Sommaire des Matières pour Agilent Technologies SureScan G2600D
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Agilent G4900DA Système de scanner de puces à ADN SureScan Microarray Scan Control Software 9.1 Guide d'utilisation Janvier 2012 Utilisation à des fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic Agilent Technologies...
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Contenu de ce guide... Ce guide d'utilisation contient des instructions de mise en route, d'utilisation, de dépannage et de maintenance du système de scanner de puces à ADN SureScan Agilent. Le système SureScan se compose du scanner de puces à ADN SureScan Agilent, d'un ordinateur et des programmes de contrôle et d'analyse.
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Références Ce chapitre inclut des descriptions des fenêtres et des boîtes de dialogue Scan Control. Il fournit également les spécifications du scanner et des diapositives ainsi que des informations sur la conformité à la réglementation. Guide d'utilisation du système SureScan...
Sommaire Introduction Un excellent outil d'analyse de puces à ADN Description du système Fonctions matérielles et logicielles Nomenclature des pièces Configuration informatique requise Description matérielle du scanner Préparation du site Pictogrammes de sécurité utilisés sur le scanner Consignes de sécurité Principes de fonctionnement Positionnement des diapositives Excitation par laser...
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Table des matières Etape 3 : chargement des porte-diapositives dans le panier Etape 4 : définition ou modification des paramètres de numérisation Etape 5 : ajout de diapositives à la file d'attente de numérisation Etape 6 : numérisation des diapositives Etape 7 : retrait des diapositives A propos des protocoles de numérisation Mode déconnecté...
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Table des matières Utilisation des outils Scan Control Création et modification de protocoles de numérisation Création d'un protocole de numérisation Modification d'un protocole de numérisation existant Exportation d'un protocole de numérisation Importation d'un protocole de numérisation Suppression d'un protocole de numérisation Création et modification de régions de balayage Création d'une région de balayage Modification d'une région de balayage pour les diapositives...
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Table des matières Mappage de protocoles de numérisation à des motifs Mappage d'un protocole de numérisation à un motif de diapositive Maintenance et dépannage du système Maintenance du système Maintenance logicielle planifiée Maintenance matérielle planifiée Prévention des problèmes Dépannage du système Support technique Questions fréquentes Dépannage matériel...
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Table des matières Références de la boîte de dialogue du programme Scan Control Agilent Installation Qualification Tool Boîte de dialogue Export Scan Protocol Boîte de dialogue Export Scan Region Boîte de dialogue Input Barcode Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Boîte de dialogue Scan Region Editor Boîte de dialogue Self Test Boîte de dialogue Settings –...
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Table des matières Guide d'utilisation du système SureScan...
Système de scanner de puces à ADN SureScan Microarray Scan Control Software 9.1 Guide d'utilisation Introduction Un excellent outil d'analyse de puces à ADN Description du système Principes de fonctionnement Programmes installés sur l'ordinateur Ce chapitre fournit une présentation générale du système SureScan. Agilent Technologies...
Un excellent outil d'analyse de puces à ADN Le scanner SureScan fait partie de la solution SureScan développée par Agilent Technologies. Le scanner SureScan de fluorescence induite par laser perfectionné est conçu pour lire des puces à ADN imprimées sur des diapositives standard de 25,4 x 76,2 mm (1"...
Introduction Description du système Description du système Cette section énumère les fonctions matérielles et logicielles, dresse la liste des pièces et définit la configuration informatique requise. Elle fournit également une description physique du scanner SureScan ainsi que des informations sur la préparation du site et la sécurité.
Nomenclature des pièces Nomenclature des pièces Le système de scanner de puces à ADN SureScan G4900DA comprend les éléments suivants : • Scanner SureScan G2600D avec panier intégral de 24 diapositives • 24 porte-diapositives • Ordinateur avec logiciel de restauration sur CD •...
Introduction Description matérielle du scanner Description matérielle du scanner Vue de face du scanner Témoin d'état Panneau avant amovible Capot Bouton d'alimentation Figure 2 Scanner SureScan, vue de face Guide d'utilisation du système SureScan...
Introduction Préparation du site Vue arrière du scanner Ouïe de refroidissement Sortie de des lasers refroidissement principale Sortie de refroidissement des lasers Ouïe de refroidissement principale Sortie d'air de Connecteur LAN l'alimentation Fusible Socle de prise d'alimentation Figure 3 Scanner SureScan, vue arrière Préparation du site Assurez-vous que le site respecte les “Spécifications du scanner...
Introduction Consignes de sécurité Consignes de sécurité De par sa conception, le scanner SureScan permet une utilisation facile et sûre. Avant d'utiliser le scanner SureScan, assurez-vous d'avoir bien compris et de respecter toutes les précautions désignées par les mentions AVERTISSEMENT et ATTENTION.
Introduction Principes de fonctionnement Principes de fonctionnement Cette section décrit les caractéristiques de fonctionnement du scanner SureScan. Positionnement des diapositives Le scanner SureScan peut accueillir 24 diapositives de 25,4 x 76,2 mm (1" × 3") dans un panier fixe. Pendant la numérisation, les diapositives sont séquentiellement placées en position de numérisation, numérisées, puis replacées dans le panier.
Introduction Numérisation Numérisation Le laser balaie rapidement la puce à ADN dans les deux sens. La fonction d'autofocus dynamique garantit le placement systématique de la puce dans le plan focal de la lentille du laser, donc l'uniformité et l'étalonnage de la densité du balayage. Détection de fluorescence Un PMT hautes performances convertit la fluorescence des échantillons marqués en signal électrique.
