Télécharger
Partager
Imprimer la page
  1. Manuels
  2. Marques
  3. illumina Manuels
  4. Équipement de laboratoire
  5. NextSeq 550Dx
  6. Guide de référence

illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence

Masquer les pouces Voir aussi pour NextSeq 550Dx:

Publicité

Liens rapides

Télécharger ce manuel
NextSeq 550Dx
Guide de référence de l'instrument
PROPRIÉTÉ D'ILLUMINA
Document n° 1000000009513 v08
Mai 2023
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT.

Publicité

loading

Manuels Connexes pour illumina NextSeq 550Dx

Sommaire des Matières pour illumina NextSeq 550Dx

  • Page 1 NextSeq 550Dx Guide de référence de l’instrument PROPRIÉTÉ D’ILLUMINA Document n° 1000000009513 v08 Mai 2023 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT.
  • Page 2 écrit préalable d’Illumina. Par le biais de ce document, Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de son copyright ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers quelconque.
  • Page 3 Document Date modification Document n° 1000000009513 v08 Ajout d’une référence au 2023 serveur Illumina DRAGEN en option pour NextSeq 550Dx avec Illumina Run Manager. Mise à jour du numéro de référence du filtre à air. Mise à jour de la limite de stabilité pour la cartouche de réactif.
  • Page 4 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Description de la Document Date modification Document n° 1000000009513 v05 Novembre 2020 Mise à jour des exigences relatives au nom d’utilisateur et au mot de passe des comptes de service. Barre d’état mise à jour avec des informations supplémentaires sur les couleurs.
  • Page 5 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Description de la Document Date modification Document n° 1000000009513 v02 Janvier 2019 Ajout d’informations sur les kits de réactifs v2.5 (300 cycles). Mise à jour de la liste des ressources supplémentaires. Indiqué que les instructions pour le logiciel Local Run Manager figurant ce guide concernent le mode de diagnostic de l’instrument.
  • Page 6 Document Date modification Document n°1000000009513 v01 Mars 2018 Ajout d’informations sur le service de surveillance Illumina Proactive dans la rubrique Customize System Settings (Personnaliser les paramètres système). Mise à jour des instructions dans la rubrique Replace Air Filter (Remplacement du filtre à air).
  • Page 7 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Table des matières Historique des modifications Présentation Caractéristiques de séquençage Ressources supplémentaires Composants de l’instrument Aperçu des consommables de séquençage Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Logiciel de NextSeq 550Dx Présentation du logiciel de NextSeq 550Dx Présentation de Local Run Manager Mots de passe utilisateur Démarrage Démarrer l’instrument...
  • Page 8 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Paramètres et tâches d’administration de Local Run Manager 52 Introduction Gestion des utilisateurs Paramètre système Paramètres des modules Pistes de vérification Dépannage Introduction Vérification du système Fichiers de dépannage Résoudre les erreurs de vérification automatique Le récipient de réactifs usagés est plein Message d’erreur RAID Erreur de stockage réseau...
  • Page 9 DRAGEN pour NextSeq 550Dx option. Le serveur Illumina DRAGEN en option pour NextSeq 550Dx n’est disponible que dans certains pays. Contactez un représentant Illumina pour connaître la disponibilité dans votre région. Double démarrage : le Instrument NextSeq 550Dx contient des disques durs distincts qui prennent •...
  • Page 10 NextSeq 550Dx est utilisé en mode recherche avec NextSeq Control n° 15069765) Software (NCS) v4.0 (le logiciel de contrôle NextSeq (NCS) v4.0 ou ultérieure. Guide du logiciel Fournit des informations sur l’utilisation du Serveur Illumina DRAGEN Illumina Run Manager pour NextSeq 550Dx optionavec Illumina Run Manager et les pour NextSeq 550Dx options d’analyse facultatives.
