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Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Surveiller les indicateurs de l'analyse
Présentation de Real-Time Analysis
Le logiciel Real-Time Analysis (RTA) fonctionne sur l'ordinateur de l'instrument, effectuant la définition des
bases et attribuant un score de qualité pour chacune des définitions des bases.
Le logiciel suit l'état de chaque plaque et détermine le moment où celle-ci passe à l'étape suivante du
processus. Lorsque RTA fait progresser une plaque, il produit un fichier pour l'étape terminée et commence
l'étape suivante. Le logiciel peut ainsi déterminer l'état de chaque plaque en fonction des fichiers existants.
Si RTA est arrêté, il enregistre les données d'analyse et peut reprendre le traitement.
Fichiers d'entrée
Le logiciel RTA requiert les fichiers d'entrée suivants :
Les fichiers d'intensité des amplifiats, qui contiennent les résultats de l'analyse d'images.
u
Le fichier RunInfo.xml, généré automatiquement par le logiciel de commande au début de l'analyse.
u
À partir de ce fichier, le logiciel RTA lit le nom de l'analyse, le nombre de cycles, vérifie si une lecture est
indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
HiSeq.Configuration.xml, qui est un fichier de configuration de l'instrument au format XML.
u
RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
u
Le logiciel RTA utilise les paramètres d'analyse spécifiés pendant la configuration de l'analyse et reçoit des
ordres du logiciel de commande comprenant des renseignements concernant le moment du lancement et
l'emplacement du fichier RunInfo.xml.
Fichiers de sortie
Les plaques sont de petites zones d'imagerie sur la Flow Cell qui constituent une unité de vision pour la
caméra. Pour chaque plaque analysée, RTA produit un ensemble de fichiers de définition des bases dont la
qualité est notée et des fichiers de filtrage en tant que sorties primaires. Les autres fichiers prennent en
charge la génération de fichiers de sortie primaires.
Fichiers de définition des bases : pour chaque plaque analysée, un fichier de définition des bases
u
compressé (*.bcl) est généré pour chaque plaque par cycle. Le fichier de définition des bases contient la
définition des bases et le score de qualité qui lui est associé.
Fichiers de filtrage : chaque plaque génère des renseignements sur le filtre inclus dans un fichier de
u
filtrage (*.filter) pour chaque plaque au cours de la totalité de l'analyse. Le fichier de filtrage précise si les
amplifiats ont franchi le filtre.
Fichiers d'emplacement des amplifiats : un fichier d'emplacement des amplifiats (*.locs) contient les
u
coordonnées X et Y de chaque amplifiat sur la Flow Cell.
Fichiers de statistiques : pour chaque cycle, un fichier de statistiques (*.stats) est produit. Le fichier de
u
statistiques contient des statistiques agrégées relatives au cycle.
Les fichiers de sortie primaires sont utilisés pour l'analyse des données ultérieure. Utilisez le logiciel bcl2fastq
pour le démultiplexage et la conversion des fichiers .bcl en fichiers FASTQ, qui peuvent être utilisés comme
entrée pour l'alignement. Pour convertir des données à partir du système HiSeq, utilisez bcl2fastq 1.8.4 ou
une version supérieure.
Document nº 15011190 v02 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
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