Manuels Connexes pour illumina HiSeq 2000
Sommaire des Matières pour illumina HiSeq 2000
- Page 1 HiSeq 2000 Guide du système Document nº 15011190 v02 FRA EXCLUSIF À ILLUMINA Mars 2018 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 2 écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de ses droits d’auteur ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers quelconque par ce document.
- Page 3 Ajout de Custom Protocol Selector à la section Ressources supplémentaires. Ajout de renseignements sur le service de surveillance Illumina Proactive à la section Afficher et envoyer les données de l’instrument. Ajout d’une remarque concernant la fréquence approximative du renouvellement des tubes et des flacons de lavage.
- Page 4 Guide du système HiSeq 2000 Document Date Description des modifications Nº 15011190 Rév. U Avril Mise à jour des descriptions du logiciel HCS v2.2 qui comprend le 2014 mode à débit élevé HiSeq v4, la suppression de l’option de ligne de contrôle, le compartimentage par score de qualité par défaut et l’option permettant d’utiliser différents programmes d’indexage dans chaque ligne.
- Page 5 Guide du système HiSeq 2000 Document Date Description des modifications Nº 15011190 Rév. K Octobre Mise à jour des renseignements suivants : • Instructions de fractionnement de l’ICB 2011 • Volumes de HP3 pour des analyses à index et à paires de bases appariées •...
- Page 6 Table des matières Historique des révisions Chapitre 1 Vue d’ensemble Introduction Ressources supplémentaires Composants de l’instrument Présentation des consommables pour le séquençage Chapitre 2 Pour commencer Démarrer le système HiSeq 2000 Personnaliser les paramètres du système Afficher et envoyer les données de l’instrument Consommables fournis par l’utilisateur Chapitre 3 Séquençage en mode HiSeq v4 Introduction...
- Page 7 Guide du système HiSeq 2000 Annexe A Dépannage Problèmes possibles de configuration de l’analyse Réaliser une vérification de la fluidique BaseSpace n’est pas disponible Arrêter et reprendre une analyse Interrompre une analyse Échelonner les analyses sur la Flow Cell A et la Flow Cell B Diviser les trousses SBS Réhybridation du primer Annexe B Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis...
- Page 8 L’analyse en aval des données de séquençage peut être effectuée avec le logiciel d’analyse d’Illumina ou avec un logiciel tiers sur IlluminaCompute, Illumina BaseSpace ou une infrastructure personnalisée.
- Page 9 Cette étape s’applique à la plupart des types de librairie. Consultez la page d’aide du système HiSeq 2000 sur le site Web d’Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions.
- Page 10 Guide du système HiSeq 2000 B Compartiment de Flow Cell : contient la platine de Flow Cell commandée par dépression, qui maintient la Flow Cell en place pendant les analyses de séquençage. C Compartiment fluidique : contient les pompes fluidiques qui envoient les réactifs à la Flow Cell, puis au conteneur à...
- Page 11 Guide du système HiSeq 2000 Supports de réactifs SBS : contiennent des flacons coniques de 250 ml. Le support de réactifs de la Flow Cell A se trouve dans la position centrale et le support de la Flow Cell B est situé dans la position la plus à droite. Chaque support de réactifs présente des positions numérotées qui correspondent à des branchements sur la soupape du sélecteur de réactifs interne.
- Page 12 Guide du système HiSeq 2000 Icônes d’état Une icône d’état située dans le coin supérieur droit de chaque écran affiche les modifications des conditions, les erreurs ou les avertissements qui surviennent lors de la configuration de l’analyse ainsi que pendant l’analyse. Icône Nom de l’état Description...
- Page 13 Guide du système HiSeq 2000 Espace disponible sur le disque L’ordinateur de l’instrument HiSeq a une capacité de stockage dépassant 2,7 To par Flow Cell. Les données de la Flow Cell A sont stockées sur le lecteur D: et les données de la Flow Cell B sont stockées sur le lecteur E:.