Introduction Programmes installés sur l'ordinateur Programmes installés sur l'ordinateur L'ordinateur inclus avec votre système SureScan comporte les logiciels préinstallés suivants. Programme Agilent Microarray Scan Control – sert à configurer et à utiliser le scanner. Programme Agilent Feature Extraction – extrait automatiquement les motifs en utilisant les fichiers d'image numérisés créés par le scanner.
Mise hors tension du scanner SureScan Ce chapitre décrit l'utilisation du scanner ; il explique notamment comment configurer l'appareil et comment numériser simplement et rapidement des diapositives. En cas de problème, référez-vous au Chapitre 5, qui fournit des informations de dépannage. Agilent Technologies...
Mise en route Licences Licences Le système SureScan se décline en deux configurations (à choisir à la commande) : • configuration haute résolution standard, • configuration sans fonction haute résolution. Sans licence haute résolution, vous pouvez sélectionner les modes 10 microns, 5 microns et 5 Microns avec double balayage, mais les modes 2 microns et 3 microns sont indisponibles.
Mise en route Utilisation du scanner Utilisation du scanner Les étapes suivantes décrivent l'utilisation du scanner. Pour plus d'informations sur l'utilisation du programme Scan Control, référez-vous au Chapitre 3, “Utilisation du programme Scan Control”. Etape 1 : mise sous tension du scanner SureScan et lancement du programme Scan Control 1 Mettez le scanner SureScan sous tension au moyen de l'interrupteur situé...
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Mise en route Etape 1 : mise sous tension du scanner SureScan et lancement du programme Scan Control Lorsque le programme démarre, la fenêtre principale du logiciel Agilent Microarray Scan Control s'ouvre et le scanner effectue sa séquence d'initialisation. Référez-vous à la section “Fenêtre principale de Scan Control”...
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Mise en route Etape 1 : mise sous tension du scanner SureScan et lancement du programme Scan Control Figure 5 Fenêtre du programme Agilent Microarray Scan Control – prêt à ajouter des diapositives L'état du scanner est indiqué dans le coin inférieur droit de la fenêtre Scan Control, dans la barre d'état.
Mise en route Etape 2 : insertion des diapositives dans les porte-diapositives WarmUp Le préchauffage des lasers dure environ 5minutes. Pendant le préchauffage, vous pouvez charger des diapositives, définir des protocoles et ajouter des diapositives à la file d'attente. Une fois les lasers préchauffés, vous pouvez commencer la numérisation.
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Mise en route Etape 2 : insertion des diapositives dans les porte-diapositives Rebord de la diapositive Figure 7 Insertion d'une diapositive dans le porte-diapositive 3 Insérez la diapositive dans le porte-diapositive, comme suit : a Tenez la diapositive par l'extrémité du code-barres. b Assurez-vous que la surface de la puce à...
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Mise en route Etape 2 : insertion des diapositives dans les porte-diapositives f Appuyez délicatement et tirez sur la languette du couvercle en plastique transparent pour l'ouvrir à nouveau et vérifier que la diapositive est correctement positionnée. Une fois insérée, la diapositive est placée à plat, alignée avec les repères figurant sur le porte-diapositive.
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Mise en route Etape 2 : insertion des diapositives dans les porte-diapositives Les diapositives Agilent comportent deux codes-barres, un sur chaque face. Référez-vous à la Figure 10. Les diapositives tierces n'en possèdent habituellement qu'un. Pour les diapositives Agilent et les diapositives tierces, placez le côté actif des puces à...
Mise en route Etape 3 : chargement des porte-diapositives dans le panier Etape 3 : chargement des porte-diapositives dans le panier Une fois les diapositives insérées dans les porte-diapositives, vous pouvez les placer dans le panier. Le panier et les porte-diapositives sont conçus pour garantir la bonne insertion des porte-diapositives.
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Mise en route Etape 3 : chargement des porte-diapositives dans le panier 2 Saisissez le porte-diapositive en le tenant par l'onglet. La flèche au-dessus des points du porte–diapositive est orientée vers la gauche lorsque vous soulevez correctement le porte-diapositive. Référez-vous à la Figure Le scanner SureScan numérise les Insérez un porte-diapositive dans un emplacement...
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Mise en route Etape 3 : chargement des porte-diapositives dans le panier Les numéros des diapositives en regard du panier et dans le tableau des emplacements de la fenêtre du programme Scan Control changent de couleur pour indiquer l'état de l'emplacement.
Mise en route Etape 4 : définition ou modification des paramètres de numérisation Etape 4 : définition ou modification des paramètres de numérisation Les paramètres actuels du La première fois que vous configurez la numérisation d'une protocole de numérisation sont diapositive, sélectionnez un protocole de numérisation à...
Mise en route Etape 6 : numérisation des diapositives 2 Pour chaque diapositive supplémentaire à numériser, • Cliquez sur la cellule State et sélectionnez Add to queue first pour placer la diapositive en haut de la file d'attente de numérisation. •...
Mise en route Etape 7 : retrait des diapositives • Les événements qui se produisent pendant la numérisation sont consignés dans le journal de numérisation et dans le journal d'état. Référez-vous à la section “Onglets du journal” page 103. Etape 7 : retrait des diapositives Lorsque le bouton Open Door est activé, vous pouvez décharger les porte-diapositives du panier, puis sortir les diapositives des porte-diapositives.
Mise en route A propos des protocoles de numérisation A propos des protocoles de numérisation Un protocole de numérisation représente un ensemble de paramètres de numérisation et d'image qui, lorsqu'il est sélectionné, est appliqué à la diapositive en cours de numérisation.
