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Annexe C Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure du dossier de sortie
Nom et chemin d'accès des dossiers de l'analyse
Numérotation des plaques
Fichiers de sortie de séquençage
Type de fichier
Fichiers de définition des
bases
Fichiers d'emplacement
des amplifiats
Fichiers de filtrage
Fichiers InterOp
Fichier de configuration
de Real-Time Analysis
Fichier de renseignements
sur l'analyse
Fichiers des miniatures
Document nº 15050091 v07 FRA Support nº 20023569
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Description, emplacement et nom des fichiers
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases qui contient la
définition des bases ainsi que le score de qualité encodé.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : pour chaque ligne, les fichiers sont enregistrés dans des
dossiers par cycle.
s_[Rainure]_[Plaque].bcl.gz, où la « Rainure » représente le numéro à un chiffre de la ligne et la
« Plaque » représente le numéro à quatre chiffres de la plaque. Les fichiers de définition des
bases sont compressés selon la méthode gzip.
Pour chaque plaque, un fichier d'emplacement des amplifiats contient les coordonnées XY de
chaque amplifiat. Les fichiers d'emplacement des amplifiats sont le résultat de la génération
du modèle.
Data\Intensities : un fichier correspondant à l'analyse est enregistré dans le dossier Intensities.
s.locs
Les fichiers de filtrage spécifient si les amplifiats ont franchi les filtres. Les fichiers de filtrage sont
générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont enregistrés dans un dossier pour chaque
rainure et chaque plaque.
s_[ligne]_[plaque].filter
Les fichiers binaires sont utilisés pour le logiciel Sequencing Analysis Viewer. Les fichiers InterOp
sont mis à jour tout au long de l'analyse.
Dossier InterOp
Créé au début de l'analyse, le fichier de configuration de Real-Time Analysis indique les
paramètres de l'analyse.
[Dossier racine]
RTAConfiguration.xml
Indique le nom de l'analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est indexée et le
nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur l'analyse est
créé au début de l'analyse.
[Dossier racine]
RunInfo.xml
Image miniature pour chaque canal et plaque dans chaque témoin à chaque cycle pendant
l'imagerie.
Thumbnail_Images\L00[X]\C[X.1] (Vignettes\L00[X]\C[X.1]) : les fichiers sont stockés dans un
seul dossier pour chaque ligne et un sous-dossier pour chaque cycle.
s_[rainure]_[plaque]_[canal].jpg : la plaque est représentée par un nombre à quatre chiffres qui
indique la surface, le témoin et la plaque. Consultez la section
page 46.
Numérotation des plaques,
44
45
45
46
44
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