- Page 14 Guide du système HiSeq 2000 Primers de séquençage pour les librairies Nextera Le primer de séquençage pour l’index 1 (HP8) et le primer de séquençage pour la lecture 2 (HP7) fournis dans la trousse d’amplifiats TruSeq v3 ne sont pas compatibles avec les librairies Nextera. Lors du séquençage des librairies Nextera, utilisez le primer de séquençage de l’index 1 (HP14) et le primer de séquençage de la lecture 2 (HP11) fournis dans la boîte de primers de séquençage à...
- Page 15 Chapitre 2 Pour commencer Démarrer le système HiSeq 2000 Personnaliser les paramètres du système Afficher et envoyer les données de l’instrument Consommables fournis par l’utilisateur Démarrer le système HiSeq 2000 Démarrez l’ordinateur de commande de l’instrument. Attendez que le système se charge, puis connectez-vous au système d’exploitation. Si nécessaire, consultez l’administrateur de votre établissement pour obtenir le nom d’utilisateur et le mot de passe.
- Page 16 LIMS User Name (Nom d’utilisateur LIMS) : nom d’utilisateur utilisé lors de l’authentification sur Illumina LIMS. LIMS Password (Mot de passe LIMS) : mot de passe utilisé lors de l’authentification sur Illumina LIMS. Cliquez sur OK pour enregistrer votre travail et fermer la fenêtre Menu Options (Options du menu).
- Page 17 Menu | About (Menu | À propos). Send instrument health information to Illumina to aid technical support (Envoyer les données sur l’état de l’instrument à Illumina pour faciliter l’assistance technique) : Sélectionnez cette option pour activer le service de surveillance Illumina Proactive.
- Page 18 Guide du système HiSeq 2000 Consommables fournis par l’utilisateur Consommable Fournisseur Utilisation Tampons imbibés VWR, nº de référence 95041-714 Nettoyage de la Flow Cell et de la Fournisseur de laboratoire général d’alcool isopropylique à 70 % platine de Flow Cell. Éthanol à 70 % Bonbonne, au moins six litres Fournisseur de laboratoire général Préparation de la solution de lavage de maintenance.
- Page 19 Pour obtenir des renseignements sur la durée des analyses ainsi que sur d’autres caractéristiques de performance, consultez la page relative aux caractéristiques de l’instrument HiSeq 2000 sur le site Web d’Illumina. Échelonner des analyses Vous pouvez démarrer une nouvelle analyse sur la Flow Cell A ou sur la Flow Cell B lorsqu’une analyse est en cours sur la Flow Cell adjacente.
- Page 20 Guide du système HiSeq 2000 Flux de travail de séquençage HiSeq v4 Préparez tous les réactifs pour l’analyse. Saisissez les paramètres de l’analyse. Lorsque vous y êtes invité, chargez tous les réactifs pour l’analyse : • Chargez les réactifs SBS pour la lecture 1 et la lecture 2. •...
- Page 21 Guide du système HiSeq 2000 Préparer les réactifs SBS Les réactifs SBS sont chargés dans l’instrument au début de l’analyse. Pour la préparation des réactifs, suivez les directives ci-dessous afin de décongeler les réactifs SBS. Décongeler les réactifs SBS Retirez le CRM, l’IRM et l’USM de leur lieu de stockage entre -25 °C et -15 °C. Protégez l’IRM de la lumière.
- Page 22 Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Décongeler les réactifs appariés Retirez les réactifs suivants de leur lieu de stockage entre -25 °C et -15 °C : Pour les analyses sans index : AMS, FDR, FLM2, FPM, FRM et HP11...
- Page 23 Guide du système HiSeq 2000 Saisir les paramètres de l’analyse Commencez la configuration de l’analyse en saisissant les paramètres de l’analyse dans une série d’écrans sous l’onglet Run Configuration (Configuration de l’analyse). Le logiciel vous guidera à travers les écrans afin de définir la connectivité...
