Manuels Connexes pour illumina NextSeq 550
Sommaire des Matières pour illumina NextSeq 550
- Page 1 NextSeq 550 Guide du système Document nº 15069765 v07 FRA EXCLUSIF À ILLUMINA Octobre 2021 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 2 Guide du système NextSeq 550 Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et à ses sociétés affiliées (« Illumina »); ils sont exclusivement destinés à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et ne peuvent servir à...
- Page 3 Guide du système NextSeq 550 Historique des révisions Do cum ent Date Descriptio n des m o dif icatio ns Support nº 20006831 Octobre 2021 Mise à jour de la longueur d’analyse maximale selon la durée de Document l’analyse de séquençage nº 15069765 v07 Mise à jour du nombre de cycles dans une section de lecture Réorganisation des étapes dans la section Préparer la Flow Cell Inclusion des nouvelles cartouches et des cartouches d’origine pour le mode manuel...
- Page 4 Guide du système NextSeq 550 Do cum ent Date Descriptio n des m o dif icatio ns Support nº 20006831 Décembre 2018 Mise à jour de la description du logiciel, des écrans et du flux de Document travail pour le logiciel de commande NextSeq (NCS) 4.0. nº 15069765 v05 Mise à...
- Page 5 Illumina recommande l’utilisation d’identifiants spécifiques au site. Ajout de renseignements sur le service de surveillance Illumina Proactive à la section Définir une configuration BaseSpace. Mise à jour de la référence au logiciel RTA v2 pour la remplacer par RTA2.
- Page 6 Table des matières Chapitre 1 Vue d’ensemble Introduction Ressources supplémentaires Instrument NextSeq 550Dx en mode recherche uniquement Composants de l’instrument Présentation des consommables pour le séquençage Chapitre 2 Pour commencer Démarrage de l’instrument Personnaliser les paramètres du système Personnaliser les paramètres de l’analyse Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Chapitre 3 Séquençage Introduction...
- Page 7 Guide du système NextSeq 550 Flux de travail de réhybridation Erreurs de puce BeadChip et de balayage Formules personnalisées et dossiers de formules Vérification du système Message d’erreur RAID Erreur de stockage réseau Configuration des paramètres du système Annexe B Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis Flux de travail de Real-Time Analysis Annexe C Fichiers et dossiers de sortie...
- Page 8 Analyse infonuagique avec BaseSpace Sequence Hub : le flux de travail de séquençage est intégré à BaseSpace Sequence Hub, l’environnement infonuagique de génomique d’Illumina consacré au suivi des analyses de séquençage, à l’analyse des données, à leur stockage et à leur partage. Au cours de l’analyse de séquençage, les fichiers de sortie sont transférés en temps réel vers...
- Page 9 Guide du système NextSeq 550 Ressources supplémentaires La documentation suivante est disponible en téléchargement sur le site Web d’Illumina. Resso urce Descriptio n Guide de préparation du site du Fournit les spécifications relatives à l’espace du laboratoire, les exigences système NextSeq (document électriques et les considérations environnementales.
- Page 10 Guide du système NextSeq 550 Composants de l’instrument Le système NextSeq 550 comprend un moniteur tactile, une barre d’état et quatre compartiments. Figure 1 Composants de l’instrument A Moniteur tactile : permet la configuration et le paramétrage sur l’instrument à l’aide de l’interface du logiciel de commande.
- Page 11 Guide du système NextSeq 550 Figure 2 Compartiments des réactifs et du tampon A Porte du compartiment de réactifs : elle ferme le compartiment des réactifs à l’aide d’un verrou qui se trouve sous le coin inférieur droit de la porte. Le compartiment des réactifs contient la cartouche de réactifs. Les réactifs sont pompés par les dispositifs d’aspiration, le système fluidique et la Flow Cell.
- Page 12 Guide du système NextSeq 550 Présentation d’un récapitulatif visuel des statistiques de qualité Logiciel Local Run Manager : solution logicielle intégrée servant à la création des analyses et à l’analyse des résultats (analyse secondaire). Le logiciel permet aussi le suivi des échantillons et peut contrôler les autorisations des utilisateurs.
