Manuels Connexes pour illumina NovaSeq 6000Dx
Sommaire des Matières pour illumina NovaSeq 6000Dx
- Page 1 Instrument NovaSeq 6000Dx Documentation relative au produit PROPRIÉTÉ D’ILLUMINA Document n° 200010105 v02 Août 2022 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 2 écrite d’Illumina. Par le biais de ce document, Illumina ne fournit aucune licence sur ses droits de brevets, de marques, de copyrights ou tout autre droit de fait, ni n’en fournit sur de tels droits de tierces parties.
- Page 3 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Historique des modifications Document Date Description de la modification Document Août 2022 Ajout d’une déclaration d’information sur la sécurité à la n° 200010105 présentation du système. Mise à jour de la sécurité et de la conformité : • Ajout d’une mise en garde relative aux laser en français et de déclarations de conformité...
- Page 4 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Document Date Description de la modification Document Avril 2022 Ajout de Tris-HCl, pH 8,5 aux consommables fournis par n° 200010105 l’utilisateur. Spécification de la température pour le bain d’eau à température ambiante. Correction de la taille de sortie pour les Flow Cells S2.
- Page 5 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Table des matières Historique des modifications Présentation du système Présentation du séquençage Composants de l’instrument Logiciels de l’instrument Sécurité et conformité Considérations de sécurité et marquages Conformité des produits et déclarations réglementaires Préparation du centre Spécifications du laboratoire Considérations environnementales...
- Page 6 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Index Assistance technique Document n° 200010105 v02 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 7 • Illumina Run Manager : planifiez des analyses, gérez les utilisateurs et configurez des applications d’analyse à la fois sur le NovaSeq 6000Dx et hors de l’instrument via un navigateur Web à l’aide de Illumina Run Manager. Considérations relatives au mode double Les tests de séquençage de diagnostic in vitro (IVD) sont exécutés en mode IVD.
- Page 8 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Considérations relatives à la sécurité Sécurité et conformité à la page 8 Consultez la section avant d’effectuer toute procédure sur le système. Document n° 200010105 v02 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 9 Diverses options d’analyse secondaire sont disponibles pour les types d’analyse RUO et IVD. Si une analyse de séquençage est créée à l’aide d’une application Illumina Run Manager qui utilise le Serveur Illumina DRAGEN pour NovaSeq 6000Dx pour effectuer une analyse secondaire, les données de séquençage sont envoyées au serveur pour analyse à...
- Page 10 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Composants de l’instrument Le Instrument NovaSeq 6000Dx comprend un écran tactile, une barre d’état, un bouton d’alimentation avec port USB et trois compartiments adjacents. Composants externes Figure 1 Composants externes A. Écran tactile : affiche l’interface de l’instrument pour la configuration du système et des analyses ainsi que la surveillance.
- Page 11 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Une cible d’alignement optique, fixée sur la platine de Flow Cell, détecte et corrige les problèmes de lecteur optique. À la demande du Logiciel d’exploitation NovaSeq (NVOS), la cible d’alignement optique réaligne le système et fait la mise au point de la caméra pour améliorer les résultats de séquençage.
- Page 12 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 3 Composants du compartiment des liquides A. Petit flacon de réactifs usagés : contient les réactifs usagés provenant de la cartouche d’amplification, avec un porte-bouchon pour faciliter le stockage du bouchon. B. Grand flacon de réactifs usagés : contient les réactifs usagés provenant de la cartouche SBS et de la cartouche de tampon, avec un porte-bouchon pour faciliter le stockage du bouchon.
- Page 13 Illumina Run Manager : planifiez des analyses, affichez les analyses planifiées et examinez les résultats des analyses sur le NovaSeq 6000Dx ou à distance à l’aide d’un navigateur Web. Illumina Run Manager contrôle également les autorisations des utilisateurs et des applications.
