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Guide du système HiSeq X
Notation de la qualité
Génération du modèle
La génération du modèle définit la position de chaque amplifiat dans une plaque à l'aide des coordonnées X
et Y. Le modèle est utilisé comme référence pour l'étape suivante d'enregistrement et l'extraction des
intensités.
En raison du réseau de la Flow Cell structurée, les positions de l'amplifiat sont préétablies en fonction du
nombre de rangées et de colonnes, ainsi que de la distance entre les nanopuits. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez la section
Les positions des amplifiats de la totalité de l'analyse s'inscrivent dans un même fichier d'emplacement des
amplifiats (s.locs).
Enregistrement et extraction des intensités
L'enregistrement et l'extraction d'intensités commencent après la génération du modèle des positions de
l'amplifiat.
L'enregistrement transforme les modèles d'emplacement des amplifiats en l'emplacement sur l'image
u
pour chacun des quatre canaux de couleur.
L'extraction d'intensités détermine une valeur d'intensité pour chaque amplifiat du modèle pour une
u
image donnée.
S'il y a échec d'enregistrement de l'image d'un cycle, quelle qu'elle soit, aucune définition des bases ne sera
générée pour cette plaque dans ce cycle. Utilisez le logiciel SAV pour examiner les images miniatures et
trouver les images dont l'enregistrement a échoué.
Correction de la matrice de couleurs
Après l'enregistrement et l'extraction de l'intensité, RTA2 corrige les interférences entre les canaux. Les
interférences se produisent par exemple lorsqu'un amplifiat a une intensité dans le canal C, mais également
dans le canal A. À l'aide d'une matrice de couleurs de 4 x 4, RTA2 génère des intensités corrigées par
matrice avec interférences inexistantes ou faibles, puis équilibre les différences générales d'intensité entre les
canaux de couleur.
Correction de la mise en phase empirique
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d'ADN dans un amplifiat s'étend d'une base par cycle. La
mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu'un brin est déphasé par rapport au cycle
d'incorporation en cours.
La mise en phase se produit lorsqu'un brin a un retard d'une base.
u
La mise en préphase se produit lorsqu'un brin a une avance d'une base.
u
Document nº 15050091 v07 FRA Support nº 20023569
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Attribue un score de qualité à chaque définition des bases.
Flow Cell structurée,
page 7.
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