Manuels Connexes pour illumina MiniSeq
Sommaire des Matières pour illumina MiniSeq
- Page 1 Guide du système MiniSeq Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309 EXCLUSIF À ILLUMINA Avril 2021 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 2 Guide du système MiniSeq Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et à ses sociétés affiliées (« Illumina »); ils sont exclusivement destinés à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et ne peuvent servir à...
- Page 3 Suppression des renseignements sur BaseSpace Onsite car ils ne sont plus pris en charge. Corrections mineures apportées au texte. Support nº 20014309 Mars Ajout de renseignements sur le service de surveillance Illumina Document 2018 Proactive à la section Configurer les paramètres d’analyse. n° 1000000002695 v02 Retrait du nom d’utilisateur et du mot de passe par défaut...
- Page 4 Table des matières Chapitre 1 Vue d’ensemble Introduction Ressources supplémentaires Composants de l’instrument Présentation des consommables pour le séquençage Bases de données et génomes préinstallés Chapitre 2 Pour commencer Démarrage de l’instrument Personnaliser les paramètres du système Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Chapitre 3 Séquençage Introduction Préparer les consommables...
- Page 5 Guide du système MiniSeq Fichiers de sortie de séquençage Structure des dossiers de sortie de séquençage Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse Index Assistance technique Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 6 à l’aide de faible volume de librairies. Logiciel du système MiniSeq : le système MiniSeq comprend une suite logicielle intégrée qui commande les opérations de l’instrument, traite les images et génère des définitions des bases. Cette suite comprend un logiciel d’analyse des données sur instrument et des outils de transfert de données pour...
- Page 7 Composants de l’instrument Le système MiniSeq comprend un moniteur tactile, une barre d’état, un compartiment de Flow Cell et un compartiment de réactifs. Figure 1 Composants de l’instrument A Moniteur tactile : permet la configuration et le paramétrage sur l’instrument à l’aide de l’interface du logiciel de commande.
- Page 8 Ne mettez pas d’objets sur l’instrument près du compartiment de Flow Cell. Compartiment des réactifs Le paramétrage d’une analyse de séquençage sur le système MiniSeq nécessite d’accéder au compartiment de réactifs afin de charger les consommables de l’analyse et de vider le flacon de réactifs usagés.
- Page 9 La suite logicielle de l’instrument comprend des applications intégrées qui exécutent des analyses de séquençage et des analyses sur instrument. Logiciel MiniSeq Control Software : le logiciel de commande vous guide tout au long des étapes de configuration d’une analyse de séquençage, commande les opérations de l’instrument et affiche une vue d’ensemble des statistiques de l’analyse à...
- Page 10 Close (Fermer) pour fermer la boîte de dialogue. Présentation des consommables pour le séquençage Une trousse MiniSeq à usage unique est nécessaire pour effectuer une analyse de séquençage sur le système MiniSeq. Chaque trousse comporte une Flow Cell ainsi que les réactifs nécessaires à une analyse de séquençage.
- Page 11 Guide du système MiniSeq Les réactifs pénètrent dans la Flow Cell par le port d’entrée, traversent la zone d’imagerie de la ligne unique, puis sont évacués par le port de sortie. La Flow Cell est livrée sèche dans un tube de Flow Cell, lui-même contenu dans un emballage d’aluminium.
- Page 12 Guide du système MiniSeq Réservoirs réservés Figure 6 Réservoirs numérotés Po sitio n Descriptio n 13, 14 et 15 Réservées aux primers personnalisés facultatifs Charger les librairies Réservoir amovible en position nº 9 La cartouche de réactifs préremplie comprend un réactif de dénaturation en position nº 9 qui contient du formamide.
- Page 13 établissement pour obtenir le nom d’utilisateur et le mot de passe. Si un compte utilisateur général est sélectionné, le logiciel de commande MiniSeq démarre et initialise automatiquement le système. Si un compte administrateur est sélectionné, alors il faut lancer le logiciel MiniSeq Control Software en double cliquant sur l’icône MiniSeq System sur le bureau.
- Page 14 Élimination des consommables à la fin de l’analyse. Activation des indicateurs sonores. Envoi des données sur la performance de l’instrument à Illumina. Contournement de la confirmation de vérification avant analyse pour lancer automatiquement l’analyse. Vérification automatique des mises à jour logicielles (dans BaseSpace Sequence Hub).
