Manuels Connexes pour illumina MiSeqDx avec MOS v4
Sommaire des Matières pour illumina MiSeqDx avec MOS v4
- Page 1 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 EXCLUSIF À ILLUMINA Document nº 200010452 v00 FRA Novembre 2021 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 2 à aucune autre fin ni communiqués, divulgués ou reproduits d’aucune façon sans le consentement écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de ses droits d’auteur ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers quelconque par ce document.
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Page 3: Historique Des Révisions
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Historique des révisions Document nº Date Description des modifications Document nº Novembre 2021 Publication initiale pour la prise en charge de MOS v4.0 et de Local Run Manager 1000000157953 v00 v3.0. Document nº 200010452 v00 FRA DESTINÉ... -
Page 4: Table Des Matières
Mise en marche de l’instrument MiSeqDx Paramétrage de l’option de lavage après analyse Paramétrage de l’option de démarrage automatique de l’analyse Activer l’assistance Illumina Proactive Configuration des préférences de courriel Paramétrage de l’emplacement du dossier de sortie par défaut Consommables requis Stockage et manipulation Séquençage... - Page 5 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Maintenance préventive Réaliser un lavage de maintenance Réalisation d’un lavage de mise en veille Arrêt de l’instrument Dépannage Introduction Regrouper des journaux pour le dépannage Vérification du système Interrompre ou arrêter une analyse Relever manuellement les dispositifs d’aspiration de la cartouche de réactifs Résolution des erreurs de configuration de lʼanalyse Résolution des échecs de lecture RFID...
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Page 6: Vue D'ensemble
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Vue d’ensemble Composants Le système MiSeqDx comprend les composants extérieurs suivants : A. Compartiment de la Flow Cell : contient la platine où est placée la Flow Cell pendant l’analyse. Les moteurs de la platine de Flow Cell extraient la platine du module optique joint pour le chargement de la Flow Cell et la réinsèrent dans le module lorsque l’analyse commence. -
Page 7: Compartiment De Flow Cell
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Compartiment de Flow Cell A. Platine de Flow Cell B. Porte du compartiment de Flow Cell C. Verrou de Flow Cell D. Flow Cell E. Bouton de libération du verrou de Flow Cell Ce compartiment contient la platine de Flow Cell, la station thermique et les connexions fluidiques vers la Flow Cell. -
Page 8: Compartiment Des Réactifs
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Les réactifs pénètrent dans la Flow Cell par le port d’entrée, traversent la zone d’imagerie de la ligne unique, puis sont évacués par le port de sortie. Les déchets qui sortent de la Flow Cell sont transférés dans le flacon à... - Page 9 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 MiSeq Operating Software (MOS) : commande le fonctionnement de l’instrument. L’interface de • MiSeq Operating Software (MOS) vous guide tout au long des étapes de chargement de la Flow Cell et des réactifs avant le lancement de l’analyse. Un aperçu des statistiques de qualité s’affiche pendant la progression de l’analyse.
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Page 10: Indicateurs De Capteurs
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Indicateurs de capteurs Trois indicateurs de capteurs au bas de chaque écran de l’interface montrent l’état d’un composant de l’instrument. Figure 1 Indicateurs de capteurs De gauche à droite, les indicateurs de capteurs représentent les composants suivants : •... -
Page 11: Stratégies De Restriction Logicielle
(GPO) modifient automatiquement les règles et que les SRP soient désactivées. Pour obtenir des renseignements sur la configuration des stratégies de restriction logicielle, consultez le document Illumina Instrument Control Computer Security and Networking (Mise en réseau et sécurité des ordinateurs de commande de l’instrument d’Illumina). -
Page 12: Redémarrage Du Logiciel Système
Après son démarrage, le processus de restauration ne peut pas être annulé. Ne sélectionnez cette option que si le personnel d’assistance sur le terrain d’Illumina vous l’a recommandé. -
Page 13: Pour Commencer
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Pour commencer Mise en marche de l’instrument MiSeqDx Mettez l’interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument en position | (Marche). REMARQUE Laissez l’instrument allumé en permanence pour garantir des performances optimales. Toutefois, si vous devez éteindre l’instrument, consultez la section Arrêt de l’instrument, page 36. -
