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Guide du système NextSeq 550
Pour accroître la robustesse de démultiplexage, sélectionnez à chaque cycle des séquences d'indexage qui
fournissent un signal dans un canal au moins ou si possible dans les deux canaux. Suivez cette
recommandation pour éviter les combinaisons d'index pouvant aboutir à l'obtention de bases G uniquement
à n'importe quel cycle.
Canal rouge : A ou C
u
Canal vert : A ou T
u
Ce processus de définition des bases permet d'éviter les erreurs lors de l'analyse d'échantillons low-plex.
Notation de la qualité
Le score de qualité permet de prédire la probabilité d'une erreur dans la définition des bases. Un score de
qualité plus élevé suppose qu'une définition des bases est de plus haute qualité et plus susceptible d'être
correcte.
Le score de qualité est un moyen simple d'indiquer la probabilité de petites erreurs. Q(X) représente les
scores de qualité, où X est le score. Le tableau suivant montre la relation entre le score de qualité et la
probabilité d'une erreur :
Sco re de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
REMARQUE
La notation de la qualité s'appuie sur une version modifiée de l'algorithme Phred.
La notation de la qualité calcule un ensemble d'indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases,
puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un tableau de qualité. Les tableaux de
qualité servent à fournir des indicateurs de qualité extrêmement précis pour des analyses générées par une
configuration spécifique de plateforme de séquençage et de version de chimie.
Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans les fichiers de définition des bases.
Document nº 15069765 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
pro babilité d'une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
64
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