Publicité
Notice relative à l'instrument NovaSeq 6000Dx
Scores de qualité et rapports
La notation de la qualité calcule un ensemble d'indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases, puis
utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un tableau de qualité. Les tableaux de qualité
servent à fournir des indicateurs de qualité extrêmement précis pour des analyses générées par une
configuration spécifique de plateforme de séquençage et de version de chimie.
La notation de la qualité s'appuie sur une version modifiée de l'algorithme Phred.
Afin de générer le tableau de qualité pour le Instrument NovaSeq 6000Dx, trois groupes de définitions des
bases ont été déterminés, selon la génération d'amplifiats de ces fonctions prédictives spécifiques. À la suite du
regroupement de ces définitions de bases, le taux d'erreur moyen est calculé empiriquement pour chacun des
trois groupes et les scores Q correspondants sont enregistrés dans le tableau de qualité avec les fonctions
prédictives corrélant avec ce groupe. En tant que tels, seuls trois scores de qualité sont possibles avec RTA3 et
ces scores de qualité représentent le taux d'erreurs moyen du groupe. Pour résumer, ces résultats sont
simplifiés, mais très justes en tant que score de qualité. Les trois groupes dans le tableau de qualité
correspondent à des définitions de bases de qualité marginale (< Q15), moyenne (~Q20), et haute qualité (>
Q30) et sont assignés à des scores précis de 12, 26 et 34 respectivement. De plus, un score nul de 2 est
assigné à tous les « no-call » (non défini). Ce modèle de rapport sur les scores de qualité réduit les besoins
d'espace de stockage et de bande passante sans nuire à la précision ni à la performance.
Figure 14 Simplification du score de la qualité avec RTA3
Document n°200025276 v01
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
POUR EXPORTATION UNIQUEMENT
28 sur 74
Publicité
