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illumina NovaSeq 6000Dx Notice D'utilisation

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Instrument NovaSeq™ 6000Dx
Notice
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
POUR EXPORTATION UNIQUEMENT
Utilisation prévue
Le Instrument NovaSeq 6000Dx est conçu pour le séquençage de librairies d'ADN lorsqu'il est utilisé dans le
cadre de tests de diagnostic in vitro (IVD). Le Instrument NovaSeq 6000Dx est destiné à être utilisé avec des
réactifs et des logiciels d'analyse IVD spécifiques enregistrés, certifiés ou approuvés.
Principes de procédures
Le Instrument NovaSeq 6000Dx Illumina
tests de diagnostic in vitro . Au départ, le NovaSeq 6000Dx utilise des librairies préparées à partir de l'ADN où
les index d'échantillons et les séquences de capture sont ajoutés aux cibles amplifiées. Les librairies
d'échantillons sont emprisonnées sur une Flow Cell et séquencées avec l'instrument en utilisant la chimie de
séquençage par synthèse (SBS). La chimie SBS utilise une méthode basée sur des terminateurs réversibles
pour détecter les bases à simple nucléotide à marqueur fluorescent, à mesure qu'elles sont intégrées aux brins
d'ADN croissants. Le logiciel Real-Time Analysis (RTA) effectue des analyses d'images et des définitions de
bases et affecte un score de qualité à chaque base pour chaque cycle de séquençage. Une fois l'analyse
primaire terminée, une analyse secondaire peut être faite sur le Serveur Illumina DRAGEN pour NovaSeq
6000Dx pour le traitement des définitions de bases. Le NovaSeq 6000Dx utilise différentes applications pour
effectuer l'analyse secondaire en fonction du flux de travail. Dans le cas de l'application DRAGEN for Illumina
DNA Prep with Enrichment Dx, le traitement comprend le démultiplexage, la génération de fichiers FASTQ,
l'alignement, la définition des variants et la génération de fichiers de définition de variant (VCF et gVCF). Les
fichiers VCF et gVCF contiennent des renseignements sur les variants germinaux ou somatiques (en fonction
du flux de travail sélectionné) trouvés à des positions spécifiques dans un génome de référence.
Mode de fonctionnement double
Le NovaSeq 6000Dx comprend un disque dur de démarrage unique avec des modes de diagnostic in vitro (IVD)
et de recherche uniquement (RUO) séparés. Le mode est sélectionné à l'aide de la bascule sur le écran
Sequencing (Séquençage). Le mode sélectionné est clairement marqué dans l'interface sur tous les écrans. Les
tests de séquençage IVD, y compris l'application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx dans les
flux de travail germinaux et/ou somatiques, sont exécutés en mode IVD. Seuls les réactifs de séquençage IVD
peuvent être utilisés en mode IVD. Les caractéristiques de performance et les limites de la procédure pour le
NovaSeq 6000Dx ont été établies à l'aide de l'application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx en
mode IVD.
Document n°200025276 v01
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
POUR EXPORTATION UNIQUEMENT
®
est conçu pour le séquençage de librairies d'ADN dans le cadre de
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Sommaire des Matières pour illumina NovaSeq 6000Dx

  • Page 1 . Au départ, le NovaSeq 6000Dx utilise des librairies préparées à partir de l’ADN où les index d’échantillons et les séquences de capture sont ajoutés aux cibles amplifiées. Les librairies d’échantillons sont emprisonnées sur une Flow Cell et séquencées avec l’instrument en utilisant la chimie de...
  • Page 2 Limites relatives aux variants germinaux : • Le NovaSeq 6000Dx lorsqu’il est utilisé avec le flux de travail de génération d’analyse FASTQ et VCF pour les variants germinaux de l’application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx est conçu pour produire des résultats qualitatifs aux fins de la définition des variants germinaux (p. ex., homozygote, hétérozygote, type sauvage).
  • Page 3 Procédures de contrôle de la qualité Le logiciel NovaSeq 6000Dx évalue chaque séquençage, chaque échantillon et chaque définition de bases par rapport à des métriques de contrôle de la qualité. Les contrôles positifs et négatifs sont aussi recommandés dans la préparation des librairies et doivent faire l’objet d’une évaluation. Évaluez les contrôles comme suit : •...