- Page 15 à Illumina) L’option Send Instrument Performance Data to Illumina (Envoyer les données sur la performance de l’instrument à Illumina) est activée par défaut. Elle permet d’envoyer les données sur la performance de l’instrument hors analyse à un serveur BaseSpace Sequence Hub.
- Page 16 Guide du système MiniSeq Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Les consommables et l’équipement suivants sont utilisés pour le séquençage et la maintenance du système. Consommables pour le séquençage Co nso m m able Fo urnisseur Utilisatio n NaOH 1 N Fournisseur de laboratoire général Dénaturation de librairie, diluée à...
- Page 17 Lavage automatique après analyse Retirer le réservoir usagé de la position nº 9 Introduction Pour effectuer une analyse de séquençage sur le système MiniSeq, préparez les consommables d’analyse, puis suivez les invites du logiciel pour configurer l’analyse. Présentation du flux de travail Génération d’amplifiats...
- Page 18 Guide du système MiniSeq Préparer les consommables Préparer la cartouche de réactifs Retirez la cartouche de réactifs de son lieu de stockage entre -25 et -15 °C. Décongelez les réactifs à l’aide des options de bain d’eau suivantes. N’immergez pas la cartouche.
- Page 19 MiniSeq (document nº 1000000002697). Le volume de chargement pour un système MiniSeq est de 500 µl. La concentration de chargement est de 1,4 pM pour des trousses standards et de 1,6 pM pour des trousses rapides. En pratique, la concentration de chargement peut varier selon les méthodes de préparation et de quantification des librairies.
- Page 20 Guide du système MiniSeq Configurer une analyse (Configuration manuelle) À l’écran Home (Accueil), sélectionnez Sequence (Séquencer). La commande Sequence (Séquencer) libère les consommables d’une analyse précédente et ouvre la série d’écrans Run Setup (Configuration de l’analyse). À l’écran Run Mode (Mode d’analyse), sélectionnez Manual (Manuel).
- Page 21 Guide du système MiniSeq REMARQUE N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage. Chargement de la Flow Cell Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell.
- Page 22 Guide du système MiniSeq Charger la cartouche de réactifs Ouvrez la porte du compartiment des réactifs. Retirez la cartouche de réactifs usagée si elle est présente. REMARQUE Le réservoir à la position nº 9 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés contenant du formamide.
- Page 23 Guide du système MiniSeq Figure 16 Fermer hermétiquement le flacon de réactifs usagés Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur. AVERTISSEMENT Ce groupe de réactifs contient des produits chimiques potentiellement dangereux. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux.
- Page 24 Guide du système MiniSeq REMARQUE N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage. Vérification avant analyse Passez en revue les résultats de la vérification automatique.
- Page 25 Guide du système MiniSeq Chargement de la Flow Cell Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell. Appuyez sur le bouton de libération à droite du verrou de Flow Cell. Figure 17 Déverrouillage de la Flow Cell Retirez la Flow Cell usagée provenant de l’analyse précédente si elle est présente.
- Page 26 Guide du système MiniSeq Charger la cartouche de réactifs Ouvrez la porte du compartiment des réactifs. Retirez la cartouche de réactifs usagée si elle est présente. REMARQUE Le réservoir à la position nº 9 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés contenant du formamide.
- Page 27 Guide du système MiniSeq Figure 22 Fermer hermétiquement le flacon de réactifs usagés Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur. AVERTISSEMENT Ce groupe de réactifs contient des produits chimiques potentiellement dangereux. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux.
- Page 28 Guide du système MiniSeq REMARQUE N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage. Vérification avant analyse Passez en revue les résultats de la vérification automatique.
- Page 29 Autonome apparaissent. Universal Copy Service La suite logicielle du système MiniSeq comporte Universal Copy Service. À mesure que RTA génère des fichiers, le service les copie dans l’emplacement du dossier de sortie indiqué. Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309 Destiné...
- Page 30 Guide du système MiniSeq Si le transfert des données est interrompu en cours d’analyse, les données sont stockées temporairement sur l’ordinateur de l’instrument. Lorsque la connexion est rétablie, le transfert des données reprend automatiquement durant l’analyse. Si la connexion ne se rétablit pas avant la fin de l’analyse, déplacez manuellement les données vers l’emplacement choisi.
