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Guide du système HiSeq 2000
Génération du modèle
La génération du modèle établit et définit la position de chaque amplifiat dans une plaque à l'aide des
coordonnées X et Y. Le modèle est utilisé comme référence pour l'étape suivante d'enregistrement et
l'extraction des intensités.
En raison du réseau aléatoire d'amplifiats sur la Flow Cell, la génération du modèle nécessite des données
d'images provenant des cinq premiers cycles de l'analyse. Une fois l'imagerie du dernier cycle de modèle
d'une plaque réalisée, le modèle est généré.
Les positions des amplifiats s'inscrivent dans un même fichier d'emplacement des amplifiats (*.locs) ou dans
un fichier d'emplacement des amplifiats compressé (*clocs) pour chaque plaque. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez la section
Enregistrement et extraction des intensités
L'enregistrement et l'extraction d'intensités commencent après la génération du modèle des positions de
l'amplifiat.
L'enregistrement aligne les images produites à chaque cycle en réponse à la génération du modèle en
u
fonction du modèle.
L'extraction d'intensités détermine une valeur d'intensité pour chaque amplifiat du modèle pour une
u
image donnée.
S'il y a échec d'enregistrement de l'image d'un cycle, quelle qu'elle soit, aucune définition des bases ne sera
générée pour cette plaque dans ce cycle. Utilisez le logiciel SAV pour examiner les images miniatures et
trouver les images dont l'enregistrement a échoué.
Correction de la matrice de couleurs
Après l'enregistrement et l'extraction de l'intensité, le logiciel RTA corrige les interférences entre les canaux.
Les interférences se produisent par exemple lorsqu'un amplifiat a une intensité dans le canal C, mais
également dans le canal A. À l'aide d'une matrice de couleurs 4 x 4, le logiciel RTA génère des intensités
corrigées par matrice avec interférences inexistantes ou faibles, puis équilibre les différences générales
d'intensité entre les canaux de couleur.
Correction de la mise en phase empirique
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d'ADN dans un amplifiat s'étend d'une base par cycle. La
mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu'un brin est déphasé par rapport au cycle
d'incorporation en cours.
Document nº 15011190 v02 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Fichiers de sortie de séquençage,
page 69.
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