- Page 13 Guide du système NextSeq 550 Bouton d’alimentation Le bouton d’alimentation situé sur la partie avant du NextSeq met sous tension l’instrument et l’ordinateur de l’instrument. Il réalise les actions suivantes en fonction de l’état de l’alimentation de l’instrument. État de l’alim entatio n Actio n Instrument hors tension Appuyez brièvement sur le bouton pour mettre l’instrument sous tension.
- Page 14 Guide du système NextSeq 550 Présentation des consommables pour le séquençage Contenu et stockage Les consommables de séquençage nécessaires au fonctionnement de l’instrument NextSeq sont fournis séparément, dans une trousse à usage unique. Chaque trousse comprend une Flow Cell, une cartouche de réactifs, une cartouche de tampon et un tampon de dilution de librairie.
- Page 15 Guide du système NextSeq 550 T ype de tro usse Marquag e sur l’étiquette Composants de la trousse de débit élevé Composants de la trousse de débit moyen Il y a des considérations additionnelles en matière de compatibilité concernant les instruments NextSeq 550Dx en mode recherche.
- Page 16 à ces risques. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Document nº 15069765 v07 FRA Destiné à la recherche uniquement.
- Page 17 Guide du système NextSeq 550 Réservoirs réservés Figure 6 Réservoirs numérotés Po sitio n Descriptio n 7, 8 et 9 Réservées aux primers personnalisés facultatifs Charger les librairies Pour obtenir plus de renseignements sur les primers personnalisés, consultez le Guide des primers personnalisés NextSeq (document nº 15057456).
- Page 18 Chapitre 2 Pour commencer Démarrage de l’instrument Personnaliser les paramètres du système Personnaliser les paramètres de l’analyse Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Démarrage de l’instrument Mettez l’interrupteur principal en position I (Marche). Figure 8 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument REMARQUE Pour démarre l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche, consultez la section Démarrer l’instrument...
- Page 19 Guide du système NextSeq 550 Personnaliser les paramètres du système Le logiciel de commande comprend des paramètres de système personnalisables pour les éléments suivants. Pour changer les paramètres de configuration du réseau, consultez la section Configuration des paramètres du système, à la page 56.
- Page 20 Lorsque ce paramètre est activé, les données relatives à la performance de l’instrument sont transmises à Illumina. Ces données facilitent le dépannage par Illumina et lui permettent de détecter les pannes potentielles, d’exécuter une maintenance proactive et d’optimiser le temps d’utilisation de l’instrument.
- Page 21 Guide du système NextSeq 550 Cochez la case Use Advanced Load Consumables (Utiliser les consommables de chargement avancé) pour activer l’option permettant de charger tous les consommables de l’analyse à partir d’un écran unique. Cochez la case Skip Pre-Run Check Confirmation (Ignorer la confirmation de la vérification avant analyse) pour démarrer automatiquement le séquençage ou le balayage une fois la vérification automatique correctement effectuée.
- Page 22 100 ml Filtre à air Illumina, nº de Pour instruments avec un filtre à air référence 20022240 accessible depuis le panneau arrière. Nettoyage de l’air utilisé par l’instrument pour le refroidissement.
- Page 23 Chapitre 3 Séquençage Introduction Créer une analyse dans Local Run Manager Créer une analyse avec le NCS Préparer la cartouche de réactifs Préparer la Flow Cell Préparer des librairies pour le séquençage Configurer une analyse de séquençage Surveiller la progression de l’analyse Lavage automatique après analyse Introduction Pour effectuer une analyse de séquençage sur l’instrument NextSeq 550, préparez une cartouche de réactifs...
- Page 24 Pour connaître les prévisions de durée et autres spécifications du système, consultez la page des spécifications du système NextSeq 550 sur le site Web d’Illumina. Nombre de cycles d’une lecture Au cours d’une analyse de séquençage, une lecture comprend un cycle de plus que le nombre de cycles analysés.
- Page 25 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Préparer la Flow Cell Sortez un nouvel emballage de Flow Cell du lieu de stockage à une température maintenue entre 2 et 8 °C.
