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Notice relative à l'instrument NovaSeq 6000Dx
préparées avec un test représentatif conçu pour étudier une variété de gènes couvrant 1 970 505 bases à
travers les 23 chromosomes humains. Les résultats d'analyse des échantillons provenant de quatre analyses de
séquençage utilisant le flux de travail de génération d'analyse FASTQ et VCF pour les variants germinaux de
l'application DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx ont été comparés aux données de Platinum
Genomes version 2016-1.0.
Pour la première série d'analyses, 192 librairies d'échantillons à index unique ont été séquencées en deux
analyses de séquençage, une avec les réactifs S2 et l'autre avec les réactifs S4, pour vérifier le nombre maximal
d'index pris en charge et la capacité du test à faire systématiquement un appel de génotypage pour un
échantillon donné sur différentes combinaisons de primers d'indexage. Pour la deuxième série d'analyses,
douze librairies d'échantillons à index unique ont été séquencées en deux analyses de séquençage, avec les
réactifs S2 et S4 respectivement, afin de vérifier le nombre minimal d'index pris en charge.
Dans le cas des analyses de 192 index, la PCP pour les SNV allait de 99,7 % à 100 %, la PCP pour les insertions
était de 100 %, la PCP pour les délétions allait de 96,7 % à 100 % et la PCN était de 100 %. Dans le cas des
analyses de 12 index, la PCP pour les SNV allait de 99,7 % à 100 %, la PCP pour les insertions allait de 89,6 % à
100 %, la PCP pour les délétions allait de 94,6 % à 100 % et la PCN était de 100 %.
Contamination par transfert entre échantillons
Le Instrument NovaSeq 6000Dx permet le séquençage de multiples échantillons et contrôles dans une seule
analyse de séquençage. Une étude a été menée pour évaluer l'étendue de la contamination par transfert entre
échantillons au cours d'une analyse de séquençage et entre les analyses de séquençage. Douze échantillons
d'ADN de Platinum Genome, six mâles et six femelles, ont été testés au moyen d'un test représentatif conçu
pour étudier divers gènes couvrant 1 970 505 bases sur 23 chromosomes différents, y compris les deux
chromosomes sexuels. Les librairies ont été séquencées sur le Instrument NovaSeq 6000Dx à l'aide du du flux
de travail de génération d'analyses FASTQ et VCF pour les variants germinaux de l'application DRAGEN for
Illumina DNA Prep with Enrichment Dx. La contamination par transfert des échantillons mâles aux échantillons
femelles a été observée par la présence de lectures de cibles du chromosome Y dans les échantillons femelles.
La contamination par transfert entre échantillons réalisé au cours d'une analyse de séquençage peut survenir au
cours de la génération d'amplifiats, de la définition des bases du cycle de l'index et du démultiplexage des
échantillons. Pour tester la contamination par transfert entre échantillons au cours d'une analyse de
séquençage, un regroupement de librairies composé de douze réplicats d'échantillons mâles et femelles et de
deux contrôles négatifs pour un total de 192 librairies à index unique, a été séquencé sur le Instrument NovaSeq
6000Dx au cours de deux analyses de séquençage avec les réactifs S2 et S4. La contamination par transfert
entre échantillons au cours d'une analyse de séquençage a été évaluée par la comparaison de la couverture des
cibles du chromosome Y de chaque réplicat femelle avec la couverture moyenne des cibles du chromosome Y
de tous les réplicats mâles du regroupement. Le 95e centile de contamination par transfert entre échantillons
observé était de 0,0090 % et de 0,041 % pour les réactifs S2 et S4, respectivement.
Pour tester la contamination par transfert entre échantillons entre les analyses de séquençage, deux
regroupements de librairies ont été préparés et séquencés de façon consécutive sur une Instrument NovaSeq
6000Dx, avec le côte A utilisant les réactifs S4 et le côté B, les réactifs S2. Le premier regroupement contenait
douze réplicats de six échantillons femelles uniques, plus deux contrôles négatifs, pour un total de 96 librairies
Document n°200025276 v01
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
POUR EXPORTATION UNIQUEMENT
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