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Annexe B Fichiers et dossiers de sortie
Dossiers d'analyse
Contenu du dossier MiSeqOutput
Dossiers et fichiers RTA
Dossiers d'analyse
Chaque analyse sur le système MiSeq génère trois dossiers dʼanalyse, chacun dʼeux ayant un objectif précis :
D:\Illumina\MiSeqTemp : lorsque lʼanalyse commence, un dossier dʼanalyse temporaire est écrit sur le
u
disque local de lʼordinateur de lʼinstrument et utilisé en tant que zone de travail de MCS et de RTA.
Il nʼest pas nécessaire dʼaccéder au dossier MiSeqTemp. Le contenu de ce dossier est supprimé au
bout de sept jours.
D:\Illumina\MiSeqOutput : RTA copie les fichiers du dossier MiSeqTemp dans le dossier MiSeqOutput.
u
À mesure que les fichiers de lʼanalyse primaire sont générés, RTA copie à nouveau les fichiers dans le
dossier MiSeqTemp et remplit le dossier MiSeqAnalysis. Les images de mise au point et les vignettes ne
sont pas copiées dans le dossier MiSeqAnalysis. Consulter la section
Vous pouvez modifier lʼemplacement du dossier de sortie dans le champ Output Folder (Dossier Sortie)
u
de lʼécran Run Options (Options d'analyse). Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section
Configurer les emplacements de dossiers par défaut,
D:\Illumina\MiSeqAnalysis : une fois l'analyse RTA terminée, Local Run Manager accède au dossier
u
MiSeqAnalysis sur le disque local de lʼinstrument pour commencer lʼanalyse secondaire. Tous les fichiers
écrits dans le dossier MiSeqAnalysis (Analyse) sont de nouveau copiés dans le dossier MiSeqOutput.
Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section
Si vous utilisez BaseSpace pour lʼanalyse sans répliquer cette dernière localement, le dossier MiSeqAnalysis
sur le disque local de lʼinstrument est vide.
Dénomination du dossier racine
Le nom du dossier dʼanalyse racine indique la date de lʼanalyse, le numéro de lʼinstrument et la Flow Cell
utilisée pour lʼanalyse.
Le nom attribué au dossier prend, par défaut, le format suivant :
AAMMJJ_<NuméroInstrument>_<NuméroAnalyse>_<CodeBarresFlowCell>
Le numéro d'analyse est incrémenté d'une unité à chaque analyse exécutée sur un instrument donné.
Contenu du dossier MiSeqOutput
Une fois l'analyse RTA terminée, le dossier MiSeqOutput contient les fichiers requis pour l'analyse
secondaire. Une fois lʼanalyse secondaire terminée, les dossiers MiSeqOutput et MiSeqAnalysis sont
identiques, mais le dossier MiSeqOutput contient deux sous-dossiers pour les fichiers dʼimages : Images et
Thumbnail_Images. Ces sous-dossiers ne sont pas requis pour l'analyse secondaire.
Fichiers
Les fichiers copiés dans les dossiers de sortie et dʼanalyse comprennent les éléments suivants :
SampleSheet.csv : fournit des paramètres pour lʼexécution et lʼanalyse ultérieure. Au début de lʼanalyse,
u
la feuille dʼéchantillons est copiée dans le dossier racine et renommée SampleSheet.csv. Les copies sont
versées dans les répertoires
Document nº 1000000154717 v00 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic.
Data\Intensities et
Data\Intensities\BaseCalls.
Dossiers et fichiers RTA,
page 15.
Contenu du dossier MiSeqOutput,
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53
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page 55.
page 53.
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