afficher la barre de contrôle de la luminosité.
- Page 52 Documentation produit du système iScan Un fichier IDAT est généré lorsque les données d’enregistrement de toutes les bandes sont présentes pour un échantillon donné. Un fichier IDAT est toujours généré lorsque toutes les bandes ont été balayées et ce, quel que soit leur résultat d’enregistrement ou tout autre indicateur métrique.
- Page 53 Documentation produit du système iScan Composant du nom du Description fichier Bande Section numérotée commençant en haut à gauche d’un échantillon sur une puce BeadChip. Strie Certaines bandes de puces BeadChip sont mises en image en utilisant deux ou trois bandes plus petites, appelées « stries ». Le nom de la strie fait référence à...
- Page 54 Documentation produit du système iScan Maintenance et réparations Cette rubrique fournit des instructions sur le nettoyage, la maintenance et l’arrêt du système iScan. Des recommandations quant aux réparations sont également fournies. Nettoyer le système iScan Pour nettoyer l’équipement, humidifiez un chiffon avec de l’eau et un détergent doux et essuyez toutes les surfaces externes.
- Page 55 Documentation produit du système iScan Dépannage L’iScan Control Software (iCS) enregistre les erreurs du système dans un fichier journal au fur et à mesure qu’elles se produisent. Si une erreur se produit, vous pouvez consulter les détails de l’erreur dans la boîte du message d’erreur et dans le fichier journal. Le fichier journal fournit également un registre des événements du système que vous pouvez envoyer à...
- Page 56 Documentation produit du système iScan Si vous utilisez l’AutoLoader 2.x et que le système s’exécutait en mode AutoLoader au moment de l’erreur, joignez le fichier AutoLoader.log. Ce fichier journal est enregistré à l’emplacement suivant sur le lecteur local : C:\Program Files(x86)\Illumina\AutoLoader\ Pour obtenir plus de renseignements sur l’AutoLoader 2.x, consultez le document AutoLoader 2.x User...
- Page 57 Résolution Emplacement Vérifiez l’emplacement des fichiers de billes référencées (*.dmap) incorrect spécifié des dans la boîte de dialogue iScan System Options (Options du système fichiers de billes iScan). Pour afficher la boîte de dialogue Options, sélectionnez Tools référencées. (Outils), puis sélectionnez Options.
- Page 58 BeadChip en vous assurant qu’elles sont bien fixées et à plat dans le iScan. support. Rechargez le support dans le plateau du lecteur iScan. Assurez-vous que le support est à plat et aligné. Assurez-vous que les encoches du plateau correspondent aux billes de la plaque d’adaptateur et que l’avant est en appui contre les fonctions...
- Page 59 Documentation produit du système iScan Cause Résolution L’instrument ne L’incapacité de l’instrument à effectuer la mise au point peut être due à parvient pas à l’utilisation d’un plateau d’adaptateur différent. Replacez le plateau effectuer la mise au d’adaptateur d’origine. point.
- Page 60 Les pointes d’inclinaison automatique n’apparaissent pas sur l’écran d’alignement. Cause Résolution Les puces BeadChip Retirez le support de puces BeadChip du plateau du lecteur iScan et ne reposent pas à replacez les puces BeadChip. Assurez-vous qu’elles reposent à plat plat dans le support.
- Page 61 Réinitialisez ensuite le lecteur affecte les témoins iScan. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la rubrique lumineux. Démarrer le système iScan, page 19. Si le problème persiste, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
- Page 62 Le lecteur iScan signale une erreur mécanique et n’effectue pas de balayage. Cause Résolution Si le lecteur iScan Inspectez visuellement l’intérieur du lecteur iScan et autour du plateau détecte une erreur...
- Page 63 La puce BeadChip ne Éjectez le support de puces BeadChip et examinez le positionnement repose pas à plat ou du support dans le plateau d’adaptateur du lecteur iScan. Replacez les est mal positionnée puces BeadChip dans le support et relancez le balayage.
- Page 64 Documentation produit du système iScan Cause Résolution Mauvaise mise au Arrêtez le balayage et éjectez les puces BeadChip. Vérifiez les point. sections pour vous assurer qu’aucun corps étranger ne gêne la mise au point. Assurez-vous que les puces BeadChip sont à plat dans le support et que leur partie arrière est propre.
- Page 65 Les images des billes sont floutées. Cause Résolution Les valeurs de Retirez le support de puces BeadChip du plateau du lecteur iScan. l’inclinaison Replacez les puces BeadChip. Assurez-vous que les puces BeadChip automatique se reposent à plat dans les logements du support. Éteignez et rallumez le trouvent hors des scanner, puis redémarrez l’iCS.
- Page 66 Si le câble semble bien fixé, replacez le saisisseur d’images. caméra et le saisisseur d’images Un grand nombre de Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina pour planifier une ports ont été installés assistance sur le terrain. sur l’ordinateur. Document nº 1000000161301 v01 FRA Destiné...
- Page 67 Tous les dangers décrits peuvent être évités en suivant les procédures d’utilisation standard incluses dans ce document. Seul le personnel d’Illumina autorisé et qualifié peut effectuer le test du laser et la maintenance de service. Seul le personnel qualifié d’Illumina est autorisé à retirer le couvercle principal de l’instrument.
- Page 68 Le système iScan est un produit laser de classe 1. Précautions relatives au laser du lecteur de codes à barres Le lecteur iScan accueille également un lecteur de codes à barres laser de classe 2. Ne fixez pas le faisceau à rayonnement visible du lecteur de codes à barres.
- Page 69 Le lecteur iScan dispose des deux connexions suivantes vers l’ordinateur de commande : • Le bus USB qui transfère les commandes et les données de contrôle entre le lecteur iScan et l’ordinateur. Cette connexion utilise un câble de connexion USB de type A standard.
- Page 70 De plus, il existe un risque important de compromettre l’alignement optique et l’alignement mécanique. Chaque fois que le lecteur iScan est déplacé, il doit être repositionné correctement sur la table pneumatique et cette dernière doit être rééquilibrée. Une table pneumatique mal positionnée ou mal équilibrée peut contribuer à...
- Page 71 Documentation produit du système iScan Restriction sur l’utilisation de certaines substances dangereuses dans les équipements électriques et électroniques (RoHS) Ce marquage garantit que l’instrument satisfait aux directives relatives aux déchets d’équipements électriques et électroniques (DEEE). Visitez la page support.illumina.com/certificates.html pour obtenir des conseils sur le recyclage de votre matériel.
- Page 72 Ressources et références pages d’assistance du système iScan sur le site Web d’Illumina contiennent des ressources supplémentaires. Ces ressources comprennent des logiciels, des documents de formation, les produits compatibles et les documents ci-dessous. Consultez régulièrement les pages d’assistance pour voir la plus récente version de ces documents.
- Page 73 Document nº 1000000161301 v01 FRA Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis + (1) 800 809 ILMN (4566) + (1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. © 2021 Illumina, Inc. Tous droits réservés.