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Guide du système HiSeq X
RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l'analyse, stockés dans des fichiers InterOp. Il
s'agit de fichiers binaires regroupant les mesures relatives aux plaques et aux cycles ainsi que les mesures
réalisées lors des lectures. Ces fichiers sont nécessaires pour afficher les mesures dans
Sequencing Analysis Viewer. Pour afficher les indicateurs générés par RTA2, utilisez le logiciel SAV v1.8.37 ou
une version supérieure.
Pour obtenir des détails sur chaque fichier de sortie, consultez la section
page 44.
Gestion des erreurs
RTA2 crée des fichiers journaux et les enregistre dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont enregistrées dans
un fichier d'erreurs au format *.tsv.
Les fichiers journaux et d'erreurs suivants sont transférés vers leur emplacement final de sortie à la fin du
traitement :
*GlobalLog*.tsv récapitule les événements importants survenus pendant l'analyse.
u
*LaneNLog*.tsv répertorie les événements relatifs au traitement de chaque ligne.
u
*Error*.tsv répertorie les erreurs survenues au cours d'une analyse.
u
*WarningLog*.tsv répertorie les avertissements reçus au cours d'une analyse.
u
Transfert de données
Tout au long de l'analyse, RTA2 requiert un transfert de données de Run Copy Service, le logiciel qui gère le
transfert vers l'emplacement du dossier de sortie spécifié. Si BaseSpace Sequence Hub est utilisé, le
BaseSpace Broker gère le transfert des données vers BaseSpace Sequence Hub. En cas de coupure de la
connexion réseau, RTA2 poursuit le traitement et écrit les données localement. Le transfert de données
reprend lorsque la connexion est restaurée.
REMARQUE
Assurez-vous que votre connexion réseau correspond aux exigences minimales requises pour le transfert de
données d'analyse vers BaseSpace Sequence Hub. Pour obtenir plus de renseignements, consultez le
guide de préparation du site et d'aménagement du laboratoire.
Une fois le traitement terminé, RTA2 crée un fichier de marqueur nommé RTAComplete.txt. Le transfert de
données s'achève après la création de ce fichier. Un indicateur de capteur affiche l'état du transfert au bas
de l'écran. Pour obtenir des détails, consultez la section
Flux de travail de Real-Time Analysis
Génération du modèle
Enregistrement et extraction
des intensités
Correction de la matrice de
couleurs
Correction de la mise en
phase empirique
Définition des bases
Document nº 15050091 v07 FRA Support nº 20023569
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Cartes d'emplacement des amplifiats.
Enregistre l'emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell modélisée et détermine une
valeur d'intensité pour chaque amplifiat.
Corrige les interférences entre les canaux.
Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.
Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat.
Fichiers de sortie de séquençage,
Indicateurs d'activité et de capteurs,
page 5.
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