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Manuel d'utilisation du système BD Viper™ LT
Les tests BD SDA et PCR reposent sur l'amplification et la détection d'ADN cible au moyen d'amorces
d'amplification et d'une sonde de détection à marqueur fluorescent. Les micropuits d'amorçage et
d'amplification SDA ou les tubes PCR se présentent sous forme de bandes à découper et contiennent
des réactifs lyophilisés. Pour les tests SDA, l'échantillon préparé est ajouté au micropuits d'amorçage
qui contient les amorces d'amplification, la sonde de détection à marqueur fluorescent et d'autres
réactifs nécessaires à l'amplification. Après l'incubation, le mélange réactif est transféré du micropuits
d'amorçage au micropuits pour l'amplification qui contient des enzymes (une ADN polymérase et une
endonucléase de restriction) exigées par SDA. Pour les tests PCR, l'échantillon préparé est ajouté au
tube PCR qui contient les amorces d'amplification, la sonde de détection à marqueur fluorescent, une
enzyme activée par la chaleur (ADN polymérase Taq), et d'autres réactifs nécessaires à la PCR. Les
micropuits pour l'amplification SDA ou les tubes PCR sont scellés et la porte du lecteur se referme.
L'amplification et la détection suivantes ont lieu. Les résultats sont rapportés automatiquement sur la
base de l'algorithme désigné par les notices des réactifs spécifiques au test.
L'instrument comporte deux modes de fonctionnement. En mode Walkaway (Sans surveillance), via
lequel l'utilisateur charge tous les consommables et les échantillons dans l'instrument et qui est activé
lorsque la série est terminée. En mode de débit maximum, l'instrument se met en pause une fois la
préparation des échantillons terminée et avant que l'amplification/la détection ne commence pour
permettre le chargement des consommables pour la série suivante. Dans ce mode, les échantillons de
la série suivante peuvent être préparés pour être analysés alors qu'une série est en cours d'analyse.
Une fois la série terminée, un rapport de résultats s'imprime automatiquement et affiche les résultats
de tous les échantillons analysés.
1.3
Présentation générale de l'instrument
1.3.1 Instrument BD Viper™ LT
L'instrument BD Viper™ LT comporte les modules suivants : un témoin de température/sous-système de
chauffage permettant de contrôler les températures des blocs de chauffe ; un bras robotisé de pipetage
permettant de transférer les échantillons, de percer les cuves et de sceller la plaque amp/PCR ; un
extracteur qui extrait chimiquement l'ADN des échantillons ; un moniteur couleur à cristaux liquides (LCD)
avec écran tactile ; un lecteur intégré pour mesurer la réaction d'amplification et fournir des résultats ; et
l'ordinateur principal, qui gère les commandes de l'instrument, l'auto-étalonnage et l'interface utilisateur.
Les principaux composants sont représentés dans les figures 1-1 et 1-2 et incluent les éléments suivants :
Système de manipulation des liquides
Le robot effectue tous les transferts d'échantillons. Il est équipé d'une pipette à 4 alvéoles
permettant de transférer des liquides entre des tubes d'échantillon, des tubes d'extraction, la cuve
de réactif, des micropuits d'amorçage et d'amplification pour les tests SDA et les tubes PCR.
Outre les transferts de liquides, le robot utilise un outil de perçage pour accéder à la cuve de
réactif d'extraction et un ensemble d'outils de scellement de plaque pour positionner des bandes
d'étanchéité sur la plaque d'amplification. Au repos, le bras robotisé est placé à l'extrême droite de
l'intérieur de l'instrument.
Extracteur
La lyse des échantillons et l'extraction de l'ADN ont lieu dans le module d'extraction situé sur la partie
avant droite du plateau de l'instrument. L'extracteur peut contenir jusqu'à 48 tubes d'extraction,
organisés en 6 rangées (numéros) et 8 colonnes (lettres). Des aimants sont relevés et abaissés entre
les tubes. L'ADN lié à l'oxyde de fer présent dans les tubes d'extraction est conservé sur les côtés du
tube lorsque les déchets de l'échantillon sont retirés et éliminés par la pipette. À partir de là, l'ADN est
retiré des tubes d'extraction et transféré dans les micropuits d'amorçage pour les tests SDA ou dans
des tubes PCR pour des tests PCR.
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