- Page 14 Sécurité et conformité Cette section fournit des informations de sécurité importantes concernant l’installation, l’entretien et le fonctionnement du Instrument NovaSeq 6000Dx, ainsi que la conformité du produit et les déclarations réglementaires. Lisez ces informations avant d’effectuer toute procédure sur le système.
- Page 15 Mise en garde de sécurité : laser Le Instrument NovaSeq 6000Dx est un produit laser de classe 1 qui contient deux lasers de classe 4, un laser de classe 3B et un laser de classe 3R.
- Page 16 CONTRÔLÉ avec des sources électromagnétiques fixes et tout dysfonctionnement du NovaSeq 6000Dx ne causera pas directement de préjudice, de blessure grave ou de décès à un patient lorsque le NovaSeq 6000Dx est utilisé comme prévu. Les sources électromagnétiques pouvant être utilisées à côté du NovaSeq 6000Dx incluent les éléments suivants : •...
- Page 17 Pour plus d’informations sur la conformité RFID, reportez-vous au Guide de conformité du lecteur RFID (document n° 1000000002699) Déclaration de conformité simplifiée Illumina, Inc. déclare par les présentes que le Instrument NovaSeq 6000Dx est conforme aux directives suivantes : Directive relative à la compatibilité électromagnétique (CEM) [2014/30/EU] •...
- Page 18 Documentation produit NovaSeq 6000Dx ATTENTION Les changements ou modifications apportés à cet appareil non expressément approuvés par la partie responsable de la conformité pourraient annuler l’autorité de l’utilisateur à utiliser l’équipement. REMARQUE Cet équipement a été testé et déclaré conforme aux limites applicables aux appareils numériques de classe A, selon la section 15 des règlements de la...
- Page 19 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Conformité pour la Corée 해 당 무 선 설 비 는 운 용 중 전 파 혼 신 가 능 성 이 있 음. A급 기 기 (업 무 용 방 송 통 신 기 자 재 ) 이...
- Page 20 Dimensions et contenu des caisses Le NovaSeq 6000Dx et les composants sont livrés dans une caisse de bois (caisse nº 1) et une caisse en carton (caisse nº 2). Consultez les dimensions ci-dessous pour déterminer la largeur minimum de la porte pour accueillir les caisses d’expédition.
- Page 21 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Mesure Caisse n° 1 Caisse n° 2 Hauteur 155 cm (61 po) 84 cm (33 po) Largeur 104 cm (41 po) 122 cm (48 po) Profondeur 155 cm (61 po) 102 cm (40 po) Poids avec emballage 628 kg (1 385 lb) 176 kg (388 lb) Pour la caisse nº 1, les points d’accès du chariot élévateur sont du côté profond de la caisse. Prenez cela en compte pour le dégagement de la porte et de l’ascenseur pendant le transport de l’instrument...
- Page 22 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Positionnement de l’instrument Figure 6 Dimensions de l’instrument Tableau 1 Dimensions de l’instrument Mesure Dimensions de l’instrument* Hauteur 165,6 cm (65,2 po) Largeur 80,0 cm (31,5 po) Profondeur 94,5 cm (37,2 po) Poids 481 kg (1 059 lb) * Ces dimensions ne comprennent pas le système ASI ; de l’espace supplémentaire doit être prévu.
- Page 23 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Tableau 2 Dégagement autour de l’instrument Accès Dégagement minimal Avant Laissez un espace d’au moins 152,4 cm (60 po) devant l’instrument pour l’ouverture du compartiment des liquides et pour faciliter les déplacements du personnel de laboratoire. Côtés Laissez un espace d’au moins 76,2 cm (30 po) sur chaque côté de l’instrument pour faciliter l’accès et circuler autour de l’instrument.
- Page 24 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 7 Schéma d’installation multisystème Considérations environnementales Tableau 3 Considérations environnementales de l’instrument Élément Spécification Qualité de l’air N’utilisez pas l’instrument dans un environnement inférieur au classement pollution II. Un environnement de classement pollution II ne contient en général que des polluants non conducteurs.
