Table des Matières
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10-2-4 Baseline
Cet outil permet d'obtenir des images modifiées par un seuillage bas automatique soit sur la base de la
valeur minimale des niveaux de gris, soit sur la base de la valeur moyenne des niveaux de gris, soit enfin en
éliminant les faibles niveaux de gris les plus fréquents. Cette dernière optiion est appelée "Eliminate
autofluorescence" mais même si elle élimine ce qui correspond le plus souvent à du signal d'autofluo-
rescence, elle peut tout aussi bien effacer du signal significatif mais de faible intensité.
Avec cet outil il est possible de rétablir la dynamique d'image sur une échelle complète (8, 12 ou 16bits) en
réalisant un stretching de l'histogramme des niveaux de gris restants.
10-3 Noise reduction
Attention : ces traitements d'images doivent impérativement être signalés dans les articles car ils modifient
les données.
10-3-1 Median
Les images vont être traitées avec un filtre non-linéaire qui va adoucir l'image (diminution du bruit) tout en
préservant les contours. Il peut être de taille ajustable sous la forme d'une matrice 2D pour les images plan
ou 3D pour l'imagerie volumique. Le filtre median est souvent intéressant pour traiter les images Dapi en
contre-marquage nucléaire : meilleure lisibilité.
10-3-1 Blur
Les images vont être traitées avec un filtre linéaire de floutage qui adoucit l'image mais ne préserve pas les
contours. Ce traitement ne présente quasiment aucun intérêt en tant que tel.
10-4 Segmentation
10-4-1 Tresholding
Cet outil permet de réaliser un seuillage bas (comme avec l'outil Background) mais aussi un seuillage haut.
Il va permettre également d'obtenir des images binaires pour lesquelles tout ce qui est entre les seuils
définis apparaît en blanc et tout ce qui est en dehors apparaît en noir. La binarisation permet notamment
d'isoler des objets pour une analyse d'image.
10-4-2 Morphological filters
Cette fonction est complémentaire de la précédente. Elle permet d'appliquer aux images binarisées des
filtres morphologiques de taille ajustable pour la 2D ou la 3D.
Erosion : qui réduit la taille des objets et supprime les plus petits.
Dilatation : qui élargit la taille des objets et comble les petits "trous".
Open : qui combine d'abord une erosion suivie d'une dilatation. La taille des objets est plus ou moins
respectée mais les plus petits sont supprimés.
Close : qui combine d'abord une dilatation suivie d'une érosion. La taille des objets est plus ou moins
respectée mais les petits "trous" sont supprimés.
10-5 Dye separation
10-5-1 Automatic
Cette technique n'est pas basée sur l'imagerie spectrale.
Elle est surtout utile lorsqu'il existe un crosstalk entre les fluorochromes imagés et
donc plus particulièrement, dans le cas d'images obtenues en mode simultané.
Elle est basée sur une analyse en cluster des diagrammes de dispersion. En
présence de crosstalk entre les canaux les nuages de dispersion se rapprochent
de la diagonale. Le traitement mathématique va donc translater ces nuages vers
Dans l'option "Strong" c'est l'axe du nuage qui va être amené à coïncider avec
l'axe correspondant. De ce fait cette option peut conduire à une perte
d'information d'où l'intérêt du preview pour tester l'effet de ce traitement.
Pour
plus
de
microsystems.com/fileadmin/downloads/Leica%20TCS%20SP5%20II/Application
%20Notes/Dye%20Finder-AppLetter_30.EN.pdf
les axes x et y, respectivement. Simultanément les
nuages vont être déplacés vers l'origine de manière à
réduire le signal de bruit de fond.
Dans l'option "weak" le nuage sera juste translaté de
manière à ce que sa bordure soit adjacente à l'axe
correspondant.
← "Weak"
détails
consulter
le
lien
suivant :
https://www.leica-
35
"Strong" →
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