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Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Le système de séquençage NovaSeq 6000 exploite RTA3, une version du logiciel Real-Time Analysis, à partir
de son propre moteur de calcul (CE ou Compute Engine). RTA3 extrait les intensités des images reçues de la
caméra, effectue les définitions des bases, associe un score de qualité à chaque définition des bases,
effectue l'alignement à PhiX et élabore les rapports dans les fichiers InterOp à des fins de consultation dans le
logiciel Sequencing Analysis Viewer.
Pour optimiser le délai de traitement, RTA3 conserve les données en mémoire. Si RTA3 est arrêté, le
traitement ne reprend pas et les données de l'analyse en cours de traitement dans la mémoire sont perdues.
Entrées dans RTA3
RTA3 nécessite les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système aux fins du traitement.
RTA3 reçoit l'information sur l'analyse et des commandes du NVCS.
Sorties RTA3
Les images de chaque canal de couleur passent de la mémoire à RTA3 sous forme de plaques. À l'aide de
ces images, RTA3 produit un ensemble de fichiers de filtrage et de fichiers de définition des bases dont la
qualité est notée. Toutes les autres données de sortie sont des données complémentaires des principaux
fichiers de sortie.
Type de fichiers
Fichiers de définition des
bases
Fichiers de filtrage
Fichiers d'emplacement
des amplifiats
Les fichiers de sortie sont utilisés pour une analyse en aval dans BaseSpace Sequence Hub. Vous pouvez
aussi utiliser le logiciel de conversion bcl2fastq pour la conversion FASTQ, ainsi que des solutions d'analyse
tierces. Les fichiers de NovaSeq requièrent la version 2.19 du logiciel de conversion bcl2fastq2, ou une
version plus récente. Pour obtenir la dernière version de bcl2fastq2, consultez la
bcl2fastq
sur le site Web d'Illumina.
RTA3 donne des mesures en temps réel sur la qualité de l'analyse, stockées dans des fichiers InterOp, qui
sont des fichiers de sortie binaires contenant des mesures relatives aux plaques, aux cycles et au niveau de
lecture. La consultation des mesures en temps réel au moyen du logiciel Sequencing Analysis Viewer requiert
des fichiers InterOp. Pour obtenir la dernière version du logiciel Sequencing Analysis Viewer, veuillez consulter
la
page de téléchargement de Sequencing Analysis Viewer
Gestion des erreurs
RTA3 crée des fichiers journaux et les enregistre dans le dossier Logs (journaux). Les erreurs sont enregistrées
dans un format de fichier texte (*.log).
Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Description
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases concaténé
(*.cbcl). Les plaques de la même ligne et de la même surface sont rassemblées dans un
fichier *.cbcl pour chacune des lignes et des surfaces.
Chaque plaque produit un fichier de filtrage (*.filter) qui précise si un amplifiat a franchi les
filtres.
Les fichiers d'emplacement des amplifiats (*.locs) contiennent les coordonnées X et Y de
chaque amplifiat dans une plaque. Un fichier d'emplacement des amplifiats est généré
pour chaque analyse.
page de téléchargement
du site Web d'Illumina.
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