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illumina NovaSeq 6000 Guide

Guide du système de séquençage
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NovaSeq 6000
Guide du système de séquençage
Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471
Septembre 2020
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Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
EXCLUSIF À ILLUMINA

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Manuels Connexes pour illumina NovaSeq 6000

Sommaire des Matières pour illumina NovaSeq 6000

  • Page 1 NovaSeq 6000 Guide du système de séquençage Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471 EXCLUSIF À ILLUMINA Septembre 2020 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
  • Page 2 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et à ses sociétés affiliées (« Illumina »); ils sont exclusivement destinés à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et ne peuvent servir à...
  • Page 3 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Historique des révisions Document Date Description des modifications Support nº 20023471 Septembre Mise à jour des numéros de référence des trousses pour refléter les Document 2020 disponibilités actuelles des trousses de réactifs v1.0 et v1.5. nº 1000000019358 v14 Support nº 20023471 Juillet...
  • Page 4 Ajout d’un tableau descriptif de symboles expliquant les symboles présents sur les consommables ou leur emballage. Ajout de renseignements sur le service de surveillance Illumina Proactive à la section Setup Modes (Modes de configuration). Ajout de renseignements relatifs à l’API LIMS NovaSeq.
  • Page 5 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Document Date Description des modifications Document Février Ajout d’une note dans la section Flow Cell pour indiquer l’exigence nº 1000000019358 v06 2018 relative à l’utilisation de la version logicielle 1.3.1 avec la Flow Cell S1. Mise à jour des descriptions et du volume standard dans le tableau de la section Méthodes de chargement de librairies.
  • Page 6 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Document Date Description des modifications Support nº 20023471 Octobre Ajout du chargement de lignes individuelles à la liste des fonctionnalités Document 2017 de l’instrument. nº 1000000019358 v04 Consommables : ajout de la trousse à deux lignes NovaSeq Xp 2-Lane Kit et de la trousse à...
  • Page 7 Description des modifications Support nº 20018871 Avril Ajout des renseignements suivants : Document • Consommables fournis par Illumina et requis pour les analyses. 2017 • Conditions de stockage des composants des trousses de réactifs. nº 1000000019358 v02 • Recommandations sur les concentrations de chargement des librairies.
  • Page 8 Table des matières Chapitre 1 Vue d’ensemble Introduction Ressources supplémentaires Présentation du séquençage Flux de travail de séquençage Composants de l’instrument Chapitre 2 Trousses et accessoires Aperçu des trousses Composants de la trousse de réactifs Composants des trousses NovaSeq Xp Dock de Flow Cell NovaSeq Xp Légende des symboles Chapitre 3 Pour commencer Démarrer l’instrument...
  • Page 9 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Chapitre 7 Maintenance Maintenance préventive Réaliser un lavage de maintenance Mises à jour logicielles Annexe A Dépannage Ressources de dépannage Fichiers de dépannage Erreurs lors de la vérification avant analyse Dépannage des problèmes de gestion du processus Échec de l’analyse avant la génération d’amplifiats Arrêt d’une analyse Arrêt de l’instrument...
  • Page 10 Intégration de BaseSpace  Sequence Hub : le flux de travail de séquençage est intégré à BaseSpace Sequence Hub, l’environnement informatique consacré à la génomique d’Illumina pour l’analyse des données, leur stockage et leur partage. Pendant la progression de l’analyse, les fichiers de sortie sont transférés dans l’environnement, en temps réel.
  • Page 11 Guide des primers personnalisés de la série Fournit des renseignements sur le remplacement des primers de NovaSeq (document nº 1000000022266) séquençage d’Illumina par des primers de séquençage personnalisés. Guide de dénaturation et de dilution du Fournit des instructions pour la dénaturation et la dilution de librairies NovaSeq 6000 (document...
  • Page 12 Plusieurs méthodes d’analyse sont disponibles en fonction de votre application. Pour obtenir plus de renseignements, visitez la page d’assistance BaseSpace Sequence Hub sur le site Web d’Illumina. Flux de travail de séquençage Décongelez les cartouches SBS et de réactif d’amplifiat. Regroupez et dénaturez les librairies. Pour le flux de travail standard, ajoutez les librairies au tube de librairies.