- Page 31 Guide du système MiniSeq Figure 25 Onglet de séparation retiré, attache du réservoir exposée A Onglet de séparation sous le couvercle de la cartouche B Attache du réservoir Appuyez sur l’attache du réservoir en plastique transparent vers les bas, puis vers la droite.
- Page 32 Guide du système MiniSeq Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 33 Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
- Page 34 Guide du système MiniSeq Figure 26 Cartouche de lavage Préparer un lavage manuel après analyse Combinez les volumes suivants pour obtenir du NaOCl à 0,12 %. NaOCl à 5 % (31 µl) Eau de laboratoire (1 269 µl) Ajoutez 1,3 ml de NaOCI à 0,12 % à la cartouche de lavage.
- Page 35 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309 Destiné à la recherche uniquement.
- Page 36 Local Run Manager MiniSeq Service Software Universal Copy Service Les notes de mise à jour logicielles sont accessibles sur la page d’assistance du système MiniSeq dans le site Web d’Illumina. Vous pouvez installer des mises à jour logicielles automatiquement si vous disposez d’une connexion Internet ou manuellement à partir d’un emplacement réseau ou USB.
- Page 37 Un redémarrage automatique du système est nécessaire après toute mise à jour du micrologiciel. Exigences logicielles pour la trousse rapide L’utilisation de trousses rapides avec le système MiniSeq nécessite le logiciel MiniSeq Control Software v2.1 ou une version ultérieure Un administrateur doit effectuer la mise à jour de la version v2.0 à la version v2.1.
- Page 38 Guide du système MiniSeq Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 39 Les fichiers journaux des lignes sont mis à jour tout au long de l’analyse. lignes (*LaneLog*.txt) Ressources de dépannage En cas de questions techniques, consultez les pages d’assistance du système MiniSeq sur le site Web d’Illumina. Les pages d’assistance fournissent un accès à la documentation, aux téléchargements et aux foires aux questions.
- Page 40 File Copy (Copie de fichiers) : en fonction du transfert des fichiers à l’aide de Run Copy Service BaseSpace : si BaseSpace a été utilisé pour l’analyse Dossier d’archivage du séquençage Le logiciel de commande MiniSeq enregistre les fichiers de résumé d’analyse sur l’ordinateur du système à l’emplacement D:\Illumina\MiniSeq Sequencing Archive pour chaque analyse effectuée sur l’instrument.
- Page 41 Guide du système MiniSeq Vérif icatio ns du systèm e Actio n reco m m andée Network connection La connexion à l’emplacement spécifié du dossier de sortie a été interrompue. Même si (Connexions réseau) la vérification indique la connexion réseau, le système vérifie la connexion à chaque emplacement spécifié...
- Page 42 Pour résoudre les problèmes RTA, vérifiez d’abord le journal des erreurs RTA stocké dans le dossier RTALogs. Ce fichier n’est pas présent pour les analyses réussies. Joignez le journal des erreurs lors du signalement des problèmes à l’assistance technique d’Illumina. Gestion des erreurs RTA2 crée des fichiers journaux et les enregistre dans le dossier RTALogs.
- Page 43 La Flow Cell ne peut pas être enregistrée pour une réhybridation ultérieure après le début de la resynthèse appariée. Consommables requis Une analyse de réhybridation nécessite une nouvelle cartouche de réactifs MiniSeq, quel que soit le moment d’arrêt de l’analyse. Arrêter l’analyse en cours Sélectionnez End Run (Terminer l’analyse).
- Page 44 Le démarrage d’une vérification du système ferme automatiquement le logiciel de commande et lance le logiciel MiniSeq Service Software. Celui-ci s’ouvre sur l’écran Load (Charger), qui est configuré pour une utilisation de l’option de chargement avancé. Figure 29 Vérifications du système disponibles Une fois le chargement des consommables effectué, l’écran Select (Sélectionner) s’ouvre et vous indique les...
- Page 45 Guide du système MiniSeq Le réservoir approprié correspond à la position nº 40 de la cartouche de réactifs préremplie. Figure 30 Emplacement pour la solution de lavage A Solution de lavage Chargez les consommables comme suit : Si une Flow Cell usagée ne se trouve pas déjà sur l’instrument, chargez une Flow Cell usagée.