Page 14: Paramétrage De L'option De Lavage Après Analyse
Lorsque ce paramètre est activé, les données relatives à la performance de l’instrument sont transmises à Illumina. Ces données facilitent le dépannage par Illumina et lui permettent de détecter les pannes potentielles, d’exécuter une maintenance proactive et d’optimiser le temps d’utilisation de l’instrument. -
Page 15: Configuration Des Préférences De Courriel
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Est désactivé par défaut. Pour choisir ce service, activez l’option Turn on Illumina Proactive • Support (Activer l’assistance Illumina Proactive). Dans la liste déroulante, sélectionnez la région d’hébergement à laquelle devrait se connecter l’instrument. -
Page 16: Consommables Requis
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Sélectionnez l’onglet Run Settings (Paramètres de l’analyse). Dans le champ Output Folder (Dossier de sortie), saisissez le chemin d’accès vers l’emplacement du dossier. Assurez-vous de saisir le chemin UNC complet, p. ex. \\VotreServeur\Chemin\DossierDeSortie. AVERTISSEMENT Si vous utilisez un lecteur mappé, p. ex. -
Page 17: Stockage Et Manipulation
Utilisez toujours de l’eau de laboratoire ou de l’eau désionisée pour réaliser des procédures sur l’instrument. N’utilisez jamais d’eau courante. Utilisez exclusivement les eaux qui suivent ou des eaux de qualité équivalente : Eau désionisée • PW1 d’Illumina • Eau 18 mégohms (MΩ) • Eau Milli-Q •... -
Page 18: Séquençage
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Séquençage Introduction Pour exécuter une analyse sur le système MiSeqDx, suivez les étapes de configuration décrites dans ce chapitre. Après le lancement de l’analyse, aucune intervention supplémentaire de l’utilisateur n’est requise. Une fois l’analyse de séquençage terminée, effectuez un lavage de l’instrument. Durée de lʼanalyse La durée de l’analyse dépend du nombre de cycles réalisés. -
Page 19: Analyse
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Analyse Une fois l’analyse terminée, le logiciel d’analyse Local Run Manager démarre automatiquement pour effectuer l’analyse secondaire. Vous pouvez surveiller l’analyse secondaire par le biais d’une connexion Internet depuis un autre ordinateur, à condition que l’ordinateur soit connecté au même réseau que le MiSeqDx. Consultez le document Local Run Manager v3 Software Reference Guide for MiSeqDx (Guide de référence du logiciel Local Run Manager v3 pour MiSeqDx) (document nº 200003931). -
Page 20: Inspection De La Cartouche De Réactifs
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Inspection de la cartouche de réactifs Retournez la cartouche de réactifs dix fois pour mélanger les réactifs décongelés, puis vérifiez que toutes les positions sont décongelées. Vérifiez les réactifs des positions 1, 2 et 4 pour vous assurer qu’ils sont complètement mélangés et qu’ils ne contiennent pas de précipités. -
Page 21: Se Connecter Et Suivre Les Invites Relatives Au Séquençage
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Figure 4 Chargement des librairies Passez directement à la configuration de l’analyse depuis l’interface de MiSeq Operating Software (MOS). Se connecter et suivre les invites relatives au séquençage À l’écran Home (Accueil), sélectionnez Sequence (Séquencer). Si l’écran de connexion s’ouvre, saisissez les identifiants d’utilisateur appropriés, puis sélectionnez Next (Suivant). - Page 22 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Figure 5 Retrait de la Flow Cell Rincez légèrement la Flow Cell avec de l’eau de laboratoire en veillant à soigneusement rincer les parties en verre et en plastique de la cartouche pour retirer l’excès de sels. Un excès de sels peut affecter la fixation de la Flow Cell sur lʼinstrument.
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Page 23: Charger La Flow Cell
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 REMARQUE Ne nettoyez pas le joint de port de la Flow Cell avec une lingette alcoolisée. Figure 8 Séchage de la Flow Cell Séchez l’excès dʼalcool avec un chiffon non pelucheux pour nettoyage de lentilles. Assurez-vous que les ports de la Flow Cell ne sont pas obstrués et que le joint qui les entoure est correctement fixé. - Page 24 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Figure 10 Installation de la Flow Cell sur la platine Appuyez doucement sur le verrou pour le refermer sur la Flow Cell. Lorsque le verrou de Flow Cell s’enclenche, les broches d’alignement positionnent la Flow Cell. Un clic sonore indique que le verrou de la Flow Cell est verrouillé. Figure 11 Verrouillage de la Flow Cell Si le logiciel n’identifie pas l’étiquette RFID de la Flow Cell, consultez la section Résolution des...
