illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence page 78

Guide de référence de l'instrument NextSeq 550Dx
Real-Time Analysis
Aperçu de Real-Time Analysis
Le Instrument NextSeq 550Dx utilise une mise en œuvre du logiciel Real-Time Analysis (RTA) appelé
RTA2. RTA2 s'exécute sur l'ordinateur de l'instrument et extrait les intensités des images, effectue les
définitions des bases et attribue un score de qualité aux définitions des bases. RTA2 et le logiciel
d'exploitation communiquent par l'intermédiaire d'une interface Web HTTP et de fichiers de mémoire
partagés. Si RTA2 est terminé, le traitement ne reprend pas et les données d'une série ne sont pas
enregistrées.
Les entrées RTA2
RTA2 nécessite les fichiers d'entrée suivants pour le traitement :
Les images de plaques contenues dans la mémoire système locale.
•
RunInfo.xml, qui est généré automatiquement au début de la série et fournit le nom de la série, le
•
nombre de cycles, si une lecture est indexée et le nombre de plaques sur la flow cell.
RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
•
RTA2 reçoit des commandes du logiciel d'exploitation concernant l'emplacement de RunInfo.xml et si
un dossier de sortie est spécifié.
Fichiers de sortie RTA2
Les images de chaque canal sont tramsmises à la mémoire en tant que plaques. Les plaques sont de
petites zones d'imagerie sur la flow cell définies comme le champ de vision par la caméra. À l'aide de ces
images, le logiciel produit des données de sortie comme un ensemble de fichiers de filtrage et de
fichiers de définition des bases dont la qualité est notée. Tous les autres fichiers sont des données
complémentaires des fichiers de sortie.
Type de fichiers Description
Fichiers de Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier d'définition de base
définition des agrégé (*.bcl.bgzf) pour chaque ligne et pour chaque cycle. Le fichier
bases agrégé de définition des bases contient la définition des bases et le score de
qualité associé pour chaque amplifiat dans cette ligne.
Fichiers de Chaque plaque produit des informations de filtre qui sont agrégées
filtrage dans 1 fichier de filtre (*.filter) pour chaque ligne. Le fichier de filtrage
spécifie si un amplifiat a franchi les filtres.
Document n° 1000000009513 v08
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT.
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