illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence De L'instrument
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Voir aussi pour NextSeq 550Dx:
- Guide de référence (79 pages) ,
- Guide de préparation (16 pages)
Manuels Connexes pour illumina NextSeq 550Dx
Sommaire des Matières pour illumina NextSeq 550Dx
- Page 1 NextSeq 550Dx, mode recherche Guide de référence de l’instrument Document nº 1000000041922 v01 FRA EXCLUSIF À ILLUMINA Mars 2018 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 2 écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de ses droits d’auteur ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers quelconque par ce document.
- Page 3 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Historique des révisions Document Date Description des modifications Document Mars 2018 Ajout de renseignements sur le service de surveillance Illumina nº 1000000041922 v01 Proactive à la section Customize System Settings (Personnaliser les paramètres du système). Document Novembre 2017 Publication originale.
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Page 4: Table Des Matières
Table des matières Chapitre 1 Vue d’ensemble À propos de ce guide Introduction Ressources supplémentaires Composants de l’instrument Présentation des consommables pour le séquençage Chapitre 2 Pour commencer Démarrage de l’instrument Personnaliser les paramètres du système Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Chapitre 3 Séquençage Introduction Flux de travail de séquençage... - Page 5 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Erreurs de puce BeadChip et de balayage Formules personnalisées et dossiers de formules Message d’erreur RAID Configurer les paramètres du système Annexe B Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis Flux de travail de Real-Time Analysis Annexe C Fichiers et dossiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure des dossiers de sortie de séquençage...
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Page 6: Chapitre 1 Vue D'ensemble
: le flux de travail de séquençage est intégré à BaseSpace, l’environnement informatique consacré à la génomique d’Illumina pour l’analyse des données, leur stockage et leur partage. Pour les instruments configurés pour BaseSpace, les renseignements sur les librairies et les paramètres d’analyse sont précisés dans l’onglet Prep (Préparation) de BaseSpace. -
Page 7: Ressources Supplémentaires
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Ressources supplémentaires La documentation suivante est disponible en téléchargement sur le site Web d’Illumina. Ressource Description Guide de référence de Donne les instructions d’utilisation de l’instrument et les procédures de dépannage en l’instrument NextSeq 550Dx... -
Page 8: Composants De L'instrument
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Composants de l’instrument L’instrument NextSeq 550Dx comprend un moniteur tactile, une barre d’état et quatre compartiments. Figure 1 Composants de l’instrument A Compartiment d’imagerie : contient la Flow Cell pour le séquençage ou l’adaptateur de puce BeadChip pour le balayage. - Page 9 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 2 Compartiments des réactifs et du tampon A Porte du compartiment de réactifs : elle ferme le compartiment des réactifs à l’aide d’un verrou qui se trouve sous la section inférieure droite de la porte. Le compartiment des réactifs contient la cartouche de réactifs. B Cartouche de réactifs : la cartouche de réactifs est un consommable à...
- Page 10 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Icône Nom de Description d’état l’état Avertissement Un avertissement a eu lieu. Les avertissements n’interrompent pas l’analyse et ne nécessitent pas d’intervention pour la poursuite de l’analyse. Erreur Une erreur a eu lieu. Les erreurs nécessitent une intervention avant la poursuite de l’analyse.
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Page 11: Présentation Des Consommables Pour Le Séquençage
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 3 Adaptateur de puce BeadChip réutilisable A Adaptateur de puce BeadChip B Pince de maintien Présentation des consommables pour le séquençage Pour faire une analyse de séquençage en mode recherche sur l’instrument NextSeq 550Dx, il faut une trousse NextSeq 500/550 à... - Page 12 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Présentation de la Flow Cell Figure 4 Cartouche de Flow Cell A Paire de lignes A : lignes 1 et 3 B Paire de lignes B : lignes 2 et 4 C Châssis de la cartouche de Flow Cell La Flow Cell est un substrat de verre qui sert de support à la génération des amplifiats et à la réaction de séquençage.