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Page 25: Chargement Des Réactifs
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Chargement des réactifs Charger le flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx et vérifier le flacon à déchets Retirez le flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx de son lieu de stockage réfrigéré, maintenu entre 2 °C et 8 °C. Renversez pour mélanger, puis retirez le couvercle. Ouvrez la porte du compartiment des réactifs. -
Page 26: Charger La Cartouche De Réactifs
Ne laissez pas la porte du réfrigérant pour réactifs ouverte pendant une période prolongée. Tenez la cartouche de réactifs par l’extrémité comportant l’étiquette Illumina et faites-la glisser dans le réfrigérant pour réactifs jusqu’à ce qu’elle s’arrête. Figure 14 Charger la cartouche de réactifs Fermez la porte du réfrigérant pour réactifs. -
Page 27: Remarque Importante Avant Le Lancement De L'analyse
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 REMARQUE Si la lecture RFID échoue, les renseignements d’identification peuvent être entrés manuellement. Cependant, le logiciel n’autorise la défaillance que d’un seul des trois composants munis d’une étiquette RFID (Flow Cell, cartouche de réactifs et solution SBS (PR2) MiSeqDx) par analyse de diagnostic in vitro. - Page 28 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Local Run Manager affiche la progression de l’analyse et l’information de séquençage (Total d’amplifiats, % d’amplifiats passant le filtre, lecture 1 et lecture 2 %>= Q30 et dernier cycle évalué). Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Logiciel Local Run Manager, page 5.
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Page 29: Génération Du Modèle
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 REMARQUE La pureté d’une définition de bases correspond au rapport de l’intensité du signal le plus élevé divisée par la somme des deux signaux les plus élevés. Les lectures ne passent pas le filtre de qualité si la valeur de pureté de plus d’une définition de bases est inférieure à 0,6 dans les 25 premiers cycles. -
Page 30: Réalisation D'un Lavage Après Analyse
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Réalisation d’un lavage après analyse Le lavage après analyse est le lavage standard de l’instrument réalisé entre les analyses de séquençage. Procédez toujours au lavage de lʼinstrument après une analyse de séquençage. Suivez les indications du logiciel pour charger les composants de lavage et réaliser le lavage. - Page 31 Pour plus de renseignements relatifs à la protection de l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la fiche signalétique (SDS) à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration en veillant à ce que les dispositifs d’aspiration descendent dans le flacon de lavage et le flacon à...
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Page 32: Procédure Incluant Le Lavage De La Ligne Des Modèles
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Une fois le lavage terminé, laissez la Flow Cell usagée, le plateau de lavage et le flacon de lavage qui contient le reste de la solution de lavage sur l’instrument. REMARQUE Les dispositifs d’aspiration restent en position basse, ce qui est normal. Laissez la solution de lavage inutilisée sur le plateau de lavage et dans le flacon de lavage afin d’empêcher les dispositifs d’aspiration de se dessécher et l’air de pénétrer dans le système. - Page 33 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Insérez le tube MiSeq qui contient la solution de lavage au NaOCl à 0,01 % dans la position 17 du plateau de lavage jusqu’à ce que le col du tube soit à la même hauteur que le plateau. Le tube déplace de la position 17 la solution de lavage à...
- Page 34 Pour plus de renseignements relatifs à la protection de l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la fiche signalétique (SDS) à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration en veillant à ce que les dispositifs d’aspiration descendent dans le flacon de lavage et le flacon à...
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Page 35: Maintenance
Arrêt de l’instrument Maintenance préventive Illumina recommande d’effectuer une maintenance préventive par année civile. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable. - Page 36 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 ATTENTION Fermez toujours la porte du réfrigérant pour réactifs après le chargement du plateau de lavage et avant de commencer un lavage. Cette étape prévient les blessures potentielles qui pourraient survenir si vos mains se trouvent dans la trajectoire des dispositifs d’aspiration lorsqu’ils s’abaissent.
