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Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Le système HiSeq X utilise une version du logiciel Real-Time Analysis appelée RTA2. RTA2 fonctionne sur
l'ordinateur de l'instrument et extrait les intensités des images, effectue les définitions des bases et associe
un score de qualité aux définitions des bases. RTA2 et le logiciel de commande communiquent par le biais
d'une interface Web HTTP et de fichiers mémoire partagés. Si RTA2 est arrêté, le traitement ne reprend pas,
et les données de l'analyse ne sont pas enregistrées.
REMARQUE
Les performances de démultiplexage ne sont pas calculées; ainsi, les champs de l'onglet Index du logiciel
SAV (Sequencing Analysis Viewer) ne sont pas remplis.
Fichiers d'entrée
RTA2 requiert les fichiers d'entrée suivants :
Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
u
RunInfo.xml, que le logiciel de commande génère automatiquement au début de chaque analyse. À
u
partir de ce fichier, RTA2 lit le nom de l'analyse, le nombre de cycles, vérifie si une lecture est indexée et
lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
u
RTA2 reçoit des commandes du logiciel de commande comprenant des renseignements sur l'emplacement
du fichier RunInfo.xml et en cas d'indication d'un dossier de sortie facultatif.
Fichiers de sortie
Les images de chaque canal passent de la mémoire à RTA2 sous forme de plaques. À partir de ces images,
RTA2 produit des fichiers primaires qui prennent la forme d'un ensemble de fichiers de définition des bases
dont la qualité est notée et de fichiers de filtrage. Les autres fichiers prennent en charge la génération de
fichiers de sortie primaires.
Fichiers de définition des bases : pour chaque plaque analysée, un fichier de définition des bases
u
compressé (*.bcl) est généré pour chaque plaque par cycle. Le fichier de définition des bases contient la
définition des bases et le score de qualité qui lui est associé.
Fichiers de filtrage : chaque plaque génère des renseignements sur le filtre inclus dans un fichier de
u
filtrage (*.filter) pour chaque plaque au cours de la totalité de l'analyse. Le fichier de filtrage précise si les
amplifiats ont franchi le filtre.
Fichiers d'emplacement des amplifiats : un fichier d'emplacement des amplifiats (s.locs) contient les
u
coordonnées X et Y de chaque amplifiat sur la Flow Cell.
Les fichiers de sortie primaires sont utilisés pour l'analyse des données ultérieure. Utilisez le logiciel de
conversion bcl2fastq pour le démultiplexage et la conversion FASTQ. Pour convertir des données à partir du
système HiSeq X, utilisez bcl2fastq v2.14.03.07 ou une version supérieure. Pour obtenir la version actuelle du
logiciel ainsi que des renseignements sur le téléchargement, consultez la page d'aide du système HiSeq X sur
le site Web d'Illumina.
Document nº 15050091 v07 FRA Support nº 20023569
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
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