- Page 13 à ces risques. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Réservoirs réservés Figure 6 Réservoirs numérotés...
- Page 14 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Présentation de la cartouche de tampon La cartouche de tampon est un consommable à usage unique contenant trois réservoirs préremplis de solutions tampons et d’une solution de lavage. Le contenu de la cartouche de tampon suffit au séquençage d’une Flow Cell.
- Page 15 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Page 16: Chapitre 2 Pour Commencer
Chapitre 2 Pour commencer Démarrage de l’instrument Personnaliser les paramètres du système Consommables et équipement fournis par l’utilisateur Démarrage de l’instrument Mettez l’interrupteur principal en position I (Marche). Figure 8 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument Appuyez sur le bouton d’alimentation situé au-dessus du compartiment de réactifs. Le bouton d’alimentation active l’alimentation de l’instrument et démarre l’ordinateur et les logiciels intégrés à... -
Page 17: Personnaliser Les Paramètres Du Système
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Utilisez la commande Reboot to RUO (Redémarrer en mode recherche uniquement) du logiciel d’exploitation pour arrêter l’instrument de façon sécuritaire et le redémarrer en mode recherche. Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument). Sélectionnez Reboot/Shut Down (Redémarrer/Arrêter). Sélectionnez Reboot to RUO (Redémarrer en mode recherche uniquement). -
Page 18: Consommables Et Équipement Fournis Par L'utilisateur
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Configurer l’option de clavier et l’indicateur sonore Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System Customization (Personnalisation du système). Cochez la case Use on-screen keyboard (Utiliser le clavier à l’écran) afin d’activer le clavier à l’écran pour saisir des renseignements à... - Page 19 Eau de laboratoire Fournisseur de laboratoire général Lavage de l’instrument (lavage manuel) Filtre à air Illumina, nº de référence 20022240 Nettoyage de l’air utilisé par l’instrument pour le refroidissement Recommandations à propos de l’eau de laboratoire Utilisez toujours de lʼeau de laboratoire ou de l’eau désionisée pour réaliser des procédures sur l’instrument.
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Page 20: Chapitre 3 Séquençage
(BCL) vers BaseSpace ou l’emplacement de sortie indiqué pour l’analyse secondaire. Plusieurs méthodes d’analyse sont disponibles en fonction de votre application. Pour plus de renseignements, consultez l’aide de BaseSpace (help.basespace.illumina.com) . Durée de l’analyse de séquençage La durée de l’analyse de séquençage dépend du nombre de cycles réalisés. La longueur d’analyse maximale correspond à... -
Page 21: Flux De Travail De Séquençage
Le cycle supplémentaire est requis pour les calculs de mise en phase et en préphase. Flux de travail de séquençage Pour les configurations en environnement BaseSpace d’Illumina ou BaseSpace Onsite : configurez l’analyse dans l’onglet Prep (Préparation) de BaseSpace. Consultez l’ aide de BaseSpace (help.basespace.illumina.com) . -
Page 22: Préparer La Flow Cell
Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Préparer la Flow Cell Sortez un nouvel emballage de Flow Cell du lieu de stockage réfrigéré à une température maintenue entre 2 °C et 8 °C. -
Page 23: Configurer Une Analyse De Séquençage
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Chargement des librairies sur la cartouche de réactifs Nettoyez l’opercule en aluminium recouvrant le réservoir nº 10 étiqueté Load Library Here (Charger la librairie ici) à l’aide d’un tissu non pelucheux. Percez l’opercule avec une pointe de pipette propre de 1 ml. Chargez 1,3 ml de librairie préparée à... - Page 24 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 11 Retirer de l’emballage en aluminium Ouvrez l’emballage double coque en plastique transparent et sortez la Flow Cell. Figure 12 Retirer de l’emballage double coque Nettoyez la surface en verre de la Flow Cell à l’aide d’une lingette alcoolisée non pelucheuse. Séchez le verre à...