  • Page 13 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Tableau 1 Méthodes de chargement de librairies Volume de Capacité d’adressage de chargement Flux de Chargement du regroupement de librairies et méthode lignes individuelles et modes travail de mélange ExAmp analyse de données SP/S1–S2– S4 (µl) Standard Un groupement de librairies unique est chargé...
  • Page 14 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Composants de l’instrument Le système de séquençage NovaSeq 6000 comprend un écran tactile, une barre d’état, un bouton d’alimentation avec port USB adjacents et trois compartiments. Figure 1 Composants externes A Écran tactile : affiche l’interface du NVCS pour la configuration du système et des analyses ainsi que la surveillance.
  • Page 15 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 2 Platine de Flow Cell A Portoir de Flow Cell A B Portoir de Flow Cell B C Pince de Flow Cell (une de quatre par côté) D Cible d’alignement optique Le logiciel commande l’ouverture et la fermeture de la porte du compartiment de Flow Cell. La porte s’ouvre automatiquement pour le chargement de la Flow Cell avant une analyse ou un lavage de maintenance.
  • Page 16 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Compartiment des liquides Pour préparer l’analyse, il faut accéder au compartiment des liquides afin de charger les réactifs, le tampon et les flacons vides dans lesquels seront versés les réactifs usagés. Le compartiment des liquides est doté d’une porte à...
  • Page 17 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 REMARQUE Si le système est configuré de façon à évacuer les réactifs usagés à l’extérieur de l’appareil, le flux se rendant normalement vers le grand flacon de réactifs usagés est dirigé à l’extérieur de l’appareil. Les réactifs de la cartouche d’amplification sont toujours évacués dans le petit flacon de réactifs usagés.
  • Page 18 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Gestion du processus L’écran Process Management (Gestion du processus) donne accès au moteur de calcul (Compute Engine ou CE) et au disque dur (lecteur C:\). Servez-vous de cet écran pour surveiller la progression de l’analyse, supprimer une analyse ou gérer l’espace disque.
  • Page 19 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Tableau 4 Exigences relatives à l’espace pour le CE et l’unité de disque C:\ Fou les analyses de double Flow Cell Flow Cell Espace CE par cycle Espace de disque C:\ par paire de Flow Cell 0,5 Gb 5 Gb 1,35 Gb 20 Gb 2,7 Gb...
  • Page 20 NovaSeq nécessite aussi une trousse NovaSeq Xp. Ces trousses sont disponibles dans les configurations suivantes. Sélectionnez la taille de trousse appropriée pour la conception votre expérience. Illumina recommande l’utilisation des trousses de 500 cycles uniquement pour des longueurs d’analyses de plus de 300 cycles.
  • Page 21 Elle permet le séquençage économique du génome entier pour un éventail d’espèces et de profondeurs de lecture. page du produit des trousses de réactifs NovaSeq sur le site Web d’Illumina fournit des spécifications détaillées sur chaque mode. Composants de la trousse de réactifs Chaque trousse de réactifs NovaSeq 6000 contient les composants suivants.
  • Page 22 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Tube de librairies Le tube de librairies NovaSeq 6000 est un tube de 16 mm qui s’insère dans la position nº 8 de la cartouche d’amplification. La position nº 8 est étiquetée Library Tube (Tube de librairies) et est entourée en orange pour faciliter son identification.
  • Page 23 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 5 Flow Cell A Cartouche de Flow Cell B Flow Cell à quatre lignes (S4) C Flow Cell à deux lignes (SP, S1 et S2) Le dessous de chaque Flow Cell présente quatre joints. Les librairies et les réactifs entrent dans les lignes de la Flow Cell par les joints sur l’extrémité...
  • Page 24 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Tableau 7 Cartouches de réactifs Cartouche Description Cartouche de tampon Cartouche préremplie de tampons de séquençage et pouvant peser jusqu’à 6,8 kg NovaSeq 6000 (15 livres). Une poignée de plastique facilite le transport, le chargement et le déchargement de la cartouche. Les encoches sur la plaque supérieure permettent l’empilement des cartouches de réactifs.
  • Page 25 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 7 Réservoirs numérotés Position Réservé pour 5, 6 et 7 Primers personnalisés facultatifs Tube de librairies Pour plus de renseignements, consultez le Guide des primers personnalisés de la série NovaSeq (document nº 1000000022266). Composants des trousses NovaSeq Xp Chaque trousse NovaSeq Xp est à...