  • Page 11 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 1 Composants de l’instrument A. Compartiment d’imagerie : maintient la flow cell pendant un séquençage. B. Écran tactile : permet la configuration et le réglage de l’instrument à l’aide de l’interface du logiciel d’exploitation. C. Barre d’état : indique l’état de l’instrument : en cours (bleu), nécessitant une attention particulière (orange), prêt pour le séquençage (vert), en cours d’initialisation (bleu et blanc en alternance), pas encore initialisé...
  • Page 12 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 2 Compartiments de réactifs et de tampons A. Porte du compartiment des réactifs : ferme le compartiment des réactifs à l’aide d’un loquet situé sous la partie inférieure droite de la porte. Le compartiment à réactifs contient la cartouche de réactif.
  • Page 13 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx État de l’alimentation Action L’instrument est sous Appuyez sur le bouton d’alimentation et maintenez-le enfoncé tension pendant 10 secondes pour provoquer un arrêt forcé de l’instrument et de l’ordinateur de l’instrument. Utilisez cette méthode pour éteindre l’instrument uniquement si l’instrument ne répond pas.
  • Page 14 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Élément (1 par série) Exigences de stockage Cartouche de tampon 15 °C à 30 °C Cartouche de Flow Cell 2 °C à 8 °C* * La cartouche NextSeq 550Dx High Output Flow Cell Cartridge v2.5 est expédiée à température ambiante. Présentation de la Flow Cell (cellule de débit) Figure 3 Cartouche de la Flow Cell A.
  • Page 15 Pour de plus amples informations relatives à l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la SDS à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Document n° 1000000009513 v08 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT.
  • Page 16 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Réservoirs réservés Figure 5 Réservoirs numérotés Position Description 7, 8 et 9 Réservé aux primers personnalisés en option Charger les bibliothèques Réservoir amovible en position n° 6 La cartouche de réactif pré-remplie comprend un réactif de dénaturation en position 6 qui contient du formamide.
  • Page 17 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 6 Cartouche de tampon Présentation du tampon de dilution de la bibliothèque Le tampon de dilution de la bibliothèque se trouve dans la boîte d’accessoires de NextSeq 550Dx. Utilisez le tampon si nécessaire pour diluer les bibliothèques conformément aux instructions de préparation des bibliothèques afin d’obtenir les densités d’amplifiats recommandées.
  • Page 18 à la main ; dilué à 0,05 % Eau, usage en Fournisseur de Lavage de l’instrument (à la main) laboratoire laboratoire général Filtre à air Illumina, Purification de l’air que l’instrument prend pour référence 20063988 le refroidissement Équipement Objet Source Congélateur, de -25 °C à -15 °C, sans givre Fournisseur de laboratoire général...
  • Page 19 Le logiciel décrit dans ce chapitre est utilisé pour configurer, exécuter et analyser les données de Instrument NextSeq 550Dx. La suite logicielle du système comprend des applications intégrées qui effectuent des séquençages. Les mises à jour logicielles sont effectuées par le personnel d’Illumina. •...
  • Page 20 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx l’espace est insuffisant, supprimez les dossiers de séquençage qui n’ont pas besoin d’être réanalysés dans le logiciel Local Run Manager Pour en savoir plus, consultez  Supprimer un dossier de série à la page 20 (Supprimer un dossier d'une série).
  • Page 21 (Présentation du logiciel Local Run Manager). REMARQUE Lorsque vous utilisez l’option Serveur Illumina DRAGEN pour NextSeq 550Dx avec Illumina Run Manager, Illumina Run Manager s’affiche. Pour en savoir plus sur l’utilisation de Illumina Run Manager, consultez Guide du logiciel Illumina Run Manager pour NextSeq 550Dx (document n° 200025239). •...
  • Page 22 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Présentation de Local Run Manager Le logiciel Local Run Manager  est une solution intégrée sur l’instrument, conçue pour créer une série, surveiller son état, analyser les données de séquençage et afficher les résultats. Les instructions relatives à Local Run Manager figurant dans ce guide s’appliquent dans le mode diagnostic de l’instrument.