- Page 25 Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Faites glisser le réservoir à réactifs usagés vide dans le compartiment de tampon jusqu’à la butée.
- Page 26 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 15 Charger le réservoir à réactifs usagés vide Charger la cartouche de tampon Retirez la cartouche de tampon usagée du compartiment supérieur. Une certaine force est nécessaire pour soulever et retirer la cartouche de tampon. Glissez une nouvelle cartouche de tampon dans le compartiment de tampon jusqu’à...
- Page 27 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. REMARQUE Le réservoir à la position 6 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés.
- Page 28 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 18 Position nº 6 amovible A Couvercle de protection en caoutchouc B Position nº 6 Appuyez sur l’onglet en plastique transparent, puis poussez vers la gauche pour éjecter le réservoir. Mettez le réservoir au rebut conformément aux normes de sécurité. Indiquer les paramètres de l’analyse Les étapes figurant sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse) diffèrent selon la configuration du système :...
- Page 29 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) : modifier ce réglage pour que les consommables soient automatiquement éliminés après l’analyse en cours. Sélectionnez Next (Suivant). Entrer les paramètres d’analyse (configuration autonome) Saisissez un nom d’analyse de votre choix.
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Page 30: Surveiller La Progression De L'analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Crochet gris : la vérification n’a pas encore été effectuée. Icône de progression : la vérification est en cours. Crochet vert : la vérification a réussi. Croix rouge : la vérification a échoué. Pour tous les éléments qui n’ont pas réussi la vérification, une action est nécessaire avant que vous puissiez continuer. - Page 31 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche F Estimated Yield (Gb) (Estimation de rendement [Gb]) : indique le nombre de bases prévues pour l’analyse. G Lot Information (Renseignements sur le lot) : affiche le numéro de lot des consommables de séquençage.
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Page 32: Lavage Automatique Après Analyse
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Logiciel SAV (Visualiseur d’analyse de séquençage) Le logiciel Sequencing Analysis Viewer affiche des indicateurs de séquençage générés au cours de l’analyse de séquençage. Les indicateurs s’affichent sous forme de diagrammes, de graphiques et de tableaux qui s’appuient sur des données générées par le logiciel RTA et écrits sur des fichiers InterOp. - Page 33 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Page 34: Chapitre 4 Balayage
BeadChip et de quantifier le signal associé à chaque bille. Un dossier DMAP unique existe pour chaque code à barres de puce BeadChip. L’utilitaire Decode File Client vous permet de télécharger des dossiers DMAP directement depuis les serveurs d’Illumina à l’aide d’un protocole HTTP standard. Pour accéder à Decode File Client, consultez la page d’aide Decode File Client sur le site Web d’Illumina... -
Page 35: Flux De Travail De Balayage
Fichiers de groupement : les fichiers de groupement décrivent les positions des amplifiats pour la puce à ADN de génotypage d’Illumina et sont utilisés lors de l’analyse de données pour effectuer le typage génotypique. Les fichiers de groupement utilisent le format de fichier *.egt. -
Page 36: Charger La Puce Beadchip Dans L'adaptateur
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche BeadChips by barcode (Puces BeadChip par code à barres) Saisissez les renseignements requis. Localisez le dossier DMAP que vous souhaitez télécharger. Vérifiez que vous disposez d’assez d’espace libre dans l’emplacement de téléchargement. Lancez le téléchargement. -
Page 37: Configurer Un Balayage
éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. - Page 38 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Sortez la Flow Cell du compartiment d’imagerie. Fermez les portes du compartiment de réactifs et du compartiment de tampon. Charger l’adaptateur de puce BeadChip Positionnez l’adaptateur de puce BeadChip sur la platine à l’aide des broches d’alignement. Figure 23 Charger l’adaptateur de puce BeadChip Sélectionnez Load (Charger).
