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Guide du système de séquençage NovaSeq 6000
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Pour activer le flux de travail NovaSeq Xp, sélectionnez Enable Workflow Selection (Activer la sélection du
flux de travail).
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[Facultatif] Pour faire de NovaSeq Xp le flux de travail par défaut, sélectionnez NovaSeq Xp.
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Sélectionnez Save (Enregistrer).
Configurer BaseSpace Sequence Hub
Suivez les instructions ci-dessous pour configurer les paramètres par défaut de BaseSpace Sequence Hub.
Lors de la configuration de l'analyse, vous pouvez désactiver BaseSpace Sequence Hub pour l'analyse en
cours ou modifier les paramètres de surveillance d'analyse et de stockage. La connexion à
BaseSpace Sequence Hub requiert une connexion Internet.
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Dans le menu principal, cliquez sur Settings (Paramètres).
L'écran des paramètres s'ouvre à l'onglet Mode Selection (Sélection du mode).
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Cochez la case BaseSpace Sequence Hub.
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« Select a Configuration » suivante :
Run Monitoring and Storage (Surveillance de l'analyse et stockage) : envoie les données de l'analyse
u
à BaseSpace Sequence Hub pour la surveillance et l'analyse à distance des données. Cette option
exige le téléversement d'une feuille d'échantillons avec l'analyse.
Run Monitoring Only (Surveillance de l'analyse seulement) : envoie les fichiers InterOp, le journal et les
u
autres fichiers d'analyse non CBCL à BaseSpace Sequence Hub pour la surveillance à distance des
analyses.
4
Dans le menu déroulant Hosting Location (Emplacement de l'hébergement), sélectionnez EU (Frankfurt)
(Europe [Francfort]) ou USA (N. Virginia) (États-Unis [Virginie du Nord]).
Cette option détermine vers où les données seront téléversées.
5
Si vous êtes abonné à BaseSpace Enterprise :
a
Cochez la case Private Domain (Domaine privé).
b Entrez le nom du domaine utilisé pour l'ouverture de session propre à BaseSpace Sequence Hub.
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Sélectionnez Save (Enregistrer).
Nom de la feuille d'échantillons
Si vous exécutez la version 1.3.1 du NVCS, ou une version antérieure, une feuille d'échantillons utilisée pour
une analyse NovaSeq 6000 et téléversée dans BaseSpace Sequence Hub doit être nommée
SampleSheet.csv (sensible à la casse). Si elle n'est pas nommée de cette façon et que l'option de
surveillance de l'analyse et de stockage est activée, BaseSpace Sequence Hub portera l'analyse à l'attention
de l'utilisateur. Afin que l'analyse ainsi marquée soit mise en attente pour la génération de fichiers FASTQ,
cliquez sur More (Voir plus) | Fix Sample Sheet and Requeue (Corriger la feuille d'échantillons et la remettre en
file d'attente), puis saisissez le nom de la feuille d'échantillons. Les données de séquençage ne pourront pas
être converties en fichiers FASTQ tant que la feuille d'échantillons ne sera pas fournie.
Si vous exécutez la version 1.4 du NVCS, ou une version plus récente, il n'existe aucune limitation relative au
nom de la feuille d'échantillons.
Si vous utilisez la version 2.19 du logiciel de conversion bcl2fastq2, ou une version plus récente, pour convertir
les données en fichiers FASTQ sur le disque local, vous pouvez utiliser l'option de ligne de commande
--sample-sheet pour désigner un fichier CSV de n'importe quel emplacement. Cette ligne de commande
permet l'utilisation de n'importe quel nom de fichier.
Document nº 1000000019358 v14 FRA Support nº 20023471
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
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