Mise en route Mode déconnecté Mode déconnecté Si aucun appareil n'est disponible, le programme Scan Control s'exécute en “mode déconnecté”. Ce mode vous permet de créer, importer et exporter des protocoles de numérisation et des régions de balayage. Vous pouvez également ouvrir des fichiers journaux, afficher les dernières erreurs, définir les paramètres généraux, et mapper des protocoles de numérisation à...
Mise en route Mise hors tension du scanner SureScan Mise hors tension du scanner SureScan 1 Dans la fenêtre du programme Scan Control, assurez-vous que le scanner SureScan n'est pas en cours de numérisation, d'éjection, ou de chargement d'une diapositive. 2 Cliquez sur Open Door pour ouvrir le capot du scanner.
Scan Control. Pour plus d'informations sur l'utilisation des outils Scan Control pour modifier les protocoles et les régions de balayage, et activer et désactiver les lasers, référez-vous au Chapitre 4, “Utilisation des outils Scan Control”. Agilent Technologies...
Utilisation du programme Scan Control Utilisation du tableau des emplacements Utilisation du tableau des emplacements Le tableau des emplacements affiche le panier et son contenu. Lorsque vous chargez des diapositives dans le panier puis fermez le capot, le logiciel Scan Control lit le code-barres de chaque diapositive et l'affiche sous forme d'ID de diapositive dans le tableau des emplacements.
Utilisation du programme Scan Control Définition ou modification du protocole de numérisation Définition ou modification du protocole de numérisation Si aucun protocole de numérisation n'est sélectionné pour une Un protocole de numérisation est un ensemble prédéfini de paramètres de diapositive, ou si vous souhaitez modifier le protocole de numérisation.
Utilisation du programme Scan Control Ajout d'une diapositive à la file d'attente de numérisation Pour sélectionner une série de diapositives non contiguës, maintenez la touche Ctrl enfoncée, puis cliquez sur les diapositives supplémentaires de votre choix. Les diapositives sélectionnées apparaissent en surbrillance dans le tableau des emplacements.
Utilisation du programme Scan Control Déplacement d'une diapositive dans la file d'attente Déplacement d'une diapositive dans la file d'attente 1 Dans le tableau des emplacements, cliquez sur la cellule State de la diapositive à déplacer. 2 Cliquez de nouveau pour afficher les options de la diapositive.
Utilisation du programme Scan Control Ouverture du capot du scanner Ouverture du capot du scanner Vous devez utiliser le programme • Dans la fenêtre principale du programme Scan Control, Scan Control pour ouvrir le capot cliquez sur Open Door. du scanner. Vous ne pouvez pas ouvrir le capot pendant le chargement du scanner ou l'éjection d'une diapositive.
Utilisation du programme Scan Control Modification des paramètres de numérisation des diapositives Modification des paramètres de numérisation des diapositives Lorsque vous sélectionnez une diapositive dans le tableau des emplacements de la fenêtre principale Scan Control, les paramètres de numérisation de cette diapositive apparaissent dans le volet Settings sur la partie droite de la fenêtre.
Utilisation du programme Scan Control Modification des paramètres de plusieurs diapositives Modification des paramètres de plusieurs diapositives Vous pouvez uniquement modifier 1 Dans le tableau de numérisation, cliquez sur la première les paramètres de numérisation diapositive dont vous souhaitez modifier les paramètres. d'une diapositive qui ne figure pas 2 Maintenez la touche Ctrl enfoncée et cliquez pour dans la file d'attente de...
Utilisation du programme Scan Control Ajout d'un nom d'utilisateur Ajout d'un nom d'utilisateur Vous pouvez uniquement modifier 1 Dans le tableau des emplacements, sélectionnez la le nom d'utilisateur d'une diapositive dont vous souhaitez modifier les paramètres. diapositive qui ne figure pas dans 2 Dans la zone User, entrez les informations concernant la file d'attente de numérisation.
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Utilisation du programme Scan Control Ajout d'un nom d'utilisateur Guide d'utilisation du système SureScan...
• Créer un fichier qui “capture” l'état actuel du scanner • Réinitialiser les avertissements d'étalonnage • Effectuer un autotest • Définir les paramètres généraux du scanner • Mapper des protocoles à des motifs de diapositives Ce chapitre décrit l'utilisation des outils disponibles dans le programme Scan Control. Agilent Technologies...
Utilisation des outils Scan Control Création et modification de protocoles de numérisation Création et modification de protocoles de numérisation Le programme Scan Control est livré avec un ensemble de protocoles de numérisation par défaut conçus pour fonctionner avec les principaux motifs de diapositives de puces à ADN Agilent.
Utilisation des outils Scan Control Modification d'un protocole de numérisation existant Modification d'un protocole de numérisation existant Vous ne pouvez pas changer les 1 Sélectionnez Tools > Scan Protocol Editor. protocoles de numérisation par 2 Sélectionnez un protocole existant à modifier. défaut fournis avec le scanner.
Utilisation des outils Scan Control Importation d'un protocole de numérisation 5 Sélectionnez le dossier où vous souhaitez enregistrer le fichier des protocoles exportés. 6 Entrez le nom du fichier des protocoles exportés, puis cliquez sur Save. Importation d'un protocole de numérisation Si un protocole de numérisation du 1 Sélectionnez Tools >...
Utilisation des outils Scan Control Création et modification de régions de balayage Création et modification de régions de balayage Si vous utilisez des diapositives tierces, vous pouvez créer une La région de balayage définit la partie numérisée de la diapositive. Plus elle région de balayage personnalisée ou modifier une région est grande, plus la durée de existante.
