illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence
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Voir aussi pour NextSeq 550Dx:
- Guide de référence (94 pages) ,
- Guide de référence de l'instrument (80 pages) ,
- Guide de préparation (27 pages)
Manuels Connexes pour illumina NextSeq 550Dx
Sommaire des Matières pour illumina NextSeq 550Dx
- Page 1 NextSeq 550Dx Guide de référence de l’instrument Document nº 1000000009513 v07 FRA EXCLUSIF À ILLUMINA Octobre 2021 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 2 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et à ses sociétés affiliées (« Illumina »); ils sont exclusivement destinés à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et ne peuvent servir à...
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Page 3: Historique Des Révisions
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Historique des révisions Do cum ent Date Descriptio n des m o dif icatio ns Document Octobre 2021 Ajout des 3 filtres de rechange pour le compartiment du filtre à air. Modification de la limite de stabilité de la cartouche de réactifs. nº 1000000009513 v07 Ajout d’une nouvelle cartouche de lavage du tampon à... - Page 4 Date Descriptio n des m o dif icatio ns Document Mars 2018 Ajout de renseignements sur le service de surveillance Illumina nº 1000000009513 v01 Proactive à la section Customize System Settings (Personnaliser les paramètres du système). Mise à jour des instructions à la section Replace Air Filter (Remplacer le filtre à...
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Page 5: Table Des Matières
Table des matières Historique des révisions Chapitre 1 Vue d’ensemble Fonctionnalités du séquençage Ressources supplémentaires Composants de l’instrument Présentation de la trousse de réactifs Présentation des consommables pour le séquençage Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Chapitre 2 Logiciel NextSeq 550Dx Aperçu du logiciel NextSeq 550Dx Aperçu de Local Run Manager Mots de passe de l’utilisateur Chapitre 3 Pour commencer... - Page 6 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Gestion des utilisateurs Paramètres du système Paramètres du module Pistes de vérification Annexe B Dépannage Introduction Vérification du système Fichiers de dépannage Résoudre les erreurs relevées par les vérifications automatiques Réservoir à réactifs usagés plein Message d’erreur RAID Erreur de stockage réseau Configuration des paramètres du système...
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Page 7: Chapitre 1 Vue D'ensemble
Guide de référence de Donne les instructions d’utilisation de l’instrument et les procédures de dépannage. l’instrument NextSeq 550Dx À utiliser pour faire fonctionner l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche avec le en mode recherche logiciel de commande NextSeq Control Software (NCS) v3.0. (document nº 1000000041922) -
Page 8: Composants De L'instrument
à la formation en ligne et aux foires aux questions. Consultez les pages d’aide du système NextSeq 550Dx sur le site Web d’Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions. Composants de l’instrument L’instrument NextSeq 550Dx comprend un moniteur tactile, une barre d’état et quatre compartiments. -
Page 9: Compartiment Du Filtre À Air
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 2 Compartiments des réactifs et du tampon A Porte du compartiment de réactifs : elle ferme le compartiment des réactifs à l’aide d’un verrou qui se trouve sous la section inférieure droite de la porte. Le compartiment des réactifs contient la cartouche de réactifs. B Cartouche de réactifs : la cartouche de réactifs est un consommable à... -
Page 10: Présentation De La Trousse De Réactifs
15 à 30 °C Cartouche de Flow Cell 2 à 8 °C* * La cartouche NextSeq 550Dx High Output Flow Cell Cartridge v2.5 est expédiée dans des conditions de température ambiante. Présentation de la Flow Cell Figure 3 Cartouche de Flow Cell A Paire de lignes A : lignes 1 et 3 B Paire de lignes B : lignes 2 et 4... -