- Page 25 1 mètre (3,3 pieds) Manutention en vrac des réactifs usagés Le NovaSeq 6000Dx est conçu pour évacuer les réactifs tampons usagés dans un contenant à vidange fourni par l’utilisateur afin d’être traités ou manipulés séparément. Les tubes externes pour l’évacuation des réactifs usagés fournis dans la trousse d’accessoires ont une longueur de 5 mètres et se branchent à...
- Page 26 Dépliez les conduits ou retirez tout autre obstacle pouvant faire obstruction à l’écoulement de l’air. • Des conduits rigides peuvent être utilisés. L’utilisation de conduits rigides peut nécessiter le déplacement de l’instrument par le personnel d’Illumina pour la maintenance. • Utilisez les conduits les plus courts possible.
- Page 27 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Installation du laboratoire pour les procédures PCR Certaines méthodes de préparation des librairies exigent une procédure PCR (amplification en chaîne parpolymérase). Afin d’éviter une contamination du produit PCR, établissez des zones et des procédures de laboratoire exclusives avant de commencer à travailler dans le laboratoire. Les produits PCR peuvent contaminer les réactifs, les instruments et les échantillons, ce qui peut entraîner des...
- Page 28 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Cordons d’alimentation L’instrument est livré avec une prise standard internationale IEC 60320 C20 et est livré avec un cordon d’alimentation spécifique à la région. Pour obtenir des prises ou des cordons d’alimentation équivalents conformes aux normes locales, consultez un fournisseur tiers tel qu’Interpower Corporation (www.interpower.com).
- Page 29 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Alimentation Région Cordon d’alimentation livré Prise électrique Union Schuko CEE 7 (EU1-16p) vers 220-240 VCA, 16 A Schuko CEE 7/3 Européenne¹ C19, 16 A Serbie Ukraine Inde IS1293 vers C19, 16 A 230 VCA, 16 A BS546A, Type M Israël IEC 60320 C19, 16 A 230 VCA, 16 A...
- Page 30 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Alimentation Région Cordon d’alimentation livré Prise électrique Pérou NEMA L6-20P vers C19, 20 A 220 VCA, 16 A NEMA L6-20R Philippines Arabie Saoudite IEC60309 316P6 vers C19, 16 A 220 VCA, 16 A IEC60309 316C6 Singapour IEC60309 316P6 vers C19, 16 A 230-250 VCA, 16 A IEC60309 316C6 Corée du Sud...
- Page 31 * L’ASI nécessite jusqu’à 330 W pour charger la batterie et exécuter d’autres fonctions internes. Une puissance de sortie de 2 700 W est disponible pendant ce temps. Alimentations sans interruption propres à certains pays Illumina fournit les ASI qui sont propres à certains pays. Pays N° de modèle de l’ASI...
- Page 32 Cette section répertorie tout ce qui est nécessaire pour une analyse de séquençage sur le NovaSeq 6000Dx. Cela inclut les consommables fournis par Illumina et les consommables et équipements auxiliaires que vous devez acheter auprès d’autres fournisseurs. Ces éléments sont nécessaires pour compléter le protocole et effectuer les procédures de maintenance et de dépannage.
- Page 33 Numéro de Nom de la trousse Contenu référence Illumina Tube de bibliothèque NovaSeq 6000Dx, paquet de 24 tubes de librairies 20062291 Lorsque vous recevez votre trousse, stockez rapidement ses composants à la température indiquée afin de garantir leurs performances. Tableau 9 Stockage de la trousse NovaSeq 6000Dx Température de...
- Page 34 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Flow Cell La Flow Cell NovaSeq 6000Dx est une Flow Cell structurée enchâssée dans une cartouche. La Flow Cell est un substrat de verre contenant des milliards de nanopuits arrangés de façon ordonnée. Les amplifiats sont générés dans les nanopuits, dans lesquels le séquençage est effectué.