  • Page 4 Conservez le système à une altitude inférieure à 2 000 mètres. Consommables et équipement Cette section répertorie tout ce qui est nécessaire pour une analyse de séquençage sur le NovaSeq 6000Dx. Cela inclut les consommables fournis par Illumina et les consommables et équipements auxiliaires que vous devez acheter auprès d’autres fournisseurs.
  • Page 5 Tube de librairies • • Cartouche SBS Les consommables NovaSeq 6000Dx sont emballés dans les configurations suivantes. Chaque composant utilise l’identification par radiofréquence (RFID) pour un suivi précis des consommables et pour des questions de compatibilité. Tableau 1 Consommables fournis par Illumina Numéro de...
  • Page 6 Flow Cell conçue pour un rendement maximal. Flow Cell La Flow Cell NovaSeq 6000Dx est une Flow Cell structurée enchâssée dans une cartouche. La Flow Cell est un substrat de verre contenant des milliards de nanopuits arrangés de façon ordonnée. Les amplifiats sont générés dans les nanopuits, dans lesquels le séquençage est effectué.
  • Page 7 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Figure 1 Flow Cell A. Cartouche de Flow Cell B. Flow Cell à quatre lignes (S4) C. Flow Cell à deux lignes (S2) Le dessous de chaque Flow Cell présente plusieurs joints. Les librairies et les réactifs entrent dans les lignes de la Flow Cell par les joints sur l’extrémité...
  • Page 8 La cartouche de tampon, la cartouche d’amplification et la cartouche SBS NovaSeq 6000Dx comportent des réservoirs scellés par des opercules en aluminium et préremplis de réactifs, de tampons ou de solution de lavage. La trousse de réactifs NovaSeq 6000Dx comprend une cartouche d’amplification et une cartouche SBS. La cartouche de tampon est vendue séparément.
  • Page 9 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Figure 3 Réservoirs numérotés Tableau 5 Réservoirs pour cartouches d’amplification Position Réservé pour 5, 6 et 7 Primers personnalisés facultatifs Tube de librairies Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Tableau 6 Consommable Consommable Fournisseur...
  • Page 10 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Consommable Fournisseur Utilisation Serviette de VWR, nº de Séchage de la platine de Flow Cell et usage laboratoire, non- référence 21905-026, général. pelucheuse ou équivalent NaOCl de qualité Sigma-Aldrich, nº de Effectuer un lavage de maintenance.
  • Page 11 Créer une analyse de séquençage Utilisez les étapes suivantes pour créer une analyse à l’aide de Illumina Run Manager en mode IVD ou RUO. Vous pouvez également sélectionner Import Run (Importer une analyse) dans l’onglet Planned (Planifiée) de la page Runs (Analyses) et importer une feuille d’échantillons.
  • Page 12 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Préparer les consommables Décongeler la cartouche SBS et la cartouche d’amplification ATTENTION Utiliser de l’eau chaude pour décongeler les réactifs peut réduire la qualité des données ou causer un échec de l’analyse. Si une analyse de séquençage est en cours, assurez-vous que les deux côtés de l’instrument seront disponibles une fois les réactifs décongelés.
  • Page 13 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Séchez bien la base des cartouches avec des essuie-tout. Épongez entre les puits pour que toute l’eau soit enlevée. Vérifiez la présence d’eau sur les opercules en aluminium. S’il y de l’eau, épongez-la avec un tissu non pelucheux.
  • Page 14 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx c. Fermez hermétiquement le flacon à l’aide du bouchon pour prévenir les déversements. d. Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur, en le gardant séparé du contenu de l’autre flacon. e. Remettez le flacon débouché dans le renfoncement, puis abaissez le levier. Placez le bouchon sur le porte-bouchon.
  • Page 15 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Préparer la Flow Cell Sortez un nouvel emballage de Flow Cell du lieu de stockage à une température maintenue entre 2 et 8 °C. Placez la Flow Cell emballée et scellée de côté pendant 10-15 minutes pour que la Flow Cell atteigne une température ambiante (19 °C à...
  • Page 16 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx a. Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc pour éviter de contaminer la surface en verre de la Flow Cell. b. Placez l’emballage en aluminium sur une surface plate, puis ouvrez-le en partant de l’extrémité...