  • Page 23 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Réduisez le NOS, puis ouvrez le navigateur Web Chromium sur l’instrument. Saisissez • http://localhost dans la barre d’adresse. Seuls les administrateurs peuvent réduire NOS. Séquençage pendant l’analyse Les ressources informatiques du système de NextSeq 550Dx sont dédiées au séquençage ou à l’analyse.
  • Page 24 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Suivre le statut du séquençage et de l’analyse • Trier et filtrer les séries • • Créer et modifier des séries • Arrêter ou remettre l’analyse en file d’attente • Afficher les résultats de l’analyse •...
  • Page 25 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Icône Description Modifier Active la modification du chemin du dossier de la série. l’emplacement du dossier de sortie Modifier les Permet de modifier les mots de passe et les utilisateurs. utilisateurs Exporter Commande permettant d’exporter des éléments. Masquer la série Déplace une série des pages des séries actives vers la page des séries masquées.
  • Page 26 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Icône Description Afficher les filtres Affiche les filtres. Arrêter l’analyse Arrête l’analyse par l’intermédiaire du module de Local Run Manager. Désépingler Désépingle une série. Utilisateur Ouvre le menu du compte utilisateur. Avertissements Voir le texte de la notification pour en savoir plus sur les détectés avertissements.
  • Page 27 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Pour afficher la page Hidden Runs (séries masquées), sélectionnez la flèche déroulante Active Runs (séries actives), puis sélectionnez Hidden Runs (séries masquées). Sur la page Hidden Runs (séries masquées), sélectionnez l’icône Restore  (Restaurer). Lorsque vous êtes invité à confirmer, sélectionnez Restore (Restaurer). La série est restaurée à...
  • Page 28 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Sélectionnez Pin (Épingler). Delete Run Folder (Supprimer le dossier de série) et Hide (Masquer) sont désactivés. Pin (Épingler) est remplacé par Unpin (Désépingler). Supprimer un dossier de série Vous pouvez supprimer manuellement les dossiers des séries pour gérer l’espace de stockage. La série ne peut pas être épinglée et doit être dans l’un des états suivants : •...
  • Page 29 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Mots de passe utilisateur Pour accéder à l’interface Local Run Manager,vous devez disposer d’un nom d’utilisateur et d’un mot de passe valides pour vous connecter au système. Seul un utilisateur administrateur peut attribuer des informations d’identification aux utilisateurs. REMARQUE Les comptes utilisateur sont spécifiques à...
  • Page 30 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Modifier votre mot de passe Dans la barre de navigation en haut de l’interface, sélectionnez l’ icône Utilisateur à côté de votre nom. REMARQUE Selon la taille de l’écran sur lequel vous visualisez le logiciel, l’icône Utilisateur peut être condensée sous More Options (Plus d’options).
  • Page 31 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Démarrage Démarrer l’instrument Mettez l’interrupteur d’alimentation en position I (activé). Figure 7 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument Appuyez sur le bouton d’alimentation au-dessus du compartiment à réactifs. Le bouton d’alimentation met l’instrument sous tension et démarre l’ordinateur ainsi que le logiciel de l’instrument intégré.
  • Page 32 Options d’arrêt • Configuration du démarrage de l’instrument après vérification préalable • Envoi des données de performance de l’instrument à Illumina • Désignation d’un dossier de sortie pour la série Personnaliser l’avatar et le pseudo de l’instrument Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
  • Page 33 Illumina. Ces données aident Illumina à dépanner plus facilement et à détecter les défaillances potentielles, ce qui permet une maintenance proactive et maximise la disponibilité des instruments. Pour en savoir plus sur les avantages de ce service, consultez la note technique proactive d’Illumina (document n° 1000000052503).
