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Documentation produit du système iScan
2.
Dans la boîte de dialogue Open Scan Setting File (Ouvrir le fichier des paramètres de balayage),
sélectionnez le fichier des paramètres de balayage personnalisés que vous avez créé, puis
sélectionnez Open (Ouvrir).
3.
Lorsque vous y êtes invité, sélectionnez OK.
Générer des données normalisées et des typages
génotypiques
Le balayage d'une puce BeadChip permet de générer des fichiers de données d'intensité (*.idat). Ces
fichiers contiennent des données d'intensité brutes pour chaque bille sur l'image numérisée. Pour
obtenir plus de renseignements sur les fichiers IDAT, consultez la rubrique
Vous pouvez configurer l'iScan Control Software (iCS) pour normaliser les données dans ces fichiers.
La normalisation transforme la plage des valeurs d'intensité pour une bande BeadChip de manière à la
faire correspondre à une plage cible, ce qui permet de réduire les durées de traitement en aval et
d'optimiser le flux de travail. Les données normalisées et les typages génotypiques associés sont
sauvegardés dans des fichiers de typages génotypiques (*.gtc).
L'iCS inclut une fonction de définition automatisée du génotype, appelée « AutoConvert ». AutoConvert
convertit automatiquement les fichiers IDAT en fichiers GTC durant le balayage, pour chaque puce,
pour les utiliser avec des logiciels d'analyse en aval tels que Beeline ou GenomeStudio.
La configuration de l'iCS pour la normalisation de vos données implique que vous définissiez un fichier
de mappage qui associe un type de puce BeadChip à ses fichiers de manifeste et de groupement.
Vous ne pouvez pas utiliser AutoConvert si vous utilisez le système de gestion des informations
de laboratoire (LIMS). Le LIMS utilise sa propre fonction de définition automatisée du génotype,
appelée « AutoCall ». Pour obtenir plus de renseignements sur la fonction AutoCall du LIMS,
reportez-vous au Guide de l'utilisateur LIMS d'Illumina et au Guide du gestionnaire de projet LIMS
d'Illumina.
Activer AutoConvert et générer des données normalisées
Si vous souhaitez générer des données normalisées pour réduire les durées de traitement en aval et
optimiser le flux de travail, procédez comme suit :
1.
À partir du menu, dans le coin supérieur gauche de l'écran, sélectionnez Tools (Outils), puis
sélectionnez Options.
2.
Dans la boîte de dialogue Options, sélectionnez l'onglet AutoConvert.
3.
Cochez la case Enable AutoConvert (Activer AutoConvert).
4.
Accédez à un fichier de mappage existant ou sélectionnez New (Nouveau) pour créer un fichier de
mappage.
Document nº 1000000161301 v01 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Fichiers générés,
page 44.
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