Page 11: Présentation De La Cartouche De Réactifs
à ces risques. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Document nº 1000000009513 v07 FRA DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT... -
Page 12: Réservoirs Réservés
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Réservoirs réservés Figure 5 Réservoirs numérotés Po sitio n Descriptio n 7, 8 et 9 Réservées aux primers personnalisés facultatifs Charger les librairies Réservoir amovible en position nº 6 La cartouche de réactifs préremplie comprend un réactif de dénaturation en position nº 6 qui contient du formamide. -
Page 13: Présentation Du Tampon De Dilution De Librairie
à 0,05 % Eau de laboratoire Fournisseur de laboratoire Lavage de l’instrument (lavage manuel) général Filtre à air Illumina, nº de Nettoyage de l’air utilisé par l’instrument pour le référence 20022240 refroidissement Équipement Élém ent So urce Congélateur, de -15 °C à -25 °C, sans givre Fournisseur de laboratoire général... -
Page 14: Recommandations À Propos De L'eau De Laboratoire
Utilisez toujours de l’eau de laboratoire ou de l’eau désionisée pour réaliser des procédures sur l’instrument. N’utilisez jamais d’eau courante. Utilisez exclusivement les eaux qui suivent ou des eaux de qualité équivalente : Eau désionisée PW1 d’Illumina Eau 18 mégohms (MΩ) Eau Milli-Q Eau Super-Q Eau de qualité... -
Page 15: Chapitre 2 Logiciel Nextseq 550Dx
Les logiciels de l’instrument comprennent des applications intégrées qui effectuent les analyses de séquençage. Les mises à jour des logiciels sont effectuées par le personnel d’Illumina. Logiciel Local Run Manager : solution logicielle intégrée servant à la création des analyses et à l’analyse des résultats (analyse secondaire). -
Page 16: Icônes De La Barre De Navigation
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Icô ne No m de l’état Descriptio n d’état Status OK (État OK) Le système est normal. Processing Le système est en cours de traitement. (Traitement) Warning Un avertissement a eu lieu. Les avertissements n’interrompent pas l’analyse et ne nécessitent pas d’intervention (Avertissement) pour la poursuite de l’analyse. -
Page 17: Écran D'accueil De Nos
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Écran d’accueil de NOS L’écran d’accueil de NOS comporte les quatre icônes suivantes. Sequence (Séquence) : pour commencer une analyse de séquençage en choisissant parmi la liste des analyses prédéfinies. Local Run Manager : pour lancer Local Run Manager afin de créer une analyse, surveiller l’état de l’analyse, analyser les données de séquençage et afficher les résultats. -
Page 18: Séquençage Pendant L'analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx REMARQUE Si votre navigateur n’est pas pris en charge, téléchargez le navigateur pris en charge lorsque vous verrez le message « Confirm Unsupported Browser » (Confirmer le navigateur non pris en charge). Sélectionnez « here » (ici) pour télécharger la version de Chromium prise en charge. Affichage sur un ordinateur en réseau Ouvrez le navigateur Web Chromium sur un ordinateur pouvant accéder au même réseau que l’instrument et connectez-vous en utilisant l’adresse IP de l’instrument ou le nom de l’instrument. -
Page 19: Aperçu Du Tableau De Bord
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Aperçu du tableau de bord Après l’ouverture de votre session dans le logiciel Local Run Manager, le tableau de bord s’ouvre. Dans le tableau de bord, vous pouvez effectuer les tâches suivantes : faire le suivi de l’état des séquençages et des analyses; trier et filtrer les analyses;... - Page 20 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Icô ne No m Descriptio n Export (Exporter) Commande servant à l’exportation. Hide run (Masquer une Déplace une analyse de la page Active Runs (Analyses actives) vers la page analyse) Hidden Runs (Analyses masquées). Affiche les analyses masquées à l’aide du menu situé...