  • Page 34 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Définir le Default Output Folder (dossier de sortie par défaut) Le compte Windows dans Local Run Manager et le compte Windows sur le système d’exploitation de l’instrument doivent avoir l’autorisation de lire et d’écrire dans le dossier de sortie. Pour vérifier les autorisations, consultez votre informaticien.
  • Page 35 Ne pas déplacer l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir une incidence sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez changer l’instrument d’emplacement, contactez votre représentant Illumina. Quitter et revenir à Windows La commande Exit to Windows (Quitter et revenir à Windows) permet d’accéder au système d’exploitation de l’instrument et à...
  • Page 36 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx revenir à Windows. Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument). Sélectionnez Reboot / Shutdown (Redémarrer/Arrêter). Sélectionnez Exit to Windows (Quitter et revenir à Windows). Document n° 1000000009513 v08 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT.
  • Page 37 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Séquençage Introduction Pour effectuer un séquençage sur le Instrument NextSeq 550Dx, préparez une cartouche de réactif et une flow cell, puis suivez les instructions du logiciel pour configurer et démarrer la série. La génération et le séquençage de l’amplifiat sont effectués sur l’instrument. Après la série, un lavage d’instrument commence automatiquement à...
  • Page 38 Sélectionnez Start (Démarrer). (Non requise si configuré pour démarrer automatiquement.) Surveillez la série à partir de l’interface du logiciel d’exploitation ou d’un ordinateur en réseau avec Local Run Manager ou Illumina Run Manager. Un lavage d’instrument commence automatiquement lorsque le séquençage est terminé.
  • Page 39 Créez une série à l’aide du logiciel Local Run Manager ou de Illumina Run Manager. Les instructions d’utilisation de Local Run Manager sont fournies ci-dessous. Pour obtenir des instructions sur l’utilisation de Illumina Run Manager, y compris sur la façon de choisir entre Local Run Manager ou Illumina Run Manager, reportez-vous à Guide du logiciel Illumina Run Manager pour NextSeq 550Dx (document n° 200025239).
  • Page 40 Pour de plus amples informations relatives à l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la SDS à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Préparer la Flow Cell Sortez une nouvelle flow cell du lieu de stockage à une température maintenue entre 2 et 8 °C.
  • Page 41 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 9 Chargez les bibliothèques Configurer une série de séquençage Sélectionnez Run (Exécuter) À partir de l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquence). Sélectionnez une série dans la liste. Pour en savoir plus sur la création d’un séquençage, consultez  Local Run Manager Flux de travail ...
  • Page 42 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 11 Retirez de l’emballage plastique Nettoyez la surface en verre de la flow cell avec une lingette non pelucheuse imbibée d’alcool. Séchez le verre à l’aide d’un tissu non pelucheux. REMARQUE Vérifiez que la surface en verre de la flow cell est propre. Si nécessaire, répétez l’étape de nettoyage.
  • Page 43 Pour de plus amples informations relatives à l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la SDS à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Glissez le récipient vide de réactifs usagés dans le compartiment tampon jusqu’à ce qu’il s’arrête. Un clic audible indique que le récipient est en position.
  • Page 44 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 14 Chargement du récipient vide de réactifs usagés Charger la cartouche de tampon Retirez la cartouche de tampon usagée du compartiment supérieur. Une certaine force est nécessaire pour soulever puis retirer la cartouche tampon. Glissez une nouvelle cartouche tampon dans le compartiment à...
  • Page 45 Pour de plus amples informations relatives à l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la SDS à l’adresse support.illumina.com/sds.html. REMARQUE Pour faciliter l’élimination sûre de tout réactif non utilisé, le réservoir en position 6 est amovible.
  • Page 46 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 17 Position nº 6 amovible A. Couvercle de protection en caoutchouc B. Position n° 6 Appuyez sur la languette en plastique transparent et poussez vers la gauche pour éjecter le réservoir. Mettez le réservoir au rebut conformément aux normes de sécurité en vigueur. Passer en revue la vérification préalable au séquençage Le logiciel effectue un contrôle automatisé...
