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Guide du système MiSeq
Dossiers et fichiers RTA
Le tableau suivant décrit les dossiers et fichiers créés par le logiciel d'analyse en temps réel (RTA) au cours
de l'analyse primaire. Plusieurs de ces fichiers servent à l'analyse secondaire effectuée par le logiciel Local
Run Manager.
Fichier clé
Sous-fichier
RTAComplete.txt
Dossier racine
SampleSheet.csv
Dossier racine
RunInfo.xml
Dossier racine
fichiers *.bcl
Data\
Intensities\BaseCalls\
L001\CX.X
fichiers *.stats
Data\
Intensities\BaseCalls\
L001\CX.X
fichiers *.filter
Data\
Intensities\BaseCalls
*.txt
Data\RTALogs
fichiers *.cif
Data\
Intensities\L001\CX.X
fichiers *.locs
Data\
Intensities\BaseCalls\
L001
fichiers *.jpg
Thumbnail_Images\
L001\CX.X
Plaques de la Flow Cell
Au cours de l'analyse de séquençage, de petites zones d'imagerie, appelées plaques, sont créées à partir
de la ligne unique de la Flow Cell. Toutes les Flow Cell MiSeq sont dotées d'une ligne unique, mais le nombre
de plaques varie selon le type de Flow Cell que vous utilisez.
Flow Cell
Trousse de réactifs MiSeq
Flow Cell standard
Trousses de réactifs MiSeq, v3
Flow Cell PGS
Trousse de réactifs MiSeq v3-PGS
Document nº 1000000154717 v00 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic.
Description
Fichier de marqueurs créé à la fin de l'analyse des définitions
de bases. La présence de ce fichier déclenche le lancement
de l'analyse secondaire.
Ce fichier est lu et copié dans le dossier d'analyse avant
l'analyse, et il est utilisé ultérieurement pour l'analyse
secondaire.
Identifie les limites des lectures (incluant les lectures d'index)
et la table de qualité sélectionnée pour l'analyse.
Chaque fichier *.bcl contient les résultats des définitions de
bases générées à l'aide du logiciel d'analyse en temps réel
(RTA) et les scores de qualité des définitions de bases pour
chaque cycle et chaque plaque.
Les fichiers *.stats contiennent les statistiques des définitions
de bases générées à l'aide de l'analyse en temps réel pour
toute plaque ou tout cycle donné.
Les fichiers *.filter contiennent les résultats des filtres pour
chaque plaque.
Fichiers journaux de l'analyse primaire.
Chaque fichier binaire *.cif contient les résultats de l'analyse
d'images avec le logiciel d'analyse en temps réel (RTA) par
cycle et par plaque. Pour plus de renseignements, consultez la
section
Numérotation des plaques de la Flow Cell,
Rapporte les coordonnées des amplifiats. Chaque fichier *.locs
représente une plaque.
Les vignettes sont créées par cycle et par base, et peuvent
être utilisées pour le dépannage en cas de problème avec
l'analyse. Ces fichiers sont utilisés pour l'analyse d'images et
ne sont pas copiés dans le dossier Analysis (Analyse).
Consultez la section
Numérotation des plaques de la Flow Cell,
page 56, pour en savoir plus sur le nom des fichiers d'images.
Plaques
Surface d'imagerie
19 plaques
Supérieure et inférieure
19 plaques
Supérieure et inférieure
page 56.
Total de plaques
mises en image
Total de 38 plaques
Total de 38 plaques
55
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