Zeiss LSM710 Mode D'emploi
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Plateau technique d'imagerie cellulaire d'infinity-purpan
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Plateau technique d'imagerie cellulaire
d'Infinity-Purpan
Janvier 2009
Mise à jour : Mai 2022
Mode d'emploi
Microscope confocal
Zeiss LSM710
Plateau technique d'imagerie cellulaire d'Infinity-Purpan
Sophie Allart - sophie.allart@inserm.fr
Simon Lachambre – simon.lachambre@inserm.fr
Tél : 05. 62. 74. 45. 78 - 05. 31. 54. 79. 01

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Manuels Connexes pour Zeiss LSM710

Sommaire des Matières pour Zeiss LSM710

  • Page 1 Janvier 2009 Mise à jour : Mai 2022 Mode d'emploi Microscope confocal Zeiss LSM710 Plateau technique d'imagerie cellulaire d’Infinity-Purpan Sophie Allart - sophie.allart@inserm.fr Simon Lachambre – simon.lachambre@inserm.fr Tél : 05. 62. 74. 45. 78 - 05. 31. 54. 79. 01...
  • Page 2 Scannez-les - Try to scan them Pour télécharger le tutoriel sur votre téléphone ou votre To download the tutorial tablette on your phone / tablet Pour se rendre sur le site de réservation To go on the booking website Plateau technique d'imagerie cellulaire d’Infinity-Purpan Sophie Allart - sophie.allart@inserm.fr Simon Lachambre –...

  • Page 3: Table Des Matières

    Sommaire - Contents Allumage du système - System start-up Fonctionnement du statif - How the stand works Observation aux oculaires - Observation using eyepieces Contrôles manuels - Manual controllers Réglage du Köhler - Köhler adjustment Présentation du software - Software presentation Menu Acquisition - Acquisition tab Acquisition d'une image - Image acquisition Récupérer les paramètres de son image - Load your image parameters...
  • Page 4 Allumage du système - System start-up Sur le boîtier MAIN SWITCH, appuyez sur l'interrupteur "Systems/PC" - On the MAIN SWITCH box, push the "Systems/PC" button Sur le boîtier MAIN SWITCH, appuyez sur l'interrupteur "Components" - On the MAIN SWITCH box, push the "Components" button Sur le boîtier MAIN SWITCH, appuyez sur l'interrupteur "Main Switch"...
  • Page 5 Attendre que l'écran à droite du microscope ait fini de charger pour lancer le logiciel ZEN 2009 - Wait until the screen on the right hand side of the microscope has finished loading to start the ZEN 2009 software Cliquez sur "Start System" sur la boite de dialogue du logiciel - Click on "Start System"...

  • Page 6: Fonctionnement Du Statif - How The Stand Works

    Fonctionnement du statif - How the stand works Observation aux oculaires - Observation using eyepieces Plusieurs objectifs sont présents sur le 710 - Various objectives are available on the 710: 20x ON 0.8 DRY 40x ON 1.3 OIL 63x ON 1.4 OIL Pour commencer, vérifiez que vos lames soient propres et sans condensation - First, check that your slides are clean and condensation-free...
  • Page 7 Cliquez sur l'onglet "Objectives" et cliquez sur l'objectif que vous souhaitez utiliser - Click on the "Objectives" tab and select the objective you want to use Placez votre échantillon sur l'insert et ajuster les ailettes à la lame - Place your sample on the insert and adjust the blades to the slide En lumière transmise - In brighfiel imaging Cliquez sur l'onglet "Reflector"...
  • Page 8 En fluorescence - In fluorescence imaging Cliquez sur l'onglet "Reflector" et sélectionner ensuite le filtre : dapi, GFP ou DsRed - Click on the "Reflector" tab and then select the filter: dapi, GFP or DsRed. Cliquez le bouton "ON" dans RL illumination - Click the "ON"...
  • Page 9 Observation aux oculaires avec le logiciel - Eyepiece observation by the software : Choisir l'objectif - Choose the objective Placez votre échantillon sur l'insert et ajuster les ailettes à la lame - Place your sample on the insert and adjust the blades to the slide En lumière transmise - In brighfiel imaging Cliquez sur le bouton "BF"...
  • Page 10 En fluorescence - In fluorescence imaging Choisir un filtre : dapi, GFP ou DsRed en fonction de la couleur d'affichage - Choose a filter: dapi, GFP or DsRed based on the display colour. Faire la mise au point - Adjust the focus Cliquez sur "shutter OFF"...

