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Chapitre 4 Balayage
Introduction
Télécharger le dossier DMAP
Charger la puce BeadChip dans l'adaptateur
Configurer un balayage
Surveiller la progression du balayage
Introduction
Pour effectuer un balayage sur le NextSeq 550, les composants d'analyse suivants sont nécessaires :
Une puce BeadChip hybridée et marquée
u
L'adaptateur de puce BeadChip réutilisable
u
Des fichiers de carte de décodage (DMAP) correspondant à la puce BeadChip que vous utilisez
u
Un fichier de manifeste correspondant à la puce BeadChip que vous utilisez
u
Un fichier de groupement correspondant à la puce BeadChip que vous utilisez
u
Les fichiers de sortie sont générés lors du balayage puis mis en file d'attente pour un transfert vers le dossier
de sortie spécifié.
Effectuez l'analyse à l'aide du logiciel BlueFuse Multi, qui nécessite que les données de balayage soient
disponibles au format de fichier de typage génotypique (GTC). Par défaut, le NextSeq 550 génère des
données normalisées et les définitions de génotype qui y sont associées dans un fichier au format GTC.
Si vous le souhaitez, vous pouvez configurer l'instrument afin de générer des fichiers de données d'intensité
(IDAT) supplémentaires. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section
balayages de la puce BeadChip, à la
Decode File Client
Le dossier DMAP contient des renseignements permettant d'identifier l'emplacement des billes sur la puce
BeadChip et de quantifier le signal associé à chaque bille. Un dossier DMAP unique existe pour chaque code
à barres de puce BeadChip.
L'utilitaire Decode File Client vous permet de télécharger des dossiers DMAP directement depuis les serveurs
d'Illumina à l'aide d'un protocole HTTP standard.
Pour accéder à Decode File Client, consultez la
Installez le Decode File Client sur un ordinateur ayant accès à l'emplacement réseau du dossier DMAP.
Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section
Fichiers de manifeste et fichiers de groupement
Pour chaque puce BeadChip, le logiciel requiert un accès à un fichier de manifeste et à un fichier de
groupement. Chaque fichier de manifeste et de groupement est unique au type de puce BeadChip.
Vérifiez que vous utilisez les fichiers de groupement dont le nom de fichier contient NS550. Ces fichiers sont
compatibles avec le système NextSeq.
Fichier de manifeste : les fichiers de manifeste décrivent le SNP ou le contenu de la sonde sur une puce
u
BeadChip. Les fichiers de manifeste utilisent le format de fichier BPM.
Fichiers de groupement : les fichiers de groupement décrivent les positions des amplifiats pour la puce à
u
ADN de génotypage d'Illumina et sont utilisés lors de l'analyse de données pour effectuer le typage
génotypique. Les fichiers de groupement utilisent le format de fichier EGT.
Document nº 15069765 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
page 58.
page d'aide Decode File Client
Télécharger le dossier DMAP, à la
Configuration des
sur le
site Web
d'Illumina.
page 31.
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