- Page 24 Guide du système HiSeq 2000 Sélectionnez Next (Suivant). Écran Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell) L’écran Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell) consigne des renseignements sur la Flow Cell utilisée pour l’analyse. Tous les champs sont requis. Numérisez ou saisissez l’identifiant (numéro du code à barres) de la Flow Cell à séquencer. L’identifiant de la Flow Cell sert à...
- Page 25 Guide du système HiSeq 2000 REMARQUE Les longueurs de lecture peuvent ne pas être identiques. Vérifiez les paramètres de chimie suivants, générés automatiquement : SBS : trousse SBS HiSeq v4 Index : index simple HiSeq v4 ou index double HiSeq v4 Rotation des lectures appariées : trousse d’amplifiats appariés HiSeq v4 [Facultatif] Cochez la case Use Existing Recipe (Utiliser la formule existante) pour utiliser une formule personnalisée.
- Page 26 Guide du système HiSeq 2000 Charger et amorcer les réactifs Une fois définis les paramètres de l’analyse, chargez les réactifs SBS, les réactifs d’indexage et les réactifs appariés destinés à l’analyse, puis amorcez les réactifs dans le système fluidique. Le logiciel vous guide à travers ces étapes à...
- Page 27 Guide du système HiSeq 2000 Charger les réactifs d’indexage Assurez-vous que le support à paires de bases appariées n’est pas utilisé pour la resynthèse pour la lecture 2, la préparation de la lecture d’index 1 (i7) ou la préparation de la lecture d’index 2 (i5) dans la Flow Cell adjacente.
- Page 28 Guide du système HiSeq 2000 Charger les réactifs appariés Relevez les dispositifs d’aspiration du support de réactifs appariés, comme suit : Tirez la poignée vers vous, puis soulevez-la. b Relâchez la poignée dans la fente située en haut de la ligne. Veillez à ce que la poignée soit bien fixée dans la fente.
- Page 29 Guide du système HiSeq 2000 Nettoyez-la à l’aide de lingettes alcoolisées et d’un chiffon pour nettoyage de lentilles. Placez la Flow Cell sur le portoir de Flow Cell, les ports d’entrée et de sortie orientés vers le bas et le code à barres vers la droite. Veillez à ce que la flèche sur le côté gauche de la Flow Cell, qui indique le sens du flux, pointe vers l’instrument.
- Page 30 Guide du système HiSeq 2000 Vérifier que le flux est correct La vérification du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et que le collecteur est engagé. Numérisez ou saisissez l’identifiant de la Flow Cell d’amorçage (numéro du code à barres). Sélectionnez la position 2 dans la liste déroulante.
- Page 31 Guide du système HiSeq 2000 Le total est calculé comme suit : 250 µl pour chaque position SBS, sauf pour la position 2 (250 × 7 = 1,75 ml) 1,75 ml pour chaque ligne (1,75 × 8 = 14 ml) Replacez les tubes d’évacuation dans le conteneur à déchets. Sélectionnez Next (Suivant). Charger la Flow Cell de séquençage Le chargement de la Flow Cell de séquençage comprend le retrait de la Flow Cell d’amorçage, le nettoyage du portoir de Flow Cell, le chargement de la Flow Cell en amplifiats et la vérification de l’adéquation du flux.
- Page 32 Guide du système HiSeq 2000 Tenez à deux doigts les bords de la Flow Cell de manière à ce que les ports d’entrée et de sortie soient face vers le haut. Essuyez chaque côté de la Flow Cell d’un seul mouvement de balayage. Répétez jusqu’à ce qu’elle soit propre, en repliant la lingette d’alcool entre chaque mouvement.
- Page 33 Guide du système HiSeq 2000 Vérifier que le flux est correct La vérification du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et que le collecteur est engagé. Sélectionnez la position 5 dans la liste déroulante. Vérifiez les valeurs par défaut suivantes : Volume : 250 Taux d’aspiration : 250 Taux de distribution : 2 000...