- Page 35 La trousse de réactifs NovaSeq 6000Dx comprend une cartouche d’amplification et une cartouche SBS. La cartouche de tampon est vendue séparément.
- Page 36 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Consommable Description Cartouche Cartouche préremplie avec des réactifs de génération d’amplifiats, des d’amplification réactifs d’indexage, des réactifs apparies et une solution de lavage. Comprend une position désignée pour le tube de librairies. Son étiquette orange la distingue de la cartouche SBS.
- Page 37 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 11 Réservoirs numérotés Tableau 12 Réservoirs pour cartouches d’amplification Position Réservé pour 5, 6 et 7 Primers personnalisés facultatifs Tube de librairies Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Tableau 13 Consommable Consommable Fournisseur Utilisation Flacon pour...
- Page 38 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Consommable Fournisseur Utilisation Serviette de VWR, nº de Séchage de la platine de Flow Cell et usage laboratoire, non- référence 21905-026, général. pelucheuse ou équivalent NaOCl de qualité Sigma-Aldrich, nº de Effectuer un lavage de maintenance. « réactif », 5 % référence 239305...
- Page 39 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Directives relatives à l’eau destinée à un usage en laboratoire Toujours utiliser de l’eau destinée à un usage en laboratoire ou de l’eau désionisée pour effectuer les procédures relatives à l’instrument. Ne jamais utiliser l’eau du robinet. Utiliser uniquement les catégories d’eau suivantes ou leurs équivalents :...
- Page 40 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Configuration du système Cette section fournit des instructions pour configurer l’instrument, y compris les descriptions des menus de l’instrument et les paramètres qu’ils contiennent. Démarrer l’instrument La première fois que le système est allumé, NVOS est lancé avec une série d’écrans pour vous guider dans la configuration initiale.
- Page 41 L’interface de l’instrument est accessible à la fois sur l’instrument et à distance à l’aide d’un navigateur compatible. Pour accéder à l’instrument à distance, utilisez l’adresse et les informations de compte utilisateur fournies par votre représentant Illumina. Les navigateurs compatibles sont Chrome/Chromium, Edge, Firefox et Safari.
- Page 42 • État de l’analyse : basé sur le traitement des fichiers CBCL. • Serveur DRAGEN : basé sur le transfert du fichier sur le Serveur Illumina DRAGEN pour NovaSeq 6000Dx. • Réseau : basé sur le transfert des fichiers à l’aide de Universal Copy Service.
- Page 43 Modifiez votre mot de passe sur l’écran User Management (Gestion des utilisateurs) ou en sélectionnant votre icône d’utilisateur en haut à droite de l’interface. Illumina ne stocke ni ne conserve les identifiants de connexion des clients. La sécurité du mot de passe Document n° 200010105 v02...
- Page 44 Documentation produit NovaSeq 6000Dx relève de la responsabilité de l’utilisateur. Rôles de l’utilisateur Par défaut, les nouveaux comptes d’utilisateurs se voient attribuer le rôle d’utilisateur. Les rôles d’administrateur et d’opérateur fournissent des autorisations supplémentaires. Tableau 16 Autorisations de l’utilisateur Autorisations Administrateur Opérateur...
- Page 45 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Paramètre globaux Les paramètres globaux incluent les options suivantes : Instrument mode (Mode de l’instrument) : Contrôlez si les utilisateurs peuvent basculer entre les • modes IVD et RUO. Proactive Support (Assistance proactive) : basculez la surveillance à partir de l’assistance •...
- Page 46 Le tableau suivant présente un exemple de construction d’une infrastructure qui prend en charge les données générées au moyen du Instrument NovaSeq 6000Dx. Il montre les options de stockage des données pour les analyses de séquençage du génome entier effectuées avec BaseSpace Sequence Document n° 200010105 v02...