  • Page 47 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx ATTENTION Assurez-vous de rester connecté à Windows. Si vous vous déconnectez du système Windows au cours d’un séquençage, la série s’arrête. REMARQUE Les réactifs ne doivent pas rester inactifs sur l’instrument pendant plus de 24 heures. Surveillance de la progression de la série Surveillez la progression de la série, les intensités et les scores de qualité...
  • Page 48 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx REMARQUE Après avoir sélectionné Home (Accueil), il n’est pas possible de revenir à l’affichage des métriques des séries. Cependant, les métriques de la série sont accessibles à l’aide des gestionnaires de séries. Sélectionnez Run Manager (le gestionnaire de séries) dans l’écran d’accueil de NOS ou à...
  • Page 49 Afficher les données d'une série et d’échantillon à l’aide du logiciel Run Manager (gestionnaire de série) utilisé pour créer la série de séquençage. Pour afficher les données d'une série et d’échantillon à l’aide de Illumina Run Manager, consultez le Guide du logiciel Illumina Run Manager pour NextSeq 550Dx (document n° 200025239).
  • Page 50 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Onglet Sequencing Information (Informations de séquençage) L’onglet Informations de séquençage fournit un résumé des paramètres de séquençage. Les informations suivantes sont fournies dans l’onglet Informations de séquençage. Titre de la rubrique Description Nom de l’instrument Le nom de l’instrument sur lequel la série a été...
  • Page 51 Pour la mise en file d’attente ou l’arrêt de l’analyse à l’aide d’Illumina Run Manager, consultez le Guide du logiciel Illumina Run Manager pour NextSeq 550Dx (document n° 200025239). Pour mettre en file d’attente ou arrêter l’analyse à...
  • Page 52 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Arrêter une série de Local Run Manager Sur la page Active Runs (analyses actives), cliquez sur More Options (Plus d’options) à côté du nom de la série que vous souhaitez arrêter. Sélectionnez Stop Analysis (Arrêter l’analyse). Remettre l’analyse en file d’attente depuis Active Runs (séries actives) Sur la page Active Runs (séries actives), cliquez sur l’icône plus d’options  à...
  • Page 53 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Sélectionnez l’icône Modifier   et saisissez le nouveau chemin d’accès au dossier. Bien que l’emplacement du fichier puisse être modifié, vous ne pouvez pas modifier le nom du dossier de résultats de la série. Veillez à respecter les directives relatives au chemin d’accès au fichier UNC décrites dans la rubrique ...
  • Page 54 Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
  • Page 55 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Un lavage manuel nécessite la cartouche de lavage du réactif et la cartouche de lavage du tampon fournies avec l’instrument, ainsi qu’une flow cell usagée. Une flow cell usagée peut être utilisée jusqu’à 20 fois pour les lavages de l’instrument. Figure 19 Cartouche de lavage du réactif et cartouche de lavage du tampon ancien modèle.
  • Page 56 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx REMARQUE Toujours utiliser une dilution fraîche de NaOCl préparée au cours des dernières 24 heures. Si vous réalisez un volume supérieur à 1 ml, conservez la dilution restante entre 2 °C et 8 °C pour une utilisation dans les prochaines 24 heures. Sinon, éliminez la dilution restante de NaOCl. Combiner les volumes suivants dans un tube de microcentrifugeuse pour obtenir 1 ml de NaOCl à...
  • Page 57 Pour de plus amples informations relatives à l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la SDS à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Glissez le récipient vide de réactifs usagés dans le compartiment tampon jusqu’à ce qu’il s’arrête.
  • Page 58 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Démarrer le lavage Sélectionnez Start (Démarrer). Une fois le lavage terminé, sélectionnez Home (Accueil). Après le lavage Après le lavage, les siphons restent en position basse pour empêcher l’air de pénétrer dans le système. Laissez les cartouches en place jusqu’à...