- Page 26 Guide du système NextSeq 550 Figure 11 Retirer de l’emballage double coque Nettoyez la surface en verre de la Flow Cell à l’aide d’une lingette alcoolisée non pelucheuse. Séchez le verre à l’aide d’un chiffon de laboratoire peu pelucheux. Préparer des librairies pour le séquençage Le volume et la concentration de chargement de la librairie varient en fonction de la version du logiciel de commande NextSeq utilisée.
- Page 27 Guide du système NextSeq 550 Figure 12 Charger les librairies Configurer une analyse de séquençage Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Experiment (Expérience). À l’écran Select Assay (Sélectionner le test), sélectionnez Sequence (Séquence). La commande Sequence (Séquence) ouvre la porte du compartiment d’imagerie, libère les consommables utilisés lors d’une analyse précédente et ouvre une série d’écrans de configuration de l’analyse.
- Page 28 Guide du système NextSeq 550 BaseSpace Sequence Hub (facultatif) Lors de la configuration d’une analyse de séquençage, vous pouvez sélectionner une des options suivantes de BaseSpace Sequence Hub : Optio n Descriptio n et exig ences Run Monitoring and Storage Envoyer les fichiers InterOp, les fichiers journaux et les données d’analyse à (Surveillance de l’analyse et BaseSpace Sequence Hub pour la surveillance et l’analyse à...
- Page 29 Guide du système NextSeq 550 Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) : modifier ce paramètre pour que les consommables soient automatiquement éliminés après l’analyse en cours. Sélectionnez Next (Suivant). Saisir les paramètres de l’analyse de séquençage et de l’analyse des données dans le NCS (mode d’analyse manuel) Saisissez un nom d’analyse de votre choix.
- Page 30 Guide du système NextSeq 550 Chargement de la Flow Cell Retirez la Flow Cell de l’analyse précédente. Alignez la Flow Cell sur les broches d’alignement et placez-la sur la platine. Figure 13 Chargement de la Flow Cell Sélectionnez Load (Charger). La porte se ferme automatiquement, l’identifiant de la Flow Cell s’affiche à l’écran et les capteurs sont activés.
- Page 31 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Faites glisser le réservoir à réactifs usagés vide dans le compartiment de tampon jusqu’à la butée.
- Page 32 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. REMARQUE Le réservoir à la position 6 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés.
- Page 33 Guide du système NextSeq 550 Retirer le réservoir usagé de la position nº 6 Après avoir retiré la cartouche de réactifs usagés de l’instrument, retirez le couvercle de protection en caoutchouc recouvrant la fente à côté de la position nº 6. Figure 18 Position nº 6 amovible A Couvercle de protection en caoutchouc B Position nº 6 Appuyez sur l’onglet en plastique transparent, puis poussez vers la gauche pour éjecter le réservoir.
- Page 34 Guide du système NextSeq 550 consultez la section Configurer les options de configuration de l’analyse, à la page 13. Surveiller la progression de l’analyse Surveillez la progression, les intensités et les scores de qualité de l’analyse à mesure que les indicateurs s’affichent à l’écran. Figure 19 Progression et indicateurs de l’analyse de séquençage A Run progress (Progression de l’analyse) : indique l’étape en cours et le nombre de cycles réalisés pour chaque lecture.
- Page 35 Guide du système NextSeq 550 Transfert des données Selon la configuration d’analyse sélectionnée, une icône apparaît sur l’écran pendant l’analyse pour indiquer l’état du transfert des données. État Lo cal Run Manag er Do ssier de BaseSpace Sequence Hub so rtie d’Illum ina Connecté Connecté, transfert des données en cours Déconnecté...
- Page 36 Guide du système NextSeq 550 Après le lavage Après le lavage, laissez les dispositifs d’aspiration en position basse afin d’empêcher l’air d’entrer dans le système. Laissez les cartouches en place jusqu’à l’analyse suivante. Document nº 15069765 v07 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 37 Fichiers de groupement : les fichiers de groupement décrivent les positions des amplifiats pour la puce à ADN de génotypage d’Illumina et sont utilisés lors de l’analyse de données pour effectuer le typage génotypique. Les fichiers de groupement utilisent le format de fichier EGT.