- Page 47 1 Go. Une connexion de 10 Go pour le Serveur DRAGEN et le stockage externe est recommandée pour des temps de transfert de données plus rapides. Illumina Run Manager permet la mise en file d’attente de plusieurs analyses sur le Serveur DRAGEN.
- Page 48 Si aucun certificat TLS ne peut être fourni, le système utilisera des certificats auto-générés. Appariement du Serveur DRAGEN Un représentant Illumina associe le Instrument NovaSeq 6000Dx au Serveur DRAGEN lors de la configuration initiale. Utilisez les instructions suivantes si le serveur est déconnecté de l’instrument. Un compte d’utilisateur administrateur est requis pour effectuer l’appariement.
- Page 49 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Écran Runs (Analyses) Analyses planifiées Les analyses planifiées sur le Serveur DRAGEN sont affichés dans l’onglet Planned (Planifiées) de l’écran Runs (Analyses). Pour modifier ou supprimer une analyse planifiée, sélectionnez l’analyse, puis sélectionnez Edit (Modifier) ou l’icône de la corbeille. Les analyses planifiées peuvent exister dans l’un des états suivants :...
- Page 50 Les sections suivantes incluent des informations sur la sécurité et la mise en réseau spécifiques au NovaSeq 6000Dx. Illumina ne propose ni installation ni assistance technique en ce qui concerne les connexions réseau.
- Page 51 Si possible, isolez le trafic de séquençage du reste du trafic sur le réseau. • Illumina recommande l’utilisation de câbles CAT-6 (catégories CAT-5e au minimum). Un câble • réseau blindé d’une longueur de 3 mètres (9,8 pieds) est fourni avec l’instrumentaux fins de la connexion réseau.
- Page 52 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Connexions de l’ordinateur de commande Pour que le système fonctionne correctement, réservez les plages d’adresse IP 169.254/16 et IPv6 fddc:65e5:66fa::*. Figure 13 Illustration du réseau REMARQUE Le moteur de calcul (CE) n’est pas visible sur le réseau hôte.
- Page 53 Connexions sortantes Les informations de connexion sortante incluent les informations de domaine et d’adresse IP pour la configuration de l’accès aux domaines BaseSpace Sequence Hub, Illumina Proactive, les mises à jour logicielles et les téléchargements de données d’analyse et de performances.
- Page 54 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Autorisez le téléchargement des mises à jour sans autorisation de l’utilisateur, mais empêchez leur • installation . – Installez les logiciel antivirus uniquement lorsque l’instrument ne fonctionne pas et lorsqu’il est sécuritaire de redémarrer l’ordinateur. –...
- Page 55 Créer une analyse de séquençage Utilisez les étapes suivantes pour créer une analyse à l’aide de Illumina Run Manager en mode IVD ou RUO. Vous pouvez également sélectionner Import Run (Importer une analyse) dans l’onglet Planned (Planifiée) de la page Runs (Analyses) et importer une feuille d’échantillons.
- Page 56 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Préparer les consommables Décongeler la cartouche SBS et la cartouche d’amplification ATTENTION Utiliser de l’eau chaude pour décongeler les réactifs peut réduire la qualité des données ou causer un échec de l’analyse. Si une analyse de séquençage est en cours, assurez-vous que les deux côtés de l’instrument seront disponibles une fois les réactifs décongelés.
- Page 57 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Séchez bien la base des cartouches avec des essuie-tout. Épongez entre les puits pour que toute l’eau soit enlevée. Vérifiez la présence d’eau sur les opercules en aluminium. S’il y de l’eau, épongez-la avec un tissu non pelucheux.
- Page 58 Documentation produit NovaSeq 6000Dx b. Retirez le bouchon fileté du porte-bouchon situé sur le devant du flacon. c. Fermez hermétiquement le flacon à l’aide du bouchon pour prévenir les déversements. d. Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur, en le gardant séparé du contenu de l’autre flacon.