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Page 39: Surveiller La Progression Du Balayage
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Icône de progression : la vérification est en cours. Crochet vert : la vérification a réussi. Croix rouge : la vérification a échoué. Pour tous les éléments qui n’ont pas réussi la vérification, une action Résoudre les erreurs relevées par est nécessaire avant que vous puissiez continuer. - Page 40 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 24 Image de la puce BeadChip : vue complète et vue détaillée REMARQUE L’arrêt d’un balayage est définitif. Si vous mettez fin au balayage avant qu’il ne soit terminé, les données de balayage ne sont pas enregistrées.
- Page 41 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Page 42: Chapitre 5 Maintenance
Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable. - Page 43 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 25 Cartouche de lavage des réactifs et cartouche de lavage du tampon Préparer un lavage manuel après analyse Vous devez choisir entre la préparation d’un lavage manuel après analyse, comme il est décrit ci-dessous, ou la préparation d’un lavage rapide (section suivante).
- Page 44 éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Faites glisser le réservoir à réactifs usagés vide dans le compartiment de tampon jusqu’à la butée.
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Page 45: Remplacer Le Filtre À Air
Le filtre à air assure la circulation de l’air dans l’instrument. En mode diagnostic, le logiciel de commande de l’instrument NextSeq 550Dx affiche un message demandant de changer le filtre à air tous les 90 jours. Lorsqu’on vous le demande, sélectionnez Remind in 1 day (Rappeler dans 1 jour) ou suivez la procédure suivante et sélectionnez Filter Changed (Filtre changé). -
Page 46: Mises À Jour Logicielles
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 27 Insertion du filtre à air Mises à jour logicielles Les mises à jour logicielles font partie d’une suite logicielle appelée System Suite, qui comprend les logiciels suivants : NextSeq Control Software (NCS) NextSeq recipes RTA2 NextSeq Service Software (NSS) - Page 47 Un redémarrage automatique du système est nécessaire après toute mise à jour du micrologiciel. Mise à jour manuelle des logiciels Téléchargez le programme d’installation System Suite sur le site Web d’Illumina et enregistrez-le dans un emplacement réseau. Vous pouvez également copier le fichier d’installation des logiciels sur une clé USB.
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Page 48: Options De Redémarrage Et D'arrêt
Ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina. Quitter et retourner vers Windows La commande Exit to Windows (Quitter et retourner vers Windows) donne accès au système d’exploitation de l’instrument et à... - Page 49 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Page 50: Annexe A Dépannage
Fichiers de dépannage Un représentant de lʼassistance technique d’Illumina peut vous demander de fournir des copies des fichiers propres à une analyse ou à un balayage en particulier afin de résoudre les problèmes. Les fichiers suivants sont généralement utilisés pour le dépannage. -
Page 51: Résoudre Les Erreurs Relevées Par Les Vérifications Automatiques
Pour résoudre les problèmes RTA, vérifiez d’abord le journal des erreurs RTA stocké dans le dossier RTALogs. Ce fichier n’est pas présent pour les analyses réussies. Joignez le journal des erreurs lors du signalement des problèmes à l’assistance technique d’Illumina. Fichiers de dépannage pour les balayages des puces à ADN Fichier clé... - Page 52 Network Disk Space Soit le compte BaseSpace est plein, soit le serveur réseau est plein. (Espace disque réseau) Température Action recommandée Temperature Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. (Température) Temperature Sensors Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. (Capteurs de température) Fans (Ventilateurs) Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
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Page 53: Réservoir À Réactifs Usagés Plein
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Distribution des Action recommandée réactifs Buffer Mechanism Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. (Mécanisme du tampon) Spent Reagents Videz le réservoir à réactifs usagés et rechargez le réservoir vide. Empty (Réactifs usagés vides) Vérifications des balayages de puce à... -
Page 54: Flux De Travail De Réhybridation
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Lorsque l’analyse s’interrompt, une boîte de dialogue s’ouvre et propose à l’utilisateur de soulever les dispositifs d’aspiration et de vider le réservoir plein. Vider le réservoir des réactifs usagés Sélectionnez Raise Sippers (Soulever les dispositifs d’aspiration). Retirez le réservoir à... - Page 55 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Consommables requis Une analyse de réhybridation nécessite une nouvelle cartouche de tampon et une nouvelle cartouche de réactifs NextSeq 550DX, quel que soit le moment d’arrêt de l’analyse. Arrêter l’analyse en cours Sélectionnez End Run (Terminer l’analyse).
