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Guide du système HiSeq X
Figure 14 Mise en phase et en préphase
A Lecture avec une base présentant une mise en phase
B Lecture avec une base présentant une mise en préphase
RTA2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase à l'aide de l'algorithme de correction
empirique de la mise en phase, qui optimise la qualité des données à chaque cycle tout au long de l'analyse.
Définition des bases
Après la correction des intensités brutes en termes d'interférence, de mise en phase et de mise en
préphase, le canal dont l'intensité est la plus forte correspond à la définition pour cet amplifiat dans ce cycle.
La définition des bases sur le système HiSeq X à l'aide de RTA2 commence après le cycle 3.
La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d'une plaque donnée d'un
cycle spécifique. Les définitions des bases sont enregistrées dans des fichiers de définition des bases (*.bcl).
Il s'agit de fichiers binaires comportant un octet par définition et par score de qualité. Chaque fichier de
définition des bases contient la définition des bases et le score de qualité qui lui est associé. Pour qu'une
base puisse être définie pour un amplifiat, celui-ci doit d'abord franchir le filtre de pureté. Les amplifiats qui
ne passent pas le filtre ou qui ne peuvent pas être définis car ils sont en dehors de l'image ou parce que
l'enregistrement de l'image a échoué sont des « no-calls » (sans définition). On représente un « no-call » par la
mention « (N) ».
Amplifiats passant le filtre
Pendant les 25 premiers cycles de la lecture 1, le filtre de pureté supprime les amplifiats de mauvaise qualité
des résultats d'analyse. Les amplifiats passent le filtre s'il n'existe pas plus d'une définition des bases
présentant une valeur de pureté inférieure à 0,6 dans les 25 premiers cycles. La pureté est définie comme le
rapport de l'intensité de base la plus brillante divisée par la somme de l'intensité de base la plus brillante et
de la deuxième plus brillante. Dans les rapports d'analyse, on représente le pourcentage d'amplifiats
passant le filtre par la mention « %PF ».
La Flow Cell HiSeq X modélisée produit un réseau ordonné d'amplifiats. Les puits vides ne contenant pas
d'amplifiat et les puits polyclonaux, où plus d'une séquence est présente, sont inclus dans le décompte
d'amplifiats bruts, mais ne passent pas le filtre. Le réseau ordonné sur une Flow Cell modélisée produit donc
un pourcentage relativement faible d'amplifiats passant le filtre.
Document nº 15050091 v07 FRA Support nº 20023569
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
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