Manuels Connexes pour illumina HiSeq X
Sommaire des Matières pour illumina HiSeq X
- Page 1 HiSeq X Guide du système Document nº 15050091 v07 FRA Support nº 20023569 EXCLUSIF À ILLUMINA Mars 2018 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 2 écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de ses droits d’auteur ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers quelconque par ce document.
- Page 3 Mise à jour du nom du logiciel de contrôle : HiSeq Control 2017 Software HD v3.4. Mise à jour du nº de référence Illumina concernant la trousse de réhybridation multiprimers HiSeq X HD cBot : nº de référence GD- 305-2001. Retrait de la solution Sigma-Aldrich (nº de référence SRE0076) pour la solution de lavage SeqClin.
- Page 4 Ajout du Guide du système cBot 2 (document nº 15065681) comme référence pour la génération d’amplifiats. Retrait du nom d’utilisateur et du mot de passe par défaut nécessaires pour la connexion au système d’exploitation. Illumina recommande l’utilisation d’identifiants spécifiques au site. Retrait du numéro de référence pour ce guide.
- Page 5 Ajout d’une section intitulée Différences de flux de travail pour Illumina SeqLab, qui décrit où trouver les instructions concernant la préparation des réactifs et le séquençage si vous utilisez Illumina SeqLab. Ajout des numéros de référence pour les trousses HiSeq X v2.5 et mise à...
- Page 6 Mise à jour du numéro de référence des lingettes alcoolisées VWR. Nouveau numéro : 95041-714. Mise à jour de l’URL pour les fiches signalétiques (SDS) : support.illumina.com/sds.html. Nº 15050091 Rév. B Mise à jour des renseignements suivants : • Ajout de la description des amplifiats passant le filtre en fonction 2014 des caractéristiques d’une Flow Cell modélisée.
- Page 7 Table des matières Historique des révisions Chapitre 1 Vue d’ensemble Introduction Ressources supplémentaires Composants de l’instrument Présentation des consommables pour le séquençage Chapitre 2 Pour commencer Démarrer le système HiSeq X Personnaliser les paramètres du système Afficher et envoyer les données de l’instrument Consommables fournis par l’utilisateur Chapitre 3 Préparation des réactifs Introduction...
- Page 8 Guide du système HiSeq X Possible réhybridation du primer de lecture 1 Annexe B Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis Flux de travail de Real-Time Analysis Annexe C Fichiers et dossiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure du dossier de sortie Nom et chemin d’accès des dossiers de l’analyse Numérotation des plaques Index Assistance technique...
- Page 9 Toutes les étapes de la préparation de librairie au séquençage sont affectées. Consultez la page d’aide pour Illumina SeqLab sur le site Web d’Illumina afin de générer un guide du flux de travail personnalisé pour votre expérience. Document nº 15050091 v07 FRA Support nº 20023569...
- Page 10 Guide du système HiSeq X Ressources supplémentaires La documentation suivante est disponible en téléchargement sur le site Web d’Illumina. Consultez régulièrement les pages d’assistance pour voir la plus récente version de ces documents. Ressource Description Custom Protocol Selector Assistant pour la génération de la documentation personnalisée dans son intégralité...
- Page 11 Guide du système HiSeq X C Compartiment fluidique : contient les pompes fluidiques qui envoient les réactifs à la Flow Cell, puis au conteneur à déchets. D Barre d’état : utilise trois couleurs comme indicateurs de l’état de l’instrument. Le bleu indique que l’instrument effectue une analyse, l’orange, qu’il nécessite une intervention, et le vert, que l’instrument est prêt à...
- Page 12 Guide du système HiSeq X Supports de réactifs SBS : contiennent des flacons coniques de 250 ml. Le support de réactifs de la Flow Cell A se trouve dans la position centrale et le support de la Flow Cell B est situé dans la position la plus à droite. Chaque support de réactifs présente des positions numérotées qui correspondent à des branchements sur la soupape du sélecteur de réactifs interne.
- Page 13 Guide du système HiSeq X Icônes d’état Une icône d’état située dans le coin supérieur droit de chaque écran affiche les modifications des conditions, les erreurs ou les avertissements qui surviennent lors de la configuration de l’analyse ainsi que pendant l’analyse. Icône Nom de l’état Description...