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Page 56: Erreurs De Puce Beadchip Et De Balayage
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Chargez la nouvelle cartouche de tampon et la nouvelle cartouche de réactifs. Sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse), sélectionnez l’une des options suivantes : BaseSpace ou BaseSpace Onsite : sélectionnez l’analyse et confirmez les paramètres de l’analyse. Standalone (Autonome) : saisissez le nom de l’analyse et spécifiez des paramètres identiques à... -
Page 57: Formules Personnalisées Et Dossiers De Formules
Incrémentation du compteur de balayage d’une unité en fonction du décompte de balayages du dernier balayage. Remplacer les fichiers de manifeste et les fichiers de groupement Consultez la page d’aide d’Illumina (support.illumina.com) correspondant à la puce BeadChip que vous utilisez, puis cliquez sur l’onglet Downloads (Téléchargements). -
Page 58: Message D'erreur Raid
L’ordinateur de l’instrument NextSeq 550Dx est doté de quatre disques durs; deux pour le mode diagnostic et deux pour le mode recherche. Si l’un des disques durs cesse de fonctionner, le système génère un message d’erreur RAID et vous suggère de prendre contact avec l’assistance technique d’Illumina. Un remplacement du disque dur est généralement nécessaire. - Page 59 Sélectionnez l’une des options suivantes afin de définir l’emplacement où les données seront envoyées pour une analyse ultérieure. Sélectionnez BaseSpace pour envoyer les données de séquençage à l’environnement BaseSpace d’Illumina. [Facultatif] Cochez la case Output Folder (Dossier de sortie), sélectionnez Browse (Parcourir), puis accédez à...
- Page 60 Health Information to Illumina (Transmettre les renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour activer le service de surveillance Illumina Proactive. Le nom du paramètre affiché dans l’interface du logiciel pourrait être différent du nom indiqué dans le présent guide, selon la version NCS utilisée.
- Page 61 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Sélectionnez un format de fichier de sortie pour les données de balayage. Le type de fichier de sortie par défaut est GTC only (GTC uniquement). Sélectionnez Save (Enregistrer). Dans l’écran Scan Map (Carte de balayage), indiquez le chemin complet du fichier de manifeste et du fichier de groupement pour chaque type de puce BeadChip.
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Page 62: Annexe B Real-Time Analysis
Annexe B Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis Flux de travail de Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis L’instrument NextSeq 550Dx utilise une version du logiciel d’analyse en temps réel (Real-Time Analysis, ou RTA) appelée RTA2. RTA2 fonctionne sur l’ordinateur de l’instrument et extrait les intensités des images, effectue les définitions des bases et associe un score de qualité... - Page 63 SAV (visualiseur d’analyse de séquençage). Pour la dernière version du SAV, consultez la page de téléchargement du logiciel SAV sur le site Web d’Illumina. Gestion des erreurs RTA2 crée des fichiers journaux et les enregistre dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont enregistrées dans un fichier d’erreurs au format *.tsv.
- Page 64 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Enregistrement et extraction des intensités L’enregistrement et l’extraction des intensités débutent après la génération du modèle. L’enregistrement aligne les images produites par chaque cycle d’imagerie selon le modèle. L’extraction d’intensité détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat du modèle pour une image donnée.
- Page 65 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Figure 30 Visualisation de l’intensité des amplifiats Tableau 1 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux Canal rouge Canal vert Résultat Base 1 (allumé) 1 (allumé) Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal vert.