- Page 38 BeadChip Scan Configuration (Configuration des balayages de la puce BeadChip). Lorsque l’instrument NextSeq 550 est installé, le représentant d’Illumina télécharge ces fichiers et indique le chemin dans le logiciel de commande. Il n’est pas nécessaire de modifier ces fichiers, sauf en cas de perte ou de disponibilité...
- Page 39 Guide du système NextSeq 550 Charger la puce BeadChip dans l’adaptateur Appuyez sur la pince de maintien de l’adaptateur. La pince s’incline légèrement vers l’arrière et s’ouvre. En tenant la puce BeadChip par les bords, positionnez-la avec le code à barres près de la pince de maintien et placez-la dans l’étagère encastrée de l’adaptateur.
- Page 40 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Fermez les portes du compartiment de réactifs et du compartiment de tampon.
- Page 41 Guide du système NextSeq 550 Configuration du balayage Sur l’écran Scan Setup (Configuration du balayage), confirmez les informations suivantes : Barcode (Code à barres) : le logiciel lit le code à barres de la puce BeadChip lorsque celle-ci est chargée. Si le code à barres est saisi manuellement, le bouton Edit (Modifier) apparaît afin de permettre des modifications.
- Page 42 Guide du système NextSeq 550 Surveiller la progression du balayage Surveillez la progression du balayage grâce à l’image générée par la puce BeadChip. Chaque couleur qui se trouve sur l’image indique l’état du balayage. Gris clair : balayage non effectué. Gris foncé : balayage effectué, mais non enregistré. Vert : balayage effectué...
- Page 43 Guide du système NextSeq 550 Transfert des données Les données sont mises en file d’attente pour un transfert vers le dossier de sortie de balayage une fois le balayage terminé. Les données sont temporairement écrites sur l’ordinateur de l’instrument. Le dossier temporaire est automatiquement supprimé...
- Page 44 Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
- Page 45 Guide du système NextSeq 550 Figure 25 Cartouche de lavage des réactifs et cartouche de lavage du tampon d’origine. Figure 26 Nouvelle cartouche de lavage des réactifs et nouvelle cartouche de lavage du tampon. Préparer un lavage manuel après analyse Co nso m m ables f o urnis par Vo lum e et descriptio n l’utilisateur •...
- Page 46 Guide du système NextSeq 550 Figure 27 Charger le NaOCl Combinez les volumes suivants afin d’obtenir une solution de lavage de Tween 20 à 0,05 % : Cartouche de lavage du tampon d’origine Tween 20 à 100 % (62 µl) Eau de laboratoire (125 ml) Ajoutez 125 ml de solution de lavage dans le réservoir central de la cartouche de lavage du tampon. Nouvelle cartouche de lavage du tampon Tween 20 à...
- Page 47 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Faites glisser le réservoir à réactifs usagés vide dans le compartiment de tampon jusqu’à la butée.
- Page 48 Guide du système NextSeq 550 REMARQUE Le filtre à air ne fonctionnera pas correctement s’il est à l’envers. Assurez-vous d’insérer le filtre à air dans le plateau de façon à voir la flèche verte indiquant Up (Haut) et à ne pas voir l’étiquette de mise en garde.
- Page 49 Mises à jour manuelles : téléchargez le programme d’installation System Suite à la page d’assistance du système NextSeq 550, sur le site Web d’Illumina. Si vous prévoyez effectuer une mise à jour manuelle, assurez-vous de la compléter avant de préparer les échantillons et les consommables pour l’analyse de séquençage.
- Page 50 Ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina. Document nº 15069765 v07 FRA Destiné à la recherche uniquement.
- Page 51 Erreur de stockage réseau Configuration des paramètres du système Introduction En cas de questions techniques, consultez les pages d’assistance du NextSeq 550 sur le site Web d’Illumina. Les pages d’assistance fournissent un accès à la documentation, aux téléchargements et aux foires aux questions.
- Page 52 RTALogs. Ce fichier n’est pas présent pour les analyses réussies. Les fichiers sont situés dans des dossiers spécifiques à l’analyse du dossier de sortie. Joignez le journal des erreurs lors du signalement des problèmes à l’assistance technique d’Illumina. Fichiers de dépannage pour les balayages des puces à ADN Fichier clé...