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Page 21: Filtrage Des Analyses
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Stopped or Unsuccessful (Arrêté ou échoué) : indique que l’analyse a été arrêtée manuellement ou qu’elle a échoué. Complete (Terminé) : indique que l’analyse a été effectuée correctement. Total (Total) : nombre total d’analyses à la page Active Runs (Analyses actives). Filtrage des analyses Cliquez sur la catégorie relative à... -
Page 22: Modification D'une Analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Modification d’une analyse À partir de la page Active Runs (Analyses actives), sélectionnez l’icône More Options (Plus d’options) à côté du nom de l’analyse à modifier. Sélectionnez Edit (Modifier). Lorsqu’on vous demande de confirmer l’action, cliquez sur Continue (Continuer). Modifiez les paramètres de l’analyse, au besoin. -
Page 23: Mots De Passe De L'utilisateur
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Si l’analyse n’est pas enregistrée dans son emplacement initial, le logiciel affiche un message d’erreur après la tentative de restauration de l’analyse. Déplacez le curseur sur l’icône More options (Plus d’options), à côté de l’analyse. Sélectionnez Relink run folder (Reconnecter un dossier d’analyse). -
Page 24: Changement Du Mot De Passe
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Changement du mot de passe Dans la barre de navigation située dans le haut de l’interface, sélectionnez l’icône User (Utilisateur) à côté de votre nom. REMARQUE Selon la taille de l’écran sur lequel vous consultez le logiciel, l’icône User (Utilisateur) peut être déplacé... -
Page 25: Chapitre 3 Pour Commencer
Chapitre 3 Pour commencer Démarrage de l’instrument Personnaliser les paramètres du système Options de redémarrage et d’arrêt Démarrage de l’instrument Mettez l’interrupteur principal en position I (Marche). Figure 7 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument Appuyez sur le bouton d’alimentation situé au-dessus du compartiment de réactifs. Le bouton d’alimentation active l’alimentation de l’instrument et démarre l’ordinateur et les logiciels intégrés à... -
Page 26: Indicateurs De Mode De L'instrument
Configurer les options de configuration de l’analyse Options d’arrêt Configurer le démarrage de l’instrument après la vérification avant analyse Choisir d’envoyer les données de performance de l’instrument à Illumina Désigner le dossier de sortie de l’analyse Personnaliser l’avatar et le surnom de l’instrument À... -
Page 27: Configuration Du Démarrage De L'analyse Et Des Données Sur Les Performances De L'instrument
Lorsque ce paramètre est activé, les données relatives à la performance de l’instrument sont transmises à Illumina. Ces données facilitent le dépannage par Illumina et lui permettent de détecter les pannes potentielles, d’exécuter une maintenance proactive et d’optimiser le temps d’utilisation de l’instrument. -
Page 28: Options De Redémarrage Et D'arrêt
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Les chemins d’accès vers un lecteur réseau mappé provoquent des erreurs. Ne pas utiliser. Cliquez sur Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et retourner à l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument). Options de redémarrage et d’arrêt Accédez aux fonctions suivantes en cliquant sur le bouton Rebbot/Shutdown (Redémarrer/Arrêter) : Reboot to RUO (Redémarrer en mode recherche uniquement) : l’instrument s’ouvre en mode recherche. -
Page 29: Arrêt De L'instrument
Ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina. Exit to Windows (Quitter et retourner vers Windows) La commande Exit to Windows (Quitter et retourner vers Windows) donne accès au système d’exploitation de l’instrument et à... -
Page 30: Introduction
Chapitre 4 Séquençage Introduction Flux de travail de séquençage Créer une analyse dans Local Run Manager Préparer la cartouche de réactifs Préparer la Flow Cell Préparer des librairies pour le séquençage Chargement des librairies sur la cartouche de réactifs Configurer une analyse de séquençage Surveiller la progression de l’analyse Affichage des données concernant l’analyse et les échantillons États d’analyse possibles... -
Page 31: Flux De Travail De Séquençage
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Flux de travail de séquençage Créez l’analyse dans le module logiciel de Local Run Manager. Consultez le guide du flux de travail de l’analyse propre à votre module. Préparez une nouvelle cartouche de réactifs : décongelez et inspectez. Préparez une nouvelle Flow Cell : amenez à... -
Page 32: Préparer La Cartouche De Réactifs
Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Préparer la Flow Cell Sortez une nouvelle boîte de Flow Cell du lieu de stockage réfrigéré à une température maintenue entre 2 et 8 °C. -
Page 33: Chargement Des Librairies Sur La Cartouche De Réactifs
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx les librairies d’échantillons pour le séquençage, y compris la dilution et le regroupement de librairies, consultez la section Mode d’emploi sur la trousse de préparation des librairies applicable. L’optimisation de la densité des amplifiats sur NextSeq 550Dx est requise. Chargement des librairies sur la cartouche de réactifs Nettoyez l’opercule en aluminium recouvrant le réservoir nº 10 étiqueté... - Page 34 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 10 Retirer de l’emballage en aluminium Ouvrez l’emballage double coque en plastique transparent et sortez la Flow Cell. Figure 11 Retirer de l’emballage double coque Nettoyez la surface en verre de la Flow Cell à l’aide d’une lingette alcoolisée non pelucheuse. Séchez le verre à...