  • Page 26 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Collecteur NovaSeq Xp Le collecteur NovaSeq Xp est placé sur le dock de Flow Cell NovaSeq Xp afin de permettre le chargement direct des groupements de librairies dans les lignes individuelles de Flow Cell. Les bras de chaque côté du collecteur NovaSeq Xp sont conçus pour faciliter le placement sur le dock.
  • Page 27 Description Date de péremption du consommable. Pour de meilleurs résultats, utilisez le consommable avant cette date. Fabricant de l’instrument (Illumina). Le consommable est destiné à la recherche uniquement. Numéro de référence du consommable pour son identification¹. Numéro du lot de fabrication du consommable¹.
  • Page 28 Chapitre 3 Pour commencer Démarrer l’instrument Configurer les paramètres Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Démarrer l’instrument Mettez l’interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument en position | (on) (marche). Figure 10 Emplacement de l’interrupteur d’alimentation Attendez que le bouton d’alimentation situé sur le côté droit de l’instrument s’allume en bleu, puis appuyez dessus.
  • Page 29 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Se connecter au système Une fois le système d’exploitation chargé, connectez-vous à Windows au moyen du nom d’utilisateur et du mot de passe assignés à votre emplacement. Ouvrez le NVCS. Une fois lancé, le logiciel initialise le système. À la fin de l’initialisation, l’écran d’accueil apparaît. Le NVCS est lancé...
  • Page 30 Lorsque ce paramètre est activé, les données relatives à la performance de l’instrument sont transmises à Illumina. Ces données facilitent le dépannage par Illumina et lui permettent de détecter les pannes potentielles, d’exécuter une maintenance proactive et d’optimiser le temps d’utilisation de l’instrument.
  • Page 31 Nécessite la connexion de l’instrument à un réseau ayant accès à Internet. Est activé par défaut. Pour choisir de ne pas utiliser ce service, désactivez le paramètre Send Instrument Performance Data to Illumina (Envoyer les données sur la performance de l’instrument à Illumina).
  • Page 32 Entrez le nombre par défaut des cycles d’index dans la boîte de texte Index Cycles (Cycles d’index). Sélectionnez Save (Enregistrer). Flux de travail NovaSeq standard et NovaSeq Xp Les flux de travail NovaSeq standard et NovaSeq Xp utilisent tous deux la chimie ExAmp exclusive à Illumina. Flux de travail standard Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471 Destiné...
  • Page 33 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Le flux de travail NovaSeq standard automatise deux étapes importantes de la chimie d’amplification ExAmp exclusive à Illumina sur l’instrument. Préparation du mélange principal ExAmp Distribution du mélange principal à la Flow Cell La préparation sur l’instrument et la distribution du mélange principal minimise l’interaction de l’utilisateur et réduit les variances dans le mélange préparé.
  • Page 34 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Pour activer le flux de travail NovaSeq Xp, sélectionnez Enable Workflow Selection (Activer la sélection du flux de travail). [Facultatif] Pour faire de NovaSeq Xp le flux de travail par défaut, sélectionnez NovaSeq Xp. Sélectionnez Save (Enregistrer). Configurer BaseSpace Sequence Hub Suivez les instructions ci-dessous pour configurer les paramètres par défaut de BaseSpace Sequence Hub.
  • Page 35 (ou équivalent) NaOCl de qualité « réactif », 5 % Sigma-Aldrich, nº de Effectuer un lavage de maintenance. référence 239305 Trousse de réactifs NovaSeq 6000 Illumina, consultez le Exécution d’une analyse de séquençage Aperçu des trousses, page 11 Embouts de pipette, 20 µl Fournisseur de Pipetage pour la dilution et le chargement des laboratoire général...
  • Page 36 Illumina, nº de référence Ajout d’un contrôle PhiX. FC-110-3001 Consommables dans les trousses Illumina Une trousse de réactifs NovaSeq 6000 est nécessaire pour le séquençage d’une Flow Cell. Chaque trousse comprend plusieurs consommables, énumérés dans le tableau suivant. Pour une analyse à double Flow Cell, utilisez deux trousses.