- Page 53 Guide du système NextSeq 550 Fichier clé So us-f ichier Descriptio n Fichiers d’indicateurs [Code à barres] Les indicateurs sont fournis sous forme d’indicateurs d’échantillon et d’indicateurs de section. [code à barres]_sample_metrics.csv : pour chaque échantillon et chaque canal (rouge et vert), répertorie les paramètres Percent Off Image (Pourcentage hors image), Percent Outliers (Pourcentage de points aberrants), P05, P50, P95, Avg FWHM Avg (Moyenne de FWHM),...
- Page 54 Guide du système NextSeq 550 T em pérature Actio n reco m m andée Temperature (Température) Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Temperature Sensors Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. (Capteurs de température) Fans (Ventilateurs) Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Systèm e d’im ag erie Actio n reco m m andée...
- Page 55 Soit le compte BaseSpace est plein, soit le serveur réseau est plein. (Espace disque réseau) T em pérature Actio n reco m m andée Temperature (Température) Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Temperature Sensors Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. (Capteurs de température) Fans (Ventilateurs) Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
- Page 56 Soit le compte BaseSpace est plein, soit le serveur réseau est plein. (Espace disque réseau) Systèm e d’im ag erie Actio n reco m m andée Imaging Limits Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. (Limites de l’imagerie) Z Steps-and-Settle Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. (Étapes et installation Z) Bit Error Rate Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
- Page 57 Guide du système NextSeq 550 Lorsque vous arrêtez une analyse, le logiciel effectue les étapes suivantes avant de terminer l’analyse : Il place la Flow Cell en état de sécurité. Il déverrouille la RFID de la Flow Cell pour une future analyse. Il attribue une date de péremption de réhybridation à la Flow Cell. Il écrit les journaux de l’analyse pour les cycles terminés.
- Page 58 Guide du système NextSeq 550 Effectuer un lavage manuel À lʼécran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage). Sur l’écran Wash Selection (Sélection du lavage), sélectionnez Manual Post-Run Wash (Lavage manuel après analyse). Consultez la section Effectuer un lavage manuel, à la page 37.
- Page 59 Guide du système NextSeq 550 Échec du balayage de la puce BeadChip Les images sont enregistrées après leur numérisation. L’enregistrement identifie les billes en mettant en corrélation leur emplacement dans l’image numérisée et les renseignements fournis par le dossier de bille référencée, ou DMAP.
- Page 60 Vérification du système Une vérification du système n’est pas nécessaire lors du fonctionnement normal ou de l’entretien de l’instrument. Toutefois, un représentant de l’assistance technique d’Illumina peut vous demander de réaliser une vérification automatique du système à des fins de dépannage.
- Page 61 Si une Flow Cell usagée ne se trouve pas déjà sur l’instrument, chargez une Flow Cell usagée. REMARQUE Illumina recommande l’utilisation d’une Flow Cell à débit élevé pour les vérifications du système. b Videz le réservoir de réactifs usagés et repositionnez-le sur l’instrument.
- Page 62 Guide du système NextSeq 550 Sélectionnez Next (Suivant). Le rapport de vérification du système s’ouvre. Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer le rapport dans un fichier comprimé. Naviguez vers un emplacement sur le réseau pour enregistrer le fichier. Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Exit (Quitter). Lorsque vous êtes invité...
- Page 63 RAID et vous suggère de prendre contact avec l’assistance technique d’Illumina. Un remplacement du disque dur est généralement nécessaire. Vous pouvez continuer la procédure de configuration de l’analyse et les opérations normales. Le but de ce message est de pouvoir planifier à...
- Page 64 Guide du système NextSeq 550 Définir la configuration réseau À l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System Configuration (Configuration du système). Sélectionnez Network Configuration (Configuration du réseau). Sélectionnez Obtain an IP address automatically (Obtenir automatiquement une adresse IP) pour récupérer l’adresse IP depuis un serveur DHCP. REMARQUE Le Dynamic Host Configuration Protocol (DHCP) est un protocole réseau standard utilisé...