- Page 34 Guide du système HiSeq 2000 Surveiller l’analyse Surveillez les indicateurs de l’analyse à l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse). Figure 10 Écran Run Overview (Aperçu de l’analyse) A Barre de progression : surveillance du nombre de cycles terminés. B Graphique de la fluidique : développement de la section de la fluidique pour surveiller les étapes de la chimie.
- Page 35 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Réaliser un lavage à l’eau Un lavage à l’eau est requis après chaque analyse de séquençage afin de laver le système et de vérifier la fluidique.
- Page 36 Guide du système HiSeq 2000 Effectuez une vérification de la fluidique : Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante. b Acceptez les valeurs de pompe par défaut. Sélectionnez Pump (Pompe). d Inspectez la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes et de fuites à proximité des collecteurs. Retirez les tubes d’évacuation correspondant à...
- Page 37 Pour obtenir des renseignements sur la durée des analyses ainsi que sur d’autres caractéristiques de performance, consultez la page relative aux caractéristiques de l’instrument HiSeq 2000 sur le site Web d’Illumina. Échelonner des analyses Vous pouvez démarrer une nouvelle analyse sur la Flow Cell A ou sur la Flow Cell B lorsqu’une analyse est en cours sur la Flow Cell adjacente.
- Page 38 Guide du système HiSeq 2000 Flux de travail de séquençage TruSeq v3 Préparez les réactifs SBS pour la lecture 1 et les réactifs d’indexage. Définissez les paramètres de l’analyse à l’aide du logiciel de commande. Lorsque vous y êtes invité, chargez tous les réactifs pour la lecture 1 : •...
- Page 39 Guide du système HiSeq 2000 Préparer les réactifs pour la lecture 1 Avant de configurer l’analyse, préparez les réactifs pour la lecture 1 et les lectures d’index. Chargez les réactifs préparés lorsque vous y êtes invité par le logiciel de commande. Les réactifs pour la lecture 1 peuvent être préparés pendant la génération d’amplifiats. Pour obtenir des directives sur la préparation des réactifs de génération d’amplifiats et sur la génération des amplifiats, consultez le Guide du système cBot (document nº 15006165).
- Page 40 Guide du système HiSeq 2000 Réservez le SRE sur de la glace. Réservez séparément le CMR sur de la glace afin d’éviter la contamination croisée. Retirez le LFN de son lieu de stockage entre -25 °C et -15 °C : Pour la trousse SBS de 50 cycles : retirez un tube. Pour la trousse SBS de 200 cycles : retirez deux tubes.
- Page 41 Guide du système HiSeq 2000 Ajoutez le volume de LFN mesuré dans le nouveau flacon d’ICB. Rincez chaque tube de LFN avec de l’ICB pour vous assurer que tout le LFN est transféré. Ajoutez le volume d’EDP mesuré à la solution d’ICB et de LFN. Rincez le tube d’EDP avec la solution d’ICB et de LFN pour vous assurer que tout l’EDP est transféré.
- Page 42 Guide du système HiSeq 2000 Préparer le HT2 Inversez pour mélanger. Centrifugez à 1 000 tr/min pendant une minute. Réservez à température ambiante. Préparer le HP3 pour les analyses à index double Renversez pour mélanger le contenu, puis passez à la centrifugeuse à impulsions. Combinez les volumes de HP3 et de PW1 suivants : Pour les analyses à...
- Page 43 Guide du système HiSeq 2000 À l’écran de bienvenue, sélectionnez Sequence | New Run (Séquence | Nouvelle analyse) pour afficher l’écran Integration (Intégration). [Facultatif] Établissez la connexion à BaseSpace Sequence Hub de la façon suivante. Sélectionnez BaseSpace. b Sélectionnez l’une des options BaseSpace suivantes : Storage and Analysis (Stockage et analyse) : envoi des données de l’analyse à BaseSpace Sequence Hub pour la surveillance à...