Utilisation des outils Scan Control Modification d'une région de balayage pour les diapositives tierces Modification d'une région de balayage pour les diapositives tierces Vous ne pouvez modifier que les régions de balayage personnalisées. Il est impossible de modifier ou de supprimer les régions fournies par Agilent.
Utilisation des outils Scan Control Importation d'une région de balayage Pour sélectionner plusieurs régions de balayage contiguës, cliquez sur la première région de balayage, maintenez la touche Maj enfoncée, puis sélectionnez la dernière région de balayage à exporter. 4 Cliquez sur Export. 5 La boîte de dialogue Save As apparaît.
Utilisation des outils Scan Control Ajout d'un code-barres Ajout d'un code-barres Les codes-barres servent à identifier les diapositives à puces à ADN, à la fois physiquement et au sein du programme Scan Control. Par ailleurs, le code-barres est enregistré dans les métadonnées de l'image TIFF et apparaît dans les rapports Feature Extraction.
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Utilisation des outils Scan Control Ajout d'un code-barres 6 Cliquez sur Set. Dans le tableau de numérisation, le code-barres apparaît dans l'ID de la diapositive pour cet emplacement. L'état de l'emplacement affiche alors “Present”. 7 Le cas échéant, effectuez les étapes étape 3 à...
Utilisation des outils Scan Control Activation manuelle des lasers Activation manuelle des lasers Les lasers sont automatiquement activés lorsque vous démarrez le programme Scan Control ou lorsque vous ajoutez des diapositives à la file d'attente. Ils se désactivent automatiquement en fonction des paramètres Laser Saver Delay.
Utilisation des outils Scan Control Outils de dépannage Outils de dépannage Pour faciliter la résolution des problèmes, vous pouvez afficher les dernières années ou ouvrir des fichiers journaux générés pour le scanner. Vous pouvez également créer un fichier contenant un “instantané” de l'état actuel de l'appareil. Les outils de dépannage décrits dans cette section sont généralement R E M A R Q U E utilisés lorsque vous travaillez avec un spécialiste du support technique...
Utilisation des outils Scan Control Création d'un instantané de l'état de l'appareil Création d'un instantané de l'état de l'appareil • Dans la barre de menus du programme Scan Control, cliquez sur Tools > State Snapshot. Un fichier est créé dans le dossier C:\ProgramData\Agilent\ MicroArrayScanner\Snapshots\StateSnapshots.
Utilisation des outils Scan Control Exécution d'un autotest Exécution d'un autotest Pour exécuter un autotest, retirez 1 Dans la fenêtre principale du programme Scan Control, tous les porte-diapositives du cliquez sur Tools > Self Test. scanner. La commande Self Test La boîte de dialogue Self Test s'ouvre.
Utilisation des outils Scan Control Définition des paramètres par défaut du scanner Définition des paramètres par défaut du scanner Définition du dossier des données de numérisation Par défaut, le dossier de sortie des Cet emplacement représente le dossier de sortie par défaut où données de numérisation est D:\ sont stockés les fichiers d'image générés par le scanner.
Utilisation des outils Scan Control Définition d'un délai d'économie du laser Définition d'un délai d'économie du laser Les lasers sont automatiquement Le délai d'économie du laser est conçu pour désactiver activés lorsque vous démarrez le automatiquement les lasers lorsqu'ils ne sont pas utilisés afin programme Scan Control et lorsque d'optimiser la durée de vie des lasers.
Utilisation des outils Scan Control Exécution du programme Feature Extraction après la numérisation Exécution du programme Feature Extraction après la numérisation Vous pouvez choisir d'exécuter automatiquement le programme Feature Extraction à la fin d'une numérisation. Pour plus d'informations, référez-vous aux sections “Boîte de dialogue Settings –...
Utilisation des outils Scan Control Mappage de protocoles de numérisation à des motifs Mappage de protocoles de numérisation à des motifs La première fois que vous numérisez la puce à ADN d'un motif donné, le programme Scan Control attribue ou “mappe” le protocole sélectionné...
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Utilisation des outils Scan Control Mappage d'un protocole de numérisation à un motif de diapositive Guide d'utilisation du système SureScan...
Mise à jour du programme du scanner et du logiciel Scan Control Vérification des mises à jour disponibles Mise à jour du logiciel et du programme Scan Control Vérification de l'installation du logiciel Ce chapitre fournit des informations sur la maintenance et le dépannage du système SureScan. Agilent Technologies...
Maintenance et dépannage du système Maintenance du système Maintenance du système Une maintenance appropriée vous assurera un fonctionnement optimal de votre scanner SureScan. En cas de doute sur l'utilisation ou l'entretien du scanner SureScan, contactez le représentant local du service clientèle Agilent ; il répondra à vos questions.
Maintenance et dépannage du système Prévention des problèmes Prévention des problèmes Les conseils suivants vous aideront à bien entretenir votre scanner SureScan et à protéger ses performances. Prévention de la perte de données • Evitez d'exécuter des logiciels qui sollicitent fortement le processeur : cela peut perturber l'acquisition des données lors de la numérisation.
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Maintenance et dépannage du système Prévention des problèmes Maintien des performances matérielles • Evitez de déplacer le scanner SureScan. Tout déplacement du scanner SureScan risque de nuire à ses performances. Contactez le représentant local du service clientèle Agilent pour bénéficier d'une aide lors du déplacement du scanner SureScan.