- Page 59 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Préparer la Flow Cell Sortez un nouvel emballage de Flow Cell du lieu de stockage à une température maintenue entre 2 et 8 °C. Placez la Flow Cell emballée et scellée de côté pendant 10-15 minutes pour que la Flow Cell atteigne une température ambiante (19 °C à...
- Page 60 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Sortez la Flow Cell de son emballage conformément aux instructions suivantes : a. Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc pour éviter de contaminer la surface en verre de la Flow Cell. b. Placez l’emballage en aluminium sur une surface plate, puis ouvrez-le en partant de l’extrémité...
- Page 61 Les opercules en aluminium des cartouches de tampon usagées sont percés. Placez une nouvelle cartouche de tampon dans le tiroir de tampon, de sorte que l’étiquette Illumina soit face au devant du tiroir. Alignez la cartouche avec les guides surélevés dans le fond du tiroir et sur les côtés.
- Page 62 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 20 Charger la cartouche de tampon Cochez la case confirmant que les deux flacons de réactifs usagés sont vides une fois que les deux flacons de réactifs ont été vidés. REMARQUE Le fait de ne pas vider les flacons de réactifs usagés peut entraîner un arrêt de l’analyse et un débordement qui endommage l’instrument et constitue un risque...
- Page 63 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Erreurs lors de la vérification avant analyse Dépannage à la page 77 Reportez-vous à la section pour plus d’informations sur les erreurs de vérification avant analyse. Si les vérifications avant analyse échouent en raison d’une erreur liée au capteur, comme une Flow Cell non détectée, quittez et redémarrez le flux de travail.
- Page 64 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Q30 : le pourcentage de définitions des bases pour l’analyse qui a un score de qualité ≥ 30. • Icônes d’état Dans l’interface du NVOS, l’icône d’état indique l’état de l’analyse. Les chiffres affichés sur l’icône indiquent le nombre de situations pour un état.
- Page 65 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Démarrage échelonné d’analyses Il est possible de configurer et démarrer une analyse sur le côté inactif de l’instrument pendant qu’une analyse est en cours de l’autre côté. C’est ce que l’on appelle un démarrage échelonné. Les analyses échelonnées sont configurées pour démarrer à...
- Page 66 Placez une main ou une surface solide sous le réservoir et poussez l’onglet de plastique transparent vers l’étiquette Illumina pour éjecter le réservoir de sous la cartouche d’amplification. REMARQUE Évitez d’empiler les cartouches d’amplifiat lors de leur entreposage Un empilement pourrait causer un décollement accidentel du réservoir.
- Page 67 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 21 Position nº 30 amovible A. Onglet en plastique blanc pour détacher B. Onglet en plastique transparent pour éjecter Mettez le réservoir au rebut conformément aux normes de sécurité en vigueur. Document n° 200010105 v02 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 68 Instrument Settings (Paramètres de l’instrument). Real-Time Analysis Le Instrument NovaSeq 6000Dx exécute RTA3, une version du logiciel Real-Time Analysis, à partir de son propre moteur de calcul (CE ou Compute Engine). RTA3 extrait les intensités des images reçues de la caméra, effectue les définitions des bases, associe un score de qualité à chaque définition des bases, effectue l’alignement à...
- Page 69 Documentation produit NovaSeq 6000Dx RTA3 donne des mesures en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockées dans des fichiers InterOp, qui sont des fichiers de sortie binaires contenant des mesures relatives aux plaques, aux cycles et au niveau de lecture.
- Page 70 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Le premier chiffre représente la ligne : • – 1 ou 2 pour une Flow Cell S2. – 1, 2, 3 ou 4 pour une Flow Cell S4. • Le deuxième chiffre représente la surface : 1 pour le haut et 2 pour le bas.