  • Page 17 Les opercules en aluminium des cartouches de tampon usagées sont percés. Placez une nouvelle cartouche de tampon dans le tiroir de tampon, de sorte que l’étiquette Illumina soit face au devant du tiroir. Alignez la cartouche avec les guides surélevés dans le fond du tiroir et sur les côtés.
  • Page 18 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Figure 10 Charger la cartouche de tampon Cochez la case confirmant que les deux flacons de réactifs usagés sont vides une fois que les deux flacons de réactifs ont été vidés. REMARQUE Le fait de ne pas vider les flacons de réactifs usagés peut entraîner un arrêt de l’analyse et un débordement qui endommage l’instrument et constitue un risque pour la...
  • Page 19 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Erreurs lors de la vérification avant analyse Si les vérifications avant analyse échouent en raison d’une erreur liée au capteur, comme une Flow Cell non détectée, quittez et redémarrez le flux de travail. Pour les autres types d’échec des vérifications avant analyse, sélectionnez Retry (Réessayer) pour redémarrer la vérification qui a échoué...
  • Page 20 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Icônes d’état Dans l’interface du NVOS, l’icône d’état indique l’état de l’analyse. Les chiffres affichés sur l’icône indiquent le nombre de situations pour un état. Lorsque l’état de l’analyse change, l’icône clignote. Sélectionnez l’icône pour afficher une description de la situation.
  • Page 21 Pour de plus amples informations relatives à l’environnement, à la santé et à la sécurité, reportez-vous à la FDS à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Équipé de gants, appuyez sur l’onglet en plastique blanc à droite qui porte la mention Détacher après utilisation.
  • Page 22 Real-Time Analysis Le Instrument NovaSeq 6000Dx exécute RTA3, une version du logiciel Real-Time Analysis, à partir de son propre moteur de calcul (CE ou Compute Engine). RTA3 extrait les intensités des images reçues de la caméra, effectue les définitions des bases, associe un score de qualité à chaque définition des bases, effectue l’alignement à...
  • Page 23 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Sorties RTA3 Les images de chaque canal de couleur passent de la mémoire à RTA3 sous forme de plaques. À l’aide de ces images, RTA3 produit un ensemble de fichiers de filtrage et de fichiers de définition des bases dont la qualité...
  • Page 24 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Composants de la Description Flow Cell Surfaces Les Flow Cell S2 et S4 sont imagées sur deux surfaces : les surfaces inférieure et supérieure. La surface supérieure de la plaque est imagée en premier. Témoins par Un témoin est une colonne d’une ligne de la Flow Cell que la...
  • Page 25 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Flux de travail de Real-Time Analysis Enregistrement Enregistre l’emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell structurée. Extraction des Détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat. intensités Correction de la mise Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.
  • Page 26 La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une plaque donnée d’un cycle spécifique. Le Instrument NovaSeq 6000Dx utilise un séquençage à deux canaux, qui ne nécessite que deux images pour encoder les données de quatre bases d’ADN, une provenant du canal rouge et une autre du canal vert.
  • Page 27 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Tableau 8 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux Base Canal rouge Canal vert Résultats 1 (allumé) 1 (allumé) Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal vert.
  • Page 28 La notation de la qualité s’appuie sur une version modifiée de l’algorithme Phred. Afin de générer le tableau de qualité pour le Instrument NovaSeq 6000Dx, trois groupes de définitions des bases ont été déterminés, selon la génération d’amplifiats de ces fonctions prédictives spécifiques. À la suite du regroupement de ces définitions de bases, le taux d’erreur moyen est calculé...
  • Page 29 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Fichiers de sortie de séquençage Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers Fichiers de définition Chaque amplifiat analysé est compris dans un fichier de définition des bases ; ces des bases fichiers sont rassemblés dans un fichier pour chaque cycle, chaque ligne et chaque surface.
  • Page 30 à utiliser ou à ordonner l’utilisation de l’appareil. • Certains composants des réactifs fournis par Illumina pour être utilisés avec le Instrument NovaSeq 6000Dx contiennent des produits chimiques potentiellement dangereux. Des dommages corporels peuvent survenir en cas d’inhalation, d’ingestion, de contact avec la peau ou les yeux.
  • Page 31 L’installation d’un logiciel antivirus fourni par l’utilisateur est fortement recommandée pour protéger l’ordinateur des virus. • Ne pas utiliser le NovaSeq 6000Dx si l’un des panneaux est retiré. L’utilisation de l’instrument avec l’un des panneaux retiré crée une exposition potentielle aux tensions secteur et CC. •...