Maintenance et dépannage du système Dépannage du système Dépannage du système De par sa conception, le scanner SureScan permet une utilisation facile et sûre, avec un minimum d'entretien. Si vous ne parvenez pas à résoudre un problème sur le système, lisez ce chapitre.
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Maintenance et dépannage du système Support technique Chaque scanner SureScan est identifié par un numéro de série à 10caractères. Le numéro de série est situé à l'avant, en bas à droite, et à l'arrière de l'appareil. Dans vos échanges avec le service clientèle Agilent, concernant le scanner SureScan, veillez à...
Maintenance et dépannage du système Questions fréquentes Questions fréquentes Les sections suivantes comprennent des questions fréquentes (Frequently Asked Questions, FAQ) qui peuvent faciliter l'utilisation et la maintenance du système SureScan, ainsi que son dépannage. Tableau 1 Questions fréquentes Question fréquente Réponse Je veux déplacer le scanner SureScan.
Maintenance et dépannage du système Dépannage matériel Dépannage matériel A l'exception du fusible, le scanner SureScan ne contient aucune pièce susceptible d'être remplacée par l'utilisateur. Le témoin à l'avant du scanner indique d'éventuels problèmes. Vous pouvez également remplacer les fusibles qui protègent le système.
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à l'arrière du scanner SureScan. Les fusibles de l'alimentation sont montés immédiatement au-dessus de la prise d'alimentation. Vous pouvez commander des fusibles directement auprès d'Agilent Technologies. Débranchez toujours le cordon d'alimentation avant de contrôler ou AVERTISSEMENT de changer les fusibles.
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Maintenance et dépannage du système Dépannage matériel Contrôle et remplacement des fusibles de l'alimentation Si le scanner SureScan ne s'allume pas, alors que – vérification faite – la prise murale est sous tension, contrôlez les fusibles et changez-les, si nécessaire. 1 Débranchez le cordon d'alimentation.
Maintenance et dépannage du système Dépannage logiciel Porte-fusible d'alimentation Dépannage logiciel Si vous rencontrez une panne informatique ou souhaitez recharger l'image de disque dur fournie par Agilent avec l'ordinateur, Agilent fournit un CD de restauration vous permettant de recharger l'image de disque dur. Guide d'utilisation du système SureScan...
Maintenance et dépannage du système Emplacements des fichiers Emplacements des fichiers Le système SureScan utilise les dossiers suivants : Fichiers du programme Scan Control (dossier d'installation) C:\Program Files (x86)\Agilent\ScanControl Fichiers journaux C:\ProgramData\Agilent\MicroarrayScanner\Logs Fichiers image numérisés (dossier par défaut – ou tel que défini dans les paramètres Scan Control) D:\ScanData Fichiers d'image numérisés (en cas d'impossibilité...
Maintenance et dépannage du système Messages d'erreur système SureScan Messages d'erreur système SureScan Cette section explique comment résoudre les messages d'erreur et utiliser les journaux d'erreurs générés par le système. Surveillance du matériel Le scanner SureScan surveille en permanence la température interne et la vitesse des ventilateurs, ainsi que les conditions d'erreur de nombreux sous-systèmes.
Maintenance et dépannage du système Messages d'erreur système SureScan Utilisation des messages d'erreur en vue du dépannage Le système SureScan génère des messages d'erreur pour vous aider à résoudre les problèmes qui surviennent. Bon nombre de messages d'erreur proposent également une solution; suivez les instructions fournies.
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Maintenance et dépannage du système Messages d'erreur système SureScan Tableau 3 Messages d'erreur des boîtes de dialogue (suite) Message d'erreur Description et action suggérée Error during shutdown: {*} Une erreur s'est produite lors de la fermeture du programme Scan Control. Redémarrez le programme Scan Control et réessayez.
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Maintenance et dépannage du système Messages d'erreur système SureScan Tableau 3 Messages d'erreur des boîtes de dialogue (suite) Message d'erreur Description et action suggérée Save instrument state failed: {*} Fermez puis relancez le programme Scan Control. Si le problème persiste, réinstallez le programme Scan Control.
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Maintenance et dépannage du système Messages d'erreur système SureScan Tableau 4 Message d'erreur dans les journaux (suite) Message d'erreur Description et action suggérée AutoFocus hold percentage is more than La diapositive est sale ou obstruée ; la diapositive n'a pas été correctement warning limit installée dans le porte-diapositive.
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Maintenance et dépannage du système Messages d'erreur système SureScan Tableau 4 Message d'erreur dans les journaux (suite) Message d'erreur Description et action suggérée Hardware warning detected in subsystem Erreur de faible niveau. Consultez les dernières erreurs et contactez le support '{*}':Instrument operation suspended technique Agilent.
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Maintenance et dépannage du système Messages d'erreur système SureScan * Détail ajouté lors de la génération du message Messages d'erreur ne figurant pas dans le tableau Ce tableau ne répertorie pas tous les messages d'erreur possibles. Si un message d'erreur n'y figurant pas apparaît et que vous ne parvenez pas à...
Maintenance et dépannage du système Utilisation de l'écran de diagnostic Utilisation de l'écran de diagnostic L'écran de diagnostic SureScan est utilisé pour les tâches de dépannage avancées. Cet écran est situé à l'avant de l'appareil, derrière le capot supérieur. Pour ouvrir le capot, saisissez les taquets situés sur les côtés du capot, et tirez-les vers l'avant.
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Maintenance et dépannage du système Utilisation de l'écran de diagnostic Le commutateur de l'écran d'affichage offre les options suivantes : • Avant que le programme Scan Control ne se connecte à l'appareil, l'écran affiche l'adresse IP du scanner. Si l'adresse IP n'est pas affichée, le programme n'est pas exécuté.