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Page 35: Vider Le Réservoir À Réactifs Usagés
Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Faites glisser le réservoir à réactifs usagés vide dans le compartiment de tampon jusqu’à la butée. -
Page 36: Charger La Cartouche De Réactifs
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 14 Charger le réservoir à réactifs usagés vide Charger la cartouche de tampon Retirez la cartouche de tampon usagée du compartiment supérieur. Une certaine force est nécessaire pour soulever et retirer la cartouche de tampon. Glissez une nouvelle cartouche de tampon dans le compartiment de tampon jusqu’à... - Page 37 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. REMARQUE Le réservoir à la position 6 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés.
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Page 38: Vérification Avant Analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 17 Position nº 6 amovible A Couvercle de protection en caoutchouc B Position nº 6 Appuyez sur l’onglet en plastique transparent, puis poussez vers la gauche pour éjecter le réservoir. Mettez le réservoir au rebut conformément aux normes de sécurité en vigueur. Vérification avant analyse Le logiciel effectue une vérification automatisée du système avant l’analyse. -
Page 39: Surveiller La Progression De L'analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx REMARQUE Les réactifs ne peuvent pas rester à l’état d’inactivité dans l’instrument pendant plus de 24 heures. Surveiller la progression de l’analyse Surveillez la progression, les intensités et les scores de qualité de l’analyse à mesure que les indicateurs s’affichent à... -
Page 40: Cycles Des Indicateurs De L'analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Cycles des indicateurs de l’analyse Les indicateurs de l’analyse apparaissent à différents moments au cours de l’analyse. Aucun indicateur ne s’affiche au cours des étapes de génération d’amplifiats. Les cinq premiers cycles sont réservés à la génération du modèle. Les indicateurs de l’analyse apparaissent après le cycle 25, notamment la densité... -
Page 41: Onglet Sequencing Information (Renseignements Sur Le Séquençage)
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx No m de la sectio n Descriptio n Run Name / Run ID (Nom de Le nom de l’analyse attribué lors de la création de l’analyse. l’analyse/Identifiant de l’analyse) Created By (Créé par) Le nom de l’utilisateur ayant créé l’analyse. Description La description de l’analyse, s’il y a lieu. -
Page 42: Onglet Samples And Results (Échantillons Et Résultats)
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Onglet Samples and Results (Échantillons et résultats) Les renseignements se trouvant à l’onglet Samples and Results (Échantillons et résultats) sont propres au module d’analyse utilisé. L’onglet Samples and Results (Échantillons et résultats) peut contenir les champs d’information suivants. -
Page 43: Remise De L'analyse En File D'attente Ou Arrêt De L'analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Remise de l’analyse en file d’attente ou arrêt de l’analyse Vous pouvez remettre l’analyse en file d’attente après son arrêt si l’analyse n’a pas été effectuée correctement ou si vous voulez faire une nouvelle analyse en utilisant des paramètres différents. Vous pouvez remettre l’analyse en file d’attente dans le tableau de bord de Local Run Manager ou à... -
Page 44: Changer L'emplacement Du Dossier De Sortie
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Changer l’emplacement du dossier de sortie L’emplacement du dossier d’analyse de sortie peut être changé avant que l’analyse soit remise en file d’attente. Ce changement n’est pas obligatoire, parce que la remise en file d’attente d’une analyse n’écrase pas les anciennes analyses. -
