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Guide du système HiSeq 2000
Le logiciel RTA fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l'analyse, stockés dans des fichiers
InterOp. Les fichiers InterOp sont des fichiers binaires contenant des indicateurs relatifs aux plaques, aux
cycles et au niveau de lecture, et sont nécessaires pour afficher les indicateurs dans le visualiseur d'analyse
de séquençage (SAV). Pour afficher les indicateurs générés par RTA, utilisez le logiciel SAV v1.8.20 ou une
version supérieure.
Pour obtenir des détails sur chaque fichier de sortie, consultez la section
page 69.
Gestion des erreurs
Le logiciel RTA stocke les fichiers journaux dans le dossier RTALogs. Si une erreur se produit, RTA crée un
fichier journal d'erreur nommé *Error.txt et consigne l'erreur.
Transfert des données
Tout au long de l'analyse, le logiciel Real-Time Analysis (RTA) copie automatiquement les données générées à
partir des fichiers d'images brutes vers le dossier de sortie. Si les analyses d'images sont lentes, RTA s'arrête
et met la Flow Cell en état de sécurité. L'analyse reprend quand des données d'images sont disponibles.
Si le logiciel RTA s'interrompt, l'analyse reprend automatiquement au bon endroit de la Flow Cell au cours du
cycle suivant. Ne redémarrez pas RTA manuellement.
Le transfert de données est terminé lorsqu'un fichier de marqueurs nommé Basecalling_Netcopy_
complete.txt est généré. Un de ces fichiers est généré pour chaque lecture et un autre est généré pour
l'ensemble de l'analyse.
Flux de travail de Real-Time Analysis
Génération du modèle
Enregistrement et extraction
des intensités
Correction de la matrice de
couleurs
Correction de la mise en
phase empirique
Définition des bases
Notation de la qualité
Document nº 15011190 v02 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Cartes d'emplacement des amplifiats.
Enregistre l'emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell et détermine une valeur
d'intensité pour chaque amplifiat.
Corrige les interférences entre les canaux.
Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.
Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat.
Attribue un score de qualité à chaque définition des bases.
Fichiers de sortie de séquençage,
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