Mise à jour du programme du scanner et du logiciel Scan Control Mise à jour du programme du scanner et du logiciel Scan Control Agilent Technologies publie régulièrement des mises à jour logicielles. Des mises à jour du programme sont incluses (si nécessaire) avec la mise à...
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Maintenance et dépannage du système Mise à jour du logiciel et du programme Scan Control 4 Cliquez sur Download Software pour télécharger le programme d'installation du logiciel et l'enregistrer sur votre ordinateur. 5 Lancez le programme d'installation du logiciel et suivez les instructions pour installer le logiciel.
Maintenance et dépannage du système Vérification de l'installation du logiciel Vérification de l'installation du logiciel La station de travail du système SureScan inclut un outil de qualification de l'installation (IQT). Utilisez ce programme après avoir mis à jour votre logiciel pour vérifier que la mise à jour a été...
Spécifications en matière de diapositives Informations sur la réglementation Ce chapitre inclut des descriptions des fenêtres et des boîtes de dialogue du programme Microarray Scan Control. Il contient également des informations sur les spécifications et sur la conformité à la règlementation. Agilent Technologies...
Références Références de la fenêtre du programme Scan Control Références de la fenêtre du programme Scan Control Cette section décrit la fenêtre principale du programme Microarray Scan Control et son contenu. Fenêtre principale de Scan Control Barre de menus Volet Settings Témoins d'état des emplacements Tableau des emplacements Boutons de fonction...
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Références Fenêtre principale de Scan Control La fenêtre Microarray Scan Control apparaît lorsque vous lancez le programme Microarray Scan Control. Elle présente les fonctions suivantes : Tableau 5 Fonctions de la fenêtre Scan Control Fonction Description Barre de menus Ouvrir le menu des outils et l'aide. Tableau des emplacements Afficher l'état, les protocoles de numérisation et les dossiers de sortie...
Références Menu Tools Menu Tools Figure 18 Menu Tools Le menu Tools propose les fonctions suivantes : Tableau 6 Commandes d'outils Scan Control Outil Description Scan Protocol Editor Ouvre la boîte de dialogue Scan Protocol Editor vous permettant de créer, de modifier ou de supprimer des protocoles de numérisation.
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Références Menu Tools Tableau 6 Commandes d'outils Scan Control (suite) Outil Description Switch on Lasers Si les lasers sont désactivés, utilisez cette commande pour activer les lasers du scanner. Show Recent Errors Ouvre Notepad (ou votre éditeur de texte par défaut) et affiche des détails sur les dernières erreurs.
Users Guide Ouvre ce guide dans Adobe® Reader®. Scanner Home Page Affiche dans votre navigateur Internet le site Web d'Agilent Technologies présentant le scanner SureScan. Online support Ouvre la page Web du support technique Agilent Technologies dans laquelle vous trouverez des informations de support pour votre scanner.
Références Tableau des emplacements Tableau des emplacements Figure 20 Tableau des emplacements du programme Scan Control Le tableau des emplacements est une représentation virtuelle du contenu du panier de votre scanner. Il sert à configurer, démarrer/arrêter et surveiller la progression des numérisations.
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Références Tableau des emplacements Slide ID Le paramètre Slide ID sert à nommer le fichier d'image numérisé. Après avoir chargé les diapositives dans le panier du scanner et fermé le capot du scanner, le programme lit l'étiquette du code-barres de chaque diapositive dans le panier et l'affiche dans cette colonne.
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Références Tableau des emplacements Tableau 8 Etats et témoins des emplacements (suite) Témoins d'état des emplacements Etat Signification Jaune Warning Un avertissement a été généré pendant la numérisation. Rouge Error Une erreur s'est produite pendant la numérisation. Jaune clignotant Removed Une diapositive “Ready”...
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Références Tableau des emplacements Tableau 9 Options de menu de l'état Option Description Move to First Déplace la diapositive en première position dans la file d'attente. Move to Last Déplace la diapositive en dernière position dans la file d'attente. Move up Monte la diapositive d'une place dans la file d'attente de numérisation.
Références Boutons de fonction Output Folder Affiche le dossier où sont enregistrés les fichiers d'image créés par le scanner. Le chemin par défaut est D:\ScanData. Vous pouvez modifier le dossier de sortie par défaut dans le menu Tools > Settings. Vous pouvez changer le dossier de sortie d'une diapositive avant qu'elle ne soit ajoutée à...
Références Volet Settings Volet Settings Figure 21 Scan Control – volet des paramètres Le volet des paramètres vous permet de modifier les paramètres individuels d'une diapositive sélectionnée. Pour pouvoir modifier ses paramètres, la diapositive ne doit pas figurer dans la file d'attente de numérisation. Pour plus d'informations sur les paramètres disponibles dans ce tableau, référez-vous à...
Références Onglets du journal Scan Settings Affiche les paramètres de numérisation définis à partir du protocole de numérisation appliqué. Pour modifier un paramètre, cliquez en regard de son nom, puis sélectionnez une nouvelle valeur dans la liste. Pour plus d'informations, référez-vous à...
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Références Onglets du journal Onglet Status Log Figure 22 Onglet Status Log Affiche des informations sur l'état de l'appareil. Onglet Scan Log Figure 23 Onglet Scan Log Affiche des informations sur les numérisations. Lorsque vous démarrez le programme Scan Control, l'onglet Scan Log affiche les numérisations des 30 derniers jours.