  • Page 59 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 22 Insertion du filtre à air Document n° 1000000009513 v08 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT.
  • Page 60 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Paramètres et tâches d’administration de Local Run Manager Introduction Les paramètres et tâches suivants nécessitent des autorisations d’un utilisateur administrateur : Gérer les comptes d’utilisateurs : ajoute des utilisateurs, attribue des autorisations et définit des • mots de passe.
  • Page 61 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx REMARQUE Créez plus d’un compte utilisateur Admin. Si l’utilisateur administrateur unique de l’instrument est bloqué, seul le support technique Illumina peut déverrouiller l’instrument. REMARQUE Selon la taille de l’écran sur lequel vous visualisez le logiciel, le menu Tools (Outils) peut être condensé...
  • Page 62 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Sur la page User Management (Gestion des utilisateurs), sélectionnez Create User (Créer un utilisateur). Dans la boîte de dialogue Create New User (Créer un nouvel utilisateur), saisissez le prénom et le nom du nouvel utilisateur. Dans le champ User name (Nom d’utilisateur), saisissez un nom d’utilisateur.
  • Page 63 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Sélectionnez Update User (Mettre à jour l’utilisateur). Modifier les autorisations de l’utilisateur Dans la barre de navigation du tableau de bord, sélectionnez le menu Tools (Outils), puis User Management (Gestion de l’utilisateur). Localisez le nom d’utilisateur que vous souhaitez modifier puis sélectionnez l’icône Edit (Modifier)  Pour modifier un rôle, sélectionnez Admin ou User (Utilisateur) pour basculer entre les options.
  • Page 64 Pour préciser un emplacement de sauvegarde de la base de données, saisissez le chemin préféré vers un emplacement de sauvegarde. Pour restaurer une base de données sauvegardée, contactez le support technique d’Illumina. Dans le champ Backup Period (Période de sauvegarde), saisissez la durée en jours entre chaque sauvegarde.
  • Page 65 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Pour activer les comptes Windows Analysis Service et Job Service, sélectionnez Windows Account. Assurez-vous que le compte de service que vous saisissez est autorisé à lire et écrire dans le dossier de sortie de la série. Dans le champ User name (Nom d’utilisateur), saisissez un nom d’utilisateur.
  • Page 66 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx What (Quoi), représenté par une brève description prédéfinie de l’action entreprise. • Affected Item (Élément affecté), représenté par 4 catégories d’éléments affectés : utilisateur, série, • analyse ou système. Pour trier la liste des vérifications, sélectionnez un en-tête de colonne pour classer dans l’ordre •...
  • Page 67 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Sélectionnez Filter (Filtre). Filtrer par description d’élément affecté Dans le champ de texte Affected Item (Élément affecté), saisissez n’importe quelle partie de la description de l’élément affecté. La description peut être un nom de série, un nom d’utilisateur, un nom de module d'une analyse ou un nom de rapport, par exemple.
  • Page 68 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Icône Description Analyse Indique une modification des paramètres d’analyse ou de l’état de l’analyse. Exécution Indique une modification des paramètres ou de l’état de la série. Système Indique une modification des paramètres du module ou du système. Utilisateur Indique une action utilisateur ou une action d’authentification utilisateur.
  • Page 69 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Dépannage Introduction Pour les problèmes de qualité de la série ou de performances, contactez le support technique Illumina. Assistance technique à la page 85 Consulter (assistance technique). Vérification du système Une vérification du système n’est pas nécessaire pour le fonctionnement normal ou l’entretien de l’instrument.
  • Page 70 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Effectuer une vérification du système Sur l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System Check (Contrôle système). Lorsque vous êtes invité à fermer le logiciel NOS, sélectionnez Yes (Oui). Charger les consommables comme suit : a. Si une flow cell usagée n’est pas déjà sur l’instrument, charger une flow cell usagée. b.