- Page 71 La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une plaque donnée d’un cycle spécifique. Le Instrument NovaSeq 6000Dx utilise un séquençage à deux canaux, qui ne nécessite que deux images pour encoder les données de quatre bases d’ADN, une provenant du canal rouge et une autre du canal vert.
- Page 72 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 23 Visualisation de l’intensité des amplifiats Tableau 19 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux Canal Base Canal vert Résultats rouge 1 (allumé) 1 (allumé) Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal vert.
- Page 73 La notation de la qualité s’appuie sur une version modifiée de l’algorithme Phred. Afin de générer le tableau de qualité pour le Instrument NovaSeq 6000Dx, trois groupes de définitions des bases ont été déterminés, selon la génération d’amplifiats de ces fonctions prédictives spécifiques.
- Page 74 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 24 Simplification du score de la qualité avec RTA3 Fichiers de sortie de séquençage Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers Fichiers de définition Chaque amplifiat analysé est compris dans un fichier de définition des bases ;...
- Page 75 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers Fichier de Indique le nom de l’analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture renseignements sur est une lecture d’index et le nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell.
- Page 76 Documentation produit NovaSeq 6000Dx CopyComplete.txt SequenceComplete.txt IlluminaRunManagerCopyComplete.txt Manifest.tsv Document n° 200010105 v02 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 77 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Maintenance et dépannage Ces sections décrivent les procédures de maintenance et de dépannage pour le NovaSeq 6000Dx. En cas de questions techniques, consultez la page Instrument NovaSeq 6000Dx sur le site d’assistance Illumina. La page d’assistance donne accès à la documentation, aux téléchargements et aux foires aux questions.
- Page 78 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 25 Cartouche de lavage de la position SBS (à gauche) et cartouche de lavage de la position d’amplification V2 (à droite) Préparer la solution de lavage Ajoutez 400 ml d’eau de laboratoire à un flacon de centrifugeuse de 500 ml.
- Page 79 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Combinez les volumes suivants dans un tube pour centrifugeuse de 50 ml pour préparer 40 ml de NaOCl de qualité « réactif » à 0,12 % : • NaOCl de qualité « réactif », 5 % (1 ml) • Eau désionisée (39 ml) ATTENTION Utilisez du NaOCl de qualité « réactif » uniquement. Évitez l’utilisation de produits de blanchiment, car ils peuvent contenir des composés d’ammoniaque, ce qui peut entraîner des...
- Page 80 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Depuis le menu principal, sélectionnez Sequencing (Séquençage), Wash (Laver), puis le côté à laver : • A+B : laver les deux côtés simultanément. • A : laver le côté A uniquement. • B : laver le côté B uniquement. Le démarrage échelonné des lavages de maintenance n’est pas pris en charge. Le logiciel lance une série d’écrans de lavage.
- Page 81 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Vider les flacons de réactifs usagés Suivez les instructions ci-dessous pour vider les flacons de réactifs usagés à chaque analyse de séquençage. Si votre système est configuré pour évacuer les réactifs usagés vers l’extérieur, le petit flacon reçoit des réactifs usagés et doit être vidé...
- Page 82 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Figure 28 Remise en place du flacon vide Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc. Fermez le tiroir de tampon, puis fermez les portes du compartiment des liquides. ATTENTION Le fait de ne pas vider les flacons de réactifs usagés peut entraîner un arrêt de l’analyse et un débordement qui endommage l’instrument et constitue un risque pour la sécurité.
- Page 83 Pour les problèmes de qualité de l’analyse ou de performances, contactez le support technique Illumina. Arrêt d’une analyse L’arrêt d’une analyse sur le système NovaSeq 6000Dx est une action définitive . Le logiciel ne peut pas reprendre l’analyse ni enregistrer les données de séquençage, et les consommables ne peuvent pas être réutilisés.
