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Guide du système NextSeq 550
Définition des bases
La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d'une plaque donnée d'un
cycle spécifique. L'instrument NextSeq 550 utilise un séquençage à deux canaux, qui ne nécessite que
deux images pour encoder les données de quatre bases d'ADN, l'une provenant du canal rouge et l'autre,
du canal vert.
Les intensités extraites d'une image et sa comparaison avec une autre image donnent quatre populations
distinctes, chacune correspondant à un nucléotide. Le processus de définition des bases détermine à quelle
population appartient chaque amplifiat.
Figure 32 Visualisation de l'intensité des amplifiats
Tableau 1 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux
Canal
Canal
Base
ro ug e
A
1 (allumé)
1 (allumé)
C
1 (allumé)
0 (éteint)
G
0 (éteint)
0 (éteint)
T
0 (éteint)
1 (allumé)
Amplifiats passant le filtre
Au cours de l'analyse, RTA2 filtre les données brutes pour supprimer les lectures non conformes au seuil de
qualité des données. Les amplifiats qui se chevauchent et ceux de mauvaise qualité sont supprimés.
Dans le cas d'une analyse sur deux canaux, RTA2 utilise un système basé sur une population pour
déterminer la pureté d'une définition des bases. Les amplifiats franchissent le filtre (PF) lorsqu'une définition
des bases ou moins au cours des 25 premiers cycles a une pureté inférieure à 0,63. Les amplifiats qui ne
passent pas le filtre ne servent pas à la définition des bases.
Considérations relatives à l'indexage
Le processus de définition des bases qui a lieu pendant la lecture d'index diffère de celui qui a lieu pendant
les autres lectures.
Une lecture d'index doit contenir au moins une base autre que G dans l'un des deux premiers cycles.
Si deux bases G sont définies au début d'une lecture d'index, aucune intensité de signal n'est générée.
Il faut obtenir un signal dans l'un des deux premiers cycles pour assurer la performance de démultiplexage.
Document nº 15069765 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Résultat
vert
Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal vert.
Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal rouge.
Amplifiats ne montrant d'intensité dans aucun emplacement d'amplifiat connu.
Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal vert.
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