- Page 37 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 REMARQUE Jetez le flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx après chaque analyse. Ne réutilisez pas le reste de la solution SBS (PR2) MiSeqDx. d. Retirez le flacon à déchets et jetez son contenu de manière appropriée. Remettez le flacon à déchets dans le compartiment des réactifs.
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Page 38: Après Le Lavage
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 b. Ajoutez 25 ml de Tween 20 à 10 % dans 475 ml d’eau de laboratoire. Ces volumes permettent d’obtenir une solution de lavage de Tween 20 à 0,5 %. c. Retournez les tubes plusieurs fois pour mélanger. À... - Page 39 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 REMARQUE Illumina recommande d’effectuer un nouveau lavage de mise en veille tous les 30 jours lorsque l’instrument reste inactif. Consommables fournis par l’utilisateur • Tween 20 (Sigma-Aldrich, nº de référence P7949) • Eau de laboratoire ou eau désionisée (pour les recommandations à propos de l’eau de laboratoire, consultez le Guide de préparation du site de MiSeqDx (document nº 15070066))
- Page 40 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 c. Relevez la poignée des dispositifs d’aspiration située en face du flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx et du flacon à déchets jusqu’à ce qu’elle se verrouille, puis remplacez le flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx par le flacon de lavage. REMARQUE Jetez le flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx après chaque analyse.
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Page 41: Arrêt De L'instrument
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 REMARQUE Les dispositifs d’aspiration restent en position basse, ce qui est normal. Laissez la solution de lavage inutilisée sur le plateau de lavage et dans le flacon de lavage afin d’empêcher les dispositifs d’aspiration de se dessécher et l’air de pénétrer dans le système. -
Page 42: Dépannage
Introduction Cette section décrit les étapes de dépannage à suivre avant de communiquer avec l’assistance technique d’Illumina. Pour la plupart des erreurs, un message apparaît à l’écran avec les instructions à suivre pour les corriger. En cas de questions techniques, consultez les pages d’assistance du système MiSeqDx sur le site Web d’Illumina. -
Page 43: Vérification Du Système
Certaines vérifications du système peuvent être effectuées avant de communiquer avec l’assistance technique d’Illumina, telles que le test de volume. Ce test permet de vérifier l’état du système fluidique en estimant le volume du flux lorsque des bulles passent au niveau des capteurs. Pour plus de renseignements, consultez la section Réalisation d’un test de volume,... -
Page 44: Arrêter Une Analyse
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Lorsque vous sélectionnez Pause (Interrompre), l’analyse est interrompue une fois la commande en cours achevée, puis la Flow Cell est placée en état de sécurité. ATTENTION Nʼinterrompez pas une analyse pendant la génération dʼamplifiats ou lors des cinq premiers cycles de séquençage. -
Page 45: Résolution Des Erreurs De Configuration De Lʼanalyse
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 d’aspiration de la cartouche de réactifs. À lʼécran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage). Sélectionnez Raise Sippers (Soulever les dispositifs d’aspiration). Retirez la cartouche de réactifs. Résolution des erreurs de configuration de lʼanalyse Si l’un des contrôles de la vérification avant analyse échoue, une icône rouge apparaît à... -
Page 46: Résolution Des Échecs De Lecture Rfid
Flow Cell. Si la lecture RFID échoue une seconde fois, sélectionnez Get Code (Obtenir un code). Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina pour obtenir un code de contournement RFID temporaire. Le code de contournement temporaire expire au bout de sept jours. -
Page 47: Prévention Des Redémarrages Lors D'une Analyse
Si la lecture RFID échoue une seconde fois, sélectionnez Get Code (Obtenir un code). Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina pour obtenir un code de contournement RFID temporaire. Le code de contournement temporaire expire au bout de sept jours. -
Page 48: Dépannage En Cas D'erreur De Débit
Si l’erreur persiste, configurez le volume à pomper sur 500 µl de solution SBS (PR2) MiSeqDx, puis répétez la procédure une fois de plus. Si le deuxième essai ne permet pas de résoudre le problème, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Réalisation d’un test de volume Une obstruction des lignes fluidiques peut expliquer une mauvaise distribution des réactifs ou de... -