  • Page 32 L’objectif de cette étude était d’établir le nombre d’échantillons minimal (12) et maximal (192) pouvant être traités lors d’une seule analyse de séquençage par le Instrument NovaSeq 6000Dx. Douze échantillons uniques d’ADN de Platinum Genome (NA12877–NA12888) ont été analysés avec 12 combinaisons différentes de primers d’indexation par échantillon.
  • Page 33 étudier divers gènes couvrant 1 970 505 bases sur 23 chromosomes différents, y compris les deux chromosomes sexuels. Les librairies ont été séquencées sur le Instrument NovaSeq 6000Dx à l’aide du du flux de travail de génération d’analyses FASTQ et VCF pour les variants germinaux de l’application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx.
  • Page 34 La plage d’entrées d’ADN sanguin pour la trousse Illumina DNA Prep with Enrichment Dx avec l’application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx a été établie pour le NovaSeq 6000Dx. Cette plage a été évaluée en effectuant une étude de dilution en série au moyen de 8 échantillons d’ADN de Platinum Genome (NA12877 - NA12884) et d’un test représentatif conçu pour étudier divers gènes couvrant 1 970 505 bases sur...
  • Page 35 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Tableau 9 Résultats du PCP pour chaque niveau d’entrée d’ADN par type de variant Entrée d’ADN (ng) Type de variant Variants prévus Absence de définition de variant PCP (%) 69612 69538 99,9 74192 74105...
  • Page 36 Platinum Genome et d’un test représentatif conçu pour étudier divers gènes couvrant 1 970 505 bases sur les 23 chromosomes humains. La librairie a été séquencée sur un Instrument NovaSeq 6000Dx avec un lot de la NovaSeq 6000Dx S2 Reagent v1.5 Kit (300 cycles) et la NovaSeq 6000Dx S4 Reagent v1.5 Kit (300 cycles).
  • Page 37 LD n’a été déterminée pour une ou les deux préparations de libraires ont été exclues de l’attribution finale de la LD pour le système NovaSeq 6000Dx. La LD du système NovaSeq 6000Dx avec les réactifs S2 et S4 a été déterminée en prenant le 95e centile des LD des variants individuels. Pour les réactifs S2, le 95e centile sur les LD de 478 variants était de 4,8 %.
  • Page 38 échantillons Germline FASTQ et VCF de l’application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx sur le Instrument NovaSeq 6000Dx à l’aide du NovaSeq 6000Dx S2 Reagent v1.5 Kit (300 cycles). Quatre échantillons uniques d’ADN de Platinum Genome ont été testés à l’aide d’un test représentatif conçu pour étudier une variété de gènes couvrant 1 970 505 bases (9 232 cibles) sur les 23 chromosomes humains.
  • Page 39 Tableau 14 Concordance germinale par échantillon Absence de Appelabilité de Variants Échantillon définition de l’autosome prévus variant NA12877 99,4 273672 273452 414765131 99,9 > 99,9 > 99,9 NA12878 99,4 265680 265208 414803691 1193 99,9 > 99,9 > 99,9 NA12879 99,4 261792 261792 414746986 1429 > 99,9 > 99,9 NA12880...
  • Page 40 Le test représentatif portait sur 9 232 cibles couvrant une variété de contenu génomique. La teneur en GC des cibles allait de 0,20 à 0,86. Les cibles comprenaient également des répétitions de mononucléotides (p. ex., PolyA, PolyT), de dinucléotides et de trinucléotides. Les données compilées par chromosome de façon à déterminer l’effet du contenu génomique sur le pourcentage de Variants germinaux : Précision au niveau du chromosome à...
  • Page 41 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr3 137627 Poly A (18), [0,25 - 114625053 226461 > 99,9 0,20 Poly C (6), 0,86]; Poly T (18), Médiane : Poly G (7), 0,45...
  • Page 42 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr5 90008 Poly A (10), [0,29 - 75314497 153061 > 99,9 0,20 Poly C (6), 0,79]; Poly T (12), Médiane : Poly G (7), 0,46...