  • Page 37 Fournisseur de laboratoire général [Flux de travail NovaSeq Xp] Dock de Flow Cell NovaSeq Xp Illumina, nº de référence 20021663 * Utilisez une cuve pouvant accueillir deux cartouches de réactifs et le niveau d’eau approprié. Par exemple, une cuve de 61 cm x 91,4 cm x 25,4 cm (24 po x 36 po x 10 po). Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471 Destiné...
  • Page 38 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Chapitre 4 Flux de travail standard : préparation des consommables Méthodes Décongeler la cartouche SBS et la cartouche d’amplification Vider les flacons de réactifs usagés Préparer la Flow Cell Regrouper et dénaturer les librairies aux fins du séquençage Méthodes Avant de débuter la préparation des échantillons ou des consommables, assurez-vous que la version NVCS rencontre les exigences minimales de logiciel indiquées dans le tableau suivant.
  • Page 39 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Placez chaque cartouche dans le support de décongélation en broche. Les supports de décongélation sont fournis avec l’instrument et empêchent les cartouches de chavirer dans le bain d’eau. Figure 12 Cartouches dans les supports de décongélation en broche Décongelez dans un bain d’eau à...
  • Page 40 Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Retirez et videz le petit flacon de réactifs usagés, comme suit.
  • Page 41 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 AVERTISSEMENT Le fait de ne pas vider les flacons de réactifs usagés peut entraîner un arrêt de l’analyse et un débordement qui endommage l’instrument et constitue un risque pour la sécurité. Préparer la Flow Cell Sortez un nouvel emballage de Flow Cell du lieu de stockage à...
  • Page 42 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 14 Tube de librairies sans bouchon chargé dans la position nº 8 Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
  • Page 43 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Chapitre 5 Flux de travail NovaSeq Xp : préparation des consommables Résumé du flux de travail NovaSeq Xp Méthodes Décongeler la cartouche SBS et la cartouche d’amplification Vider les flacons de réactifs usagés Préparer la Flow Cell Décongeler les réactifs ExAmp Regrouper, dénaturer et charger les librairies aux fins du séquençage Résumé...
  • Page 44 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Préparez une nouvelle dilution de NaOH selon les directives du Guide de dénaturation et de dilution du NovaSeq 6000 (document n° 1000000106351). Dénaturez et neutralisez le groupement de librairies selon les directives du Guide de dénaturation et de dilution du NovaSeq 6000 (document n° 1000000106351).
  • Page 45 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Décongeler la cartouche SBS et la cartouche d’amplification Si une analyse de séquençage est en cours, assurez-vous que les deux côtés de l’instrument seront disponibles une fois les réactifs décongelés. Retirez la cartouche SBS et la cartouche d’amplification de leur lieu de stockage maintenu entre -25 ºC et -15 ºC.
  • Page 46 Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Retirez et videz le petit flacon de réactifs usagés, comme suit.
  • Page 47 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 16 Remise en place du flacon vide Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc pour éviter de contaminer la surface de l’instrument. Fermez le tiroir de tampon, puis fermez les portes du compartiment des liquides. AVERTISSEMENT Le fait de ne pas vider les flacons de réactifs usagés peut entraîner un arrêt de l’analyse et un débordement qui endommage l’instrument et constitue un risque pour la sécurité.
  • Page 48 Il est normal que de petites rayures et d’autres défauts superficiels mineurs soient visibles sur la Flow Cell, ce qui ne devrait pas compromettre la qualité des données ni le rendement. Illumina recommande l’utilisation de ces Flow Cell selon les procédures habituelles.
  • Page 49 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 18 Placement du collecteur NovaSeq Xp A Puits du collecteur NovaSeq Xp tournés vers le haut B Bras du conducteur NovaSeq insérés dans les découpes du dock 12 Fermez la pince pour fixer la Flow Cell et le conduit NovaSeq Xp et sceller les joints. 13 Disposez du collecteur NovaSeq Xp après le chargement des groupements de librairies sur la Flow Cell.
  • Page 50 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Pipettez et distribuez lentement pour éviter la formation de bulles et assurez-vous que le volume entier est expulsé de la pointe. Agitez pendant 20 à 30 secondes ou jusqu’au mélange complet. REMARQUE Le mélange principal ExAmp est stable à mélanger. Le mélange peut paraître trouble, c’est normal.