Page 45: Chapitre 5 Maintenance
Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable. -
Page 46: Préparer Un Lavage Manuel Après Analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 19 Cartouche de lavage des réactifs et cartouche de lavage du tampon d’origine. Figure 20 Nouvelle cartouche de lavage des réactifs et nouvelle cartouche de lavage du tampon. Préparer un lavage manuel après analyse Vous devez choisir entre la préparation d’un lavage manuel après analyse, comme il est décrit ci-dessous, ou la préparation d’un lavage rapide (section suivante). -
Page 47: Préparer Un Lavage Rapide
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Ajoutez 1 ml de NaOCI à 0,12 % à la cartouche de lavage des réactifs. Le réservoir approprié est équivalent à la position nº 28 de la cartouche préremplie. Figure 21 Charger le NaOCl Combinez les volumes suivants afin d’obtenir une solution de lavage de Tween 20 à 0,05 % : Cartouche de lavage du tampon d’origine Tween 20 à... -
Page 48: Démarrer Le Lavage
éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Faites glisser le réservoir à réactifs usagés vide dans le compartiment de tampon jusqu’à la butée. - Page 49 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx REMARQUE Le filtre à air ne fonctionnera pas correctement s’il est à l’envers. Assurez-vous d’insérer le filtre à air dans le plateau de façon à voir la flèche verte indiquant « Up » (Haut) et à ne plus voir l’étiquette de mise en garde.
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Page 50: Introduction
Annexe A Tâches et paramètres administratifs sur Local Run Manager Introduction Gestion des utilisateurs Paramètres du système Paramètres du module Pistes de vérification Introduction Les tâches et paramètres suivants requièrent l’autorisation d’un utilisateur détenant le niveau d’accès administrateur : Manage user accounts (Gérer les comptes d’utilisateurs) : pour ajouter des utilisateurs, attribuer les autorisations et définir les mots de passe. -
Page 51: Autorisations Des Utilisateurs
(Gestion des utilisateurs). REMARQUE Créez plus d’un compte d’utilisateur détenant le niveau d’accès administrateur. Si l’unique compte d’utilisateur détenant le niveau d’accès administrateur est verrouillé, seule l’assistance technique d’Illumina peut déverrouiller l’instrument. REMARQUE Selon la taille de l’écran sur lequel vous consultez le logiciel, le menu Tools (Outils) peut être condensé... -
Page 52: Réinitialisation Du Mot De Passe De L'utilisateur
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Dans le champ Confirm Password (Confirmer le mot de passe), saisissez de nouveau le mot de passe temporaire. Afin de choisir un rôle, cliquez sur Admin (Administrateur) ou User (Utilisateur) pour passer d’une option à l’autre. -
Page 53: Suppression D'un Utilisateur
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Suppression d’un utilisateur Dans la barre de navigation du tableau de bord, sélectionnez le menu Tools (Outils), puis sélectionnez User Management (Gestion des utilisateurs). Trouvez le nom d’utilisateur pour lequel vous voulez faire des modifications et sélectionnez l’icône Edit (Modifier). -
Page 54: Définition Des Paramètres De Maintenance Du Système
Pour préciser l’emplacement de sauvegarde de la base de données, saisissez le chemin vers l’emplacement de la sauvegarde. Pour restaurer une base de données ayant été sauvegardée, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Dans le champ Backup Period (Période de sauvegarde), saisissez le nombre de jours entre chacune des sauvegardes. -
Page 55: Pistes De Vérification
