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Documentation produit NovaSeq 6000Dx
Extraction des intensités
Après l'enregistrement, la fonction d'extraction des intensités calcule une valeur d'intensité pour chaque
nanopuits dans une image donnée. Si l'enregistrement échoue, l'intensité de la plaque ne peut pas être
extraite.
Correction de la mise en phase
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d'ADN dans un amplifiat s'étend d'une base par cycle.
La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu'un brin est déphasé par rapport au cycle
d'incorporation en cours.
La mise en phase se produit lorsqu'un brin a un retard d'une base.
La mise en préphase se produit lorsqu'un brin a une avance d'une base.
Figure 22 Mise en phase et en préphase
A. Lecture avec une base présentant une mise en phase
B. Lecture avec une base présentant une mise en préphase.
RTA3 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase, ce qui maximise la qualité des
données à chaque cycle tout au long de l'analyse.
Définition des bases
La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d'une plaque donnée
d'un cycle spécifique. Le Instrument NovaSeq 6000Dx utilise un séquençage à deux canaux, qui ne
nécessite que deux images pour encoder les données de quatre bases d'ADN, une provenant du canal
rouge et une autre du canal vert.
L'absence de définition est indiquée par la lettre N. Il n'y a aucune définition lorsqu'un amplifiat ne passe
pas le filtre, que l'enregistrement échoue ou que l'amplifiat se trouve hors de l'image.
Les intensités de chaque amplifiat sont extraites de l'image rouge et de l'image verte, puis sont
comparées l'une à l'autre, ce qui donne quatre populations distinctes. Chaque population correspond à
une base. Le processus de définition des bases détermine à quelle population appartient chaque
amplifiat.
Document n° 200010105 v02
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
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