- Page 44 Guide du système HiSeq 2000 Saisissez un nom d’expérience qui apparaîtra sur chaque écran et permettra l’identification de l’analyse en cours. Saisissez un nom d’utilisateur, puis sélectionnez Next (Suivant). Écran Advanced (Paramètres avancés) [Facultatif] Cochez la case Confirm First Base (Confirmer la première base). Un rapport de la première base est automatiquement généré...
- Page 45 Guide du système HiSeq 2000 Vérifiez les paramètres de chimie suivants, générés automatiquement : SBS : trousse SBS TruSeq v3 b Index : boîte de primers de séquençage multiplex TruSeq ou boîte de primers de séquençage à index double TruSeq Rotation des lectures appariées : trousse d’amplifiats appariés TruSeq v3 [Facultatif] Cochez la case Use Existing Recipe (Utiliser la formule existante) pour utiliser une formule personnalisée.
- Page 46 Guide du système HiSeq 2000 Charger et amorcer les réactifs Une fois définis les paramètres de l’analyse, chargez les réactifs SBS, les réactifs d’indexage et les réactifs appariés destinés à l’analyse, puis amorcez les réactifs dans le système fluidique. Le logiciel vous guide à travers ces étapes à...
- Page 47 Guide du système HiSeq 2000 Charger les réactifs d’indexage Assurez-vous que le support à paires de bases appariées n’est pas utilisé pour la resynthèse pour la lecture 2, la préparation de la lecture d’index 1 (i7) ou la préparation de la lecture d’index 2 (i5) dans la Flow Cell adjacente.
- Page 48 Guide du système HiSeq 2000 Amorcer les réactifs Les étapes d’amorçage des réactifs comprennent le chargement d’une Flow Cell d’amorçage, la vérification de l’adéquation du flux et le démarrage de l’amorce. ATTENTION Utilisez systématiquement une Flow Cell usagée pour amorcer les réactifs. Vous pouvez utiliser la Flow Cell d’une analyse précédente pour l’amorçage des réactifs en vue d’une analyse ultérieure ou d’un lavage après analyse.
- Page 49 Guide du système HiSeq 2000 Vérifier que le flux est correct La vérification du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et que le collecteur est engagé. Numérisez ou saisissez l’identifiant de la Flow Cell d’amorçage (numéro du code à barres). Sélectionnez la position 2 dans la liste déroulante.
- Page 50 Guide du système HiSeq 2000 Le total est calculé comme suit : 250 µl pour chaque position SBS, sauf pour la position 2 (250 × 7 = 1,75 ml) 1,75 ml pour chaque ligne (1,75 × 8 = 14 ml) Replacez les tubes d’évacuation dans le conteneur à déchets. Sélectionnez Next (Suivant). Charger la Flow Cell de séquençage Le chargement de la Flow Cell de séquençage comprend le retrait de la Flow Cell d’amorçage, le nettoyage du portoir de Flow Cell, le chargement de la Flow Cell en amplifiats et la vérification de l’adéquation du flux.
- Page 51 Guide du système HiSeq 2000 Tenez à deux doigts les bords de la Flow Cell de manière à ce que les ports d’entrée et de sortie soient face vers le haut. Essuyez chaque côté de la Flow Cell d’un seul mouvement de balayage. Répétez jusqu’à ce qu’elle soit propre, en repliant la lingette d’alcool entre chaque mouvement.
- Page 52 Guide du système HiSeq 2000 Vérifier que le flux est correct La vérification du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et que le collecteur est engagé. Sélectionnez la position 5 dans la liste déroulante. Vérifiez les valeurs par défaut suivantes : Volume : 250 Taux d’aspiration : 250 Taux de distribution : 2 000...