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Si un module nécessite un manifeste, ajoutez les fichiers de manifeste au module pour les rendre accessibles pour toutes les analyses. Un niveau d’accès administrateur est requis. Dans la barre de navigation du tableau de bord, cliquez sur le menu Tools (Outils), puis sur Module Settings (Paramètres du module). -
Page 56: Filtrage Par Action
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Sélectionnez Filter (Filtrer). Filtrage par nom d’utilisateur Dans le champ Who (Qui), entrez un nom d’utilisateur. Vous pouvez entrer n’importe quelle partie du nom de l’utilisateur. Les astérisques (*) ne sont pas requis. Sélectionnez Filter (Filtrer). Filtrage par action Dans le champ What (Quoi), entrez une description de l’action. -
Page 57: Icônes Des Pistes De Vérification
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Icônes des pistes de vérification Les icônes suivantes sont utilisées à l’écran Audit Trails (Pistes de vérification). Icô ne No m Descriptio n Analysis (Exécution de Indique une modification des paramètres d’exécution de l’analyse ou de son l’analyse) état. -
Page 58: Introduction
Vérification du système Une vérification du système n’est pas nécessaire lors du fonctionnement normal ou de l’entretien de l’instrument. Toutefois, un représentant de l’assistance technique d’Illumina peut vous demander de réaliser une vérification automatique du système à des fins de dépannage. -
Page 59: Réaliser Une Vérification Du Système
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Réaliser une vérification du système À l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System Check (Vérification du système). Lorsque vous êtes invité à fermer le logiciel NOS, sélectionnez Yes (Oui). Chargez les consommables comme suit : Si une Flow Cell usagée ne se trouve pas déjà... -
Page 60: Fichiers De Dépannage
Fichiers de dépannage Un représentant de l’assistance technique d’Illumina peut vous demander de fournir des copies des fichiers propres à une analyse ou à un balayage en particulier afin de résoudre les problèmes. Les fichiers suivants sont généralement utilisés pour le dépannage. -
Page 61: Résoudre Les Erreurs Relevées Par Les Vérifications Automatiques
Pour résoudre les problèmes RTA, vérifiez d’abord le journal des erreurs RTA stocké dans le dossier RTALogs. Ce fichier n’est pas présent pour les analyses réussies. Joignez le journal des erreurs lors du signalement des problèmes à l’assistance technique d’Illumina. Résoudre les erreurs relevées par les vérifications automatiques Si les vérifications automatiques relèvent une erreur, utilisez les recommandations d’action suivantes pour... -
Page 62: Réservoir À Réactifs Usagés Plein
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx T em pérature Actio n reco m m andée Temperature (Température) Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Temperature Sensors (Capteurs de Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. température) Fans (Ventilateurs) Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Systèm e d’im ag erie Actio n reco m m andée... -
Page 63: Message D'erreur Raid
L’ordinateur de l’instrument NextSeq 550Dx est doté de quatre disques durs; deux pour le mode diagnostic et deux pour le mode recherche. Si l’un des disques durs cesse de fonctionner, le système génère un message d’erreur RAID et vous suggère de prendre contact avec l’assistance technique d’Illumina. Un remplacement du disque dur est généralement nécessaire. - Page 64 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Vous pouvez également sélectionner Use the following IP address (Utiliser l’adresse IP suivante) pour connecter manuellement l’instrument à un autre serveur, en procédant comme suit. Communiquez avec votre administrateur réseau pour obtenir les adresses propres à votre installation. Entrez l’adresse IP.
