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Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
L'instrument NextSeq 550 utilise une version du logiciel Real-Time Analysis (RTA) appelée RTA2. RTA2
fonctionne sur l'ordinateur de l'instrument et extrait les intensités des images, effectue les définitions des
bases et associe un score de qualité aux définitions des bases. RTA2 et le logiciel de commande
communiquent par le biais d'une interface Web HTTP et de fichiers mémoire partagés. Si RTA2 est arrêté,
le traitement ne reprend pas et les données de l'analyse ne sont pas enregistrées.
REMARQUE
Les performances de démultiplexage ne sont pas calculées. L'onglet Index de Sequencing Analysis Viewer
(SAV) n'est donc pas rempli.
Entrées dans RTA2
RTA2 nécessite les entrées suivantes pour le traitement :
Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
u
RunInfo.xml, qui est généré automatiquement au début de chaque analyse. Le fichier contient les
u
données suivantes :
Nom de l'analyse
u
Nombre de cycles
u
Indexation ou non de la lecture
u
Nombre de plaques sur la Flow Cell
u
RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
u
RTA2 reçoit des commandes du logiciel de commande indiquant l'emplacement du fichier
précisant si un dossier de sortie facultatif est spécifié.
Fichiers de sortie RTA v2
Les images de chaque canal passent dans la mémoire sous forme de plaques. Les plaques sont de petites
zones d'imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de vision. À partir de ces images, le
logiciel produit des fichiers de sortie qui prennent la forme d'un ensemble de fichiers de définition des bases
dont la qualité est notée et de fichiers de filtrage. Tous les autres fichiers supportent les fichiers de sortie.
T ype de f ichiers
Descriptio n
Fichiers de
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier regroupant les définitions des bases pour
définition des bases
chaque ligne et chaque cycle. Le fichier cumulé de définition des bases contient la définition
(*.bcl)
des bases ainsi que le score de qualité associé à chaque amplifiat dans cette ligne.
Fichiers de filtrage
Chaque plaque produit des renseignements sur le filtre qui sont rassemblés dans un fichier de
(*.filter)
filtrage par ligne. Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres.
Fichiers
Les fichiers d'emplacement des amplifiats contiennent les coordonnées X et Y de chaque
d'emplacement des
amplifiat dans une plaque. Lors de la génération du modèle, un fichier d'emplacement des
amplifiats (*.locs)
amplifiats est créé pour chaque ligne.
Document nº 15069765 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
60
61
RunInfo.xml
et
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