  • Page 51 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 19 Numérotation de ligne inversée Attendez environ deux minutes après avoir ajouté le mélange ExAmp/librairie à tous les puits du collecteur pour que celui-ci atteigne le bout opposé de chaque ligne. La formation d’une petite bulle d’air au bout de la ligne est normal. Une petite quantité du mélange peut rester dans les puits du collecteur une fois que la ligne est remplie.
  • Page 52 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Charger le tube de librairies vide Retirez le bouchon du tube de librairies fourni avec la trousse de réactifs NovaSeq 6000. Insérez le tube sans bouchon et videz le tube de librairies dans la position Library Tube (Tube de librairies) (n° 8) de la cartouche d’amplification.
  • Page 53 Détacher la position nº 30 Lavage automatique après analyse Configurer une analyse de séquençage Illumina recommande de demeurer connecté pendant l’exécution du NVCS et tout au long de l’analyse de séquençage. Retirez tous les éléments de la surface de l’instrument. Gardez la surface dégagée pendant l’analyse de séquençage et évitez de vous appuyer sur l’instrument.
  • Page 54 Il est normal que de petites rayures et d’autres défauts superficiels mineurs soient visibles sur la Flow Cell, ce qui ne devrait pas compromettre la qualité des données ni le rendement. Illumina recommande l’utilisation de ces Flow Cell selon les procédures habituelles.
  • Page 55 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 23 Flow Cell chargées, alignées sur les pinces Sélectionnez Close Flow Cell Door (Fermer la porte de la Flow Cell). La porte de la Flow Cell se ferme, les capteurs et la RFID sont vérifiés, et l’identifiant de la Flow Cell s’affiche à...
  • Page 56 Les opercules en aluminium des cartouches de tampon usagées sont percés. Placez une nouvelle cartouche de tampon dans le tiroir de tampon, de sorte que l’étiquette Illumina soit face au devant du tiroir. Alignez la cartouche avec les guides surélevés dans le fond du tiroir et sur les côtés.
  • Page 57 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 [Facultatif] Effectuez la mise à jour des paramètres de BaseSpace Sequence Hub pour l’analyse en cours : Pour désactiver BaseSpace Sequence Hub, désactivez la case BaseSpace Sequence Hub, puis sélectionnez Run Setup (Configuration de l’analyse) pour continuer sans ouvrir de session. Pour envoyer les données d’analyse à...
  • Page 58 Ces paramètres sont facultatifs, sauf indication contraire. v1.0 Custom Primers (Primers personnalisés v1.0) : sélectionnez la case Custom Primers (Primers personnalisés), puis sélectionnez les cases appropriées. Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation : le primer de séquençage Read 1 (Lecture 1) (VP10) personnalisé est nécessaire pour les librairies si vous utilisez les trousses v1.0.
  • Page 59 Browse (Parcourir) pour utiliser une formule personnalisée au format XML pour cette analyse. Les formules personnalisées pour la v1.0 ne seront pas compatibles avec la v1.5. Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. REMARQUE La modification des étapes de génération d’amplifiats en une formule personnalisée n’est pas pris en charge.
  • Page 60 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Surveiller la progression de l’analyse Surveillez la progression, les intensités et les scores de qualité de l’analyse à mesure que les indicateurs s’affichent à l’écran. Pour plus de renseignements sur les indicateurs de l’analyse, consultez la section Real-Time Analysis, page 66.
  • Page 61 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 La génération d’amplifiats prend environ deux heures, puis le séquençage démarre avec le premier cycle. Les indicateurs sont mis à jour tout au long du séquençage. Les amplifiats passant le filtre, le rendement et les scores de qualité sont disponibles après le cycle 26. Avant le cycle 26, aucune valeur ne sera affichée dans les champs.
  • Page 62 (Détacher après usage). Placez une main ou une surface solide sous le réservoir et poussez l’onglet de plastique transparent vers l’étiquette Illumina pour éjecter le réservoir de sous la cartouche d’amplification. REMARQUE Évitez d’empiler les cartouches d’amplifiat lors de leur entreposage. Un empilement pourrait causer un décollement accidentel du réservoir.
  • Page 63 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 27 Position nº 30 amovible A Onglet en plastique blanc pour détacher B Onglet en plastique transparent pour éjecter Mettez le réservoir au rebut conformément aux normes de sécurité en vigueur. Lavage automatique après analyse Lorsque le séquençage est terminé, le logiciel lance un lavage automatique après analyse qui prend environ 80 minutes.