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Références Onglets du journal Tableau 10 Options du menu contextuel des onglets du journal Commande de menu Description Clear Efface le contenu de l'onglet. Le contenu du fichier journal reste inchangé. Copy Option active lorsque vous maintenez enfoncé le bouton de souris et faites glisser le curseur pour sélectionner une partie du journal.
Lancement : Dans le menu Démarrer de Windows, cliquez sur Tous les programmes > Agilent Technologies > Installation Qualification Tool. Show OK files Lorsque cette option est sélectionnée, le rapport de in report qualification inclut une liste de tous les fichiers vérifiés (OK).
Références Boîte de dialogue Export Scan Protocol Re-Qualify Apparaît après la qualification de l'installation. Vous permet de requalifier l'installation. Requalifiez l'installation après avoir corrigé tous les problèmes afin de générer un nouveau rapport de qualification de l'installation. Report saved at Apparaît une fois la qualification de l'installation terminée.
Références Boîte de dialogue Export Scan Region Fonction : vous permet de sélectionner les protocoles de numérisation disponibles pour l'exportation. Lancement : Dans la boîte de dialogue Scan Protocol Editor, cliquez sur Export. Export Lorsqu'un ou plusieurs protocoles de numérisation sont sélectionnés, cette commande ouvre la boîte de dialogue Save As dans laquelle vous sélectionnez un emplacement et un nom de fichier pour le fichier des protocoles exportés.
Références Boîte de dialogue Input Barcode Lancement : Dans la boîte de dialogue Scan Regions Editor, cliquez sur Export. Export Lorsqu'une ou plusieurs régions de balayage sont sélectionnées, cette commande ouvre la boîte de dialogue Save As dans laquelle vous sélectionnez un emplacement et un nom de fichier pour le fichier des régions de balayage exportées.
Références Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Figure 28 Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Fonction : permet de créer ou de modifier des protocoles de numérisation. Lancement : Dans la fenêtre principale du programme Scan Control, cliquez sur Tools >...
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Références Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Scan Protocol Affiche la liste des protocoles de numérisation disponibles. Les paramètres du protocole de numérisation sélectionné apparaissent dans la boîte de dialogue Scan Protocol Editor. General Agilent Defined Protocole fourni par Agilent. Locked Lorsqu'il est verrouillé, un protocole ne peut pas être modifié.
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Références Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Resolution Ce paramètre règle la résolution de numérisation (taille de pixel) sur 2, 3, 5 ou 10 microns. Avec la résolution de 10 microns, chaque rangée de pixels de l'image TIFF représente la moyenne de deux lignes de balayage acquises en sens inverse l'une de l'autre.
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Références Boîte de dialogue Scan Protocol Editor La barre d'état située en bas de la fenêtre principale de Scan Control fournit une estimation de l'espace de stockage et de la durée d'exécution pour la file d'attente de diapositives actuelle. Tableau 11 Espace de stockage et durée de numérisation Résolution Espace de Espace de...
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Références Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Red PMT Ce paramètre définit le niveau de sensibilité des PMT de la voie Sensitivity (%) rouge et de la voie verte. Les PMT détectent la fluorescence émise par la puce à ADN. Green PMT Le niveau de sortie par défaut (100 %) règle le gain sur le niveau Sensitivity (%)
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Références Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Image Settings Transform Certains programmes d'analyse nécessitent des données Image d'images monochromes, tournées à 90 degrés. Si vous sélectionnez l'option Split/Rotate, l'image est transformée comme indiqué à la Figure Figure 29 Image avec option Flip/Rotate Split Si vous sélectionnez Yes, le fichier couleur est divisé...
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Références Boîte de dialogue Scan Protocol Editor File Naming Settings Field 1, Field 2 Affiche les paramètres utilisés pour nommer les fichiers et Field 3 d'image au format TIFF créé par le scanner. Les options sont répertoriées dans le Tableau Tableau 12 Options des champs d'affection de noms de fichier Option Description...
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Références Boîte de dialogue Scan Protocol Editor Pour les numérisations XDR, le logiciel ajoute un segment (_H ou _L) destiné à différencier l'image XDR avec haut niveau de sensibilité (_H) et l'image XDR avec bas niveau de sensibilité (_L) : Champ1_Champ2_Champ3_Numérodenumérisation_H.tif Champ1_Champ2_Champ3_Numérodenumérisation_L.tif Le logiciel Scan Control attribue automatiquement le numéro...
Références Boîte de dialogue Scan Region Editor Boîte de dialogue Scan Region Editor Figure 30 Boîte de dialogue Scan Region Editor Fonction : vous permet d'ajuster ou de définir la région de la diapositive qui est numérisée. Lancement : dans la barre de menus du programme Scan Control, cliquez sur Tools >...
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Références Boîte de dialogue Scan Region Editor General Agilent Defined Protocole fourni par Agilent. Locked Lorsqu'il est verrouillé, un protocole ne peut pas être modifié. Scan Region TopLeft X Position du coin supérieur gauche, selon l'axeX. Entrez cette valeur et la position selon l'axeY pour placer la région sur la diapositive.
Références Boîte de dialogue Self Test Boîte de dialogue Self Test Figure 31 Boîte de dialogue Self Test Fonction : examine les différents sous-systèmes du scanner et identifie tout comportement anormal. Une fois l'autotest terminé, un récapitulatif des résultats s'affiche dans votre navigateur Internet.
Références Boîte de dialogue Settings – General Settings Boîte de dialogue Settings – General Settings Figure 32 Boîte de dialogue Settings – onglet General Settings Browse Pour les paramètres nécessitant un emplacement de dossier, cette option vous permet de naviguer vers le dossier afin de le sélectionner, plutôt que d'en saisir le chemin.