- Page 53 Guide du système HiSeq 2000 Surveiller l’analyse Surveillez les indicateurs de l’analyse à l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse). Figure 16 Écran Run Overview (Aperçu de l’analyse) A Barre de progression : surveillance du nombre de cycles terminés. B Graphique de la fluidique : développement de la section de la fluidique pour surveiller les étapes de la chimie.
- Page 54 Centrifugez à 1 000 tr/min pendant une minute. N’agitez pas les tubes. Réservez sur de la glace. Préparation de l’Illumina Chromosome Browser (ICB) pour la lecture 2 (sans index ou à index simple) Retirez deux tubes de LFN du lieu de stockage maintenu entre -25 °C et -15 °C et faites-les décongeler dans un bécher contenant de l’eau désionisée à...
- Page 55 Guide du système HiSeq 2000 Une fois les deux tubes de LFN décongelés, ajoutez leur contenu au flacon contenant 47 ml d’ICB. Rincez chaque tube de LFN avec de l’ICB pour vous assurer que tout le LFN est transféré. Ajoutez 1,1 ml d’EDP à la solution d’ICB et de LFN. Replacez l’EDP inutilisé...
- Page 56 Guide du système HiSeq 2000 Tableau 9 Positions des réactifs appariés Position Réactif Description Mélange de resynthèse LMX2 Mélange de linéarisation 2 Mélange de blocage AMX2 Mélange d’amplification 2 APM2 Prémélange AMX2 Formamide 100 % HP7 ou HP11 Primer de séquençage pour la lecture 2 Solution de dénaturation Tampon de lavage Glissez le support de réactifs dans le compartiment de réactifs.
- Page 57 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Réaliser un lavage à l’eau Un lavage à l’eau est requis après chaque analyse de séquençage afin de laver le système et de vérifier la fluidique.
- Page 58 Guide du système HiSeq 2000 Effectuez une vérification de la fluidique : Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante. b Acceptez les valeurs de pompe par défaut. Sélectionnez Pump (Pompe). d Inspectez la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes et de fuites à proximité des collecteurs. Retirez les tubes d’évacuation correspondant à...
- Page 59 évitant l’accumulation de sel et la contamination croisée des réactifs. Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
- Page 60 Guide du système HiSeq 2000 Mélangez soigneusement sur une plaque d’agitation. Ajoutez quatre litres d’eau de laboratoire. Ces volumes permettent d’obtenir une solution de Tween 20 à 0,5 % et de ProClin 300 à 0,03 % environ. Continuez d’agiter jusqu’à ce que la solution soit bien mélangée. Réservez dans un récipient fermé...
- Page 61 Guide du système HiSeq 2000 Figure 17 Retrait des joints de collecteur usagés 12 Placez un nouveau joint à huit ports dans chaque fente située à l’avant et à l’arrière du portoir de Flow Cell. Appuyez légèrement pour les mettre en place. 13 Chargez de nouveau la Flow Cell que vous avez retirée pour installer les nouveaux joints. 14 Assurez-vous que la case Vacuum Engaged (Décompression en cours) est cochée, puis sélectionnez Next (Suivant).
- Page 62 Guide du système HiSeq 2000 Laisser l’instrument inactif Utilisez les instructions suivantes pour préparer l’instrument à rester à l’état d’inactivité pendant une période pouvant aller jusqu’à 10 jours. Pour une durée supérieure à 10 jours, éteignez plutôt l’instrument. Procédez à un lavage de maintenance pour rincer le système. Laissez la Flow Cell sur la platine de Flow Cell avec le levier de Flow Cell en position 2.
- Page 63 Annexe A Dépannage Problèmes possibles de configuration de l’analyse Réaliser une vérification de la fluidique BaseSpace n’est pas disponible Arrêter et reprendre une analyse Interrompre une analyse Échelonner les analyses sur la Flow Cell A et la Flow Cell B Diviser les trousses SBS Réhybridation du primer Problèmes possibles de configuration de l’analyse Problème Cause possible...