- Page 14 Guide du système HiSeq X État du transfert des données La suite logicielle HiSeq X comprend Run Copy Service, qui gère le transfert des données vers le dossier de sortie. Une option BaseSpace permet d’envoyer les données sur l’état de l’instrument et sur le séquençage vers BaseSpace Sequence Hub.
- Page 15 Déconnecté de BaseSpace Sequence Hub avec des données en file d’attente pour transfert. Présentation des consommables pour le séquençage Les trousses de réactifs Illumina sont nécessaires pour le séquençage sur le système HiSeq X. Chaque trousse contient des réactifs de génération d’amplifiats utilisées sur le cBot ainsi que des réactifs SBS, des réactifs d’indexage et des réactifs appariés utilisés sur le HiSeq X.
- Page 16 Chapitre 2 Pour commencer Démarrer le système HiSeq X Personnaliser les paramètres du système Afficher et envoyer les données de l’instrument Consommables fournis par l’utilisateur Démarrer le système HiSeq X Démarrez l’ordinateur de commande de l’instrument. Attendez que le système se charge, puis connectez-vous au système d’exploitation. Si nécessaire, consultez l’administrateur de votre établissement pour obtenir le nom d’utilisateur et le mot de passe.
- Page 17 Flow Cell B. REMARQUE Illumina recommande de placer les dossiers de sortie à un emplacement réseau. Vous pouvez toutefois indiquer un emplacement sur le lecteur O:\, à condition que l’emplacement soit différent de celui du dossier HiSeq Temp. N’utilisez pas le lecteur S:\ ni le lecteur C:\. Le lecteur S:\ est réservé aux opérations de l’instrument et le lecteur C:\ est trop petit.
- Page 18 Sélectionnez Menu | Tools | Options (Menu | Outils | Options), puis sélectionnez Send instrument health data to Illumina to help Illumina improve its products (Envoyer les données sur l’état de l’instrument à Illumina pour l’aider à améliorer ses produits) pour activer le service de surveillance Illumina Proactive. Le nom du paramètre affiché...
- Page 19 Guide du système HiSeq X Consommables fournis par l’utilisateur Pour obtenir une liste complète des consommables fournis par l’utilisateur, consultez le Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X (document nº 15050093). Consommable Fournisseur Utilisation Tampons imbibés d’alcool isopropylique à Fournisseur de laboratoire général Nettoyage de la Flow Cell et de la VWR, nº...
- Page 20 Chapitre 3 Préparation des réactifs Introduction Préparer les réactifs SBS Préparer les réactifs d’indexage et appariés Introduction Avant de configurer l’analyse, préparez tous les réactifs pour le séquençage : réactifs SBS, réactifs d’indexage et réactifs appariés. Les instructions de préparation des réactifs sont identiques pour toutes les versions de trousses.
- Page 21 Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Décongeler les réactifs d’indexage et appariés Retirez les réactifs suivants de leur lieu de stockage entre -25 °C et -15 °C : PRM, PLM2 v2, PAM, PPM, PDR, HP11 et HP14.
- Page 22 (Annuler) pour abandonner la configuration de l’analyse et revenir à l’écran de bienvenue. Pour de plus amples renseignements concernant la durée de l’analyse et d’autres caractéristiques de performance, consultez la page des spécifications du système HiSeq X sur le site Web d’Illumina. Échelonner des analyses Vous pouvez démarrer une nouvelle analyse sur la Flow Cell A ou sur la Flow Cell B lorsqu’une analyse est en...
- Page 23 Guide du système HiSeq X Chargez les réactifs SBS pour la lecture 1 et la lecture 2. Le cas échéant, chargez les réactifs pour les réactifs d’indexage et appariés. Avec une Flow Cell usagée, vérifiez que le flux est correct. Amorcez les réactifs SBS et mesurez les déchets d’amorçage. Chargez une Flow Cell HiSeq X en amplifiats et vérifiez que le débit est correct.
- Page 24 Guide du système HiSeq X Sélectionnez Next (Suivant). Écran Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell) L’écran Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell) consigne des renseignements sur la Flow Cell utilisée pour l’analyse. Tous les champs sont requis. Numérisez ou saisissez l’identifiant (numéro de code à barres) de la Flow Cell à séquencer. Vérifiez que le type de Flow Cell est HiSeq X ou HiSeq X HD.