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Références Boîte de dialogue Settings – General Settings Data Default Scan Affiche le dossier où sont stockées par défaut les images créées Data Folder par le scanner. Vous pouvez modifier ce dossier pour une numérisation dans le tableau de numérisation. Feature Extraction Location of Chemin d'accès à...
Références Boîte de dialogue Settings – Design To Protocol Mapping Boîte de dialogue Settings – Design To Protocol Mapping Figure 33 Boîte de dialogue Settings – Onglet Design To Protocol Mapping Fonction : Permet d'associer des protocoles de numérisation par défaut à des ID de motif diapositive avec puce à ADN. Chaque fois que le scanner identifie une diapositive avec un protocole de numérisation associé...
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Références Boîte de dialogue Settings – Design To Protocol Mapping Design ID Pour les diapositives à puces à ADN Agilent, vous pouvez déterminer la valeur Design ID à partir du code-barres. Tous les codes-barres commencent par la valeur 25 ; les cinq chiffres suivants représentent l'ID du motif.
Références A propos de l'ajout de diapositives A propos de l'ajout de diapositives Vous pouvez ajouter des diapositives au scanner SureScan même lorsqu'il est en cours de numérisation. Utilisez les directives suivantes lors de l'ajout de diapositives au scanner. • Vous pouvez ajouter des diapositives (dans les porte-diapositives) au panier même si la numérisation est en cours.
Références Exécution de l'outil Feature Extraction sur des images numérisées Exécution de l'outil Feature Extraction sur des images numérisées Il existe plusieurs façons d'extraire les motifs des fichiers d'image numérisés créés par votre scanner : Le programme Feature Extraction • Configurez le programme Scan Control pour exécuter est préinstallé...
Références Spécifications du scanner SureScan Spécifications du scanner SureScan Les spécifications de fonctionnement du scanner SureScan sont les suivantes : Dimensions Hauteur : 42 cm (16,5") approximatives Largeur : 43 cm (17") Profondeur : 67 cm (26") Poids 56,8 kg (125 lbs) Alimentation 100 –...
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Références Spécifications du scanner SureScan Colorants pris Cyanine 3 (Cy 3) et cyanine 5 (Cy 5), colorants similaires, en charge colorants Alexa 647, 555 et 660 Résolution 2, 3, 5 ou 10 microns (taille de pixel) Erreur de < 1 pixel à la résolution de 5 microns positionnement des pixels Uniformité...
Références Spécifications en matière de diapositives Spécifications en matière de diapositives Dimensions de la région numérisée La région de balayage d'une puce à ADN Agilent standard est présentée à la Figure 34. Toutes les dimensions sont exprimées en millimètres. Le point de référence est l'angle inférieur du côté...
Références Spécifications de codes-barres et d'étiquettes de code-barres Spécifications de codes-barres et d'étiquettes de code-barres Spécifications de codes-barres pour les diapositives Agilent Le scanner G4900DA lit les codes-barres placés sur la face active de la diapositive. Pour des raisons de compatibilité avec les scanners G2565AA, les puces à...
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Références Spécifications de codes-barres et d'étiquettes de code-barres Spécifications de codes-barres pour les diapositives tierces • L'épaisseur maximale de l'étiquette de code-barres est de 0,2 mm. Assurez-vous de l'absence de bulles dans l'étiquette. Ne superposez pas les étiquettes et ne remplacez pas les étiquettes qui se décollent.
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Références Spécifications de codes-barres et d'étiquettes de code-barres Le code-barres doit remplir les conditions suivantes : • Le blanc (région comprise entre le bord de l'étiquette et le début ou la fin du code-barres) minimal doit être 10 fois supérieur au module de base, de chaque côté du code-barres. •...
Ce produit est conçu dans une optique de recyclage à la fin de sa et la mise au rebut, contactez vie utile. Veuillez le mettre au rebut conformément à la Agilent Technologies. réglementation locale. Interférences électromagnétiques Ce scanner est réservé à une utilisation avec des câbles blindés.
Références Informations sur la réglementation Immunité Cet appareil respecte les niveaux d'immunité exigés par la norme CEI 61326-2-6 pour les environnements électromagnétiques non contrôlés. Il n'est pas destiné à une utilisation en zone résidentielle ou dans un environnement industriel. Pour connaître les niveaux de conformité précis, référez-vous au Certificat de conformité...
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Références Informations sur la réglementation EN 61010-1:2001 Safety Requirements for Electrical Equipment for Measurement, Control, and Laboratory Use – Part 1: (Conditions de sécurité des appareils électriques de mesure, de contrôle et de laboratoire – Partie1 :) General Requirements (Exigences générales) CEI 60825-1:2007 Safety of laser products Part 1: (Sécurité...
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Références Informations sur la réglementation Guide d'utilisation du système SureScan...
Index dossier de sortie, sélection, licences durée de numérisation, numérisation haute résolution, affectation automatique de noms de logiciels fichier, démarrage, alimentation, fusibles, icône, All to Queue, Empty Queue, maintenance, archivage de données, 35, état de l'emplacement, état, témoins, excitation par laser, mappage d'un motif à...
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Index paramètre de niveau de sensibilité retrait des capots du scanner, (PMT), retrait des diapositives, paramètre de voie de colorant, paramètres de numérisation affectation automatique de noms de fichier, Scan Region Editor, paramètres du tableau de numérisation modification de régions de balayage gain des PMT rouge et vert, existantes, niveau de sensibilité...