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Guide du système de séquençage NovaSeq 6000
Amplifiats passant le filtre
Au cours de l'analyse, RTA3 filtre les données brutes pour supprimer les lectures non conformes au seuil de
qualité des données. Les amplifiats qui se chevauchent et ceux de mauvaise qualité sont supprimés.
Dans le cas d'une analyse sur deux canaux, RTA3 utilise un système basé sur une population pour
déterminer la pureté (mesure de la pureté de l'intensité) d'une définition des bases. Les amplifiats
franchissent le filtre (PF) lorsqu'une définition des bases ou moins, au cours des 25 premiers cycles, a une
pureté inférieure à un seuil déterminé. L'alignement PhiX est réalisé au cycle 26 dans un sous-ensemble de
plaques pour les amplifiats ayant passé le filtre. Les amplifiats qui ne passent pas le filtre ne servent pas à la
définition des bases et ne sont pas alignés.
Scores de qualité
Un score de qualité, ou Q-score, est une prévision de la probabilité d'une définition des bases erronée. Un
score de qualité plus élevé suppose qu'une définition des bases est de plus haute qualité et plus susceptible
d'être correcte. Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers de définition
des bases (*.cbcl).
Le score de qualité communique de manière concise les probabilités de petites erreurs. Les scores de
qualités sont représentés sous la forme Q(X), où X est le score. Le tableau suivant montre la relation entre le
score de qualité et la probabilité d'une erreur.
Score de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Scores de qualité et rapports
La notation de la qualité calcule un ensemble d'indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases,
puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un tableau de qualité. Les tableaux de
qualité servent à fournir des indicateurs de qualité extrêmement précis pour des analyses générées par une
configuration spécifique de plateforme de séquençage et de version de chimie.
REMARQUE
La notation de la qualité s'appuie sur une version modifiée de l'algorithme Phred.
RTA3 associe l'un des trois scores de qualité à chaque définition des bases, selon la fiabilité de la définition
des bases. Ce modèle de rapport sur les scores de qualité réduit les besoins d'espace de stockage et de
bande passante sans nuire à la précision ni à la performance.
Pour plus de renseignements sur les scores de qualité, consultez le document sur les scores de qualité et le
logiciel RTA3 du système NovaSeq
Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Probabilité d'une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
MC
6000 (Pub. nº 770-2017-010).
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