- Page 64 Si BaseSpace n’est pas disponible, ouvrez les Services Windows pour vérifier que BaseSpace Broker a démarré. Si ce n’est pas le cas, redémarrez-le. Si les services sont en fonction et que BaseSpace n’est toujours par disponible, contactez l’assistance technique d’Illumina. Arrêter et reprendre une analyse L’arrêt de l’analyse peut être nécessaire si celle-ci a été...
- Page 65 Guide du système HiSeq 2000 Arrêter une analyse À l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse), sélectionnez Stop (Arrêter) pour ouvrir le menu d’interruption. Figure 18 Menu d’interruption Sélectionnez l’une des options d’arrêt suivantes : Normal Stop (End of Lane\Chemistry) (Arrêt normal [Fin de ligne\chimie]) : n’arrête l’analyse qu’une fois la commande actuelle de chimie ou d’imagerie terminée, puis place la Flow Cell en état de sécurité.
- Page 66 Guide du système HiSeq 2000 Le logiciel reprend l’analyse au point où elle a été arrêtée et revient par défaut à la bonne configuration à l’écran Resume (Reprendre). Confirmez les paramètres par défaut suivants, ou sélectionnez l’endroit approprié où reprendre l’analyse. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Exemples de paramètres pour la reprise d’une analyse,...
- Page 67 Guide du système HiSeq 2000 Changer les réactifs en cours d’analyse Si vous avez commencé l’analyse avec un volume partiel de réactifs, utilisez la fonction Change Reagents (Changer les réactifs) pour interrompre l’analyse et remplir les réactifs. REMARQUE L’amorçage n’est pas nécessaire. À...
- Page 68 Guide du système HiSeq 2000 Apposez une étiquette portant le numéro de la position et le nom du réactif sur sept flacons de 250 ml, de la façon suivante : Nº1, IRM Nº3, USM Nº4, SB1 Nº5, SB2 Nº6, SB2 Nº7, CRM Nº8, SB3 Ajoutez le volume suivant à...
- Page 69 Guide du système HiSeq 2000 Numéro Nom du réactif Volume 100 ml SB2 (position 5) 62 ml SB2 (position 6) 62 ml 107 ml 110 ml Utilisez les deux ensembles de réactifs pour deux analyses en cours ou conservez-en un aux températures suivantes : Conservez le CMR, le SRE et l’EDP entre -25 °C et -15 °C. Conservez l’ICB, le SB1, le SB2 et le SB3 entre 2 °C et 8 °C.
- Page 70 Annexe B Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis Flux de travail de Real-Time Analysis Surveiller les indicateurs de l’analyse Présentation de Real-Time Analysis Le logiciel Real-Time Analysis (RTA) fonctionne sur l’ordinateur de l’instrument, effectuant la définition des bases et attribuant un score de qualité pour chacune des définitions des bases. Le logiciel suit l’état de chaque plaque et détermine le moment où...
- Page 71 Guide du système HiSeq 2000 Le logiciel RTA fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des fichiers InterOp. Les fichiers InterOp sont des fichiers binaires contenant des indicateurs relatifs aux plaques, aux cycles et au niveau de lecture, et sont nécessaires pour afficher les indicateurs dans le visualiseur d’analyse de séquençage (SAV).
- Page 72 Guide du système HiSeq 2000 Génération du modèle La génération du modèle établit et définit la position de chaque amplifiat dans une plaque à l’aide des coordonnées X et Y. Le modèle est utilisé comme référence pour l’étape suivante d’enregistrement et l’extraction des intensités. En raison du réseau aléatoire d’amplifiats sur la Flow Cell, la génération du modèle nécessite des données d’images provenant des cinq premiers cycles de l’analyse.
- Page 73 Guide du système HiSeq 2000 La mise en phase se produit lorsqu’un brin a un retard d’une base. La mise en préphase se produit lorsqu’un brin a une avance d’une base. Figure 20 Mise en phase et en préphase A Lecture avec une base présentant une mise en phase B Lecture avec une base présentant une mise en préphase Le logiciel d’analyse en temps réel (RTA) corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase à...
