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Guide du système HiSeq 2000
La mise en phase se produit lorsqu'un brin a un retard d'une base.
u
La mise en préphase se produit lorsqu'un brin a une avance d'une base.
u
Figure 20 Mise en phase et en préphase
A Lecture avec une base présentant une mise en phase
B Lecture avec une base présentant une mise en préphase
Le logiciel d'analyse en temps réel (RTA) corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase à
l'aide de l'algorithme de correction empirique de la mise en phase, qui optimise la qualité des données à
chaque cycle tout au long de l'analyse.
Définition des bases
Après la correction des intensités brutes en termes d'interférence, de mise en phase et de mise en
préphase, le canal dont l'intensité est la plus forte correspond à la définition pour cet amplifiat dans ce cycle.
La définition des bases sur le système HiSeq 2000 à l'aide de RTA commence après le cycle 12.
La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d'une plaque donnée d'un
cycle spécifique. Les définitions des bases sont enregistrées dans des fichiers de définition des bases (*.bcl).
Il s'agit de fichiers binaires comportant un octet par définition et par score de qualité. Chaque fichier de
définition des bases contient la définition des bases et le score de qualité qui lui est associé. Pour qu'une
base puisse être définie pour un amplifiat, celui-ci doit d'abord franchir le filtre de pureté. Les amplifiats qui
ne passent pas le filtre ou qui ne peuvent pas être définis car ils sont en dehors de l'image ou parce que
l'enregistrement de l'image a échoué sont des « no-calls » (sans définition). On représente un « no-call » par la
mention « (N) ».
Amplifiats passant le filtre
Pendant les 25 premiers cycles de la lecture 1, le filtre de pureté supprime les amplifiats les moins fiables des
résultats d'analyse. Les amplifiats passent le filtre si deux définitions des bases ou moins présentent une
valeur de pureté inférieure à 0,6 dans les 25 premiers cycles. La pureté est le rapport de l'intensité de base la
plus forte divisée par la somme de l'intensité de base la plus forte et de celle la suivant immédiatement. Les
rapports d'analyse désignent le pourcentage d'amplifiats passant le filtre par %PF.
Les amplifiats de faible qualité sont supprimés du compte d'amplifiats bruts pendant la génération du
modèle, ce qui produit un pourcentage relativement élevé d'amplifiats passant le filtre.
Notation de la qualité
Un score de qualité, ou Q-score, permet de prédire la probabilité d'une erreur dans la définition des bases.
Un score de qualité plus élevé implique qu'une définition des bases est de plus haute qualité et plus
susceptible d'être correcte.
Document nº 15011190 v02 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
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