- Page 25 Sequencing Primer (primer de séquençage à index double HiSeq X) : la chimie utilisée pour les lectures d’index 1 et 2, le cas échéant. PE turnaround (Traitement apparié) : HiSeq X PE (chimie appariée HiSeq X PE) ou HiSeq X PE Dual Index (chimie appariée HiSeq X à index double) : indique la chimie utilisée pour la resynthèse appariée.
- Page 26 Guide du système HiSeq X Charger et amorcer les réactifs Une fois définis les paramètres de l’analyse, chargez les réactifs SBS, les réactifs d’indexage et les réactifs appariés destinés à l’analyse, puis amorcez les réactifs dans le système fluidique. Le logiciel vous guide à travers ces étapes à...
- Page 27 Guide du système HiSeq X Charger les réactifs d’indexage et les réactifs appariés Relevez les dispositifs d’aspiration du support de réactifs appariés, comme suit : Tirez la poignée vers vous, puis soulevez-la. b Relâchez la poignée dans la fente située en haut de la ligne. Veillez à ce que la poignée soit bien fixée dans la fente.
- Page 28 Guide du système HiSeq X Amorcer les réactifs Les étapes d’amorçage des réactifs comprennent le chargement d’une Flow Cell d’amorçage, la vérification de l’adéquation du flux et le démarrage de l’amorce. ATTENTION Utilisez systématiquement une Flow Cell usagée pour amorcer les réactifs. Vous pouvez utiliser la Flow Cell d’une analyse précédente pour l’amorçage des réactifs en vue d’une analyse ultérieure ou d’un lavage après analyse.
- Page 29 Guide du système HiSeq X Assurez-vous que la case Vacuum Engaged (Décompression en cours) est cochée, puis sélectionnez Next (Suivant). Vérifier que le flux est correct La vérification du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et que le collecteur est engagé.
- Page 30 Guide du système HiSeq X 250 µl pour chaque position SBS, sauf pour la position 2 (250 × 7 = 1,75 ml) 1,75 ml pour chaque ligne (1,75 × 8 = 14 ml) Replacez le tube d’évacuation dans le conteneur à déchets. Sélectionnez Next (Suivant). Charger la Flow Cell de séquençage Le chargement de la Flow Cell de séquençage comprend le retrait de la Flow Cell d’amorçage, le nettoyage du portoir de Flow Cell, le chargement de la Flow Cell en amplifiats et la vérification de l’adéquation du flux.
- Page 31 Guide du système HiSeq X Figure 10 Flow Cell positionnée contre les broches de guidage supérieure et de droite A Broche de guidage supérieure B Broches de guidage de droite Retirez votre main de la Flow Cell afin d’éviter que l’alignement ne dévie avec le temps. Placez doucement le levier de Flow Cell en position 1 pour engager la décompression et maintenir la Flow Cell.
- Page 32 Guide du système HiSeq X Assurez-vous que le levier de Flow Cell est vert, puis fermez la porte du compartiment de Flow Cell. Assurez-vous que les cases à cocher Vacuum Engaged (Décompression en cours) et Door Closed (Porte fermée) sont sélectionnées, puis cliquez sur Next (Suivant). Sélectionnez Start (Démarrer) pour commencer l’analyse de séquençage.
- Page 33 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Réaliser un lavage à l’eau Un lavage à l’eau est requis après chaque analyse de séquençage afin de laver le système et de vérifier la fluidique.
- Page 34 Guide du système HiSeq X Effectuez une vérification de la fluidique : Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante. b Acceptez les valeurs de pompe par défaut. Sélectionnez Pump (Pompe). d Inspectez la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes et de fuites à proximité des collecteurs. Retirez les tubes d’évacuation correspondant à...
- Page 35 évitant l’accumulation de sel et la contamination croisée des réactifs. Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
- Page 36 Guide du système HiSeq X Placez un barreau d’agitateur dans une bonbonne vide ayant une contenance minimale de six litres. Combinez les volumes suivants dans la bonbonne, en ajoutant d’abord l’eau : Eau de laboratoire (750 ml) Tween 20 à 10 % (250 ml) ProClin 300 (1,5 ml) Ces volumes permettent d’obtenir une solution de Tween 20 à...