Page 49: Résolution Des Erreurs Liées À La Température Du Réfrigérant Pour Réactifs
Si vous voyez un message d’erreur indiquant que la température du réfrigérant ne se trouve pas dans la plage requise, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Une température de réfrigérant qui n’est pas dans la bonne plage peut prévenir le début de l’analyse de séquençage. -
Page 50: Résolution Des Erreurs D'analyse De Local Run Manager
Résolution des erreurs d’analyse de Local Run Manager Pour obtenir des renseignements de dépannage associés aux erreurs d’analyse, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Le document Local Run Manager v3 Software Reference Guide for MiSeqDx (Guide de référence du logiciel Local Run Manager v3 pour MiSeqDx) (document nº 200003931) indique comment remettre une analyse en file d’attente. -
Page 51: Configuration Des Paramètres Ip Et Dns
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Configuration des paramètres IP et DNS Configurez l’adresse IP et les adresses de serveur DNS si cela est nécessaire en raison d’un changement de réseau ou d’installation. Vous devez posséder le niveau d’accès administrateur Windows pour configurer cette fonctionnalité. -
Page 52: Configurer Les Paramètres Du Réseau Et De Démarrage
Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 Configurer les paramètres du réseau et de démarrage Configurez les paramètres du réseau et de démarrage sur l’onglet Network Credentials (Données d’identification réseau) (vous devez posséder le niveau d’accès administrateur Windows pour utiliser cette fonctionnalité) et sur l’onglet Start-Up Options (Options de démarrage) (vous devez posséder le niveau d’accès administrateur Local Run Manager). -
Page 53: Dossiers De Sortie
Analysis (Analyse). • D:\Illumina\MiSeqAnalysis : à la fin de l’analyse primaire, Local Run Manager accède au dossier Analysis (Analyse) sur le disque local de lʼinstrument pour commencer lʼanalyse secondaire. Tous les fichiers écrits dans le dossier Analysis (Analyse) sont copiés dans le dossier Output (Sortie). -
Page 54: Index
40 fluidique consommables dépannage 43 eau de laboratoire 12 lavage 30, 33 fournis par Illumina 11 flux de travail fournis par l’utilisateur 11 durée de l’analyse 13 consommables fournis par l’utilisateur 11 cycles d’une lecture 13 cycles de séquençage 24 génération d’amplifiats 24... - Page 55 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 domaine 47 groupe de travail 47 nom de domaine 46 mise en veille de l’instrument 33 nom de la machine 47 mode kiosque 47 options de démarrage 47 mode recherche 7 paramètres du système 46 mode Windows 47 module optique 1 icônes...
- Page 56 Guide de référence de l’instrument MiSeqDx avec MOS v4 scores de qualité 23-24 service de surveillance Illumina Proactive 9 solution SBS, chargement 20 SRP 6 stratégies de restriction logicielle 6 surveillance de l’analyse 23 test de volume 43 verrou de Flow Cell 2 Document nº 200010452 v00 FRA...
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Page 57: Assistance Technique
Assistance technique Pour obtenir de l’assistance technique, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Site Web : www.illumina.com Courriel : techsupport@illumina.com Numéros de téléphone de l’assistance technique d’Illumina Région Sans frais International Allemagne + (49) 800 101 4940 + (49) 89 3803 5677 Australie + (61) 1800 775 688 Autriche + (43) 800 006249 + (43) 1 9286540 Belgique + (32) 800 77 160 + (32) 3 400 29 73 Canada + (1) 800 809 4566... - Page 58 Taïwan, Chine + (886) 8 06651752 Thaïlande + (66) 1800 011 304 Vietnam + (84) 1206 5263 Fiches signalétiques (SDS) – Disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits – Disponible en téléchargement sur le site support.illumina.com. Document nº 200010452 v00 FRA DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
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Page 59: Document Nº 200010452 V00 Fra
Illumina Australia Pty Ltd + (1) 800 809 ILMN (4566) Nursing Association Building + (1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Level 3, 535 Elizabeth Street Nord) Melbourne, VIC 3000 Illumina Netherlands B.V. techsupport@illumina.com Australie Steenoven 19 www.illumina.com 5626 DK Eindhoven Pays-Bas DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT © 2021 Illumina, Inc. Tous droits réservés.