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Notice relative à l'instrument NovaSeq 6000Dx
Tableau 8
Définition des bases dans le séquençage à deux canaux
Base
Canal rouge
A
1 (allumé)
C
1 (allumé)
G
0 (éteint)
T
0 (éteint)
Amplifiats passant le filtre
Au cours de l'analyse, RTA3 filtre les données brutes pour supprimer les lectures non conformes au seuil de
qualité des données. Les amplifiats qui se chevauchent et ceux de mauvaise qualité sont supprimés.
Dans le cas d'une analyse sur deux canaux, RTA3 utilise un système basé sur une population pour déterminer la
pureté (mesure de la pureté de l'intensité) d'une définition des bases Les amplifiats franchissent le filtre (PF)
lorsqu'une définition des bases ou moins, au cours des 25 premiers cycles, a une pureté inférieure à un seuil
déterminé. L'alignement PhiX est réalisé au cycle 26 dans un sous-ensemble de plaques pour les amplifiats
ayant passé le filtre. Les amplifiats qui ne passent pas le filtre ne servent pas à la définition des bases et ne sont
pas alignés.
Scores de qualité
Un score de qualité, ou Q-score, est une prévision de la probabilité d'une définition des bases erronée. Un score
de qualité plus élevé suppose qu'une définition des bases est de plus haute qualité et plus susceptible d'être
correcte. Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers CBCL.
Le score de qualité communique de manière concise les probabilités de petites erreurs. Les scores de qualités
sont représentés sous la forme Q(X), où X est le score. Le tableau suivant montre la relation entre le score de
qualité et la probabilité d'une erreur.
Score de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Document n°200025276 v01
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
POUR EXPORTATION UNIQUEMENT
Canal vert
Résultats
1 (allumé)
Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge
que dans le canal vert.
0 (éteint)
Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal
rouge.
0 (éteint)
Amplifiats ne montrant d'intensité dans aucun emplacement
d'amplifiat connu.
1 (allumé)
Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal
vert.
Probabilité d'une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
27 sur 74
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