  • Page 71 Fichiers de dépannage Un représentant du support technique Illumina peut demander des copies de fichiers spécifiques à une série ou à une numérisation pour résoudre des problèmes. Généralement, les fichiers suivants sont utilisés pour le dépannage.
  • Page 72 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Dépannage des fichiers pour les séries de séquençage Fichier clé Dossier Description Fichier d’informations Dossier Contient les informations suivantes : • Nom de la série sur la série racine • Nombre de cycles de la série (RunInfo.xml) •...
  • Page 73 Pour résoudre les erreurs RTA, vérifiez d’abord le journal des erreurs RTA, qui est stocké dans le dossier RTALogs. Ce fichier n’est pas présent pour les séries réussies. Inclure le journal des erreurs lors du signalement des problèmes au support technique Illumina. Résoudre les erreurs de vérification automatique Si des erreurs surviennent au cours des vérifications automatiques, les actions suivantes sont...
  • Page 74 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Température Action recommandée Température Contacter l’assistance techniqueIllumina. Température de Contacter l’assistance techniqueIllumina. stockage Ventilateurs Contacter l’assistance techniqueIllumina. Systèmes de Action recommandée messagerie Limites Contacter l’assistance techniqueIllumina. d’imagerie Z Steps-and- Contacter l’assistance techniqueIllumina. Settle (étapes et règlements) Taux d’erreur de Contacter l’assistance techniqueIllumina.
  • Page 75 L’ordinateur de NextSeq 550Dx est équipé de quatre disques durs, deux pour le mode diagnostic et deux pour le mode recherche. Si un disque dur commence à tomber en panne, le système génère un message d’erreur RAID et vous suggère de contacter le support technique Illumina. En général, un remplacement de disque dur est nécessaire.
  • Page 76 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Configurer les paramètres système Le système est configuré pendant l’installation. Toutefois, si une modification est nécessaire ou si le système doit être reconfiguré, utilisez les options de configuration du système. Seul un compte administrateur Windows est autorisé à accéder aux options de configuration du système. Configuration du réseau : fournit des options pour les paramètres d’adresse IP, l’adresse DNS •...
  • Page 77 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx REMARQUE Le nom de l’ordinateur de l’instrument est attribué à l’ordinateur de l’instrument au moment de sa fabrication. Toute modification du nom de l’ordinateur peut affecter la connectivité et nécessiter le recours à un administrateur réseau. Connectez l’ordinateur de l’instrument à...
  • Page 78 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Real-Time Analysis Aperçu de Real-Time Analysis Le Instrument NextSeq 550Dx utilise une mise en œuvre du logiciel Real-Time Analysis (RTA) appelé RTA2. RTA2 s’exécute sur l’ordinateur de l’instrument et extrait les intensités des images, effectue les définitions des bases et attribue un score de qualité aux définitions des bases. RTA2 et le logiciel d’exploitation communiquent par l’intermédiaire d’une interface Web HTTP et de fichiers de mémoire partagés.
  • Page 79 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Type de fichiers Description Fichiers Les fichiers de localisation des amplifiats (*.locs) contiennent les d’emplacement coordonnées X,Y de chaque amplifiat dans une plaque. Un fichier des amplifiats d’emplacement des amplifiats est généré pour chaque ligne pendant la génération du modèle.
  • Page 80 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Correction de la mise Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase. en phase Définition des bases Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat. Notation de la qualité Attribue un score de qualité...
  • Page 81 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 24 Mise en phase et en préphase A. Lecture avec une base présentant une mise en phase B. Lecture avec une base présentant une mise en préphase. RTA2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase, ce qui maximise la qualité des données à...
  • Page 82 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Tableau 1 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux Canal Base Canal vert Résultats rouge 1 (allumé) 1 (allumé) Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal vert. 1 (allumé) 0 (éteint) Amplifiats montrant une intensité...