- Page 84 Videz les flacons de réactifs usagés à chaque analyse . Les analyses s’arrêtent lorsque l’un des flacons de réactifs usagés est plein. Un trop-plein d’un des gros flacons de réactifs usagés endommage l’instrument, nécessite la visite d’un représentant Illumina et présente un risque pour la sécurité.
- Page 85 Flow Cell. Redémarrer, arrêter ou mettre sous tension Le NovaSeq 6000Dx ne peut être redémarré, arrêté ou mis sous/hors tension que lorsque l’instrument est inactif. Si le séquençage ou l’analyse est en cours, un avertissement s’affiche et il est impossible de continuer.
- Page 86 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Remise en file d’attente d’une analyse sans modification Si aucune modification n’est apportée aux paramètres d’analyse, une nouvelle analyse est créée à partir de l’analyse d’origine et une nouvelle analyse est lancée. Dans la page des résultats de l’analyse, sélectionnez Requeue Analysis (Remise en fil d’attente de l’analyse).
- Page 87 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Configuration ultérieure d’une nouvelle analyse : configurez la nouvelle analyse dans les trois • semaines suivant l’échec de l’analyse. Les cartouches de réactifs et le tube de librairies sont déchargés de l’instrument et stockés. Étiquetez les consommables réservés avec la date d’utilisation et stockez-les dans suivant les conditions d’origine.
- Page 88 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Fichier Dossier Description Fichiers journaux Journaux Les fichiers journaux décrivent chaque étape effectuée par l’instrument au cours de chaque cycle, y compris lequel des réactifs est utilisé, et répertorient les versions de logiciels et de progiciels utilisées lors de l’analyse. Le fichier nommé...
- Page 89 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Index cartouches de réactifs déchargement 54 étiquetage 27, 29 préparation 50 %PF 66 stockage 80 CE 62 cible d’alignement optique 4, 53 activités post-analyse 60 compartiment des liquides 29 aide 77 compartiment du tampon 55 aide, technique 87...
- Page 90 Documentation produit NovaSeq 6000Dx échec d’alignement 78 hypochlorite de sodium 60, 72 échecs d’enregistrement 64 écran de séquençage 57 élimination des réactifs usagés 6 imagerie 28, 62-63 emplacements d’amplifiats 62 images 62 emplacements des amplifiats 68 intensités d’amplifiats 65 enregistrement des cartouches de réactifs 80...
- Page 91 Documentation produit NovaSeq 6000Dx redémarrage après arrêt 79 réfrigérant 5 réfrigérant pour réactifs 5 nanopuits 65 rendement 57 NaOCl 60, 72 reprise des analyses 77 nom du dossier de sortie 69 RFID 78 nucléotides 65 RunInfo.xml 68 numéros de cycle 58 numérotation des plaques 63...
- Page 92 Documentation produit NovaSeq 6000Dx vérifications automatisées 78 vérifications préalables 78 Document n° 200010105 v02 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 93 Documentation produit NovaSeq 6000Dx Assistance technique Pour une assistance technique, contactez le support technique Illumina. Site Web : www.illumina.com E-mail : techsupport@illumina.com Numéros de téléphone du support technique Illumina Région Gratuit International Australie +61 1800 775 688 Autriche +43 800 006249 +43 1 9286540 Belgique...
- Page 94 +1 800 809 4566 +1 858 202 4566 Vietnam +84 1206 5263 Fiches de données de sécurité (FDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits : disponible en téléchargement sur support.illumina.com. Document n° 200010105 v02 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 95 San Diego, Californie 92122 États-Unis Illumina Australia Pty Ltd +(1) 800 809 ILMN (4566) Nursing Association Building +(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Level 3, 535 Elizabeth Street Nord) Melbourne, VIC 3000 Illumina Netherlands B.V. techsupport@illumina.com Australie Steenoven 19 www.illumina.com 5626 DK Eindhoven Pays-Bas DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT © 2022 Illumina, Inc. Tous droits réservés.