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Page 65: Présentation De Real-Time Analysis
Annexe C Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis Flux de travail de Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis L’instrument NextSeq 550Dx utilise une version du logiciel d’analyse temps réel (Real-Time Analysis, ou RTA) appelée RTA2. RTA2 fonctionne sur l’ordinateur de l’instrument et extrait les intensités des images, effectue les définitions des bases et associe un score de qualité... -
Page 66: Gestion Des Erreurs
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Gestion des erreurs RTA2 crée des fichiers journaux et les enregistre dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont enregistrées dans un fichier d’erreurs au format *.tsv. Les fichiers journaux et d’erreurs suivants sont transférés vers leur emplacement final de sortie à la fin du traitement : *GlobalLog*.tsv récapitule les événements importants survenus pendant l’analyse. -
Page 67: Enregistrement Et Extraction Des Intensités
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Enregistrement et extraction des intensités L’enregistrement et l’extraction des intensités débutent après la génération du modèle. L’enregistrement aligne les images produites par chaque cycle d’imagerie selon le modèle. L’extraction d’intensités détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat du modèle pour une image donnée. -
Page 68: Amplifiats Passant Le Filtre
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 25 Visualisation de l’intensité des amplifiats Tableau 1 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux Canal Canal Base Résultat ro ug e vert 1 (allumé) Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal (allumé) vert. -
Page 69: Notation De La Qualité
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Notation de la qualité Le score de qualité permet de prédire la probabilité d’une erreur dans la définition des bases. Un score de qualité plus élevé suppose qu’une définition des bases est de plus haute qualité et plus susceptible d’être correcte. -
Page 70: Fichiers De Sortie De Séquençage
Annexe D Fichiers et dossiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure du dossier de sortie Fichiers de sortie de séquençage T ype de f ichiers Descriptio n, em placem ent et no m des f ichiers Fichiers de Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont définition des bases rassemblés dans un fichier pour chaque ligne de chaque cycle. -
Page 71: Numérotation Des Lignes
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Tableau 2 Plaques de la Flow Cell Co m po sant de la Rendem ent Descriptio n Flo w Cell élevé Lignes Une ligne est un canal physique possédant des ports d’entrée et de sortie dédiés. Surfaces La Flow Cell est imagée sur deux surfaces : le dessus et le dessous. -
Page 72: Numérotation Des Plaques
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Numérotation des caméras L’instrument NextSeq 550Dx utilise six caméras pour l’imagerie de la Flow Cell. Les caméras sont numérotées de 1 à 6. Les caméras 1 à 3 effectuent l’imagerie de la ligne 1. Les caméras 4 à 6 effectuent l’imagerie de la ligne 3. Une fois l’imagerie des lignes 1 et 3 effectuée, le module d’imagerie se déplace sur l’axe X pour effectuer l’imagerie des lignes 2 et 4. - Page 73 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Structure du dossier de sortie Le logiciel d’exploitation génère automatiquement le nom du dossier de sortie. Data (Données) Intensities (Intensités) BaseCalls (Appels de bases) L001 : fichiers de définition des bases de la ligne 1, rassemblés dans un fichier par cycle. L002 : fichiers de définition des bases de la ligne 2, rassemblés dans un fichier par cycle.
- Page 74 Index compatibilité flow cell, cartouche de réactifs 4 aide suivi RFID 4-5 documentation 1 composants aide, technique 72 barre d’état 2 alertes d’état 9 compartiment d’imagerie 2 algorithme Phred 63 compartiment de réactifs 2 amplifiats passant le filtre 62 compartiment de tampon 2 analyse considérations relatives à...
- Page 75 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx recherche 15 génération du modèle 60-61 emplacement de la sauvegarde 48 gérer l’instrument emplacement des amplifiats arrêter 23 fichiers 64 gestion des utilisateurs 44 génération du modèle 60 erreur de stockage réseau 57 erreurs et avertissements 9, 60 erreurs lors de la vérification avant analyse 55 hypochlorite de sodium, lavage 40 espace disque...
- Page 76 24 numérotation des plaques 66 séquençage pendant l’analyse 12 numérotation des stries 65 séquençage, fichiers de sortie 64 service de surveillance Illumina Proactive 21 suivi RFID 4 suppression d’un utilisateur 47 Document nº 1000000009513 v07 FRA DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT...
- Page 77 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx suppression des dossiers inactifs 48 tâches et paramètres administratifs 44 transfert des données Universal Copy Service 60 Universal Copy Service 60 vérification avant analyse 32 vérification du système 52 Windows accès 10 quitter 23 Document nº 1000000009513 v07 FRA DESTINÉ...
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Page 78: Assistance Technique
T aïw an, Chine 00806651752 Autres pays + (44) 1799 534 000 Fiches signalétiques (SDS) – Disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits – Disponible en téléchargement sur le site support.illumina.com. Document nº 1000000009513 v07 FRA DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT... - Page 79 + (1) 800 809 ILMN (4566) Level 3, 535 Elizabeth Street + (1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) Melbourne, VIC 3000 techsupport@illumina.com Australie www.illumina.com Illumina Netherlands B.V. Steenoven 19 5626 DK Eindhoven Pays-Bas DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT © 2021 Illumina, Inc. Tous droits réservés.