- Page 65 Si vous avez un abonnement Entreprise, cochez la case Private Domain (Domaine privé) et saisissez le nom du domaine (URL) utilisé pour l’ouverture de session propre à BaseSpace Sequence Hub. Par exemple : https://votrelabo.basespace.illumina.com. Sélectionnez Save (Enregistrer). Paramétrage de l’emplacement du dossier de sortie Le système NextSeq nécessite un dossier de sortie pour toutes les analyses.
- Page 66 Guide du système NextSeq 550 Sélectionnez un format de fichier d’image pour les images enregistrées. Le type d’image par défaut est JPG. Sélectionnez un format de fichier de sortie pour les données de balayage. Le type de fichier de sortie par défaut est GTC only (GTC uniquement).
- Page 67 Annexe B Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis Flux de travail de Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis L’instrument NextSeq 550 utilise une version du logiciel Real-Time Analysis (RTA) appelée RTA2. RTA2 fonctionne sur l’ordinateur de l’instrument et extrait les intensités des images, effectue les définitions des bases et associe un score de qualité...
- Page 68 Sequencing Analysis Viewer (SAV). Pour la dernière version du SAV, consultez la page de téléchargement du logiciel SAV sur le site Web d’Illumina. Gestion des erreurs RTA2 crée des fichiers journaux et les enregistre dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont enregistrées dans un fichier d’erreurs au format *.tsv.
- Page 69 Guide du système NextSeq 550 Génération du modèle La première étape du flux de travail RTA est la génération du modèle, qui définit la position de chaque amplifiat dans une plaque à l’aide des coordonnées X et Y. La génération du modèle nécessite les données d’image des cinq premiers cycles de l’analyse. Une fois l’imagerie du dernier cycle de modèle d’une plaque réalisée, le modèle est généré.
- Page 70 Guide du système NextSeq 550 Définition des bases La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une plaque donnée d’un cycle spécifique. L’instrument NextSeq 550 utilise un séquençage à deux canaux, qui ne nécessite que deux images pour encoder les données de quatre bases d’ADN, l’une provenant du canal rouge et l’autre, du canal vert.
- Page 71 Guide du système NextSeq 550 Pour accroître la robustesse de démultiplexage, sélectionnez à chaque cycle des séquences d’indexage qui fournissent un signal dans un canal au moins ou si possible dans les deux canaux. Suivez cette recommandation pour éviter les combinaisons d’index pouvant aboutir à l’obtention de bases G uniquement à...
- Page 72 Annexe C Fichiers et dossiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure des dossiers de sortie de séquençage Fichiers de sortie du balayage Structure du dossier de sortie de balayage Fichiers de sortie de séquençage T ype de f ichiers Descriptio n, em placem ent et no m des f ichiers Fichiers de définition Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases;...
- Page 73 Guide du système NextSeq 550 Plaques de la Flow Cell Les plaques sont de petites zones d’imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de vision. Le nombre total de plaques dépend du nombre de lignes, de stries et de surfaces imagés sur la Flow Cell et de la façon dont les caméras fonctionnent conjointement pour recueillir les images.
- Page 74 Guide du système NextSeq 550 Numérotation des stries Chaque ligne est imagée en trois stries. Les stries sont numérotées de 1 à 3 pour les Flow Cell à débit élevé. Figure 34 Numérotation des stries Numérotation des caméras L’instrument NextSeq 550 utilise six caméras pour l’imagerie de la Flow Cell. Les caméras sont numérotées de 1 à...
- Page 75 Guide du système NextSeq 550 Le numéro complet de la plaque comporte cinq chiffres pour indiquer son emplacement comme suit : Surface : 1 représente la surface supérieure, et 2, la surface inférieure Strie : 1, 2 ou 3 Caméra : 1, 2, 3, 4, 5 ou 6 Plaque : 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 ou 12 Exemple : la plaque portant le numéro 12508 indique qu’il s’agit d’une surface supérieure, de la strie 2, de la caméra 5 et de la plaque 8.
- Page 76 Guide du système NextSeq 550 L002 : images de mise au point de la ligne 2. L003 : images de mise au point de la ligne 3. L004 : images de mise au point de la ligne 4. InterOp : fichiers binaires utilisés par le logiciel Sequencing Analysis Viewer (SAV).. Logs : fichiers journaux décrivant les étapes de fonctionnement.
