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Guide du système NextSeq 550
Génération du modèle
La première étape du flux de travail RTA est la génération du modèle, qui définit la position de chaque
amplifiat dans une plaque à l'aide des coordonnées X et Y.
La génération du modèle nécessite les données d'image des cinq premiers cycles de l'analyse. Une fois
l'imagerie du dernier cycle de modèle d'une plaque réalisée, le modèle est généré.
REMARQUE
Pour la détection d'un amplifiat pendant la génération du modèle, il doit y avoir au moins une base autre
que G dans les cinq premiers cycles. Pour toutes les séquences d'indexage, RTA v2 nécessite au moins une
base autre que G dans les deux premiers cycles.
Le modèle est utilisé comme référence pour l'étape suivante d'enregistrement et l'extraction des intensités.
Les emplacements des amplifiats sur toute la Flow Cell sont écrits dans les fichiers d'emplacement des
amplifiats (*.locs), un pour chaque ligne.
Enregistrement et extraction des intensités
L'enregistrement et l'extraction des intensités débutent après la génération du modèle.
L'enregistrement aligne les images produites par chaque cycle d'imagerie selon le modèle.
u
L'extraction d'intensités détermine une valeur d'intensité pour chaque amplifiat du modèle pour une
u
image donnée.
S'il y a échec d'enregistrement de l'image d'un cycle, quelle qu'elle soit, aucune définition des bases ne sera
générée pour cette plaque dans ce cycle. Utilisez le logiciel Sequencing Analysis Viewer (SAV) pour examiner
les vignettes et trouver les images dont l'enregistrement a échoué.
Correction de la mise en phase
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d'ADN dans un amplifiat s'étend d'une base par cycle.
La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu'un brin est déphasé par rapport au cycle
d'incorporation en cours.
La mise en phase se produit lorsqu'un brin a un retard d'une base.
u
La mise en préphase se produit lorsqu'un brin a une avance d'une base.
u
Figure 31 Mise en phase et en préphase
A Lecture avec une base présentant une mise en phase
B Lecture avec une base présentant une mise en préphase
RTA2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase, ce qui maximise la qualité des
données à chaque cycle tout au long de l'analyse.
Document nº 15069765 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
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