  • Page 83 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Notation de la qualité Un score de qualité, ou Q-score, prédit la probabilité qu’une définition des bases soit erronée. Un score de qualité plus élevé suppose qu’une définition des bases est de plus haute qualité et plus susceptible d’être correcte.
  • Page 84 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Fichiers et dossiers de sortie Structure du dossier de sortie Le logiciel d’exploitation génère automatiquement le nom du dossier de sortie. Data Intensities BaseCalls L001 : fichiers de définition des bases pour la ligne 1, agrégés dans un fichier par cycle. L002 : fichiers de définition des bases pour la ligne 2, agrégés dans un fichier par cycle.
  • Page 85 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Fichiers de sortie de séquençage Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers Fichiers de Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier agrégé de définition des définition des bases (*.bcl.bgzf) pour chaque ligne et pour chaque cycle. Le fichier agrégé bases contient la définition des bases ainsi que le score de qualité...
  • Page 86 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers Fichier de Créé au début de la série, le fichier de configuration RTA répertorie les configuration paramètres de la série. [Root folder], RTAConfiguration.xml Fichier de Indique le nom de la série, le nombre de cycles à...
  • Page 87 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Numérotation des lignes Les lignes 1 et 3, appelées paire de lignes A, sont imagées en même temps. Les lignes 2 et 4, appelées paire de lignes B, sont imagées lorsque l’imagerie de la paire de lignes A est terminée. Figure 26 Numérotation des lignes A.
  • Page 88 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Figure 28 Numérotation des caméras et des segments (l’illustration montre une flow cell à haut débit) Numérotation des plaques Il y a 12 plaques dans chaque témoin de chaque segment de caméra. Les plaques sont numérotées de 01 à 12, indépendamment du numéro de témoin ou du segment de caméra, et représentées par 2 chiffres.
  • Page 89 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx Index composants barre d'état 3 compartiment d'imagerie 3 aide, technique 85 compartiment réactif 3 alertes d'état 12 compartiment tampon 3 algorithme Phred 75 considérations sur l'indexation 74 amplifiats passant le filtre 74 consommables 5 analyse cartouche de réactifs 7 afficher les résultats 41...
  • Page 90 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx durée de séquençage 31 flux de travail durée du délai d'inactivité 56 aperçu 30 durée du séquençage 29 cartouche de réactifs 36 cartouche tampon 36 considérations sur l'indexation 74 du séquençage 29 échantillons durée de séquençage 31 onglet échantillons et résultats 42 flow cell 33 recherche 19...
  • Page 91 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx paramètres de configuration 68 performance des données 25 redémarrer 1, 26-27 maintenance de l'instrument séteindre 26 consommables 10 surnom 24 maintenance préventive 46 intensités 73 maintenance, préventive 46 interrupteur d'alimentation 23 Message d’erreur RAID 67 métriques appel de base 73 cycles d'intensité...
  • Page 92 75 Service de copie universel 71 processus de travail service de surveillance lllumina Proactive 25 réactifs usagés 34 Service de surveillance proactive Illumina 25 vérification préalable 38 suivi RFID 5 support client 85 supprimer les dossiers inactifs 56 supprimer un utilisateur 55 réactifs...
  • Page 93 Pour une assistance technique, contactez le support technique Illumina. Site Web : www.illumina.com E-mail : techsupport@illumina.com Fiches de données de sécurité (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits : disponible en téléchargement sur support.illumina.com. Document n° 1000000009513 v08 DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT.
  • Page 94 Illumina, Inc. 5200 Illumina Way Commanditaire australien San Diego, Californie 92122 États-Unis Illumina Australia Pty Ltd +(1) 800 809 ILMN (4566) Nursing Association Building +(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Level 3, 535 Elizabeth Street Nord) Melbourne, VIC 3000 techsupport@illumina.com Australie www.illumina.com DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT. © 2023 Illumina, Inc. Tous droits réservés.