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Chapitre 3 Séquençage
Introduction
Créer une analyse dans Local Run Manager
Créer une analyse avec le NCS
Préparer la cartouche de réactifs
Préparer la Flow Cell
Préparer des librairies pour le séquençage
Configurer une analyse de séquençage
Surveiller la progression de l'analyse
Lavage automatique après analyse
Introduction
Pour effectuer une analyse de séquençage sur l'instrument NextSeq 550, préparez une cartouche de réactifs
et une Flow Cell. Suivez ensuite les invites du logiciel pour configurer et démarrer l'analyse. La génération
d'amplifiats et le séquençage sont effectués sur instrument. Après l'analyse, le lavage de l'instrument
commence automatiquement à l'aide des composants déjà chargés dans l'instrument.
Génération d'amplifiats
Lors de la génération d'amplifiats, les molécules d'ADN uniques sont liées à la surface de la Flow Cell,
puis subissent une amplification de façon à former des amplifiats.
Séquençage
L'imagerie des amplifiats est réalisée par chimie de séquençage à deux canaux et combinaison de filtres
propres à chacun des terminateurs de chaîne marqués par fluorescence. Lorsque l'imagerie d'une plaque
sur la Flow Cell est terminée, le système passe à la plaque suivante. Ce processus se répète pour chaque
cycle de séquençage. Après l'analyse des images, le logiciel définit les bases, les filtre et leur attribue un
score de qualité.
Surveillez la progression de l'analyse et les statistiques aux emplacements suivants :
l'interface du NCS;
u
BaseSpace Sequence Hub;
u
Local Run Manager;
u
un ordinateur en réseau utilisant le logiciel Sequencing Analysis Viewer (SAV). Consultez la section
u
Sequencing Analysis Viewer, à la
Analyse
Pendant la progression de l'analyse, le logiciel de commande transfère automatiquement les fichiers de
définition des bases (BCL) vers BaseSpace Sequence Hub, Local Run Manager ou un autre emplacement de
sortie indiqué pour l'analyse secondaire.
Plusieurs méthodes d'analyse sont disponibles en fonction de votre application. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez l'aide de BaseSpace ou le Guide du logiciel Local Run Manager (document
nº 1000000002702).
Document nº 15069765 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
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