- Page 74 Guide du système HiSeq 2000 Le score de qualité est un moyen simple d’indiquer la probabilité de petites erreurs. Q(X) représente les scores de qualité, où X est le score. Le tableau suivant montre la relation entre le score de qualité et la probabilité...
- Page 75 Guide du système HiSeq 2000 Surveiller les indicateurs de l’analyse Le logiciel RTA génère automatiquement des indicateurs de qualité lorsque l’analyse des images commence. Les indicateurs ne sont toutefois pas tous disponibles aux premiers cycles, car certains processus nécessitent plusieurs cycles pour générer des données. Données Cycle Analyse des images...
- Page 76 Annexe C Fichiers et dossiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure du dossier de sortie Numérotation des plaques Images miniatures Fichiers de sortie de séquençage Type de fichier Description, emplacement et nom des fichiers Fichiers de définition des Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases qui contient la bases définition des bases ainsi que le score de qualité encodé.
- Page 77 Guide du système HiSeq 2000 Type de fichier Description, emplacement et nom des fichiers Fichier de renseignements Indique le nom de l’analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une lecture sur l’analyse indexée et le nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur l’analyse est créé...
- Page 78 Guide du système HiSeq 2000 Nom et chemin d’accès des dossiers de l’analyse Le dossier de l’analyse est le dossier racine réceptionnant les données de sortie d’une analyse de séquençage. Lors de la configuration de l’analyse, le logiciel vous invite à saisir le chemin d’accès au dossier de l’analyse.
- Page 79 Guide du système HiSeq 2000 Images miniatures Vous pouvez configurer le logiciel de commande pour qu’il génère des images miniatures au format de fichier *.jpg. Des images miniatures sont générées pour chaque cycle et chaque base. Le logiciel de commande recueille les images des neuf sections d’une plaque. Ces neuf images sont fusionnées en une seule image miniature, qui peut être utilisée pour résoudre des problèmes liés à...
- Page 80 HiSeq 2 feuilles d’échantillons 18, 38 données intégration 1 compression 67 bcl2fastq, version 63 envoi à Illumina 10 boîte de primers de séquençage à index double Illumina Proactive 10 TruSeq par cycle 68 réactifs requis 14 données de stockage 6 utilisation 7 dossiers de l’analyse, temporaires 71...
- Page 81 Guide du système HiSeq 2000 dossiers temporaires 71 HCS 4 ouverture 8 échelonnage des analyses 60 HP7 et HP11 47 écran Run Overview (Aperçu de l’analyse) 27, 46 HP8 et HP14 34 emplacement des amplifiats 65, 68 HP9 et HP14 14 emplacement des dossiers 9, 70-71 HP9 et RMR 34 emplacement des dossiers de l’analyse 71...
- Page 82 27, numéros de référence consommables fournis par l’utilisateur 11 réactifs 60 trousses de réactifs 6 analyses courtes 60 trousses de réhybridation d’Illumina 62 manipulation après analyse 28, 50 réactifs d’indexage HiSeq v4 14 TruSeq v3 34 Document nº 15011190 v02 FRA...
- Page 83 64 schéma d’indexage 18, 38 scores de qualité 66, 68 surveillance 27, 46 service de surveillance Illumina Proactive 10 solution de lavage de maintenance 52 stockage de la solution de lavage de maintenance 52 stockage des données 16, 36 stockage des trousses de réactifs divisées 61-62...
- Page 84 00806651752 Autres pays +44 1799 534000 Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation produit : disponible en téléchargement au format PDF sur le site Web d’Illumina. Rendez-vous sur support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez sur Documentation & Literature (Documentation).
- Page 85 Document nº 15011190 v02 FRA Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis +(1) 800 809-ILMN (4566) +(1) 858 202-4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. © 2018 Illumina, Inc. Tous droits réservés.