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Annexe C Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure des dossiers de sortie de séquençage
Fichiers de sortie du balayage
Structure du dossier de sortie de balayage
Fichiers de sortie de séquençage
T ype de f ichiers
Descriptio n, em placem ent et no m des f ichiers
Fichiers de définition
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont
des bases
rassemblés dans un fichier pour chaque ligne de chaque cycle. Le fichier cumulé contient la
définition des bases ainsi que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat de cette ligne.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
[Cycle].bcl.bgzf, où [Cycle] représente le numéro à quatre chiffres du cycle. Les fichiers de définition
des bases sont compressés à l'aide du logiciel de compression gzip.
Fichier index de
Pour chaque ligne, un fichier index binaire indique les renseignements sur la plaque d'origine dans
définition des bases
une paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont le numéro et le nombre d'amplifiats de la plaque.
Les fichiers d'index de définition des bases sont créés la première fois qu'un fichier de définition des
bases est créé pour une ligne.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[Ligne].bci
Fichiers
Pour chaque plaque, les coordonnées XY de chaque amplifiat sont rassemblées dans un fichier
d'emplacement des
d'emplacement des amplifiats pour chaque ligne. Les fichiers d'emplacement des amplifiats sont le
amplifiats
résultat de la génération du modèle.
Data\Intensities\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[ligne].locs
Fichiers de filtrage
Les fichiers de filtrage spécifient si les amplifiats ont franchi les filtres. Les renseignements de filtrage
sont rassemblés dans un seul fichier de filtrage pour chaque ligne et chaque lecture.
Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[ligne].filter
Fichiers InterOp
Fichiers de compte rendu binaire nécessaires pour le logiciel Sequencing Analysis Viewer (SAV).
Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l'analyse.
Dossier
Fichier de
Créé au début de l'analyse, le fichier de configuration RTA indique les paramètres de l'analyse.
<Run folder
configuration RTA
Fichier de
Indique le nom de l'analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une lecture
renseignements sur
indexée et le nombre de stries et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur
l'analyse
l'analyse est créé au début de l'analyse.
<Run folder
Fichiers des vignettes
Une vignette pour chaque canal de couleur (rouge et vert) pour les plaques 1, 6 et 12 depuis toutes
les caméras, les surfaces hautes et basses à chaque cycle au cours de l'imagerie.
Thumbnail_Images\L00[X]\C[X.1]
dossier pour chaque ligne et un sous-dossier pour chaque cycle.
s_[ligne]_[plaque]_[canal].jpg : dans le nom du fichier, la plaque est représentée par un numéro à
cinq chiffres qui indique la surface, la strie, la caméra et la plaque. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez les sections
vignettes, à la
Document nº 15069765 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
InterOp
Name>,
RTAConfiguration.xml
Name>,
RunInfo.xml
(Vignettes\L00[X]\C[X.1]) : les fichiers sont stockés dans un seul
page 68.
Numérotation des plaques, à la
page 67, et
Nommage des
65
68
69
70
65
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