- Page 37 Guide du système HiSeq X Figure 12 Retrait des joints de collecteur usagés Placez un nouveau joint dans chaque fente située à l’avant et à l’arrière du portoir de Flow Cell. Appuyez légèrement pour les mettre en place. 10 Chargez de nouveau la Flow Cell que vous avez retirée pour installer les nouveaux joints. 11 Assurez-vous que la case Vacuum Engaged (Décompression en cours) est cochée, puis sélectionnez Next (Suivant).
- Page 38 Guide du système HiSeq X Lavage de maintenance au Tween 20 Préparer la solution de lavage de maintenance Préparez toujours une nouvelle solution de lavage de maintenance au Tween 20. Préparez cinq litres de solution de lavage de maintenance. Ce volume suffit pour laver les deux côtés d’un instrument. Éliminez la solution de lavage conformément aux normes de sécurité...
- Page 39 Guide du système HiSeq X Figure 13 Retrait des joints de collecteur usagés Placez un nouveau joint dans chaque fente située à l’avant et à l’arrière du portoir de Flow Cell. Appuyez légèrement pour les mettre en place. Chargez de nouveau la Flow Cell que vous avez retirée pour installer les nouveaux joints. 10 Assurez-vous que la case Vacuum Engaged (Décompression en cours) est cochée, puis sélectionnez Next (Suivant).
- Page 40 Guide du système HiSeq X Lavage à l’eau Effectuez un lavage à l’eau en cas d’inactivité prévue de l’instrument pendant au moins cinq jours après un lavage au Tween 20. Le lavage à l’eau rince le Tween 20 du système fluidique. À l’écran de bienvenue, sélectionnez Wash | Water Wash (Lavage | Lavage à l’eau). Chargez l’instrument avec de l’eau de laboratoire comme suit : Remplissez huit flacons SBS avec au moins 20 ml d’eau de laboratoire.
- Page 41 Guide du système HiSeq X Arrêter l’instrument Utilisez la procédure suivante pour préparer la fluidique en toute sécurité et arrêter le système. N’arrêtez l’instrument que si vous envisagez de ne pas l’utiliser pendant au moins 10 jours. Si vous comptez utiliser l’instrument dans les 10 jours à venir, mettez-le plutôt en veille. Procédez à...
- Page 42 Annexe A Dépannage Fichier journal Problèmes possibles de configuration de l’analyse Réaliser une vérification de la fluidique Interrompre ou terminer une analyse sur le système HiSeq X Échelonner les analyses sur la Flow Cell A et la Flow Cell B Possible réhybridation du primer de lecture 1 Fichier journal Le fichier journal répertorie toutes les erreurs qui se sont produites dans le logiciel de commande.
- Page 43 Guide du système HiSeq X Réaliser une vérification de la fluidique Réalisez une vérification de la fluidique lors de l’installation de l’instrument et lors du dépannage des problèmes liés à la fluidique. Sélectionnez Check (Vérifier) à l’écran de bienvenue. Numérisez ou saisissez l’identifiant de lavage de la Flow Cell (numéro du code à barres) de la Flow Cell d’amorçage.
- Page 44 Guide du système HiSeq X Changer les réactifs en cours d’analyse Si vous avez commencé l’analyse avec un volume partiel de réactifs, utilisez la fonction Change Reagents (Changer les réactifs) pour interrompre l’analyse et remplir les réactifs. REMARQUE L’amorçage n’est pas nécessaire. À...
- Page 45 Flow Cell. L’hybridation du primer de lecture 1 réalisée sur une Flow Cell modélisée HiSeq X nécessite les consommables Illumina suivants : Trousse de réhybridation multiprimers HiSeq X HD cBot (nº de référence GD-305-2001) Collecteur HiSeq cBot (nº de référence SY-401-2015) Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Réhybridation du primer de lecture 1 sur une...
- Page 46 HiSeq X, utilisez bcl2fastq v2.14.03.07 ou une version supérieure. Pour obtenir la version actuelle du logiciel ainsi que des renseignements sur le téléchargement, consultez la page d’aide du système HiSeq X sur le site Web d’Illumina. Document nº 15050091 v07 FRA Support nº 20023569 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 47 Guide du système HiSeq X RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des fichiers InterOp. Il s’agit de fichiers binaires regroupant les mesures relatives aux plaques et aux cycles ainsi que les mesures réalisées lors des lectures. Ces fichiers sont nécessaires pour afficher les mesures dans Sequencing Analysis Viewer.