  • Page 64 Mises à jour logicielles Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
  • Page 65 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Préparer la solution de lavage Ajoutez 400 ml d’eau de laboratoire à un flacon de centrifugeuse de 500 ml. Ajoutez 0,2 ml de Tween 20 à 100 % pour obtenir au moins 400 ml de solution de lavage Tween 20 à 0,05 %.
  • Page 66 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 30 Position du NaOCl à 0,25 % Charger la Flow Cell de lavage Retirez tous les éléments de la surface de l’instrument. Gardez la surface dégagée pendant le lavage de maintenance et évitez de vous appuyer sur l’instrument.
  • Page 67 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Retirez le petit flacon de réactifs usagés et jetez son contenu conformément aux normes en vigueur.
  • Page 68 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Le lavage démarre, et la durée estimée du lavage s’affiche. AVERTISSEMENT Le fait de ne pas vider les flacons de réactifs usagés peut entraîner un arrêt du lavage et un débordement qui endommage l’instrument et constitue un risque pour la sécurité. Une fois le lavage terminé, sélectionnez Home (Accueil).
  • Page 69 Lorsque le téléchargement est terminé, le NVCS se ferme et l’installateur démarre. Suivez les instructeurs de l’installateur jusqu’à la fin de l’installation. Si une erreur survient durant un téléchargement ou une installation, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471 Destiné à la recherche uniquement.
  • Page 70 En cas de questions techniques, consultez la page d’assistance du système de séquençage NovaSeq 6000 sur le site Web d’Illumina. La page d’assistance donne accès à la documentation, aux téléchargements et aux foires aux questions. Pour accéder aux bulletins d’assistance, connectez-vous à votre compte MyIllumina.
  • Page 71 Videz les flacons de réactifs usagés à chaque analyse. Les analyses s’arrêtent lorsque l’un des flacons de réactifs usagés est plein. Un trop-plein d’un des gros flacons de réactifs usagés endommage l’instrument, nécessite la visite d’un représentant d’Illumina et présente un risque pour la sécurité. Dépannage des problèmes de gestion du processus Le tableau ci-dessous présente les options de dépannage pour l’icône N/A (Sans objet) de l’écran Process...
  • Page 72 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Si l’icône N/A (Sans objet) s’affiche toujours après ces étapes de dépannage, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Consultez la section Assistance technique, page 81. Échec de l’analyse avant la génération d’amplifiats Si le logiciel ne réussit pas à effectuer l’analyse avant le début de la génération d’amplifiats, vous pouvez conserver les cartouches de réactifs, le tube de librairies (y compris l’échantillon) et la Flow Cell, si utilisée de...
  • Page 73 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Configurez une nouvelle analyse ou un lavage de maintenance pour éjecter les consommables de l’instrument. Lorsque l’appareil vous le demande, retirez et stockez les consommables suivants : Mettez le bouchon sur le tube de librairies et stockez-le à une température se situant entre -25 °C et -15 °C pendant un maximum de trois semaines.
  • Page 74 Ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir une incidence sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Pour obtenir de l’assistance concernant le déplacement de l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina. Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471 Destiné...
  • Page 75 RTA3 donne des mesures en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockées dans des fichiers InterOp, qui sont des fichiers de sortie binaires contenant des mesures relatives aux plaques, aux cycles et au niveau de lecture.
  • Page 76 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Les fichiers journaux suivants sont transférés vers leur emplacement final de sortie à la fin du traitement : info_00000.log résume les activités d’analyse importantes. error_00000.log répertorie les erreurs survenues au cours d’une analyse. warning_00000.log répertorie les avertissements reçus au cours d’une analyse. Plaques de la Flow Cell Les plaques sont de petites zones d’imagerie sur la Flow Cell.
  • Page 77 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Les deux derniers chiffres représentent le numéro de plaque. La numérotation des plaques commence à 01 à l’extrémité de sortie de la Flow Cell et va jusqu’à 88 ou 78 à l’extrémité d’entrée. 01 à 78 pour une Flow Cell SP, S1 ou S4. 01 à...
  • Page 78 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Figure 31 Mise en phase et en préphase A Lecture avec une base présentant une mise en phase B Lecture avec une base présentant une mise en préphase RTA3 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase, ce qui maximise la qualité des données à...