- Page 66 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Notation de la qualité Un score de qualité, ou Q-score, permet de prédire la probabilité d’une erreur dans la définition des bases. Un score de qualité plus élevé implique qu’une définition des bases est de plus haute qualité et plus susceptible d’être correcte.
- Page 67 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Page 68: Annexe C Fichiers Et Dossiers De Sortie
Annexe C Fichiers et dossiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure des dossiers de sortie de séquençage Fichiers de sortie du balayage Structure du dossier de sortie de balayage Fichiers de sortie de séquençage Type de fichier Description, emplacement et nom des fichiers Fichier de définition Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases;... - Page 69 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Tableau 2 Plaques de la Flow Cell Composant de la Débit Description Flow Cell élevé Lignes Une ligne est un canal physique possédant des ports d’entrée et de sortie dédiés. Surfaces La Flow Cell est imagée sur deux surfaces : le dessus et le dessous. Le système image le dessus d’une plaque, puis le dessous de la même plaque avant de passer à...
- Page 70 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Numérotation des caméras L’instrument NextSeq 550Dx utilise six caméras pour l’imagerie de la Flow Cell. Les caméras sont numérotées de 1 à 6. Les caméras 1 à 3 effectuent l’imagerie de la ligne 1. Les caméras 4 à 6 effectuent l’imagerie de la ligne 3.
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Page 71: Structure Des Dossiers De Sortie De Séquençage
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Structure des dossiers de sortie de séquençage Le logiciel de commande génère automatiquement le nom du dossier de sortie. Data (Données) Intensities (Intensités) BaseCalls L001 : fichiers de définition des bases de la ligne 1, rassemblés dans un fichier par cycle. L002 : fichiers de définition des bases de la ligne 2, rassemblés dans un fichier par cycle. -
Page 72: Fichiers De Sortie Du Balayage
Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Fichiers de sortie du balayage Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers Fichiers GTC Fichier de typage génotypique. Un fichier GTC est généré pour chaque échantillon balayé sur la puce BeadChip. Le nom du fichier comprend le code à barres et l’échantillon balayé. - Page 73 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Page 74: Index
Index compartiment de réactifs 3 compartiment du tampon 3 adaptateur Configuration 54 chargement de puce BeadChip 33 configuration autonome 24 orientation de la puce BeadChip 31 configuration de BaseSpace 23 présentation 5 configuration de l’analyse, option avancée 13 aide considérations relatives à l’indexage 60 documentation 2 consommables 6 aide, technique 73... - Page 75 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche emplacement des amplifiats indicateurs de l’analyse 25 fichiers 63 mode autonome 24 génération du modèle 58 mode BaseSpace 23 erreurs et avertissements 4 option de chargement avancé 13 dans les fichiers de sortie 58 préparation de la Flow Cell 17 erreurs lors de la vérification avant analyse 46 présentation 16, 30...
- Page 76 65 consommables fournis par l’utilisateur 14 numérotation des témoins 64 introduction 15 service de copie d’analyse 26 service de surveillance Illumina Proactive 54 suivi RFID 6 option de chargement avancé 13 Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement.
- Page 77 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche transfert de données données de balayage 35 icônes d’activité 26 service de copie d’analyse 26 Universal Copy Service 26 vérification avant analyse 24, 33 Windows quitter 43 Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Page 78: Assistance Technique
00806 65 1752 Autres pays +44 1799 534000 Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation produit : disponible en téléchargement au format PDF sur le site Web d’Illumina. Rendez-vous sur support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez sur Documentation & Literature (Documentation). - Page 79 Guide de référence de l’instrument NextSeq 550Dx en mode recherche Document nº 1000000041922 v01 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 80 Document nº 1000000041922 v01 FRA Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis +(1) 800 809-ILMN (4566) +(1) 858 202-4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. © 2018 Illumina, Inc. Tous droits réservés.