  • Page 11: Réglage Du Köhler - Köhler Adjustment

    Contrôles manuels - Hand operated controls Pour vous déplacer en x, y et z - To navigate in x, y and z : Déplacement en xy avec le joystick - Move in xy thank to the joystick Vitesse de déplacement en xy, cliquez sur le bouton au dessus du joytisck - The xy- movement speed, click on the button on top of the joytisck Déplacement en z (mise au point) avec les vis du microscope -...
  • Page 12 Faire la mise au point sur l'échantillon - Focus on the sample Fermer le diaphragme de champ - Close the field diaphragm (FD) Régler la hauteur du condenseur jusqu'à voir les bords du diaphragme net - Adjust the height of the condenser until the edges of the diaphragm are clearly defined. A l'aide des vis, centrer le diaphragme - With the screws, centre the diaphragm.

  • Page 13: Présentation Du Software - Software Presentation

    Présentation du software - Software presentation Cliquez sur le bouton "Acquisition" pour passer du mode oculaire au mode acquisition - Click on the "Acquisition" button to switch from eyepiece mode to acquisition mode L'interface du logiciel Zen2009 se divise en deux parties principales - The Zen2009 software interface is divided into two main parts : Réglages des paramètres d'acquisition -...
  • Page 14 Présentation du menu Acquisition - Acquisition part presentation Lancer le LIVE – Start the LIVE Prendre une image 2D – Take a 2D image Pile d'images – Z-stack Acquisition au cours du temps – Time lapse imaging Mosaïques – Tile scan Lancer une acquisition multidimensionnelle –...

  • Page 15: Acquisition D'une Image - Image Acquisition

    Acquisition d'une image - Image acquisition Récupérer les réglages de son image - Retrieve the settings of your image Cliquez sur File, puis "Open" et choisissez une image - Click on File, then "Open" and choose an image Une fois l'image ouverte, cliquez sur "Reuse" - Once the image is open, click on "Reuse"...

  • Page 16: Charger Une Configuration - Load A Predefined Configuration

    Charger une configuration - Load a predefined configuration Dans Acquisition, cliquez sur l'icone - In Acquisition, click on the icon Dans la liste, choisissez la configuration qui correspond à vos besoins - From the list, choose the configuration that suits your needs Régler les paramètres d'acquisition - Adjust acquisition parameters La dynamique d'image - Image dynamic :...
  • Page 17 Comment ajuster la dynamique - How to adjust the dynamic ? En jouant sur deux paramètres : le gain et/ou la puissance laser. Il faut être en limite de saturation, mais attention à ne pas saturer sur les zones d'intérêts. By changing two parameters: the gain and/or the laser power.
  • Page 18 Comment ajuster le gain des détecteurs - How to adjust the detector gain ? Inférieur à 500V: faible amplification du signal - Under 500V: low signal amplification Entre 500 et 800V : bonne gamme - Between 500V and 800V : good range Supérieur à...
  • Page 19 Vitesse de scan - Scan speed Moyennage et accumulation - Averaging and accumulation Bidirectionnel- Bidirectional Puissance laser - Laser power Pinhole Gain Offset Ces réglages sont à utiliser à bon escient. Il n'est pas toujours utile de mettre beaucoup de moyennage... These settings should be used judiciously.
  • Page 20 La résolution de l'image - Image résolution : La résolution maximale théorique est définie par le théorème de Shannon-Nyquist qui dit que la taille d'un pixel doit être 2.3 fois inférieur à la résolution. Les valeurs et formules sont sur un tableau affiché...
  • Page 21 Appliquer un zoom optique - Add a optic zoom Choisir le zoom à appliquer. Plus le zoom sera grand, plus les pixels seront petits et meilleure sera la résolution - Choose the zoom to apply in the image. The more zoom you increase, the smaller the pixels will be and the better resolution will be.
  • Page 22 Acquérir une image multicouleur - Acquire an multicolor image Faire la mise au point aux oculaires (p.5-6) - Focus the sample on the eyepieces (p.3) Choisir une configuration préfaite (p.12-13) - Load a predefinied configuration (p.12-13) Régler les paramètres d'acquisition (gain, puissance laser, moyennage...) (p.13- 18) - Adjust the acquisition parameters (gain, laser power, averaging,...) (p.13-18) Cliquer sur Snap pour acquérir l'image - Click on Snap button to acquire an image...
  • Page 23 Acquérir une image en transmission - Acquire a brighfield image Faire la mise au point aux oculaires (p. 3-4) - Focus the sample on the eyepieces (p. 3-4) La transmission est simultanément acquise avec un canal fluo : la source laser est commune (puissance et longueur d'onde).

