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Notice relative à l'instrument NovaSeq 6000Dx
Tableau 12
PCN pour chaque niveau d'entrée d'ADN FFPE
Entrée d'ADN
Type sauvage attendu
(ng)
25
25354119
50
27538269
250
21562303
1000
29030903
Sensibilité analytique (Limite du blanc [LB] et Limite de
détection [LD])
Cette étude a été menée afin d'évaluer la limite de blanc (LB) et la limite de détection (LD) pour le module de
génération d'analyse des variants somatiques FASTQ et VCF de l'application DRAGEN for Illumina DNA Prep
with Enrichment Dx sur le Instrument NovaSeq 6000Dx. L'étude a été réalisée avec un test représentatif conçu
pour étudier une variété de gènes couvrant 1 970 505 bases à travers les 23 chromosomes humains. Les
lignées cellulaires GM12878 et GM12877 de Platinum Genome ont été fixées au formol et imprégnées à la
paraffine avant d'en extraire l'ADN. Des dilutions de GM12877 avec GM12878 ont été préparées pour faire des
échantillons composés de 0 %, 4 %, 6,5 % et 13 % de GM12877 en volume, afin que les fréquences de variants
de 489 variants uniques de GM12877 (454 SNV, 17 insertions et 18 délétions) varient entre 0 et 0,13. Les
librairies d'échantillons ont été préparées à l'aide de deux lots de trousse de réactifs Illumina DNA Prep with
Enrichment Dx et séquencées sur six jours consécutifs avec deux Instrument NovaSeq 6000Dx et deux lots de
NovaSeq 6000Dx S2 Reagent v1.5 Kit (300 cycles) et NovaSeq 6000Dx S4 Reagent v1.5 Kit (300 cycles), pour
un total de douze séquençages. Il en a résulté 288 observations pour chaque variant dans chaque dilution de
l'échantillon. Les LB et LD ont été calculées grâce à l'approche classique prévue dans CLSI EP17-A2. La LB et la
LD ont été calculées pour les réactifs S2 et S4 séparément en regroupant les fréquences de variants de tous les
variants dans le séquençage pour chaque type de réactif. L'erreur de Type I a été définie à 0,01 et l'erreur de
Type II a été définie a 0,05.
La LB a été évaluée pour 489 loci indépendamment sur deux lots de séquençage pour chaque type de réactif
(S2 ou S4) et préparation de librairie. Pour les réactifs S2, la LB au 95e centile était de 2,9 %. Pour les réactifs
S4, la LB au 95e centile était de 2,2 %.
La LD a été calculée avec succès pour 478 des 489 variants pour S2 et 485 des 489 variants pour S4. Les
variants pour lesquels aucune LD n'a été déterminée pour une ou les deux préparations de libraires ont été
exclues de l'attribution finale de la LD pour le système NovaSeq 6000Dx. La LD du système NovaSeq 6000Dx
avec les réactifs S2 et S4 a été déterminée en prenant le 95e centile des LD des variants individuels. Pour les
réactifs S2, le 95e centile sur les LD de 478 variants était de 4,8 %. Pour les réactifs S4, le 95e centile sur les LD
de 485 variants était de 3,9 %.
Document n°200025276 v01
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
POUR EXPORTATION UNIQUEMENT
TN
FP
25353706
413
27538013
256
21561983
320
29030596
307
Absence de définition dans la référence
5499498
3315421
1577958
1822781
PCN (%)
> 99,9
> 99,9
> 99,9
> 99,9
37 sur 74
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