- Page 46 Guide du système MiniSeq Vérification des composants optiques Vérif icatio n du Descriptio n systèm e Flow Cell Mesure l’inclinaison de la lame sur un plan optique, teste les fonctionnalités de la caméra, teste Registration le module d’imagerie et vérifie l’enregistrement de la Flow Cell dans la position correcte (Enregistrement de la d’imagerie.
- Page 47 Guide du système MiniSeq REMARQUE Le Dynamic Host Configuration Protocol (DHCP) est un protocole réseau standard utilisé sur les réseaux IP pour distribuer de manière dynamique les paramètres de configuration réseau. Vous pouvez également sélectionner Use the following IP address (Utiliser l’adresse IP suivante) pour connecter manuellement l’instrument à...
- Page 48 Guide du système MiniSeq Assurez-vous que le fichier utilise l’extension *.fa ou *.fasta et est enregistré dans un dossier réservé à la référence. Assurez-vous que le nom du chromosome ne contient aucun des caractères suivants : # - ? ( ) [ ] / \ = + < > : ; " ’ , * ^ | &...
- Page 49 à celle-ci. Le système MiniSeq utilise une version du logiciel Real-Time Analysis appelée RTA2. Le logiciel de commande du système et RTA2 communiquent par le biais d’une interface Web HTTP et de fichiers mémoire partagés.
- Page 50 Guide du système MiniSeq RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des fichiers InterOp. Les fichiers InterOp sont des fichiers de sortie binaires contenant des indicateurs relatifs aux plaques, aux cycles et au niveau de lecture utilisés pour afficher des indicateurs en temps réel à l’aide du logiciel Sequencing Analysis Viewer.
- Page 51 La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une plaque donnée d’un cycle spécifique. Le système MiniSeq utilise un séquençage à deux canaux, qui ne nécessite que deux images pour encoder les données de quatre bases d’ADN, une provenant du canal rouge et une autre du canal vert.
- Page 52 Guide du système MiniSeq Amplifiats passant le filtre Au cours de l’analyse, RTA2 filtre les données brutes pour supprimer les amplifiats non conformes au seuil de qualité des données. Dans le cas d’une analyse sur deux canaux, RTA2 utilise un système basé sur une population pour déterminer la pureté...
- Page 53 Annexe C Fichiers de sortie Fichiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure des dossiers de sortie de séquençage Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse Fichiers de sortie de séquençage T ype de f ichiers Descriptio n, em placem ent et no m des f ichiers Fichiers de définition des Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases;...
- Page 54 Guide du système MiniSeq Structure des dossiers de sortie de séquençage Le logiciel de commande génère automatiquement le nom du dossier de sortie. Configs Data (Données) Intensities (Intensités) BaseCalls (Appels de bases) L001 : fichiers de définition des bases rassemblés par cycle L001 : fichier *.locs rassemblant les emplacements des amplifiats...
- Page 55 Index considérations relatives à l’indexage 47 consommables 5 aide, technique 53 analyses de séquençage 11 alertes d’état 4 cartouche de réactifs 6 algorithme Phred 47 consommables de lavage 28-29 amplifiats passant le filtre 47 eau de laboratoire 11 analyse fournis par l’utilisateur 11 fichiers de sortie 48 maintenance de l’instrument 11 logiciel 4...
- Page 56 Guide du système MiniSeq fichiers journaux définition des bases 46 GlobalLog 37 indicateurs de l’analyse 23 LaneNLog 37 instrument fichiers locs 48 bouton d’alimentation 4 filtre de pureté 47 démarrage 8 flow cell paramètres de configuration 41 préparation 13 intensités 46 présentation 5...
- Page 57 Guide du système MiniSeq option de chargement avancé 9 vérification avant analyse 19, 23 vérification du système 39 pages d’assistance 1 paramètres d’analyse mode manuel 15 paramètres de configuration 41 passant le filtre (PF) 47 pince de la flow cell 2 réactifs...
- Page 58 T aïw an, Chine 00806651752 Autres pays + 44 1799 534 000 Fiches signalétiques (SDS) – Disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits – Disponible en téléchargement sur le site support.illumina.com. Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309 Destiné à la recherche uniquement.
- Page 59 Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis + (1) 800 809 ILMN (4566) + (1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. © 2021 Illumina, Inc. Tous droits réservés.