  • Page 79 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Amplifiats passant le filtre Au cours de l’analyse, RTA3 filtre les données brutes pour supprimer les lectures non conformes au seuil de qualité des données. Les amplifiats qui se chevauchent et ceux de mauvaise qualité sont supprimés. Dans le cas d’une analyse sur deux canaux, RTA3 utilise un système basé...
  • Page 80 Annexe C Dossiers et fichiers de sortie Structure des dossiers de sortie de séquençage Fichiers de sortie de séquençage Structure des dossiers de sortie de séquençage Le NVCS génère automatiquement le nom du dossier de sortie. Config : paramètres de configuration de l’analyse. Logs : fichiers journaux décrivant les étapes de fonctionnement, les étapes des analyses sur l’instrument et les évènements de RTA3.
  • Page 81 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 Fichiers de sortie de séquençage Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers Fichiers de définition des Chaque amplifiat analysé est compris dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont bases rassemblés dans un fichier pour chaque cycle, chaque ligne et chaque surface.
  • Page 82 ATTENTION Puisque ces configurations ont une incidence sur le rendement du système et peuvent compromettre la sécurité, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina si vous n’êtes pas certain de la nécessité de modifier un paramètre ou de l’incidence possible des changements.
  • Page 83 Les règles modifiées ont préséance sur les règles par défaut. Règles permises par la stratégie de restriction logicielle Sur le système de séquençage NovaSeq 6000, la stratégie de restriction logicielle (SRP) autorise par défaut les règles suivantes. Certificats DigitalSystems Illumina, Inc. NovaSeq Fichiers exécutables Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe...
  • Page 84 La désactivation de la stratégie de restriction logicielle a préséance sur les règles par défaut. Connectez-vous au système d’exploitation. Désactivez la stratégie de restriction logicielle : Accédez au répertoire C:\Illumina\Security. b Faites un double-clic sur Disable.reg. Sélectionnez Yes (Oui) pour confirmer les modifications.
  • Page 85 Fermez la boîte de dialogue Local Security Policy (Stratégie de sécurité locale). Rétablissez immédiatement la stratégie de restriction logicielle : Accédez au répertoire C:\Illumina\Security. b Faites un double-clic sur Enable.reg. 10 Si vous avez modifié les règles de la stratégie de restriction logicielle pour la première fois, déconnectez- vous, puis reconnectez-vous pour que les règles soient activées.
  • Page 86 Index %PF 70 caméras 1, 5, 67 canal rouge 69 canal vert 69 capteurs 5, 58, 61 activités après analyse 54 caractéristiques du congélateur 28 aide 61 caractéristiques du réfrigérateur 28 documentation 2 cartouche d’amplification 13 aide, technique 81 cartouche de tampon 47, 58 algorithme Phred 70 cartouches alignement PhiX 66...
  • Page 87 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 conversion FASTQ 25, 66 couleurs du tracé 51 cycles de séquençage 51 feuilles d’échantillons 25, 48 fiches signalétiques 7 fichiers propre à l’analyse 61 dates de péremption, fabricant 18 fichiers CBCL 2, 52, 70 débordement 30, 37 fichiers de définition des bases 66, 72 déchargement des cartouches de réactifs 46...
  • Page 88 Guide du système de séquençage NovaSeq 6000 intensité des amplifiats 68 numéro du lot 18 interruption des analyses 52 numéros de catalogue 11 numéros de référence 18 consommables fournis par l’utilisateur 26 numérotation des lignes 17, 41 numérotation des plaques 67 joints 13, 39, 44 numérotation des puits 41 joints, débordant 41...
  • Page 89 74 personnalisation 75 sécurité, paramètres 73 séquençage à deux canaux 2, 69 Sequencing Analysis Viewer 66, 68 Service de surveillance Illumina Proactive 21 site Web, soutien 61 solution de lavage 14 spécifications 11 standard, défini 3 stockage des données 48 stockage des trousses de réactifs 12, 16...
  • Page 90 Taïwan, Chine 00806651752 Autres pays + 44 1799 534 000 Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits : disponible en téléchargement sur le site support.illumina.com. Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471 Destiné à la recherche uniquement.
  • Page 91 Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis + (1) 800 809 ILMN (4566) + (1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. © 2020 Illumina, Inc. Tous droits réservés.