Calculs Pour Les Mesures Oligo Adn Et Oligo Arn - Thermo Scientific NanoDrop One Manuel De L'utilisateur

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Calculs pour les mesures Oligo ADN et Oligo ARN

Comme d'autres applications relatives aux acides
nucléiques, les applications Oligo utilisent
Beer-Lambert pour corréler l'absorbance avec la
concentration sur la base du coefficient d'extinction et
de la longueur du trajet optique de l'échantillon. Étant
donné que les oligonucléotides sont des molécules à un
brin courtes (ou des molécules plus longues de
séquences se répétant), leur spectre et leur coefficient
ε
d'extinction ( ) sont étroitement dépendants de la
composition et de la séquence de bases.
Les coefficients d'extinction et facteurs généralement
acceptés pour l'ADN monobrin et l'ARN fournissent une
estimation raisonnable pour les séquences naturelles,
essentiellement randomisées, mais pas pour les
séquences d'oligonucléotides synthétiques courtes.
Pour que les résultats soient le plus précis possible,
nous utilisons la valeur exacte de
concentration en oligonucléotides.
Le logiciel NanoDrop vous permet de spécifier la
séquence de bases d'un oligonucléotide avant qu'il ne
soit mesuré. Pour toute séquence de bases saisie,
le logiciel utilise l'équation ci-contre à droite pour
calculer le coefficient d'extinction.
Conseil : le coefficient d'extinction est spécifique de la
longueur d'onde pour chaque oligonucléotide et peut
être affecté par le type de tampon, la force ionique et
le pH.
Thermo Scientific
Remarque Pour les mesures effectuées avec des cuvettes d'une longueur de trajet optique
de 10 mm, la limite d'absorbance supérieure est de 1,5 AU, ce qui correspond à
approximativement 75 ng/μl pour l'ADNdb.
l'équation de
ε
pour calculer la
260
Coefficients d'extinction pour les oligonucléotides
Le logiciel utilise la méthode du plus proche voisin et la formule suivante
pour calculer les coefficients d'extinction molaires pour des séquences de
bases d'oligonucléotides spécifiques :
ε 260 =
Où :
ε
= coefficient d'extinction molaire en l/mole-cm
ε ε
1 =
ε ε
voisin le plus proche
2 =
ε ε
bases individuelles
3 =
modifications, tels que les colorants fluorescents
Manuel de l'utilisateur du NanoDrop One
Mesure Oligo ADN ou Oligo ARN
– –
N 1 N 1 N
  
ε 1 – ε 2 + ε 3
1 2 1
53