- Page 48 Guide du système HiSeq X Notation de la qualité Attribue un score de qualité à chaque définition des bases. Génération du modèle La génération du modèle définit la position de chaque amplifiat dans une plaque à l’aide des coordonnées X et Y. Le modèle est utilisé comme référence pour l’étape suivante d’enregistrement et l’extraction des intensités.
- Page 49 Guide du système HiSeq X Figure 14 Mise en phase et en préphase A Lecture avec une base présentant une mise en phase B Lecture avec une base présentant une mise en préphase RTA2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase à l’aide de l’algorithme de correction empirique de la mise en phase, qui optimise la qualité...
- Page 50 Guide du système HiSeq X Figure 15 Puits vides et polyclonaux (compris dans le comptage d’amplifiats bruts) Figure 16 Puits contenant des amplifiats autres que PF (indiqués en gris) Notation de la qualité Un score de qualité permet de prédire la probabilité d’une erreur dans la définition des bases. Un score de qualité...
- Page 51 Guide du système HiSeq X Compartimentage par score de qualité RTA2 regroupe les scores de qualité selon des plages ou compartiments spécifiques et attribue une valeur à chaque plage. Le compartimentage par score de qualité réduit considérablement les besoins en espace de stockage, sans affecter la précision ou le fonctionnement des applications en aval.
- Page 52 Annexe C Fichiers et dossiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure du dossier de sortie Nom et chemin d’accès des dossiers de l’analyse Numérotation des plaques Fichiers de sortie de séquençage Type de fichier Description, emplacement et nom des fichiers Fichiers de définition des Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases qui contient la bases...
- Page 53 Guide du système HiSeq X Structure du dossier de sortie Config : paramètres de configuration de l’analyse. Data Intensities BaseCalls L00[X] : fichiers de définition des bases de chaque ligne, rassemblés dans un fichier par cycle. s.locs Images Focus L00[X] : images de mise au point pour chaque ligne. InterOp : fichiers binaires utilisés par le logiciel Sequencing Analysis Viewer.
- Page 54 Guide du système HiSeq X Numérotation des plaques La Flow Cell HiSeq X modélisée est imagée en 96 plaques sur chaque ligne, en haut et en bas, pour chaque cycle. Chacune des huit lignes comporte deux témoins, et chaque témoin, 24 plaques. Les plaques sont numérotées en fonction de leur position. REMARQUE Un témoin est une colonne de plaques dans une ligne de Flow Cell.
- Page 55 12-13 compression 43 barre d’état, couleurs 3 conversion 38 BaseSpace Broker 39 envoi à Illumina 10 BaseSpace Enterprise 10 Illumina Proactive 10 BaseSpace Sequence Hub dossiers de l’analyse, temporaires 45 configuration d’un domaine 10 dossiers de sortie connexion d’une analyse 15...
- Page 56 RTA 39 identifiant de la trousse de réactifs, état du transfert des données enregistrement 17 BaseSpace Sequence Hub 6 Illumina SeqLab 1-2 Run Copy Service 6 images, enregistrement 15 incorporation de la première base 24 indexage des positions des réactifs 19...
- Page 57 36 collecteurs 37 indexage 13 consommables fournis par l’utilisateur 11 manipulation après analyse 25 trousses de réactifs Illumina 7 préparation 12 trousses de réhybridation Illumina 37 quantité par analyse 12-13 SBS 12 réactifs, supports 3 réactifs, trousses 7...
- Page 58 à barres 14 schéma d’indexage 17 scores de qualité 42 surveillance 24 sécurité 2 service de surveillance Illumina Proactive 10 solution de lavage de maintenance 27, 30 stockage de la solution de lavage de maintenance 27, 30 structure des dossiers 45 supports des réactifs 3...
- Page 59 00806651752 Autres pays +44 1799 534000 Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation produit : disponible en téléchargement au format PDF sur le site Web d’Illumina. Rendez-vous sur support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez sur Documentation & Literature (Documentation).
- Page 60 Document nº 15050091 v07 FRA *20023569* Support nº 20023569 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis +(1) 800 809-ILMN (4566) +(1) 858 202-4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. © 2018 Illumina, Inc. Tous droits réservés.