Enregistrement De La Session; Pour Les Matériels Et Méthodes - Leica TCS SP5 Manuel D'utilisation

11 - Enregistrement de la session

On a vu que les images sont stockées au fur et à mesure dans un dossier "Experiment (0)" sous l'onglet
"Experiments". Renommer ce dossier en faisant un clic droit sur le dossier puis "Rename".
Il est conseillé d'adopter une nomenclature simple avec une date : par exemple prénom-jjmmaa.
Puis sauvegarder le dossier :
une première fois sur le disque dur du confocal en faisant un clic doit sur le dossier puis " Save (nom
–
du dossier) As" et en indiquant un emplacement sur le disque ;
une seconde fois sur une clé usb en renouvelant l'opération précédente.
–
Recopier cette seconde copie sur un media de stockage de grande capacité de votre environnement
informatique pour avoir une copie de sauvegarde. Ne pas travailler sur cette copie.
Les dossiers sont enregistrés au format .lif (leica image file). Ce format est à utiliser pour les sauvegardes
car il permet de récupérer tous les paramètres des acquisitions.
Les fichiers .lif peuvent être lus avec le logiciel LAS AF Lite, Fiji/ImageJ (File→Import→Bio-Format), ICY,
Huygens, Imaris, BioImageXD, etc.
Les fichiers peuvent également être exportés sous différents formats : .tif - .jpg - .avi.
Pour cela faire un clic droit sur l'image ou la séquence qui doit être exportée puis → export "....." as ...
12 - Pour les "Matériels et méthodes"
Dans les articles il convient de spécifier :
le ou les objectifs utilisés comme suit : 63x /1,40-0,60 HCX PL APO ;
–
les fluorochromes utilisés et leur fournisseur ;
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le système confocal : microscope confocal Leica TCS SP5 – Leica Microsystems ;
–
les techniques particulières d'acquisition : imagerie spectrale, mosaïque, time-lapse, etc ;
–
tous les traitements d'images.
–
Les images sources .lif doivent pouvoir être envoyer aux reviewers s'ils en font la demande.
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