  • Page 24: Comparaison D'intensité - Intensity Comparison

    Comparaison d'intensité - Intensity comparison Si vous souhaitez faire une étude d'intensité sur vos images, faites d'abord vos réglages (laser, gain) sur l'échantillon le plus brillant et gardez ces paramètres pour acquérir les images suivantes. Ainsi, les autres échantillons ne seront pas saturés. De même, les améliorations d'images (contraste par exemple) doivent d'abord être faites sur l'image la plus brillante puis appliquer de la même manière sur les autres images.
  • Page 25 Cliquez sur "Start experiment" - Click on "Start experiment" Sauvegarder le projet (p. 30) - Save the project (p. 30) Vérifier que sur le z il n'y a pas de saturation dans les canaux, sinon les ajuster pour ne pas en avoir - Check that there is no saturation in the channels on the z, otherwise adjust the exposure times to avoid it.
  • Page 26 Méthode par le "Centre" - "Center" method Régler les paramètres d'acquisition (p.13) - Set the image parameters (p.13) Cochez z-stack et un onglet Z-stack s'ouvre - Check z-stack box and a Z-stack tab opens Dans z-stack, cliquez sur le bouton "Center" - In z-stack tab, click on the "Center"...
  • Page 27 Plateau technique d'imagerie cellulaire d’Infinity-Purpan Sophie Allart - sophie.allart@inserm.fr Simon Lachambre – simon.lachambre@inserm.fr Tél : 05. 62. 74. 45. 78 - 05. 31. 54. 79. 01...
  • Page 28 Multipositions et mosaïques Multipositions and tiles scan Acquisition en multipositions 2D - 2D Multiposition imaging Régler les paramètres d'acquisition (p.13) - Set the image parameters (p.13) Cochez "Positions" et un onglet "Positions" - Check Positions box and a Positions tab opens En live, se déplacer en xy pour définir les positions d'intérêt puis ajustez le focus avant de cliquer sur le bouton Add -...
  • Page 29 Cliquez sur "Start experiments" - Click on "Start experiment" Acquisition en multipositions 3D - 3D Multiposition imaging Régler les paramètres d'acquisition (p.13) - Set the image parameters (p.10) Faire un z-stack en mode centrer (p.23) - Do a Z-stack by center (p.23) Ajouter les positions d'intérêts (p.25) - Define the positions of interest (p.24) Cliquez sur "Start experiments"...
  • Page 30 Mosaïque - Tile scan imaging Attention, il n'y a pas de module de stitching - Warning, there is no stitching module Régler les paramètres d'acquisition (p.13) - Set the image parameters (p.13) Cochez "Tile scan" - Check Tile Scan box Définir le nombre de tuiles à...
  • Page 31 Acquisition au cours du temps Time lapse imaging Régler les paramètres d'acquisition (p.13) - Set the image parameters (p.13) Cochez "Time Series" et un onglet "Time series" s'ouvre - Check Time Series box and a Time Series tab opens Choisir le nombre de cycles - Choose the number of cycles Choisir l'intervalle de temps entre chaque cycle - Choose the time interval between each...
  • Page 32 Choisir le dossier de sauvegarde des images - Choose the folder for saving the images Définir le nom des images - Define the name of the images Attention : dans le nom des images, il ne doit pas y avoir de caractères spéciaux - Caution: in the name of the images, it must not contain special characters.
  • Page 33 Fin de session - End of the session Sauvegarde des données - Data saving Dans la barre latérale droite, vous retrouvez toutes les images acquises - In the right sidebar, you will find all the acquired images Faire un clic droit dessus, puis "Save as" ou cliquez sur la disquette - Right click on it, then "Save as"...
