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Documentation produit NovaSeq 6000Dx
Scores de qualité
Un score de qualité, ou Q-score, est une prévision de la probabilité d'une définition des bases erronée.
Un score de qualité plus élevé suppose qu'une définition des bases est de plus haute qualité et plus
susceptible d'être correcte. Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des
fichiers CBCL.
Le score de qualité communique de manière concise les probabilités de petites erreurs. Les scores de
qualités sont représentés sous la forme Q(X), où X est le score. Le tableau suivant montre la relation
entre le score de qualité et la probabilité d'une erreur.
Score de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Scores de qualité et rapports
La notation de la qualité calcule un ensemble d'indicateurs prévisionnels pour chaque définition des
bases, puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un tableau de qualité. Les
tableaux de qualité servent à fournir des indicateurs de qualité extrêmement précis pour des analyses
générées par une configuration spécifique de plateforme de séquençage et de version de chimie.
La notation de la qualité s'appuie sur une version modifiée de l'algorithme Phred.
Afin de générer le tableau de qualité pour le Instrument NovaSeq 6000Dx, trois groupes de définitions
des bases ont été déterminés, selon la génération d'amplifiats de ces fonctions prédictives spécifiques.
À la suite du regroupement de ces définitions de bases, le taux d'erreur moyen est calculé
empiriquement pour chacun des trois groupes et les scores Q correspondants sont enregistrés dans le
tableau de qualité avec les fonctions prédictives corrélant avec ce groupe. En tant que tels, seuls trois
scores de qualité sont possibles avec RTA3 et ces scores de qualité représentent le taux d'erreurs
moyen du groupe. Pour résumer, ces résultats sont simplifiés, mais très justes en tant que score de
qualité. Les trois groupes dans le tableau de qualité correspondent à des définitions de bases de qualité
marginale (< Q15), moyenne (~Q20), et haute qualité (> Q30) et sont assignés à des scores précis de
12, 26 et 34 respectivement. De plus, un score nul de 2 est assigné à tous les « no-call » (non défini). Ce
modèle de rapport sur les scores de qualité réduit les besoins d'espace de stockage et de bande
passante sans nuire à la précision ni à la performance.
Document n° 200010105 v02
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
Probabilité d'une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
67
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