  • Page 43 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr7 161501 Poly A (27), [0,2 - 132534074 246884 > 99,9 0,19 Poly C (8), 0,77]; Poly T (21), Médiane : Poly G (7), 0,46...
  • Page 44 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr9 87100 Poly A (12), [0,27 - 72650800 241991 > 99,9 0,33 Poly C (7), 0,83]; Poly T (27), Médiane : Poly G (8), 0,49...
  • Page 45 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr11 91786 Poly A (28), [0,28 - 75744222 259258 > 99,9 0,34 Poly C (8), 0,8]; Poly T (21), Médiane : Poly G (7), 0,47...
  • Page 46 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr13 58639 Poly A (24), [0,28 - 48503179 45666 > 99,9 0,09 Poly C (6), 0,79]; Poly T (12), Médiane : Poly G (7), 0,42...
  • Page 47 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr15 52091 Poly A (26), [0,29 - 43600279 99041 0,23 Poly C (7), 0,76]; Poly T (13), Médiane : Poly G (6), 0,46...
  • Page 48 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr17 118062 Poly A (19), [0,28 - 97929929 335905 > 99,9 0,34 Poly C (7), 0,82]; Poly T (18), Médiane : Poly G (8), 0,49...
  • Page 49 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr19 104004 Poly A (19), [0,33 - 85642066 678213 > 99,9 0,79 Poly C (7), 0,83]; Poly T (31), Médiane : Poly G (7), 0,59...
  • Page 50 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr22 36727 Poly A (26), [0,27 - 30258131 42673 0,14 Poly C (7), 0,74]; Poly T (19), Médiane : Poly G (7), 0,51...
  • Page 51 > 99,9 > 99,9 > 99,9 D’après les données fournies par les 18 analyses de cette étude germinale, le Instrument NovaSeq 6000Dx peut séquencer ce qui suit de façon uniforme : • Teneur en GC ≥ 20 % (toutes les bases définies dans 1 692 régions cibles séquencées avec une teneur en GC de 20 % définis correctement avec un taux sans définitions de 0 %)
  • Page 52 L’étude décrite ici a servi à évaluer la précision de la définition de variants de la génération d’analyse de flux de travail Somatic FASTQ et VCF de l’application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx sur le Instrument NovaSeq 6000Dx à l’aide du NovaSeq 6000Dx S4 Reagent v1.5 Kit (300 cycles).
  • Page 53 ² Valeur la plus faible observée par réplicat d’échantillon lors des 18 analyses. ³ Valeur la plus faible lorsque les données provenant de chacune des analyses sont analysées de façon regroupée. Le tableau Concordance des variants somatiques par échantillon à la page 53 contient les données de l’étude présentée avec les pourcentages de concordance positive et négative sur une base « par échantillon », où...
  • Page 54 Les quatre échantillons ont également été analysés pour définir des petites insertions et délétions (indels). Un résumé global est présenté dans le Résumé de la détection des indels somatiques à la page 54. Il y avait un total de 210 indels dont la taille variait de 1 à 18 pb pour les insertions et de 1 à...
  • Page 55 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr2 159588 Poly A (46), [0,24 - 126795713 5850393 > 99,9 Poly C (8), 0,81]; Poly T (23), Médiane : Poly G (7), 0,44...
  • Page 56 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr4 73766 Poly A (9), [0,27 - 59373461 2517412 > 99,9 Poly C (7), 0,77]; Poly T (25), Médiane : Poly G (6), 0,45...
  • Page 57 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr6 126721 Poly A (28), [0,24 - 98593101 4890221 > 99,9 Poly C (7), 0,79]; Poly T (33), Médiane : Poly G (7), 0,48...
  • Page 58 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr8 67775 Poly A (19), [0,26 - 53430489 2958909 > 99,9 Poly C (7), 0,78]; Poly T (13), Médiane : Poly G (7), 0,47...
  • Page 59 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr10 66723 Poly A (26), [0,23 - 53209592 2469444 > 99,9 Poly C (7), 0,78]; Poly T (15), Médiane : Poly G (6), 0,44...
  • Page 60 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr12 120365 Poly A (19), [0,26 - 96109352 4331932 > 99,9 Poly C (8), 0,77]; Poly T (40), Médiane : Poly G (7), 0,49...
  • Page 61 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr14 26980 Poly A (21), [0,29 - 21336891 1078329 Poly C (6), 0,77]; Poly T (18), Médiane : Poly G (11), 0,47...