  • Page 34 Extinction du système - System shutdown Quand vous êtes le dernier utilisateur la journée - When you are the last user of the day Nettoyer les objectifs 40x et 63x utilisés avec du Kimtech et de l'éthanol - Clean used 40x and 63x objectives with Kimtech and ethanol Baisser la tourelle d'objectif au maximum en utilisant "Load positions"...
  • Page 35 Sur le boîtier MAIN SWITCH, appuyez sur l'interrupteur "Systems/PC" - On the MAIN SWITCH box, push the "Systems/PC" button Sur le boîtier MAIN SWITCH, appuyez sur l'interrupteur "Components" - On the MAIN SWITCH box, push the "Components" button Sur le boîtier MAIN SWITCH, appuyez sur l'interrupteur "Main Switch" - On the MAIN SWITCH box, push the "Main Switch"...
  • Page 36 Rappels - Reminders Nettoyer les objectifs à immersion (40x et 63x) et l'insert de la platine avec du Kimtech et de l'alcool en fin de séance - Clean the immersion objectives (40x and 63x) and the stage support with Kimtech and alcohol at the end of the session Récupérer vos data sur le serveur Data_Plat dès le lendemain - Retrieve your data from the Data_Plat server the next day...
  • Page 37 Mode spectral Lambda mode Plateau technique d'imagerie cellulaire d’Infinity-Purpan Sophie Allart - sophie.allart@inserm.fr Simon Lachambre – simon.lachambre@inserm.fr Tél : 05. 62. 74. 45. 78 - 05. 31. 54. 79. 01...
  • Page 38 L'imagerie en mode spectral permet de séparer des fluorochromes dont les spectres se chevauches. Pour ce faire, il faut connaitre les spectres d'émissions des fluorochromes utilisés Spectral mode imaging can separate fluorochromes whose spectra overlap. To do this, it is necessary to know the emission spectra of the fluorochromes used Passer en mode "Lambda Mode"...
  • Page 39 Intérêt de l'acquisition spectrale: utile quand il y a un chevauchement des flurophores à l’excitation et à l’émission. Si fluorochromes trop proches càd <10nm, l’acquisition est impossible. Les utilisateurs viennent avec leur lame tous les dyes couplés + les lames avec le simple marquage Interest of spectral acquisition: useful when there is an overlap of the flurophores at excitation and emission.
  • Page 40 Linear unmixing permet d'avoir tous les canaux séparément + résidus +merge En resumé - To summarise Sur la lame « Merge » avec tous les fluorochromes : régler le gain et les puissances lasers On the merge slide with all fluorochromes: adjust the gain and laser powers Sur les lames avec un seul marquage, pour chacune : faire «...
  • Page 41 Prenez un snap de l’échantillon « Merge » - Take a snap of the "Merge" sample Unmixing - Unmixing Importation des spectres : Apparition fenêtres suivantes - Importing spectra: The following windows appear Cliquez sur + pour ajouter le nombre de fluorochromes uniques introduits dans son dossier - Click on + to add the number of unique fluorochromes inserted in its folder Import de chaque spectre unique depuis son dossier créé...
  • Page 42 Online fingerprinting Permet d’éviter les étapes de 9 à 11 du Lambda Mode (méthode plus rapide) - Bypasses steps 9 to 11 of Lambda Mode (faster method) Cliquez sur + et introduire le spectre de chaque fluorochrome depuis la Spectra Database de sa manip - Click on + and enter the spectrum of each fluorochrome from the Spectra Database of your experiment...

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