- Page 77 Guide du système NextSeq 550 Structure du dossier de sortie de balayage [Date]_[Nom de l’instrument]_[Nº de balayage]_[Code à barres] [Code à barres] Config Effective.cfg : enregistre les paramètres de configuration utilisés lors du balayage. Focus : contient les fichiers images servant à mettre au point le balayage. Logs : contient les fichiers journaux répertoriant chaque étape effectuée pendant le balayage.
- Page 78 Annexe D Considérations concernant l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Introduction Compatibilité des consommables du système NextSeq 550Dx Démarrer l’instrument NextSeq 550Dx Indicateurs de mode de l’instrument NextSeq 550Dx Options de redémarrage et d’arrêt de l’instrument NextSeq 550Dx Introduction Sauf exception, les directives de ce guide s’appliquent à l’instrument NextSeq 550Dx lorsqu’il est en mode recherche avec le NCS v4.0, ou une version plus récente.
- Page 79 Guide du système NextSeq 550 Démarrer l’instrument NextSeq 550Dx Mettez l’interrupteur principal en position I (Marche). Figure 37 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument Appuyez sur le bouton d’alimentation situé au-dessus du compartiment de réactifs. Le bouton d’alimentation active l’alimentation de l’instrument et démarre l’ordinateur et les logiciels intégrés à l’instrument.
- Page 80 Guide du système NextSeq 550 Attendez le chargement complet du système d’exploitation. Le logiciel de commande (NCS) démarre et initialise le système automatiquement. À la fin de l’étape d’initialisation, l’écran d’accueil s’ouvre. Si votre système a été configuré pour demander des identifiants, connectez-vous à Windows en utilisant le nom d’utilisateur et le mot de passe de votre site.
- Page 81 Ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina. Exit to Windows (Quitter et retourner vers Windows) La commande Exit to Windows (Quitter et retourner vers Windows) donne accès au système d’exploitation de l’instrument et à...
- Page 82 Index composants barre d’état 3 adaptateur compartiment d’imagerie 3 chargement de puce BeadChip 33 compartiment de réactifs 3 orientation de la puce BeadChip 32 compartiment du filtre à air 3 présentation 6 compartiment du tampon 3 aide configuration de l’analyse, option avancée 13 documentation 2 considérations relatives à...
- Page 83 Guide du système NextSeq 550 types 1 flux de travail cartouche de réactifs 17, 25 éliminer les consommables 14 cartouche de tampon 24 emplacement des amplifiats connexion à BaseSpace Sequence Hub 21, fichiers 65 génération du modèle 62 considérations relatives à l’indexage 63 emplacement du dossier 22 durée de l’analyse 17 erreur de stockage réseau 56...
- Page 84 Guide du système NextSeq 550 démarrage 11 paramètres de configuration 56 intensités 63 NextSeq 550Dx interrupteur 11 arrêt 73 arrêter l’instrument 74 bouton d’alimentation 72 démarrage de l’instrument 72 lavage indicateurs de mode 73 automatique 28 initialisation du logiciel 72 composants du lavage 37 logiciel Local Run Manager 71 consommables fournis par l’utilisateur 37 nom d’utilisateur et mot de passe du...
- Page 85 RunInfo.xml 44, 65 scores de qualité 64 séquençage consommables fournis par l’utilisateur 14 séquençage, fichiers de sortie 65 Service de surveillance Illumina Proactive 13 tableaux de qualité 64 transfert des données données de balayage 36 icônes d’activité 28 Universal Copy Service 28 Universal Copy Service 28 vérification avant analyse 26, 34...
- Page 86 T aïw an, Chine 00806651752 Autres pays + (44) 1799 534 000 Fiches signalétiques (SDS) – Disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits – Disponible en téléchargement sur le site support.illumina.com. Document nº 15069765 v07 FRA Destiné à la recherche uniquement.
- Page 87 Document nº 15069765 v07 FRA Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis + (1) 800 809 ILMN (4566) + (1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. © 2021 Illumina, Inc. Tous droits réservés.