  • Page 62 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr16 80030 Poly A (7), [0,3 - 62344351 4540539 > 99,9 Poly C (7), 0,76]; Poly T (15), Médiane : Poly G (7), 0,54...
  • Page 63 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr18 19195 Poly A (7), [0,22 - 15007653 990633 > 99,9 Poly C (7), 0,78]; Poly T (15), Médiane : Poly G (6), 0,44...
  • Page 64 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chr21 30642 Poly A (28), [0,22 - 24169250 1172087 > 99,9 Poly C (6), 0,78]; Poly T (24), Médiane : Poly G (7), 0,52...
  • Page 65 Pourcentage Nombre Nombre Pourcentage Nombre Contenu Définitions Définitions Sans Chromosome Plage GC sans de bases génomique correctes incorrectes définitions définitions gènes cibles définitions correctes chrX 83576 Poly A (18), [0,2 - 64231080 3852253 > 99,9 Poly C (8), 0,72]; Poly T (23), Médiane : Poly G (9), 0,48...
  • Page 66 D’après les données fournies par les 18 analyses de cette étude somatiques, le Instrument NovaSeq 6000Dx peut séquencer ce qui suit de façon uniforme : • Teneur en GC ≥ 20 % (toutes les bases définies dans 1 692 régions cibles séquencées avec une teneur en GC de 20 % définis correctement avec un taux sans définitions de 0,34 %)
  • Page 67 été séquencées de l’autre côté de l’instrument à l’aide de réactifs S4 et du flux de travail de génération d’analyses FASTQ et VCF pour les variants somatiques de l’application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx. Il en a résulté 18 Flow cell pour chacun des flux de travail germinaux et somatiques.
  • Page 68 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Les emplacements génomiques où un variant ciblé n’est pas détecté sont signalés comme négatifs (type sauvage). Dans le cas des emplacements des variants germinaux négatifs prévus, les données ont été évaluées Observations selon le taux d’absence de définition et le pourcentage de définitions négatives (PNC). Le tableau des définitions de variants germinaux au sein du laboratoire pour les résultats négatifs prévus à...
  • Page 69 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx Observations des définitions de variants germinaux pour les résultats positifs insertion, délétion). Le tableau prévus selon le type de variant (FAV moyenne ≥ 6.5 % et ≤ 13 %) à la page 69 résume les taux observés, ainsi que les niveaux de confiance inférieurs (NCI) et supérieurs (NCS) à...
  • Page 70 Huit échantillons d’ADN de Platinium Genome ont été testés, sept en six réplicats et un (NA12881) en cinq réplicats. Les librairies ont été séquencées sur le Instrument NovaSeq 6000Dx à l’aide du flux de travail de génération d’analyse FASTQ et VCF pour le variant germinal de l’application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx, et sur l’instrument NextSeq 550Dx à...
  • Page 71 à l’aide de la trousse de réactifs Illumina DNA Prep with Enrichment Dx. Le test a été effectué sur trois sites externes avec un lot de NovaSeq 6000Dx S2 Reagent v1.5 Kit (300 cycles) et de NovaSeq 6000Dx S4 Reagent v1.5 Kit (300 cycles). Un seul instrument Instrument NovaSeq 6000Dx a été...
  • Page 72 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx positifs prévus selon le type de variant à la page 72 résume les taux observés, ainsi que les niveaux de confiance inférieurs (NCI) et supérieurs (NCS) à 95 % calculés selon la méthode de Wilson, pour chacun des types de variant.
  • Page 73 Notice relative à l’instrument NovaSeq 6000Dx somatiques pour les résultats positifs prévus selon le type de variant (FAV moyenne ≥ 14 % et ≤ 28 %) à la page résume les taux observés, ainsi que les niveaux de confiance inférieurs (NCI) et supérieurs (NCS) à 95 % calculés selon la méthode de Wilson, pour chacun des types de variant.
  • Page 74 Brevets et Marques Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et ses filiales (« Illumina »), et sont destinés à un usage contractuel de ses clients en lien avec l’utilisation du ou des produits décrits dans la présente et à aucune autre utilisation. Ce document et son contenu ne seront pas utilisés ou distribués dans tout autre but et/ou autrement communiqués, divulgués ou reproduits de quelque manière que ce soit sans...